50 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bamb_2018 on replicon NC_008390
Organism: Burkholderia ambifaria AMMD



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008390  Bamb_2018  phage transcriptional regulator, AlpA  100 
 
 		 128 aa  265  2e-70  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3362  phage transcriptional regulator, AlpA  73.33 
 
 		 117 aa  165  2e-40  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.253587  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1265  phage transcriptional regulator, AlpA  66.95 
 
 		 127 aa  153  7e-37  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.637502  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1468  phage transcriptional regulator, AlpA  68.52 
 
 		 136 aa  150  8e-36  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0978574  normal  0.521864 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3481  phage transcriptional regulator, AlpA  59.84 
 
 		 127 aa  144  5e-34  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1133  phage transcriptional regulator, AlpA  56.3 
 
 		 129 aa  140  5e-33  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3111  phage transcriptional regulator, AlpA  67.9 
 
 		 86 aa  118  3.9999999999999996e-26  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3562  phage transcriptional regulator, AlpA  70 
 
 		 94 aa  117  4.9999999999999996e-26  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1173  phage transcriptional regulator, AlpA  70 
 
 		 94 aa  117  4.9999999999999996e-26  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.436282  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2218  phage transcriptional regulator, AlpA  65 
 
 		 99 aa  107  8.000000000000001e-23  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.353724 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2141  prophage CP4-57 regulatory  62.65 
 
 		 98 aa  106  1e-22  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.35973  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2893  phage transcriptional regulator, AlpA  61.73 
 
 		 95 aa  102  2e-21  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.0941309 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0497  phage transcriptional regulator, AlpA  60.71 
 
 		 91 aa  101  3e-21  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5807  phage transcriptional regulator, AlpA  62.2 
 
 		 91 aa  96.7  9e-20  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.600163  normal  0.0888575 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0353  Phage transcriptional regulator, AlpA  56.92 
 
 		 69 aa  83.6  8e-16  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2545  phage transcriptional regulator, AlpA  64.81 
 
 		 81 aa  78.2  0.00000000000004  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.227611  hitchhiker  0.000981483 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2652  AlpA family transcriptional regulator  53.85 
 
 		 76 aa  76.6  0.00000000000009  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00696014  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1725  phage transcriptional regulator, AlpA  57.63 
 
 		 74 aa  74.3  0.0000000000006  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0616  prophage CP4-57 regulatory  55.93 
 
 		 81 aa  72.8  0.000000000001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3870  phage transcriptional regulator, AlpA  43.75 
 
 		 80 aa  72  0.000000000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0363  DNA-binding protein, putative  54.55 
 
 		 76 aa  65.9  0.0000000002  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.15227  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2402  prophage CP4-57 regulatory  40.74 
 
 		 86 aa  47.8  0.00006  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0128248  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2362  phage transcriptional regulator, AlpA  40 
 
 		 76 aa  46.6  0.0001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.566785 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0999  phage transcriptional regulator, AlpA  43.75 
 
 		 57 aa  46.6  0.0001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0941  AlpA family transcriptional regulator  39.62 
 
 		 74 aa  46.2  0.0001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.30814  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02082  phage transcriptional regulator, AlpA  38.6 
 
 		 70 aa  45.8  0.0002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.376453  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2186  prophage CP4-57 regulatory protein (AlpA)  42 
 
 		 85 aa  45.1  0.0004  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0232094  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4349  phage transcriptional regulator, AlpA  35.94 
 
 		 74 aa  44.3  0.0005  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000832793 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1667  phage transcriptional regulator, AlpA  34.48 
 
 		 70 aa  44.3  0.0006  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.215931  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_40550  prophage CP4-57 regulatory protein  39.34 
 
 		 74 aa  43.1  0.001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0340  phage transcriptional regulator, AlpA  35.71 
 
 		 75 aa  42.4  0.002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0347  phage transcriptional regulator, AlpA  37.04 
 
 		 81 aa  42  0.002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.24522 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1058  phage transcriptional regulator, AlpA  31.88 
 
 		 88 aa  42  0.002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2339  phage transcriptional regulator, AlpA  36.36 
 
 		 73 aa  42.7  0.002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4006  AlpA family transcriptional regulator  31.88 
 
 		 88 aa  42  0.002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3285  phage transcriptional regulator, AlpA  35.59 
 
 		 71 aa  42.4  0.002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.597574  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2153  phage transcriptional regulator, AlpA  33.8 
 
 		 81 aa  42.7  0.002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2950  hypothetical protein  34 
 
 		 103 aa  42.4  0.002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.058037  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0481  phage transcriptional regulator, AlpA  33.33 
 
 		 70 aa  42  0.003  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.922024  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001834  predicted transcriptional regulator  34 
 
 		 62 aa  42  0.003  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2913  phage transcriptional regulator, AlpA  33.85 
 
 		 71 aa  42  0.003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1897  hypothetical protein  33.96 
 
 		 71 aa  42  0.003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.088473  normal  0.90287 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0048  phage transcriptional regulator, AlpA  31.88 
 
 		 88 aa  41.6  0.004  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1777  phage transcriptional regulator, AlpA  36.36 
 
 		 73 aa  41.2  0.005  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.235945 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1751  Phage transcriptional regulator, AlpA  37.5 
 
 		 79 aa  41.2  0.005  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.1124  normal  0.416635 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0063  hypothetical protein  38.78 
 
 		 73 aa  40.8  0.006  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1000  phage transcriptional regulator, AlpA  33.93 
 
 		 72 aa  40.8  0.007  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2398  Phage transcriptional regulator, AlpA  35.59 
 
 		 103 aa  40.8  0.007  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0592161  normal  0.404854 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_04065  phage transcriptional regulator, AlpA  29.51 
 
 		 80 aa  40.4  0.008  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3106  phage transcriptional regulator, AlpA  30.16 
 
 		 88 aa  40  0.01  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.19989 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>