More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_4229 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_1187  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  95.98 
 
 		 448 aa  783    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4229  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  100 
 
 		 448 aa  888    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1199  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  89.96 
 
 		 448 aa  741    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4239  periplasmic sensor Signal transduction histidine kinase  75.06 
 
 		 450 aa  659    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1217  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  96.43 
 
 		 448 aa  788    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1680  sensor protein PhoQ  71.69 
 
 		 448 aa  618  1e-176  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3708  sensor histidine kinase  71.24 
 
 		 448 aa  619  1e-176  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.642299  hitchhiker  0.00152873 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_49170  two-component sensor PhoQ  67.64 
 
 		 448 aa  536  1e-151  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000325542 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4199  two-component sensor PhoQ  67.42 
 
 		 448 aa  533  1e-150  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.528574  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2975  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  64.09 
 
 		 460 aa  522  1e-147  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.241819 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3354  ribose 5-phosphate isomerase  34.15 
 
 		 456 aa  248  1e-64  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.000158163  normal  0.115638 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01127  sensory histidine kinase in two-compoent regulatory system with PhoP  34.18 
 
 		 486 aa  232  9e-60  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01135  hypothetical protein  34.18 
 
 		 486 aa  232  9e-60  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1249  sensor protein PhoQ  34.18 
 
 		 486 aa  231  2e-59  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2474  sensor protein PhoQ  34.18 
 
 		 486 aa  231  2e-59  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.701623  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1642  sensor protein PhoQ  34.04 
 
 		 487 aa  231  3e-59  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2518  histidine kinase  33.97 
 
 		 486 aa  230  4e-59  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.208145  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1292  sensor protein PhoQ  33.97 
 
 		 486 aa  230  4e-59  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1307  sensor protein PhoQ  33.97 
 
 		 486 aa  230  4e-59  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1996  sensor protein PhoQ  33.97 
 
 		 486 aa  229  5e-59  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.687103 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4345  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  32.24 
 
 		 454 aa  229  8e-59  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0442368  normal  0.692011 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1131  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  33.7 
 
 		 442 aa  228  2e-58  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1590  sensor protein PhoQ  33.76 
 
 		 486 aa  227  3e-58  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000452252 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0167  histidine kinase  37.16 
 
 		 429 aa  227  4e-58  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1309  sensor protein PhoQ  33.83 
 
 		 487 aa  225  1e-57  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.591966 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2136  sensor protein PhoQ  33.83 
 
 		 487 aa  225  1e-57  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.062219 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1331  sensor protein PhoQ  33.83 
 
 		 487 aa  225  1e-57  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0246748  normal  0.298422 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1347  sensor protein PhoQ  33.83 
 
 		 487 aa  225  1e-57  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1954  sensor protein PhoQ  33.83 
 
 		 487 aa  224  2e-57  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.443264  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1938  sensor protein PhoQ  34.52 
 
 		 483 aa  222  9.999999999999999e-57  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4648  sensor histidine kinase  31.87 
 
 		 454 aa  220  5e-56  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4213  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  31.19 
 
 		 454 aa  219  8.999999999999998e-56  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0526543  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1607  sensor protein PhoQ  33.05 
 
 		 484 aa  219  1e-55  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4141  histidine kinase  31.19 
 
 		 454 aa  219  1e-55  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1790  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  36.24 
 
 		 451 aa  217  2.9999999999999998e-55  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1389  sensor protein PhoQ  30.06 
 
 		 470 aa  216  5e-55  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.812387  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2150  sensor protein PhoQ  34.39 
 
 		 486 aa  216  5e-55  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0666594  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3909  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  32.24 
 
 		 454 aa  216  8e-55  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.000571443  normal  0.530607 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3818  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  32.24 
 
 		 454 aa  215  9.999999999999999e-55  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00854299  decreased coverage  0.0034747 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1865  sensor protein PhoQ  33.76 
 
 		 484 aa  216  9.999999999999999e-55  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2067  sensor protein PhoQ  32.85 
 
 		 483 aa  214  1.9999999999999998e-54  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.194184  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3853  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  31.65 
 
 		 454 aa  215  1.9999999999999998e-54  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2856  sensor protein PhoQ  32.84 
 
 		 484 aa  214  2.9999999999999995e-54  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2502  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  32.03 
 
 		 449 aa  214  2.9999999999999995e-54  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2349  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  33.63 
 
 		 449 aa  214  2.9999999999999995e-54  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.0000892956  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2012  sensor protein PhoQ  33.33 
 
 		 485 aa  212  1e-53  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.0783662 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1723  ATPase domain-containing protein  32.68 
 
 		 449 aa  211  2e-53  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.124766 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_4026  ATPase domain-containing protein  32.09 
 
 		 454 aa  211  2e-53  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1849  histidine kinase  31.45 
 
 		 449 aa  211  3e-53  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00571096  hitchhiker  0.00108599 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2841  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  33.7 
 
