87 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene EcSMS35_2310 on replicon NC_010498
Organism: Escherichia coli SMS-3-5



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010498  EcSMS35_2310  DNA-binding transcriptional activator YeiL  100 
 
 		 232 aa  483  1e-136  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.143581  decreased coverage  0.000186485 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1495  cyclic nucleotide-binding protein  98.71 
 
 		 232 aa  478  1e-134  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0722482  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3299  DNA-binding transcriptional activator YeiL  98.71 
 
 		 232 aa  478  1e-134  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0288775  normal  0.0803895 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2460  DNA-binding transcriptional activator YeiL  97.72 
 
 		 219 aa  447  1e-125  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.572747  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02051  hypothetical protein  97.72 
 
 		 219 aa  447  1e-125  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02092  DNA-binding transcriptional activator of stationary phase nitrogen survival  97.72 
 
 		 219 aa  447  1e-125  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1485  DNA-binding transcriptional activator YeiL  97.72 
 
 		 219 aa  447  1e-125  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0399687  hitchhiker  0.0009131 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2299  DNA-binding transcriptional activator YeiL  97.26 
 
 		 219 aa  446  1.0000000000000001e-124  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.266371  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3735  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  51.34 
 
 		 227 aa  228  7e-59  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS5261  DNA-binding transcriptional activator YeiL  43.89 
 
 		 223 aa  185  4e-46  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  decreased coverage  0.00514717  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK5106  DNA-binding transcriptional activator YeiL  43.89 
 
 		 223 aa  185  4e-46  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.888495  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5659  DNA-binding transcriptional activator YeiL  43.89 
 
 		 223 aa  185  4e-46  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5504  DNA-binding transcriptional activator YeiL  43.89 
 
 		 223 aa  185  5e-46  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_5089  DNA-binding transcriptional activator YeiL  43.89 
 
 		 223 aa  184  7e-46  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_5203  DNA-binding transcriptional activator YeiL  46.19 
 
 		 223 aa  183  2.0000000000000003e-45  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5538  DNA-binding transcriptional activator YeiL  44.34 
 
 		 223 aa  182  4.0000000000000006e-45  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5533  DNA-binding transcriptional activator YeiL  43.89 
 
 		 223 aa  179  4.999999999999999e-44  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5589  DNA-binding transcriptional activator YeiL  42.99 
 
 		 223 aa  177  1e-43  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5419  DNA-binding transcriptional activator YeiL  43.44 
 
 		 223 aa  177  2e-43  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3162  cyclic nucleotide-binding protein  31.14 
 
 		 230 aa  119  3.9999999999999996e-26  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.360418  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1794  cyclic nucleotide-binding domain protein  31.58 
 
 		 230 aa  118  7.999999999999999e-26  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3470  cyclic nucleotide-binding domain protein  31.14 
 
 		 230 aa  118  7.999999999999999e-26  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3454  cyclic nucleotide-binding domain protein  31.58 
 
 		 230 aa  118  9e-26  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.636337  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3255  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  30.7 
 
 		 230 aa  117  9.999999999999999e-26  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.00717521  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3510  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  30.7 
 
 		 230 aa  117  9.999999999999999e-26  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3165  transcriptional regulator  30.7 
 
 		 230 aa  117  1.9999999999999998e-25  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.603206  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3481  cyclic nucleotide-binding domain protein  30.7 
 
 		 243 aa  116  3e-25  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.0295032  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3228  transcriptional regulator  30.7 
 
 		 230 aa  116  3e-25  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.0000617944  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3461  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  31.14 
 
 		 230 aa  115  6.9999999999999995e-25  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.308589  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0336  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  25.94 
 
 		 223 aa  103  3e-21  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0158598  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1894  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  30.37 
 
 		 214 aa  99  5e-20  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  unclonable  0.00000758315  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1300  cyclic nucleotide-binding protein  28.57 
 
 		 224 aa  91.7  1e-17  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0206  transcriptional regulator  28.86 
 
 		 212 aa  90.9  1e-17  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  hitchhiker  0.00000707778  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1761  cyclic nucleotide-binding protein  29.34 
 
 		 205 aa  84.7  0.000000000000001  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2964  catabolite gene activator  24.62 
 
 		 231 aa  73.6  0.000000000002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.117686  normal  0.0504815 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2368  catabolite gene activator  24.76 
 
 		 231 aa  73.9  0.000000000002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2419  catabolite gene activator  23.44 
 
 		 231 aa  71.6  0.00000000001  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2212  cyclic nucleotide-binding protein  22.07 
 
 		 230 aa  70.5  0.00000000002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.328498  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1312  CRP/FNR family transcriptional regulator  28.37 
 
 		 209 aa  60.8  0.00000001  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  decreased coverage  0.000433355  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3786  transcriptional regulator  21.76 
 
 		 229 aa  59.7  0.00000004  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0919672  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0522  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  25.68 
 
