111 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rsph17025_3179 on replicon NC_009429
Organism: Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009429  Rsph17025_3179  hypothetical protein  100 
 
 		 227 aa  455  1e-127  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3110  cyclic nucleotide-binding protein  32.23 
 
 		 222 aa  107  1e-22  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3511  Crp/FNR family transcriptional regulator  28.5 
 
 		 233 aa  81.3  0.00000000000001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2630  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  26.61 
 
 		 239 aa  72.8  0.000000000004  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  decreased coverage  0.00642792  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0351  putative transcriptional regulator  27.83 
 
 		 228 aa  70.9  0.00000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4881  Crp/FNR family transcriptional regulator  26.7 
 
 		 278 aa  70.9  0.00000000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.484233  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1779  Crp/FNR family transcriptional regulator  27.85 
 
 		 239 aa  69.7  0.00000000004  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.72161  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1943  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  27.4 
 
 		 239 aa  69.7  0.00000000004  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_03580  putative transcriptional regulator  28.17 
 
 		 228 aa  68.9  0.00000000006  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.000980911  hitchhiker  0.0000000000977836 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3075  Crp/FNR family transcriptional regulator  26.94 
 
 		 239 aa  68.9  0.00000000007  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.193734 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7045  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  26.67 
 
 		 237 aa  67.8  0.0000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.601598  normal  0.0108856 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0027  Crp/FNR family transcriptional regulator  25.49 
 
 		 237 aa  65.5  0.0000000007  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2959  Crp/FNR family transcriptional regulator  27.4 
 
 		 241 aa  65.1  0.0000000008  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5005  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  32.98 
 
 		 261 aa  65.1  0.0000000009  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.62031  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3326  Crp/FNR family transcriptional regulator  27.1 
 
 		 239 aa  64.7  0.000000001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1913  CRP/FNR family transcriptional regulator  26.94 
 
 		 241 aa  62.4  0.000000006  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.205993  normal  0.953786 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2608  CRP/FNR family transcriptional regulator  26.03 
 
 		 239 aa  61.6  0.000000009  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.700213  normal  0.0258786 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3287  Crp/FNR family transcriptional regulator  27.91 
 
 		 239 aa  61.6  0.000000009  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.370075  normal  0.683237 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4045  GntR family transcriptional regulator  25.79 
 
 		 260 aa  61.6  0.00000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.385107  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2266  transcriptional regulator, putative  27.7 
 
 		 251 aa  60.5  0.00000002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.578468  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1089  cyclic nucleotide-binding protein  27.7 
 
 		 251 aa  60.5  0.00000002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.30583  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0934  cyclic nucleotide-binding  27.7 
 
 		 251 aa  60.5  0.00000002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.059861  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0938  cyclic nucleotide-binding protein  27.7 
 
 		 251 aa  60.5  0.00000002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.914927  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2143  putative transcriptional regulator  27.7 
 
 		 251 aa  60.5  0.00000002  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4994  cyclic nucleotide-binding protein  25.73 
 
 		 247 aa  60.8  0.00000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.103725  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0747  transcriptional regulator, putative  30.3 
 
 		 266 aa  59.7  0.00000004  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.59923  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5483  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  29 
 
 		 230 aa  59.3  0.00000004  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0827  CRP/FNR family transcriptional regulator  26.7 
 
 		 234 aa  57.8  0.0000001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0664388  normal  0.45478 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3781  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  27.92 
 
 		 230 aa  57  0.0000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.505907  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4858  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  27.92 
 
 		 230 aa  57  0.0000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.748285 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0605  Crp/FNR family transcriptional regulator  29.55 
 
 		 252 aa  56.6  0.0000003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.00101565  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2565  Crp/FNR family transcriptional regulator  26.29 
 
 		 235 aa  56.2  0.0000004  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0695171  normal  0.0307054 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4308  cyclic nucleotide-binding protein  25.58 
 
 		 239 aa  55.8  0.0000005  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0411784  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0464  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  29.49 
 
 		 272 aa  55.8  0.0000005  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0498511  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3062  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  26.34 
 
 		 232 aa  56.2  0.0000005  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1951  Crp/FNR family transcriptional regulator  27.37 
 
 		 222 aa  55.8  0.0000006  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.861655  normal  0.0267012 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0755  Crp/FNR family transcriptional regulator  26.42 
 
 		 235 aa  55.5  0.0000007  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.027549  normal  0.149867 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0313  cyclic nucleotide-binding protein  23.56 
 
 		 234 aa  55.1  0.0000009  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5872  Crp/FNR family transcriptional regulator  26.76 
 
 		 235 aa  54.3  0.000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.142608  normal  0.264846 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2885  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  35.96 
 
 		 321 aa  54.7  0.000001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3605  CRP/FNR family transcriptional regulator  27.65 
 
 		 235 aa  54.3  0.000001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.391558 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0473  Crp/FNR family transcriptional regulator  29.03 
 
 		 272 aa  53.9  0.000002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.144164 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2459  Crp/FNR family transcriptional regulator  25.82 
 
 		 235 aa  53.9  0.000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000341213 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0075  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  28.19 
 
 		 236 aa  53.9  0.000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1951  Crp/FNR family transcriptional regulator  26.98 
 
 		 234 aa  53.1  0.000003  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.1084 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4353  CRP/FNR family transcriptional regulator  25.62 
 
 		 227 aa  53.5  0.000003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3543  Crp/FNR family transcriptional regulator  28.16 
 
 		 236 aa  53.1  0.000004  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1929  Crp/FNR family transcriptional regulator  26.29 
 
 		 235 aa  52.8  0.000004  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.589711  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2589  Crp/FNR family transcriptional regulator  25.82 
 
