53 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Plav_3562 on replicon NC_009719
Organism: Parvibaculum lavamentivorans DS-1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009719  Plav_3562  phage transcriptional regulator, AlpA  100 
 
 		 94 aa  189  1e-47  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1173  phage transcriptional regulator, AlpA  100 
 
 		 94 aa  189  1e-47  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.436282  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3111  phage transcriptional regulator, AlpA  87.06 
 
 		 86 aa  157  4e-38  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3362  phage transcriptional regulator, AlpA  68.75 
 
 		 117 aa  117  3.9999999999999996e-26  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.253587  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1265  phage transcriptional regulator, AlpA  71.25 
 
 		 127 aa  117  4.9999999999999996e-26  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.637502  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2018  phage transcriptional regulator, AlpA  70 
 
 		 128 aa  117  4.9999999999999996e-26  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3481  phage transcriptional regulator, AlpA  68.75 
 
 		 127 aa  114  3e-25  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1468  phage transcriptional regulator, AlpA  68.75 
 
 		 136 aa  113  8.999999999999998e-25  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0978574  normal  0.521864 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2141  prophage CP4-57 regulatory  67.06 
 
 		 98 aa  112  2.0000000000000002e-24  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.35973  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0497  phage transcriptional regulator, AlpA  60.64 
 
 		 91 aa  110  6e-24  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2218  phage transcriptional regulator, AlpA  65 
 
 		 99 aa  108  2.0000000000000002e-23  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.353724 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1133  phage transcriptional regulator, AlpA  65 
 
 		 129 aa  107  4.0000000000000004e-23  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2893  phage transcriptional regulator, AlpA  59.77 
 
 		 95 aa  105  2e-22  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.0941309 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5807  phage transcriptional regulator, AlpA  64.71 
 
 		 91 aa  105  2e-22  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.600163  normal  0.0888575 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2652  AlpA family transcriptional regulator  56.9 
 
 		 76 aa  76.6  0.0000000000001  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00696014  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1725  phage transcriptional regulator, AlpA  55.93 
 
 		 74 aa  75.5  0.0000000000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0353  Phage transcriptional regulator, AlpA  54.69 
 
 		 69 aa  74.3  0.0000000000005  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3870  phage transcriptional regulator, AlpA  48.1 
 
 		 80 aa  71.6  0.000000000003  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2545  phage transcriptional regulator, AlpA  50.85 
 
 		 81 aa  71.2  0.000000000004  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.227611  hitchhiker  0.000981483 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0363  DNA-binding protein, putative  47.83 
 
 		 76 aa  69.3  0.00000000002  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.15227  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0616  prophage CP4-57 regulatory  50.88 
 
 		 81 aa  67.4  0.00000000007  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0941  AlpA family transcriptional regulator  37.88 
 
 		 74 aa  52  0.000003  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.30814  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2683  phage transcriptional regulator, AlpA  36.07 
 
 		 77 aa  47  0.00009  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000806139  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2362  phage transcriptional regulator, AlpA  35.82 
 
 		 76 aa  45.8  0.0002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.566785 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4349  phage transcriptional regulator, AlpA  32.84 
 
 		 74 aa  45.4  0.0002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000832793 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1062  phage transcriptional regulator, AlpA  37.7 
 
 		 75 aa  45.8  0.0002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.979085  normal  0.790745 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0340  phage transcriptional regulator, AlpA  41.07 
 
 		 75 aa  45.1  0.0003  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2950  hypothetical protein  35.85 
 
 		 103 aa  44.3  0.0006  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.058037  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3120  phage transcriptional regulator, AlpA  33.9 
 
 		 86 aa  43.9  0.0008  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3106  phage transcriptional regulator, AlpA  33.33 
 
 		 88 aa  43.9  0.0008  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.19989 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2960  phage DNA binding protein  35.71 
 
 		 88 aa  43.9  0.0008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.630956  hitchhiker  0.00000157452 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0999  phage transcriptional regulator, AlpA  38.46 
 
 		 57 aa  43.1  0.001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0481  phage transcriptional regulator, AlpA  33.33 
 
 		 70 aa  43.1  0.001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.922024  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0635  phage transcriptional regulator, AlpA  36.67 
 
 		 72 aa  43.5  0.001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.1566  normal  0.0401138 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2812  phage transcriptional regulator, AlpA  33.33 
 
 		 72 aa  43.1  0.001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.652167  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0316  phage DNA binding protein  33.33 
 
 		 86 aa  43.1  0.001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.370656 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2784  phage transcriptional regulator, AlpA  33.87 
 
 		 66 aa  43.1  0.001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.834885  normal  0.857348 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4842  phage transcriptional regulator, AlpA  36.84 
 
 		 86 aa  43.5  0.001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.257562 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1058  phage transcriptional regulator, AlpA  35.19 
 
 		 88 aa  42.7  0.002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02082  phage transcriptional regulator, AlpA  30 
 
 		 70 aa  42.7  0.002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.376453  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4006  AlpA family transcriptional regulator  35.19 
 
 		 88 aa  42.7  0.002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0048  phage transcriptional regulator, AlpA  35.19 
 
 		 88 aa  42.4  0.002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2402  prophage CP4-57 regulatory  38.78 
 
 		 86 aa  42  0.003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0128248  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2902  phage transcriptional regulator, AlpA  35.09 
 
 		 69 aa  42  0.003  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1667  phage transcriptional regulator, AlpA  33.33 
 
 		 70 aa  41.6  0.003  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.215931  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2186  prophage CP4-57 regulatory protein (AlpA)  40 
 
 		 85 aa  41.2  0.004  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0232094  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1000  phage transcriptional regulator, AlpA  35 
 
 		 72 aa  41.2  0.004  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3285  phage transcriptional regulator, AlpA  32.14 
 
 		 71 aa  41.6  0.004  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.597574  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_40550  prophage CP4-57 regulatory protein  36.07 
 
 		 74 aa  41.2  0.005  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2339  phage transcriptional regulator, AlpA  37.5 
 
 		 73 aa  40.8  0.006  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1751  Phage transcriptional regulator, AlpA  34.55 
 
 		 79 aa  40.8  0.007  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.1124  normal  0.416635 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2913  phage transcriptional regulator, AlpA  35.29 
 
 		 71 aa  40  0.01  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1897  hypothetical protein  33.78 
 
 		 71 aa  40  0.01  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.088473  normal  0.90287 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>