 		 445 aa  211  3e-53  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02298  sensor histidine kinase  33.19 
 
 		 443 aa  209  5e-53  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2495  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  31.59 
 
 		 449 aa  209  6e-53  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.796582  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2615  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  31.59 
 
 		 449 aa  209  6e-53  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.0121943 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1745  histidine kinase  36.16 
 
 		 450 aa  209  9e-53  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0000105534  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1714  sensor protein PhoQ  32.54 
 
 		 468 aa  208  2e-52  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0281  sensor histidine kinase  30.67 
 
 		 475 aa  208  2e-52  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.012454  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1654  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  32.1 
 
 		 449 aa  206  5e-52  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0689547  hitchhiker  0.00033988 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2256  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  34.92 
 
 		 449 aa  206  5e-52  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1579  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  32.1 
 
 		 449 aa  206  6e-52  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.15351 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3304  sensor histidine kinase  33.11 
 
 		 466 aa  206  9e-52  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.232472 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3247  sensor histidine kinase  32.49 
 
 		 469 aa  204  3e-51  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.0000098482  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2805  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  34.34 
 
 		 449 aa  201  1.9999999999999998e-50  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00328953  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1945  sensor protein PhoQ  31.24 
 
 		 449 aa  199  1.0000000000000001e-49  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2696  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  31.6 
 
 		 484 aa  196  6e-49  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.0000110077  normal  0.128468 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02837  two-component system sensor protein required for AvrXa21activity H2 (raxH2)  32.03 
 
 		 456 aa  196  1e-48  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1541  sensor protein PhoQ  36.62 
 
 		 450 aa  195  1e-48  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3381  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  31.72 
 
 		 466 aa  194  3e-48  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00620745  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1263  ATP-binding region, ATPase-like protein  29.7 
 
 		 474 aa  194  3e-48  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000081586  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2504  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  35.32 
 
 		 443 aa  193  7e-48  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0243  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  30.51 
 
 		 440 aa  192  1e-47  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.37468  normal  0.182435 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003785  signal transduction histidine kinase  31.24 
 
 		 441 aa  191  2.9999999999999997e-47  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.0077957  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1841  two-component system, sensor protein  32.18 
 
 		 482 aa  188  1e-46  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.775188  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2487  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  36.65 
 
 		 450 aa  188  2e-46  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1772  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  31.97 
 
 		 482 aa  186  5e-46  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.480782  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2936  histidine kinase  28.24 
 
 		 517 aa  181  2.9999999999999997e-44  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  0.00120898  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1245  sensor histidine kinase  32.82 
 
 		 462 aa  178  2e-43  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00000000271676  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02659  hypothetical protein  30.2 
 
 		 449 aa  177  3e-43  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0929  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  31.54 
 
 		 459 aa  177  3e-43  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3684  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  40.54 
 
 		 455 aa  177  4e-43  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.714122  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0230  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  32.54 
 
 		 475 aa  174  2.9999999999999996e-42  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.587392  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1957  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  30.63 
 
 		 443 aa  164  2.0000000000000002e-39  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.0083917  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5572  putative two-component sensor histidine kinase  32.24 
 
 		 471 aa  161  2e-38  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.118515 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3895  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  30.62 
 
 		 460 aa  161  3e-38  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.378674  normal  0.194122 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5129  putative two-component sensor histidine kinase  29.09 
 
 		 448 aa  155  1e-36  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.60361  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0604  sensor histidine kinase  30.49 
 
 		 436 aa  155  1e-36  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4990  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  28.41 
 
 		 472 aa  154  2e-36  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000206747 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2127  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  27.88 
 
 		 463 aa  154  2e-36  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1978  signal transduction protein, histidine kinase  27.27 
 
 		 444 aa  155  2e-36  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0605  sensor histidine kinase  30.91 
 
 		 432 aa  154  4e-36  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.972928  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_29740  putative two-component sensor  37.07 
 
 		 445 aa  154  4e-36  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0649  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  28.89 
 
 		 442 aa  152  8.999999999999999e-36  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  0.00000150109  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0582  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  28.38 
 
 		 445 aa  152  1e-35  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.684402  normal  0.489398 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3059  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  30.95 
 
 		 453 aa  152  1e-35  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2673  histidine kinase  31.78 
 
 		 436 aa  150  3e-35  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1434  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  28.98 
 
 		 465 aa  150  4e-35  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3443  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  30.26 
 
 		 478 aa  150  5e-35  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.131083  normal  0.673106 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3453  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  27.68 
 
 		 464 aa  150  5e-35  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.239363 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1886  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  29.8 
 
 		 484 aa  150  6e-35  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2544  putative two-component sensor  36.68 
 
 		 444 aa  149  7e-35  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0961662  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3693  histidine kinase  28.22 
 
 		 442 aa  149  7e-35  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>