More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pnap_1953 on replicon NC_008781
Organism: Polaromonas naphthalenivorans CJ2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008825  Mpe_A2797  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  78.78 
 
 
480 aa  711    Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1953  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  100 
 
 
458 aa  936    Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4122  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  61.7 
 
 
449 aa  531  1e-150  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3946  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  54.76 
 
 
448 aa  452  1.0000000000000001e-126  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2009  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  51.85 
 
 
470 aa  416  9.999999999999999e-116  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0344  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  46.34 
 
 
459 aa  369  1e-101  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.337335  normal  0.899671 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2495  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  45.77 
 
 
463 aa  369  1e-101  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0489906  normal  0.418154 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2013  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  45.58 
 
 
455 aa  360  2e-98  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1172  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  44.21 
 
 
450 aa  357  1.9999999999999998e-97  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3756  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  44.44 
 
 
452 aa  357  2.9999999999999997e-97  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1145  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  44.86 
 
 
457 aa  348  8e-95  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1180  ATP-binding region, ATPase-like  44.65 
 
 
451 aa  344  2e-93  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.513704  normal 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3093  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  43.85 
 
 
444 aa  329  5.0000000000000004e-89  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3380  hypothetical protein  43.46 
 
 
439 aa  303  6.000000000000001e-81  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2142  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  41.82 
 
 
443 aa  293  4e-78  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.479611  normal  0.191224 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0491  hydrogen uptake histidine-kinase  41.82 
 
 
443 aa  293  4e-78  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2719  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  31.75 
 
 
683 aa  208  1e-52  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3478  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  40.4 
 
 
1021 aa  203  6e-51  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2369  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  33.25 
 
 
1146 aa  201  1.9999999999999998e-50  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3477  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  34.71 
 
 
1465 aa  200  5e-50  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2409  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  31.92 
 
 
713 aa  199  7e-50  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00581493 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4305  periplasmic sensor Signal transduction histidine kinase  38.69 
 
 
594 aa  199  1.0000000000000001e-49  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.350102  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1575  multi-sensor signal transduction histidine kinase  31.24 
 
 
683 aa  196  8.000000000000001e-49  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.539969  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2449  putative two-component sensor  39.58 
 
 
305 aa  195  1e-48  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4716  Serine/threonine protein kinase and Signal transduction histidine kinase (STHK) with GAF sensor  38.87 
 
 
1808 aa  192  1e-47  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.230197  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2742  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  40.07 
 
 
467 aa  191  2e-47  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.759384  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1316  Diverse 7TM receptor transmembrane region  37.11 
 
 
708 aa  189  1e-46  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2391  Diverse 7TM receptor transmembrane region  38.83 
 
 
726 aa  188  2e-46  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4489  serine/threonine protein kinase and signal transduction histidine kinase with GAF sensor  37.42 
 
 
1850 aa  187  2e-46  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.613962  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2945  sensor histidine kinase/response regulator  39.04 
 
 
505 aa  187  3e-46  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.16803 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03495  Signal transduction histidine kinase  39.24 
 
 
557 aa  187  3e-46  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4885  PAS/PAC sensor Signal transduction histidine kinase  39.52 
 
 
971 aa  187  3e-46  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  decreased coverage  0.00047345  hitchhiker  0.00891826 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1526  ATP-binding region ATPase domain protein  35.71 
 
 
730 aa  187  4e-46  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.559372  normal  0.545024 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4555  response regulator receiver Signal transduction histidine kinase  40.07 
 
 
467 aa  186  6e-46  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0603  sensory box sensor histidine kinase  36.7 
 
 
439 aa  184  2.0000000000000003e-45  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2288  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  38.44 
 
 
678 aa  184  2.0000000000000003e-45  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0733  sensory box sensor histidine kinase  39.06 
 
 
358 aa  184  2.0000000000000003e-45  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.724389  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0413  PAS/PAC sensor Signal transduction histidine kinase  30.32 
 
 
715 aa  184  3e-45  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.0426655 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1980  Serine/threonine protein kinase and Signal transduction histidine kinase (STHK) with GAF sensor  38.36 
 
 
1901 aa  182  1e-44  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0349147  normal  0.535824 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3575  GAF sensor signal transduction histidine kinase  35.35 
 
 
494 aa  182  1e-44  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.242306  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3259  sensor histidine kinase  35.19 
 
 
598 aa  181  2e-44  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.408532  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0071  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  38.49 
 
 
392 aa  181  2e-44  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3721  histidine kinase  36.81 
 
 
468 aa  181  2.9999999999999997e-44  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.620219  normal  0.904742 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2312  Signal transduction histidine kinase  38.18 
 
 
389 aa  180  4.999999999999999e-44  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_26810  putative two-component sensor  38.36 
 
 
371 aa  179  7e-44  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0601  sensor histidine kinase  38.18 
 
 
389 aa  179  7e-44  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1718  sensor histidine kinase  38.18 
 
 
389 aa  179  7e-44  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1925  sensor histidine kinase  38.18 
 
 
389 aa  179  7e-44  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.574394  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2229  sensor histidine kinase  38.18 
 
 
389 aa  179  8e-44  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1660  sensory box sensor histidine kinase  38.18 
 
 
358 aa  179  9e-44  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2272  putative two-component sensor  39.34 
 
 
433 aa  179  1e-43  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0709  sensory box sensor histidine kinase  38.18 
 
