108 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic_2362 on replicon NC_010682
Organism: Ralstonia pickettii 12J



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010682  Rpic_2362  phage transcriptional regulator, AlpA  100 
 
 		 76 aa  154  4e-37  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.566785 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2390  prophage CP4-57 regulatory protein (AlpA)  63.01 
 
 		 78 aa  95.5  2e-19  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.179728  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1897  hypothetical protein  70.18 
 
 		 71 aa  85.5  2e-16  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.088473  normal  0.90287 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0412  Phage transcriptional regulator, AlpA  41.51 
 
 		 75 aa  58.9  0.00000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.338686  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1382  transcriptional regulator  47.06 
 
 		 68 aa  55.1  0.0000003  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1777  phage transcriptional regulator, AlpA  39.06 
 
 		 73 aa  54.7  0.0000004  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.235945 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_04065  phage transcriptional regulator, AlpA  41.51 
 
 		 80 aa  54.3  0.0000005  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1363  AlpA family transcriptional regulator  38.1 
 
 		 66 aa  54.3  0.0000006  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.129507  hitchhiker  0.00109178 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1058  phage transcriptional regulator, AlpA  46.55 
 
 		 88 aa  53.9  0.0000006  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4006  AlpA family transcriptional regulator  46.55 
 
 		 88 aa  53.9  0.0000006  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2784  phage transcriptional regulator, AlpA  45.28 
 
 		 66 aa  53.9  0.0000007  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.834885  normal  0.857348 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0048  phage transcriptional regulator, AlpA  46.55 
 
 		 88 aa  53.9  0.0000007  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3413  phage transcriptional regulator, AlpA  40 
 
 		 71 aa  53.5  0.0000008  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00533865 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0962  putative bacteriophage DNA-binding transcription regulator protein  40.35 
 
 		 88 aa  53.5  0.0000009  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.907406 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2141  prophage CP4-57 regulatory  45.28 
 
 		 98 aa  52.4  0.000002  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.35973  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1496  phage transcriptional regulator, AlpA  45.1 
 
 		 64 aa  52.4  0.000002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2677  transcriptional regulator  48.08 
 
 		 70 aa  52  0.000003  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001834  predicted transcriptional regulator  38.33 
 
 		 62 aa  52  0.000003  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1260  phage transcriptional regulator, AlpA  46.3 
 
 		 67 aa  51.6  0.000003  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1133  phage transcriptional regulator, AlpA  34.67 
 
 		 129 aa  52  0.000003  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6373  phage transcriptional regulator, AlpA  36.36 
 
 		 71 aa  51.2  0.000004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0267057  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1687  phage transcriptional regulator, AlpA  45.1 
 
 		 64 aa  51.2  0.000004  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3481  phage transcriptional regulator, AlpA  41.51 
 
 		 127 aa  50.8  0.000006  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1156  phage transcriptional regulator, AlpA  39.62 
 
 		 71 aa  50.4  0.000007  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3550  phage transcriptional regulator, AlpA  41.18 
 
 		 67 aa  50.4  0.000007  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1468  phage transcriptional regulator, AlpA  39.62 
 
 		 136 aa  50.4  0.000008  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0978574  normal  0.521864 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3697  phage transcriptional regulator, AlpA  41.18 
 
 		 67 aa  50.4  0.000008  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0664555  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3709  phage transcriptional regulator, AlpA  41.18 
 
 		 67 aa  50.4  0.000008  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3111  phage transcriptional regulator, AlpA  40.98 
 
 		 86 aa  50.4  0.000009  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1265  phage transcriptional regulator, AlpA  39.62 
 
 		 127 aa  50.4  0.000009  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.637502  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0497  phage transcriptional regulator, AlpA  46 
 
 		 91 aa  50.1  0.00001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1700  phage transcriptional regulator, AlpA  43.14 
 
 		 64 aa  49.7  0.00001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.843747  normal  0.0591517 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1258  phage transcriptional regulator, AlpA  37.7 
 
