79 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_3481 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009439  Pmen_3481  phage transcriptional regulator, AlpA  100 
 
 		 127 aa  258  2e-68  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1265  phage transcriptional regulator, AlpA  83.33 
 
 		 127 aa  220  6e-57  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.637502  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1468  phage transcriptional regulator, AlpA  77.34 
 
 		 136 aa  198  1.9999999999999998e-50  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0978574  normal  0.521864 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1133  phage transcriptional regulator, AlpA  61.67 
 
 		 129 aa  146  1.0000000000000001e-34  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2018  phage transcriptional regulator, AlpA  59.84 
 
 		 128 aa  144  5e-34  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3362  phage transcriptional regulator, AlpA  68.18 
 
 		 117 aa  144  5e-34  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.253587  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1173  phage transcriptional regulator, AlpA  68.75 
 
 		 94 aa  114  3e-25  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.436282  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3562  phage transcriptional regulator, AlpA  68.75 
 
 		 94 aa  114  3e-25  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3111  phage transcriptional regulator, AlpA  66.67 
 
 		 86 aa  114  6e-25  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2141  prophage CP4-57 regulatory  66.67 
 
 		 98 aa  113  6.9999999999999995e-25  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.35973  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0497  phage transcriptional regulator, AlpA  60.71 
 
 		 91 aa  111  4.0000000000000004e-24  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2893  phage transcriptional regulator, AlpA  61.8 
 
 		 95 aa  110  6e-24  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.0941309 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5807  phage transcriptional regulator, AlpA  60.87 
 
 		 91 aa  105  3e-22  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.600163  normal  0.0888575 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2218  phage transcriptional regulator, AlpA  62.79 
 
 		 99 aa  100  5e-21  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.353724 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0353  Phage transcriptional regulator, AlpA  55.17 
 
 		 69 aa  73.2  0.000000000001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2545  phage transcriptional regulator, AlpA  61.54 
 
 		 81 aa  72  0.000000000003  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.227611  hitchhiker  0.000981483 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1725  phage transcriptional regulator, AlpA  51.61 
 
 		 74 aa  69.7  0.00000000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0616  prophage CP4-57 regulatory  53.45 
 
 		 81 aa  68.9  0.00000000002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2652  AlpA family transcriptional regulator  50 
 
 		 76 aa  68.2  0.00000000004  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00696014  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3870  phage transcriptional regulator, AlpA  46.15 
 
 		 80 aa  67.4  0.00000000007  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0363  DNA-binding protein, putative  54.24 
 
 		 76 aa  63.5  0.0000000008  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.15227  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0941  AlpA family transcriptional regulator  42.19 
 
 		 74 aa  54.7  0.0000004  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.30814  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2362  phage transcriptional regulator, AlpA  41.51 
 
 		 76 aa  50.8  0.000006  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.566785 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1667  phage transcriptional regulator, AlpA  35.59 
 
 		 70 aa  48.1  0.00004  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.215931  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4349  phage transcriptional regulator, AlpA  39.34 
 
 		 74 aa  47.8  0.00005  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000832793 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3106  phage transcriptional regulator, AlpA  33.33 
 
 		 88 aa  48.1  0.00005  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.19989 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2153  phage transcriptional regulator, AlpA  36.99 
 
 		 81 aa  47.4  0.00006  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_40550  prophage CP4-57 regulatory protein  42.86 
 
 		 74 aa  47.4  0.00008  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1058  phage transcriptional regulator, AlpA  41.51 
 
 		 88 aa  47  0.00009  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4006  AlpA family transcriptional regulator  41.51 
 
 		 88 aa  47  0.00009  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02082  phage transcriptional regulator, AlpA  39.22 
 
 		 70 aa  47  0.00009  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.376453  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3285  phage transcriptional regulator, AlpA  36.67 
 
 		 71 aa  46.2  0.0001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.597574  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0481  phage transcriptional regulator, AlpA  35.09 
 
 		 70 aa  46.6  0.0001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.922024  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2339  phage transcriptional regulator, AlpA  31.82 
 
 		 73 aa  47  0.0001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0048  phage transcriptional regulator, AlpA  41.51 
 
 		 88 aa  46.2  0.0002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1897  hypothetical protein  35.71 
 
 		 71 aa  45.4  0.0002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.088473  normal  0.90287 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2913  phage transcriptional regulator, AlpA  35.38 
 
 		 71 aa  46.2  0.0002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1751  Phage transcriptional regulator, AlpA  38 
 
 		 79 aa  46.2  0.0002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.1124  normal  0.416635 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0999  phage transcriptional regulator, AlpA  40.82 
 
