205 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_3501 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009439  Pmen_3501  helix-turn-helix domain-containing protein  100 
 
 		 329 aa  657    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_14860  hypothetical protein  51.36 
 
 		 347 aa  324  1e-87  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1433  hypothetical protein  54.79 
 
 		 331 aa  318  1e-85  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1310  hypothetical protein  53.43 
 
 		 348 aa  317  2e-85  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.443382  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1247  hypothetical protein  52.79 
 
 		 334 aa  297  2e-79  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.235663  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_40300  hypothetical protein  50.71 
 
 		 342 aa  278  7e-74  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4602  XRE family transcriptional regulator  65.79 
 
 		 352 aa  241  1e-62  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4326  XRE family transcriptional regulator  65.13 
 
 		 343 aa  218  1e-55  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.137482  hitchhiker  0.0000000466309 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0882  helix-turn-helix domain-containing protein  65.08 
 
 		 340 aa  211  2e-53  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.703197  normal  0.55186 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0852  Cro/CI family transcriptional regulator  65.08 
 
 		 335 aa  210  3e-53  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0895  XRE family transcriptional regulator  65.08 
 
 		 344 aa  210  3e-53  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0000000331112 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01066  hypothetical protein  32.09 
 
 		 321 aa  129  6e-29  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1115  hypothetical protein  29.82 
 
 		 325 aa  129  1.0000000000000001e-28  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3610  cytoskeletal protein RodZ  31.58 
 
 		 323 aa  128  1.0000000000000001e-28  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.261218 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2366  hypothetical protein  30.27 
 
 		 340 aa  124  2e-27  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  0.0000000180475  normal  0.579139 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004350  hypothetical protein  29.62 
 
 		 323 aa  123  3e-27  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1117  cytoskeletal protein RodZ  33.23 
 
 		 327 aa  123  5e-27  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2853  XRE family transcriptional regulator  30.93 
 
 		 351 aa  122  8e-27  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0287  hypothetical protein  29.94 
 
 		 393 aa  120  1.9999999999999998e-26  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.151411  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0728  hypothetical protein  26.61 
 
 		 296 aa  120  3e-26  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1289  hypothetical protein  30.43 
 
 		 336 aa  119  9.999999999999999e-26  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3010  cytoskeletal protein RodZ  30.67 
 
 		 336 aa  114  3e-24  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2991  hypothetical protein  27 
 
 		 356 aa  111  2.0000000000000002e-23  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.000645272  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3006  hypothetical protein  26.71 
 
 		 356 aa  111  2.0000000000000002e-23  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.0000608757  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2893  cytoskeletal protein RodZ  30.59 
 
 		 334 aa  110  3e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2719  cytoskeletal protein RodZ  30.32 
 
 		 336 aa  110  4.0000000000000004e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1932  hypothetical protein  29.5 
 
 		 324 aa  109  7.000000000000001e-23  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.240764  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1604  transcriptional regulator, XRE family  29.5 
 
 		 326 aa  109  7.000000000000001e-23  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.0722397 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2986  hypothetical protein  29.94 
 
 		 311 aa  109  8.000000000000001e-23  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2668  cytoskeletal protein RodZ  30.47 
 
 		 336 aa  108  1e-22  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.248516 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2676  cytoskeletal protein RodZ  30.29 
 
 		 334 aa  108  1e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3313  hypothetical protein  24.07 
 
 		 374 aa  107  3e-22  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1304  hypothetical protein  29.87 
 
 		 321 aa  107  3e-22  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.358392  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2782  cytoskeletal protein RodZ  30.29 
 
 		 334 aa  107  3e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.764558  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02982  hypothetical protein  25.37 
 
 		 350 aa  104  2e-21  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.0033569  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2738  cytoskeletal protein RodZ  30.86 
 
 		 323 aa  104  2e-21  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1228  hypothetical protein  24.51 
 
 		 375 aa  103  3e-21  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0193476  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0419  cytoskeletal protein RodZ  28 
 
 		 345 aa  102  7e-21  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00250443 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1372  hypothetical protein  24.44 
 
 		 361 aa  101  2e-20  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0303948  normal  0.0676016 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3149  hypothetical protein  24.44 
 
 		 361 aa  101  2e-20  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.301792  hitchhiker  0.00818822 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1152  transcriptional regulator, XRE family  29.04 
 
 		 337 aa  100  4e-20  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.603159  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1227  hypothetical protein  24.65 
 
 		 380 aa  100  4e-20  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0535781  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1298  hypothetical protein  25.14 
 
 		 376 aa  100  4e-20  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.445339  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02408  hypothetical protein  29.04 
 
 		 337 aa  100  5e-20  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2800  cytoskeletal protein RodZ  29.04 
 
 		 337 aa  99.8  5e-20  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.563257  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1161  cytoskeletal protein RodZ  29.04 
 
 		 337 aa  100  5e-20  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.697985  decreased coverage  0.00885076 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02370  hypothetical protein  29.04 
 
 		 337 aa  100  5e-20  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2891  cytoskeletal protein RodZ  29.04 
 
 		 337 aa  100  5e-20  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2667  cytoskeletal protein RodZ  29.04 
 
 		 337 aa  100  5e-20  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3741  cytoskeletal protein RodZ  28.74 
 
 		 337 aa  99  9e-20  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2763  cytoskeletal protein RodZ  29.32 
 
