More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_3093 on replicon NC_008687
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008687  Pden_3093  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  100 
 
 
444 aa  880    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0491  hydrogen uptake histidine-kinase  62.8 
 
 
443 aa  499  1e-140  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2142  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  62.8 
 
 
443 aa  499  1e-140  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.479611  normal  0.191224 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3380  hypothetical protein  61.08 
 
 
439 aa  480  1e-134  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0344  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  45.98 
 
 
459 aa  345  1e-93  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.337335  normal  0.899671 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2495  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  41.72 
 
 
463 aa  335  7e-91  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0489906  normal  0.418154 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1953  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  43.85 
 
 
458 aa  329  5.0000000000000004e-89  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1172  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  42.99 
 
 
450 aa  328  1.0000000000000001e-88  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2013  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  42.62 
 
 
455 aa  324  2e-87  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1145  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  44.26 
 
 
457 aa  323  4e-87  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3756  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  44.55 
 
 
452 aa  322  7e-87  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2009  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  44.93 
 
 
470 aa  320  3e-86  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3946  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  42.12 
 
 
448 aa  315  7e-85  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2797  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  41.86 
 
 
480 aa  315  9.999999999999999e-85  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4122  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  41.53 
 
 
449 aa  313  2.9999999999999996e-84  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1180  ATP-binding region, ATPase-like  43.05 
 
 
451 aa  309  5e-83  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.513704  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3478  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  32.31 
 
 
1021 aa  184  4.0000000000000006e-45  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2409  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  30.53 
 
 
713 aa  176  5e-43  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00581493 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3477  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  30.71 
 
 
1465 aa  173  5e-42  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4885  PAS/PAC sensor Signal transduction histidine kinase  30.75 
 
 
971 aa  171  2e-41  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  decreased coverage  0.00047345  hitchhiker  0.00891826 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0071  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  38.6 
 
 
392 aa  170  4e-41  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2719  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  32.55 
 
 
683 aa  170  6e-41  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4305  periplasmic sensor Signal transduction histidine kinase  34.85 
 
 
594 aa  166  6.9999999999999995e-40  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.350102  normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4155  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  35.4 
 
 
440 aa  164  4.0000000000000004e-39  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.50715  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5447  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  36.98 
 
 
448 aa  163  5.0000000000000005e-39  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.151261 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2369  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  29.29 
 
 
1146 aa  162  9e-39  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03495  Signal transduction histidine kinase  35.21 
 
 
557 aa  162  1e-38  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3575  GAF sensor signal transduction histidine kinase  34.93 
 
 
494 aa  162  1e-38  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.242306  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4401  multi-sensor Signal transduction histidine kinase  37.37 
 
 
641 aa  159  8e-38  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.00000108821  hitchhiker  0.00000304156 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4716  Serine/threonine protein kinase and Signal transduction histidine kinase (STHK) with GAF sensor  34.93 
 
 
1808 aa  159  9e-38  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.230197  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0413  PAS/PAC sensor Signal transduction histidine kinase  32.38 
 
 
715 aa  159  1e-37  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.0426655 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0765  histidine kinase  29.79 
 
 
601 aa  158  2e-37  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3608  sensor histidine kinase  34.18 
 
 
313 aa  157  5.0000000000000005e-37  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1954  periplasmic sensor Signal transduction histidine kinase  34.42 
 
 
468 aa  156  5.0000000000000005e-37  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.424678 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3029  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  31.76 
 
 
652 aa  156  8e-37  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1575  multi-sensor signal transduction histidine kinase  28.95 
 
 
683 aa  155  2e-36  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.539969  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0733  sensory box sensor histidine kinase  39.73 
 
 
358 aa  154  2.9999999999999998e-36  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.724389  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3827  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  32.59 
 
 
585 aa  154  2.9999999999999998e-36  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.474444  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0658  sensor histide kinase  35.14 
 
 
315 aa  154  4e-36  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0521  multi-sensor Signal transduction histidine kinase  35.45 
 
 
1072 aa  153  5e-36  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4555  response regulator receiver Signal transduction histidine kinase  35.69 
 
 
467 aa  153  5e-36  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3721  histidine kinase  33.8 
 
 
468 aa  153  5.9999999999999996e-36  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.620219  normal  0.904742 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3474  histidine kinase  35.74 
 
 
449 aa  153  5.9999999999999996e-36  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1533  histidine kinase  34.62 
 
 
497 aa  153  7e-36  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1316  Diverse 7TM receptor transmembrane region  33.1 
 
 
708 aa  152  8.999999999999999e-36  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5455  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  35.19 
 
 
571 aa  152  8.999999999999999e-36  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0104043  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0246  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  35.56 
 
 
573 aa  151  2e-35  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0266042 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3976  response regulator receiver Signal transduction histidine kinase  33.44 
 
 
431 aa  151  2e-35  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0119459  decreased coverage  0.00202838 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01018  histidine kinase  37.32 
 
 
408 aa  151  2e-35  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.185766  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_06148  histidine kinase  37.32 
 
 
408 aa  151  2e-35  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  hitchhiker  0.00011043  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2742  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  36.81 
 
 
467 aa  150  4e-35  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.759384  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3259  sensor histidine kinase  32.37 
 