 		 57 aa  45.1  0.0003  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2186  prophage CP4-57 regulatory protein (AlpA)  44 
 
 		 85 aa  45.1  0.0003  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0232094  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2402  prophage CP4-57 regulatory  33.33 
 
 		 86 aa  45.4  0.0003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0128248  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0347  phage transcriptional regulator, AlpA  31.76 
 
 		 81 aa  45.1  0.0003  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.24522 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2902  phage transcriptional regulator, AlpA  35.71 
 
 		 69 aa  44.7  0.0004  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2950  hypothetical protein  35.85 
 
 		 103 aa  44.3  0.0006  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.058037  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0340  phage transcriptional regulator, AlpA  37.5 
 
 		 75 aa  44.3  0.0007  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2683  phage transcriptional regulator, AlpA  28.36 
 
 		 77 aa  43.5  0.001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000806139  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001834  predicted transcriptional regulator  43.24 
 
 		 62 aa  43.1  0.001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0063  hypothetical protein  42.86 
 
 		 73 aa  42.7  0.001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1000  phage transcriptional regulator, AlpA  33.93 
 
 		 72 aa  43.1  0.001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2332  phage transcriptional regulator, AlpA  35.85 
 
 		 72 aa  43.5  0.001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1258  phage transcriptional regulator, AlpA  35.71 
 
 		 61 aa  42.4  0.002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.496683 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3781  hypothetical protein  35.71 
 
 		 75 aa  42.4  0.002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.650876 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0635  phage transcriptional regulator, AlpA  35.85 
 
 		 72 aa  42.4  0.002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.1566  normal  0.0401138 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2960  phage DNA binding protein  35.85 
 
 		 88 aa  42.4  0.002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.630956  hitchhiker  0.00000157452 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2916  hypothetical protein  32.69 
 
 		 71 aa  42.4  0.002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.0151072 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1231  Phage transcriptional regulator, AlpA  37.04 
 
 		 70 aa  42.7  0.002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_04065  phage transcriptional regulator, AlpA  34.55 
 
 		 80 aa  42.4  0.002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2812  phage transcriptional regulator, AlpA  33.33 
 
 		 72 aa  42.4  0.002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.652167  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0716  phage transcriptional regulator, AlpA  30 
 
 		 86 aa  42  0.003  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4842  phage transcriptional regulator, AlpA  35.71 
 
 		 86 aa  42  0.003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.257562 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1227  phage transcriptional regulator, AlpA  32.69 
 
 		 78 aa  41.6  0.004  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.0127458  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4137  phage transcriptional regulator, AlpA  35.9 
 
 		 124 aa  41.2  0.004  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.358207  hitchhiker  0.000000411307 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3275  phage transcriptional regulator, AlpA  31.43 
 
 		 86 aa  41.6  0.004  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1777  phage transcriptional regulator, AlpA  39.62 
 
 		 73 aa  41.6  0.004  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.235945 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0683  phage transcriptional regulator, AlpA  35.19 
 
 		 69 aa  41.6  0.004  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0316  phage DNA binding protein  33.93 
 
 		 86 aa  41.2  0.004  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.370656 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1156  phage transcriptional regulator, AlpA  33.9 
 
 		 71 aa  41.2  0.004  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3119  phage transcriptional regulator, AlpA  33.33 
 
 		 58 aa  41.6  0.004  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.0000632591  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2193  prophage CP4-57 regulatory  36.21 
 
 		 87 aa  41.2  0.005  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0922  phage transcriptional regulator, AlpA  33.96 
 
 		 78 aa  41.2  0.005  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.124152  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1062  phage transcriptional regulator, AlpA  36.54 
 
 		 75 aa  41.2  0.005  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.979085  normal  0.790745 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2390  prophage CP4-57 regulatory protein (AlpA)  32.08 
 
 		 78 aa  40.8  0.006  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.179728  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2662  Phage transcriptional regulator, AlpA  33.33 
 
 		 78 aa  40.8  0.007  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.687834  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0412  Phage transcriptional regulator, AlpA  38.89 
 
 		 75 aa  40.8  0.007  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.338686  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2784  phage transcriptional regulator, AlpA  33.9 
 
 		 66 aa  40.8  0.007  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.834885  normal  0.857348 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0932  phage transcriptional regulator, AlpA  33.93 
 
 		 76 aa  40.4  0.008  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.412381  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1759  phage transcriptional regulator, AlpA  36.73 
 
 		 109 aa  40.4  0.008  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3120  phage transcriptional regulator, AlpA  35.71 
 
 		 86 aa  40.4  0.009  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0386  DNA-binding protein, putative  34 
 
 		 82 aa  40  0.01  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>