 		 61 aa  49.7  0.00001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.496683 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4842  phage transcriptional regulator, AlpA  39.62 
 
 		 86 aa  49.7  0.00001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.257562 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0434  putative prophage CP4-57 regulatory protein  38.46 
 
 		 72 aa  49.3  0.00002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0988805  normal  0.918772 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0683  phage transcriptional regulator, AlpA  49.02 
 
 		 69 aa  49.3  0.00002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1143  phage transcriptional regulator, AlpA  34.55 
 
 		 68 aa  48.9  0.00002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.21173  hitchhiker  0.0000168687 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2893  phage transcriptional regulator, AlpA  44 
 
 		 95 aa  49.3  0.00002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.0941309 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0316  phage DNA binding protein  37.74 
 
 		 86 aa  49.3  0.00002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.370656 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0638  phage transcriptional regulator, AlpA  37.74 
 
 		 66 aa  48.1  0.00003  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0720576 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3362  phage transcriptional regulator, AlpA  35.38 
 
 		 117 aa  48.5  0.00003  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.253587  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0273  phage transcriptional regulator, AlpA  36.54 
 
 		 71 aa  48.5  0.00003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.334205  normal  0.0643219 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0443  phage transcriptional regulator, AlpA  36.54 
 
 		 66 aa  48.5  0.00003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.614779 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2652  phage transcriptional regulator, AlpA  36.54 
 
 		 71 aa  48.5  0.00003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4755  phage transcriptional regulator, AlpA  37.04 
 
 		 60 aa  48.5  0.00003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2218  phage transcriptional regulator, AlpA  42.59 
 
 		 99 aa  48.9  0.00003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.353724 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3522  phage transcriptional regulator, AlpA  33.85 
 
 		 65 aa  48.1  0.00004  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2960  phage DNA binding protein  37.93 
 
 		 88 aa  48.1  0.00004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.630956  hitchhiker  0.00000157452 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2277  prophage CP4-57 regulatory  36.54 
 
 		 71 aa  47.8  0.00005  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.19411 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0102  phage transcriptional regulator, AlpA  34.62 
 
 		 71 aa  47.8  0.00005  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.11769 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3106  phage transcriptional regulator, AlpA  36.21 
 
 		 88 aa  47.8  0.00005  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.19989 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004310  phage transcriptional regulator AlpA  42 
 
 		 66 aa  47.8  0.00006  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.207831  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3870  phage transcriptional regulator, AlpA  38.81 
 
 		 80 aa  47.4  0.00007  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0242  phage transcriptional regulator, AlpA  48.89 
 
 		 70 aa  47  0.00008  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.88011  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3427  phage transcriptional regulator, AlpA  33.33 
 
 		 70 aa  47  0.00009  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4521  phage transcriptional regulator, AlpA  34.62 
 
 		 71 aa  46.2  0.0001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.243833 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2662  Phage transcriptional regulator, AlpA  45.28 
 
 		 78 aa  47  0.0001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.687834  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1424  phage transcriptional regulator, AlpA  40.38 
 
 		 61 aa  46.6  0.0001  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.435044  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2018  phage transcriptional regulator, AlpA  40 
 
 		 128 aa  46.6  0.0001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1511  phage transcriptional regulator, AlpA  40 
 
 		 81 aa  47  0.0001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1725  phage transcriptional regulator, AlpA  41.67 
 
 		 74 aa  46.6  0.0001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1159  phage transcriptional regulator, AlpA  35.29 
 
 		 62 aa  46.6  0.0001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0925485  normal  0.345427 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0381  phage transcriptional regulator, AlpA  41.18 
 
 		 66 aa  46.6  0.0001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000563179 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0384  phage transcriptional regulator, AlpA  42.59 
 
 		 65 aa  46.2  0.0001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000580996 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1542  phage transcriptional regulator, AlpA  30.65 
 
 		 76 aa  45.4  0.0002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.417665 
 
 
-
 
NC_008036  Sala_3216  phage transcriptional regulator, AlpA  34.62 
 
 		 68 aa  45.4  0.0002  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5807  phage transcriptional regulator, AlpA  39.34 
 