 
598 aa  150  5e-35  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.408532  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0083  Serine/threonine protein kinase and Signal transduction histidine kinase (STHK) with GAF sensor  32.44 
 
 
1780 aa  150  5e-35  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  unclonable  0.000111107  normal  0.0603915 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1980  Serine/threonine protein kinase and Signal transduction histidine kinase (STHK) with GAF sensor  36.58 
 
 
1901 aa  150  6e-35  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0349147  normal  0.535824 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_30840  putative signal transduction histidine kinase  39.37 
 
 
470 aa  149  7e-35  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0000329503  hitchhiker  1.67285e-16 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2466  periplasmic sensor Signal transduction histidine kinase  31.09 
 
 
688 aa  149  8e-35  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1925  sensor histidine kinase  37.83 
 
 
389 aa  149  1.0000000000000001e-34  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.574394  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2229  sensor histidine kinase  37.95 
 
 
389 aa  149  1.0000000000000001e-34  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3017  sensor histidine kinase  34.52 
 
 
524 aa  149  1.0000000000000001e-34  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.413812  normal  0.591209 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0601  sensor histidine kinase  37.83 
 
 
389 aa  149  1.0000000000000001e-34  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1718  sensor histidine kinase  37.83 
 
 
389 aa  149  1.0000000000000001e-34  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3803  histone-like DNA-binding protein  32.4 
 
 
308 aa  149  1.0000000000000001e-34  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008741  Dvul_3022  multi-sensor signal transduction histidine kinase  31.11 
 
 
1101 aa  148  2.0000000000000003e-34  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4489  serine/threonine protein kinase and signal transduction histidine kinase with GAF sensor  32.65 
 
 
1850 aa  148  2.0000000000000003e-34  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.613962  normal 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2312  Signal transduction histidine kinase  37.62 
 
 
389 aa  148  2.0000000000000003e-34  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5143  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  35.66 
 
 
408 aa  148  2.0000000000000003e-34  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.19932  normal 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1660  sensory box sensor histidine kinase  37.83 
 
 
358 aa  147  3e-34  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0709  sensory box sensor histidine kinase  37.95 
 
 
358 aa  147  3e-34  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1535  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  34.68 
 
 
566 aa  147  3e-34  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2796  phosphoglycerate transport; protein for signal transmission  32.43 
 
 
724 aa  147  3e-34  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  decreased coverage  0.00000463972  normal  0.015669 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2945  sensor histidine kinase/response regulator  36.46 
 
 
505 aa  147  4.0000000000000006e-34  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.16803 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2449  putative two-component sensor  35.62 
 
 
305 aa  147  4.0000000000000006e-34  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0603  sensory box sensor histidine kinase  31.76 
 
 
439 aa  147  5e-34  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_5029  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  34.35 
 
 
537 aa  146  7.0000000000000006e-34  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.559504  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2646  sensor histidine kinase  37.88 
 
 
445 aa  146  8.000000000000001e-34  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.215713  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0203  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  31.65 
 
 
439 aa  146  8.000000000000001e-34  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.283805 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2543  sensor histidine kinase  31.75 
 
 
460 aa  145  1e-33  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1210  multi-sensor Signal transduction histidine kinase  32.99 
 
 
1036 aa  145  1e-33  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4189  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  32.89 
 
 
699 aa  145  1e-33  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2287  histidine kinase  31.08 
 
 
770 aa  145  1e-33  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.709847  normal  0.24871 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4267  multi-sensor Signal transduction histidine kinase  36.8 
 
 
920 aa  144  4e-33  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.427851  normal  0.366245 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0229  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  28.48 
 
 
701 aa  144  4e-33  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal  0.282736 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2108  GAF sensor signal transduction histidine kinase  32.76 
 
 
1123 aa  144  4e-33  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0861  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  32.22 
 
 
384 aa  144  5e-33  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.339041  normal  0.260174 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2150  response regulator receiver Signal transduction histidine kinase  32.27 
 
 
443 aa  143  6e-33  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.394463 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2093  histidine kinase  32.64 
 
 
468 aa  143  8e-33  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.578999  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0971  PAS  34.42 
 
 
1187 aa  142  9.999999999999999e-33  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.875405  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03784  sensor histidine kinase  34.08 
 
 
501 aa  141  1.9999999999999998e-32  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2391  Diverse 7TM receptor transmembrane region  32.33 
 
 
726 aa  142  1.9999999999999998e-32  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1669  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  33.33 
 
 
675 aa  141  3e-32  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.532604  normal 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6277  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  34.92 
 
 
594 aa  140  3.9999999999999997e-32  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2556  ATP-binding region, ATPase-like  32.43 
 
 
1811 aa  140  4.999999999999999e-32  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0201  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  29.4 
 
 
408 aa  139  8.999999999999999e-32  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2959  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  34.89 
 
 
571 aa  139  1e-31  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3068  histidine kinase  36.69 
 
 
485 aa  139  1e-31  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.158411  normal  0.556433 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3573  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  28.19 
 
 
402 aa  138  2e-31  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.855521  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0203  GAF sensor signal transduction histidine kinase  31.44 
 
 
928 aa  138  2e-31  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_5938  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  35.79 
 
 
611 aa  138  2e-31  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2188  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  33.46 
 
 
572 aa  138  2e-31  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.363862  normal 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5981  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  34.58 
 
 
602 aa  138  2e-31  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>