 		 235 aa  53.1  0.000004  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0679634  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2541  Crp/FNR family transcriptional regulator  26.29 
 
 		 235 aa  52.8  0.000004  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.000812643  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C5944  cyclic nucleotide-binding  25.36 
 
 		 228 aa  52.8  0.000005  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1169  Crp/FNR family transcriptional regulator  28.19 
 
 		 227 aa  51.6  0.000009  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0303416  normal  0.0506186 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3408  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  25.85 
 
 		 243 aa  51.6  0.000009  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.258046 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1092  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  23.18 
 
 		 234 aa  51.2  0.00001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0243  cyclic nucleotide-binding  25.62 
 
 		 236 aa  50.4  0.00002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0199  Crp/FNR family transcriptional regulator  23.08 
 
 		 227 aa  50.4  0.00002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3433  Crp/FNR family transcriptional regulator  27.84 
 
 		 251 aa  50.4  0.00002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00135571 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1061  Crp family transcriptional regulator  26.84 
 
 		 214 aa  50.1  0.00003  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.0336611  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2515  cyclic nucleotide-binding  21.7 
 
 		 231 aa  49.7  0.00004  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.513928  normal  0.4337 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1160  Crp/FNR family transcriptional regulator  28.11 
 
 		 242 aa  49.7  0.00004  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0248  cyclic nucleotide-binding  28.12 
 
 		 224 aa  49.3  0.00005  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2665  Crp/FNR family transcriptional regulator  23.91 
 
 		 239 aa  49.3  0.00005  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0675619  normal  0.290328 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0894  cyclic nucleotide-binding  26.07 
 
 		 226 aa  48.5  0.00008  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2580  Crp/FNR family transcriptional regulator  26.42 
 
 		 231 aa  48.1  0.0001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.117752 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0213  cyclic nucleotide-binding protein  26.96 
 
 		 259 aa  47.8  0.0001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003082  transcriptional regulator Crp/Fnr family  20.37 
 
 		 231 aa  47  0.0002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00863529  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01198  cyclic nucleotide-binding protein  21.86 
 
 		 229 aa  47  0.0002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6150  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  27.33 
 
 		 226 aa  47.4  0.0002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3643  Crp/FNR family transcriptional regulator  21.18 
 
 		 221 aa  46.6  0.0003  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.621489  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1814  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  21.76 
 
 		 225 aa  46.6  0.0003  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1284  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  25.53 
 
 		 224 aa  46.6  0.0003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.304913  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0259  cyclic nucleotide-binding protein  26.17 
 
 		 222 aa  46.2  0.0004  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3367  Crp/FNR family transcriptional regulator  18.98 
 
 		 230 aa  46.2  0.0004  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4295  Crp/FNR family transcriptional regulator  29.31 
 
 		 265 aa  46.6  0.0004  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2132  Crp/FNR family transcriptional regulator  27.84 
 
 		 231 aa  46.6  0.0004  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  decreased coverage  0.00647195  normal  0.364317 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1482  CRP/FNR family transcriptional regulator  20.57 
 
 		 235 aa  46.2  0.0004  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.000000238682  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4617  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  23.56 
 
 		 243 aa  45.8  0.0005  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.652735  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4483  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  23.56 
 
 		 243 aa  45.8  0.0005  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.183908 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1763  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  26.74 
 
 		 223 aa  46.2  0.0005  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.796832  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_26230  cAMP-binding protein  26.6 
 
 		 225 aa  45.4  0.0008  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.466611  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1725  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  26.47 
 
 		 251 aa  45.1  0.001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.134143  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3800  Crp/FNR family transcriptional regulator  27.27 
 
 		 225 aa  45.1  0.001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1119  catabolite gene activator (cAMP receptor protein) (cAMP-regulatory protein)  25.68 
 
 		 222 aa  44.3  0.001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.106899 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2074  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  25.79 
 
 		 225 aa  45.1  0.001  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.971908 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0517  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  21.94 
 
 		 224 aa  44.7  0.001  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0681  Crp/FNR family transcriptional regulator  28.07 
 
 		 234 aa  43.9  0.002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0670228  normal  0.546641 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2918  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  27.18 
 
 		 226 aa  43.5  0.002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.172063  normal  0.392966 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1995  transcriptional regulator  25.11 
 
 		 224 aa  43.9  0.002  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5745  transcriptional regulator  21.96 
 
 		 243 aa  43.9  0.002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.810963  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3189  transcriptional regulator  26.21 
 
 		 236 aa  44.3  0.002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0617  cyclic nucleotide-binding protein  31.25 
 
 		 577 aa  43.9  0.002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.340501  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4412  cyclic nucleotide-binding protein  25.49 
 
 		 234 aa  44.3  0.002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.758145 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2884  Crp/FNR family transcriptional regulator  25.93 
 
 		 218 aa  43.1  0.003  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.161359  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_18280  cAMP-binding protein  25.25 
 
 		 225 aa  43.1  0.003  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.186071  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2394  Crp/FNR family transcriptional regulator  25.58 
 
 		 255 aa  42.7  0.004  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0405792  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2591  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  26 
 
 		 221 aa  43.1  0.004  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.44001  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3690  cyclic nucleotide-binding protein  23.27 
 
 		 224 aa  43.1  0.004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.142322  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0775  Crp/FNR family transcriptional regulator  26.45 
 
 		 237 aa  42.7  0.004  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2016  Crp/FNR family transcriptional regulator  26.73 
 
 		 229 aa  42.7  0.005  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0776172  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1419  Crp/FNR family transcriptional regulator  26.18 
 
 		 208 aa  42.7  0.005  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  0.0779815 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>