 		 91 aa  46.2  0.0002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.600163  normal  0.0888575 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1173  phage transcriptional regulator, AlpA  35.82 
 
 		 94 aa  45.8  0.0002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.436282  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3562  phage transcriptional regulator, AlpA  35.82 
 
 		 94 aa  45.8  0.0002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0336  phage transcriptional regulator, AlpA  30.91 
 
 		 66 aa  45.8  0.0002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3429  DNA-binding protein, putative  29.31 
 
 		 80 aa  45.4  0.0003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  hitchhiker  0.000259221  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0993  phage transcriptional regulator, AlpA  35.29 
 
 		 68 aa  45.1  0.0003  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  hitchhiker  0.000350598  decreased coverage  0.00000494305 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0243  phage transcriptional regulator, AlpA  29.63 
 
 		 74 aa  45.1  0.0003  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.95474  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3698  prophage CP4-57 regulatory protein (AlpA)  38.89 
 
 		 70 aa  45.1  0.0003  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1611  phage transcriptional regulator, AlpA  33.33 
 
 		 74 aa  44.7  0.0004  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0193561  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2153  phage transcriptional regulator, AlpA  32.73 
 
 		 81 aa  45.1  0.0004  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2358  phage transcriptional regulator, AlpA  40 
 
 		 86 aa  44.7  0.0004  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.0201012  normal  0.0278403 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0882  phage transcriptional regulator, AlpA  39.22 
 
 		 75 aa  44.7  0.0004  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0150  phage transcriptional regulator, AlpA  32.69 
 
 		 71 aa  44.7  0.0005  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_17010  Prophage CP4-57 regulatory, AlpA-like protein  41.18 
 
 		 95 aa  44.7  0.0005  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_20201  transcriptional regulator  41.46 
 
 		 65 aa  44.3  0.0006  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.508361 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1751  Phage transcriptional regulator, AlpA  36.07 
 
 		 79 aa  43.9  0.0007  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.1124  normal  0.416635 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1406  putative transcriptional regulator  31.48 
 
 		 76 aa  43.9  0.0007  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2749  phage transcriptional regulator, AlpA  41.51 
 
 		 67 aa  43.9  0.0007  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.496617  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02082  phage transcriptional regulator, AlpA  39.22 
 
 		 70 aa  43.9  0.0007  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.376453  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2364  phage transcriptional regulator, AlpA  43.59 
 
 		 70 aa  43.9  0.0007  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.754995  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0716  phage transcriptional regulator, AlpA  31.15 
 
 		 86 aa  43.5  0.001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3120  phage transcriptional regulator, AlpA  35.29 
 
 		 86 aa  43.1  0.001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2950  hypothetical protein  35.59 
 
 		 103 aa  42.7  0.002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.058037  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3275  phage transcriptional regulator, AlpA  31.15 
 
 		 86 aa  42.7  0.002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2006  prophage regulatory protein AlpA family protein  33.9 
 
 		 72 aa  42.4  0.002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0927823  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2033  phage transcriptional regulator, AlpA  36 
 
 		 68 aa  42  0.002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.917064  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1259  phage transcriptional regulator, AlpA  37.25 
 
 		 52 aa  42.7  0.002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.477494 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0760  hypothetical protein  46.15 
 
 		 51 aa  42.7  0.002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0154  phage transcriptional regulator, AlpA  38.89 
 
 		 80 aa  42.7  0.002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.77914  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1618  phage transcriptional regulator, AlpA  39.68 
 
 		 83 aa  42  0.003  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.939169  normal  0.0191928 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1062  phage transcriptional regulator, AlpA  32.79 
 
 		 75 aa  42  0.003  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.979085  normal  0.790745 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003245  predicted transcriptional regulator  39.53 
 
 		 96 aa  42  0.003  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0680  phage transcriptional regulator, AlpA  34.69 
 
 		 97 aa  41.6  0.004  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_20231  hypothetical protein  38.1 
 
 		 65 aa  41.6  0.004  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.49947 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>