 
358 aa  179  1e-43  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1954  periplasmic sensor Signal transduction histidine kinase  37.15 
 
 
468 aa  178  2e-43  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.424678 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0203  GAF sensor signal transduction histidine kinase  35.29 
 
 
928 aa  178  2e-43  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01018  histidine kinase  40.48 
 
 
408 aa  177  3e-43  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.185766  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_06148  histidine kinase  40.48 
 
 
408 aa  177  3e-43  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  hitchhiker  0.00011043  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4504  Serine/threonine protein kinase and Signal transduction histidine kinase (STHK) with GAF sensor  37.29 
 
 
1795 aa  177  4e-43  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.575028 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0658  sensor histide kinase  40.65 
 
 
315 aa  177  5e-43  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1567  histidine kinase  37.16 
 
 
310 aa  175  9.999999999999999e-43  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0055  PAS/PAC sensor Signal transduction histidine kinase  32.39 
 
 
591 aa  175  1.9999999999999998e-42  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.291296 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3827  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  36.22 
 
 
585 aa  174  1.9999999999999998e-42  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.474444  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3976  response regulator receiver Signal transduction histidine kinase  34.38 
 
 
431 aa  174  1.9999999999999998e-42  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0119459  decreased coverage  0.00202838 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3474  histidine kinase  36.08 
 
 
449 aa  174  1.9999999999999998e-42  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1535  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  37.67 
 
 
566 aa  174  1.9999999999999998e-42  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0083  Serine/threonine protein kinase and Signal transduction histidine kinase (STHK) with GAF sensor  34.24 
 
 
1780 aa  173  3.9999999999999995e-42  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  unclonable  0.000111107  normal  0.0603915 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2796  phosphoglycerate transport; protein for signal transmission  33.68 
 
 
724 aa  174  3.9999999999999995e-42  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  decreased coverage  0.00000463972  normal  0.015669 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2093  histidine kinase  36.64 
 
 
468 aa  173  5.999999999999999e-42  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.578999  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1277  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  41.29 
 
 
630 aa  173  5.999999999999999e-42  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.449456  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4401  multi-sensor Signal transduction histidine kinase  35.86 
 
 
641 aa  172  1e-41  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.00000108821  hitchhiker  0.00000304156 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4189  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  34.63 
 
 
699 aa  172  1e-41  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0521  multi-sensor Signal transduction histidine kinase  36.27 
 
 
1072 aa  171  2e-41  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2389  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  39.15 
 
 
919 aa  171  2e-41  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0121364  normal  0.244998 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5447  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  38.63 
 
 
448 aa  171  2e-41  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.151261 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1978  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  40.07 
 
 
553 aa  171  2e-41  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.260474  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2108  GAF sensor signal transduction histidine kinase  35.57 
 
 
1123 aa  171  3e-41  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3803  histone-like DNA-binding protein  35.62 
 
 
308 aa  169  8e-41  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1037  histidine kinase  38.59 
 
 
608 aa  169  1e-40  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3526  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  38.81 
 
 
584 aa  167  2e-40  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1776  signal transduction histidine kinase, nitrogen specific, NtrB  33.25 
 
 
1255 aa  168  2e-40  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_5938  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  37.59 
 
 
611 aa  167  2.9999999999999998e-40  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2150  response regulator receiver Signal transduction histidine kinase  35.45 
 
 
443 aa  167  2.9999999999999998e-40  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.394463 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5574  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  37.59 
 
 
611 aa  167  2.9999999999999998e-40  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0203  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  32.88 
 
 
439 aa  167  2.9999999999999998e-40  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.283805 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0965  PAS:hemerythrin HHE cation binding region  40 
 
 
681 aa  167  4e-40  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.94683  normal  0.555707 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3995  Serine/threonine protein kinase and Signal transduction histidine kinase (STHK) with GAF sensor  38.1 
 
 
1794 aa  167  4e-40  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1669  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  35.14 
 
 
675 aa  167  4e-40  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.532604  normal 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1831  multi-sensor signal transduction histidine kinase  31.69 
 
 
685 aa  167  5e-40  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3608  sensor histidine kinase  35.14 
 
 
313 aa  166  5.9999999999999996e-40  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2296  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  35.87 
 
 
679 aa  166  5.9999999999999996e-40  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0765  histidine kinase  31.13 
 
 
601 aa  166  5.9999999999999996e-40  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2646  sensor histidine kinase  37.67 
 
 
445 aa  166  8e-40  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.215713  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_30840  putative signal transduction histidine kinase  37.46 
 
 
470 aa  166  9e-40  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0000329503  hitchhiker  1.67285e-16 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6440  histidine kinase  37.23 
 
 
611 aa  165  1.0000000000000001e-39  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.920923  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01455  sensor histidine kinase  33.76 
 
 
436 aa  166  1.0000000000000001e-39  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4155  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  33.9 
 
 
440 aa  165  1.0000000000000001e-39  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.50715  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2365  histidine kinase  36.13 
 
 
435 aa  164  2.0000000000000002e-39  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0971  PAS  37.68 
 
 
1187 aa  164  2.0000000000000002e-39  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.875405  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2149  response regulator receiver Signal transduction histidine kinase  34.62 
 
 
407 aa  164  2.0000000000000002e-39  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.142048 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_566  sensor histidine kinase  29.3 
 
 
852 aa  164  2.0000000000000002e-39  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3228  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  37.92 
 
 
609 aa  165  2.0000000000000002e-39  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>