 		 334 aa  98.2  1e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2653  hypothetical protein  26.79 
 
 		 361 aa  98.6  1e-19  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1185  cytoskeletal protein RodZ  26.76 
 
 		 363 aa  98.2  2e-19  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1355  hypothetical protein  25.3 
 
 		 341 aa  97.8  2e-19  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000155612 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1292  cytoskeletal protein RodZ  26.93 
 
 		 368 aa  97.4  3e-19  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1257  cytoskeletal protein RodZ  28.04 
 
 		 332 aa  96.7  5e-19  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.405969  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1431  hypothetical protein  26.85 
 
 		 310 aa  94.4  2e-18  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.164911  normal  0.214757 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1126  hypothetical protein  27.94 
 
 		 340 aa  94.7  2e-18  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.869232  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3015  cytoskeletal protein RodZ  28.17 
 
 		 334 aa  93.6  4e-18  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4253  hypothetical protein  25.32 
 
 		 330 aa  93.6  5e-18  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5114  XRE family transcriptional regulator  29.54 
 
 		 342 aa  87  4e-16  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.124562  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0593  hypothetical protein  27.59 
 
 		 291 aa  85.5  0.000000000000001  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.38837 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2107  XRE family transcriptional regulator  27.79 
 
 		 351 aa  84.7  0.000000000000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.211788 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2542  transcriptional regulator, XRE family  30.06 
 
 		 362 aa  83.6  0.000000000000004  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.150986  hitchhiker  0.00310963 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3127  XRE family transcriptional regulator  24.01 
 
 		 345 aa  82.8  0.000000000000008  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1621  hypothetical protein  27.53 
 
 		 300 aa  80.9  0.00000000000002  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000792203 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1689  XRE family transcriptional regulator  29.8 
 
 		 342 aa  77.4  0.0000000000003  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.0347421 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1543  hypothetical protein  41.03 
 
 		 340 aa  75.5  0.000000000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0277008  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0403  hypothetical protein  25.47 
 
 		 318 aa  74.3  0.000000000003  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.902223  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1255  hypothetical protein  43.24 
 
 		 364 aa  72  0.00000000001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0157671  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2193  hypothetical protein  25.41 
 
 		 380 aa  72.4  0.00000000001  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1263  hypothetical protein  26.79 
 
 		 313 aa  71.6  0.00000000002  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1789  XRE family transcriptional regulator  41.77 
 
 		 196 aa  68.9  0.0000000001  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1363  hypothetical protein  28.24 
 
 		 294 aa  66.2  0.0000000007  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.753164  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1346  hypothetical protein  41.86 
 
 		 362 aa  65.5  0.000000001  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2356  hypothetical protein  41.86 
 
 		 360 aa  65.5  0.000000001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1836  hypothetical protein  41.86 
 
 		 336 aa  65.1  0.000000002  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.172253  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0061  hypothetical protein  41.86 
 
 		 387 aa  65.1  0.000000002  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0231937  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2191  hypothetical protein  41.86 
 
 		 387 aa  65.1  0.000000002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.452713  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2229  hypothetical protein  41.86 
 
 		 336 aa  65.1  0.000000002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0169473  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1108  hypothetical protein  41.86 
 
 		 387 aa  65.1  0.000000002  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.148526  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2378  hypothetical protein  30.88 
 
 		 448 aa  63.9  0.000000003  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.654277  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1462  XRE family transcriptional regulator  48.33 
 
 		 334 aa  64.3  0.000000003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0280424  normal  0.570338 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0990  transcriptional regulator, XRE family  25.08 
 
 		 314 aa  63.9  0.000000004  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1421  XRE family transcriptional regulator  34.03 
 
 		 369 aa  63.2  0.000000006  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.0333143 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1903  hypothetical protein  24.38 
 
 		 281 aa  63.2  0.000000006  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1502  hypothetical protein  29.37 
 
 		 189 aa  62.4  0.00000001  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1481  hypothetical protein  29.37 
 
 		 189 aa  62.4  0.00000001  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1943  transcriptional regulator, putative  41.67 
 
 		 246 aa  62.4  0.00000001  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1251  XRE family transcriptional regulator  47.69 
 
 		 325 aa  62.4  0.00000001  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.92911 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0529  helix-turn-helix domain-containing protein  25.93 
 
 		 265 aa  62.4  0.00000001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.235438  normal  0.474385 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2233  hypothetical protein  40.24 
 
 		 360 aa  61.6  0.00000002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.683193  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1394  putative DNA-binding protein  27.27 
 
 		 210 aa  61.2  0.00000002  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2869  hypothetical protein  32.97 
 
 		 299 aa  60.5  0.00000004  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1333  integral membrane protein  27.27 
 
 		 263 aa  60.5  0.00000004  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.380936  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1751  XRE family transcriptional regulator  39.77 
 
 		 339 aa  59.7  0.00000006  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1724  XRE family transcriptional regulator  39.77 
 
 		 339 aa  59.7  0.00000006  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.305446  normal  0.344578 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1433  hypothetical protein  33.33 
 
 		 331 aa  59.7  0.00000007  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.575775  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1466  hypothetical protein  24.43 
 
 		 307 aa  59.3  0.00000009  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0288  transcriptional regulator, XRE family  37.14 
 
 		 345 aa  58.5  0.0000001  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.504804 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>