 		 224 aa  58.5  0.00000009  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.192194  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2016  Crp/FNR family transcriptional regulator  24.52 
 
 		 229 aa  56.6  0.0000003  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0776172  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0436  transcription regulator  25.82 
 
 		 214 aa  54.3  0.000002  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.0316636  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0199  Crp/FNR family transcriptional regulator  29.03 
 
 		 227 aa  53.9  0.000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5556  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  24.75 
 
 		 352 aa  53.9  0.000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.487576  normal  0.0420739 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1382  transcription regulator  22.29 
 
 		 213 aa  52.8  0.000004  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_03580  putative transcriptional regulator  25.15 
 
 		 228 aa  52.4  0.000007  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.000980911  hitchhiker  0.0000000000977836 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2644  Crp/FNR family transcriptional regulator  25.81 
 
 		 248 aa  52.4  0.000007  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.446339  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1550  protein YieJ  25.41 
 
 		 212 aa  51.6  0.000009  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2638  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  21 
 
 		 222 aa  50.1  0.00003  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3553  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  21.67 
 
 		 348 aa  49.7  0.00003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.528491 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0465  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  24.31 
 
 		 223 aa  49.7  0.00004  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000196856  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1271  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  22.8 
 
 		 350 aa  49.7  0.00004  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_05940  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  24.72 
 
 		 231 aa  47.8  0.0001  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.558941  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0243  cyclic nucleotide-binding  25.86 
 
 		 236 aa  47.4  0.0002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4483  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  24.88 
 
 		 243 aa  46.6  0.0003  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.183908 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4617  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  24.88 
 
 		 243 aa  46.6  0.0003  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.652735  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_4014  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  25.48 
 
 		 233 aa  46.6  0.0004  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1119  catabolite gene activator (cAMP receptor protein) (cAMP-regulatory protein)  30.08 
 
 		 222 aa  46.6  0.0004  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.106899 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1798  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  26.06 
 
 		 224 aa  46.6  0.0004  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.112724  normal  0.701218 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0755  Crp/FNR family transcriptional regulator  24.43 
 
 		 222 aa  45.8  0.0005  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.2571 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0351  putative transcriptional regulator  23.42 
 
 		 228 aa  45.8  0.0006  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS01902  putative transcription regulator protein  26.19 
 
 		 239 aa  45.8  0.0006  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.980965  normal  0.145891 
 
 
-
 
NC_002967  TDE0478  cyclic nucleotide binding domain-containing protein  27.08 
 
 		 216 aa  44.7  0.001  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0299  Crp/FNR family transcriptional regulator  25 
 
 		 247 aa  44.7  0.001  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0252  Crp/FNR family transcriptional regulator  23.73 
 
 		 218 aa  45.1  0.001  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  unclonable  0.00000185636  normal  0.131428 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0292  CRP/FNR family transcriptional regulator  22.5 
 
 		 224 aa  43.9  0.002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.210312  normal  0.0189188 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0689  conserved hypothetical protein, putative transcriptional regulator  22.4 
 
 		 200 aa  43.9  0.002  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2634  CRP/FNR family transcriptional regulator  24.02 
 
 		 249 aa  43.9  0.002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0798  transcription regulator  21.6 
 
 		 213 aa  43.9  0.002  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000892201  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1092  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  23.35 
 
 		 234 aa  43.5  0.003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0349  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  22.09 
 
 		 219 aa  43.5  0.003  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.000181532  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5030  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  22.73 
 
 		 238 aa  43.1  0.003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3926  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  22.73 
 
 		 238 aa  43.1  0.003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2153  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  21.51 
 
 		 216 aa  43.1  0.003  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0015242 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0841  cyclic nucleotide-binding protein  31 
 
 		 160 aa  42.7  0.004  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.108052 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0491  putative transcriptional regulator  26.82 
 
 		 201 aa  42.7  0.005  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.0132873  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1284  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  24.87 
 
 		 224 aa  42.7  0.005  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.304913  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0647  nitrogen fixation regulation protein fixk  24.14 
 
 		 251 aa  42.7  0.005  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.774151  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1951  Crp/FNR family transcriptional regulator  24.55 
 
 		 222 aa  42.7  0.005  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.861655  normal  0.0267012 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0979  cAMP-binding protein  33.87 
 
 		 239 aa  42.7  0.005  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3395  Crp/FNR family transcriptional regulator  22.95 
 
 		 225 aa  42.4  0.006  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0747  transcriptional regulator, putative  25.32 
 
 		 266 aa  42.4  0.007  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.59923  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3176  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  22.95 
 
 		 225 aa  42  0.008  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.231761 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2104  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  26.39 
 
 		 229 aa  42  0.008  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3499  Crp/FNR family transcriptional regulator  21.35 
 
 		 230 aa  42  0.009  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00506626 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3269  CRP/FNR family transcriptional regulator  21.35 
 
 		 230 aa  42  0.009  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.883713  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>