147 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PSPTO_3429 on replicon NC_004578
Organism: Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004578  PSPTO_3429  DNA-binding protein, putative  100 
 
 		 80 aa  165  2e-40  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  hitchhiker  0.000259221  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3427  phage transcriptional regulator, AlpA  68.18 
 
 		 70 aa  98.6  2e-20  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4521  phage transcriptional regulator, AlpA  58.49 
 
 		 71 aa  70.5  0.000000000008  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.243833 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0150  phage transcriptional regulator, AlpA  58.49 
 
 		 71 aa  70.1  0.00000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0336  phage transcriptional regulator, AlpA  54.55 
 
 		 66 aa  70.1  0.00000000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0443  phage transcriptional regulator, AlpA  51.79 
 
 		 66 aa  67.8  0.00000000005  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.614779 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0993  phage transcriptional regulator, AlpA  54.72 
 
 		 68 aa  67.4  0.00000000006  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  hitchhiker  0.000350598  decreased coverage  0.00000494305 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2277  prophage CP4-57 regulatory  56.6 
 
 		 71 aa  67.4  0.00000000006  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.19411 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6373  phage transcriptional regulator, AlpA  54.72 
 
 		 71 aa  67  0.00000000009  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0267057  normal  1 
 
 
-
 
NC_008036  Sala_3216  phage transcriptional regulator, AlpA  52.73 
 
 		 68 aa  66.6  0.0000000001  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1156  phage transcriptional regulator, AlpA  46.15 
 
 		 71 aa  66.6  0.0000000001  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0434  putative prophage CP4-57 regulatory protein  52.83 
 
 		 72 aa  66.6  0.0000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0988805  normal  0.918772 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1542  phage transcriptional regulator, AlpA  56.86 
 
 		 76 aa  65.1  0.0000000003  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.417665 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0273  phage transcriptional regulator, AlpA  49.06 
 
 		 71 aa  65.5  0.0000000003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.334205  normal  0.0643219 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2652  phage transcriptional regulator, AlpA  49.06 
 
 		 71 aa  65.5  0.0000000003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3106  phage transcriptional regulator, AlpA  52.83 
 
 		 88 aa  64.7  0.0000000004  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.19989 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3413  phage transcriptional regulator, AlpA  56.86 
 
 		 71 aa  63.9  0.0000000006  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00533865 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0316  phage DNA binding protein  39.44 
 
 		 86 aa  63.9  0.0000000007  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.370656 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1058  phage transcriptional regulator, AlpA  50 
 
 		 88 aa  63.5  0.0000000008  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4006  AlpA family transcriptional regulator  50 
 
 		 88 aa  63.5  0.0000000008  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1777  phage transcriptional regulator, AlpA  46.15 
 
 		 73 aa  63.5  0.0000000009  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.235945 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0381  phage transcriptional regulator, AlpA  52 
 
 		 66 aa  63.5  0.000000001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000563179 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4842  phage transcriptional regulator, AlpA  49.06 
 
 		 86 aa  63.2  0.000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.257562 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1143  phage transcriptional regulator, AlpA  50.94 
 
 		 68 aa  62.8  0.000000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.21173  hitchhiker  0.0000168687 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0048  phage transcriptional regulator, AlpA  50 
 
 		 88 aa  63.2  0.000000001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2960  phage DNA binding protein  49.06 
 
 		 88 aa  62.4  0.000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.630956  hitchhiker  0.00000157452 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1687  phage transcriptional regulator, AlpA  54 
 
 		 64 aa  61.6  0.000000003  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1424  phage transcriptional regulator, AlpA  43.64 
 
 		 61 aa  62  0.000000003  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.435044  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0962  putative bacteriophage DNA-binding transcription regulator protein  48.08 
 
 		 88 aa  61.2  0.000000004  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.907406 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2950  hypothetical protein  42.31 
 
 		 103 aa  61.2  0.000000004  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.058037  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3522  phage transcriptional regulator, AlpA  50 
 
 		 65 aa  61.6  0.000000004  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1159  phage transcriptional regulator, AlpA  52 
 
 		 62 aa  61.2  0.000000004  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0925485  normal  0.345427 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0102  phage transcriptional regulator, AlpA  47.17 
 
 		 71 aa  61.2  0.000000005  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.11769 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1260  phage transcriptional regulator, AlpA  46.15 
 
 		 67 aa  61.2  0.000000005  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1700  phage transcriptional regulator, AlpA  48 
 
 		 64 aa  59.7  0.00000001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.843747  normal  0.0591517 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0716  phage transcriptional regulator, AlpA  47.17 
 
 		 86 aa  59.7  0.00000001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1496  phage transcriptional regulator, AlpA  52 
 
 		 64 aa  58.9  0.00000002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_17010  Prophage CP4-57 regulatory, AlpA-like protein  50.94 
 
 		 95 aa  58.9  0.00000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0384  phage transcriptional regulator, AlpA  48.08 
 
 		 65 aa  58.2  0.00000004  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000580996 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0653  phage transcriptional regulator, AlpA  46.43 
 
 		 75 aa  57.8  0.00000005  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0437376  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3994  phage transcriptional regulator, AlpA  46.15 
 
 		 78 aa  57.8  0.00000005  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.168145  normal  0.273173 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1258  phage transcriptional regulator, AlpA  41.38 
 
 		 61 aa  57.4  0.00000006  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.496683 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3275  phage transcriptional regulator, AlpA  45.28 
 
 		 86 aa  57  0.00000009  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1406  putative transcriptional regulator  48.15 
 
 		 76 aa  56.6  0.0000001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2907  hypothetical protein  54 
 
 		 69 aa  56.6  0.0000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00184004 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2153  phage transcriptional regulator, AlpA  35.53 
 
 		 81 aa  56.2  0.0000002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_04065  phage transcriptional regulator, AlpA  48 
 
 		 80 aa  55.5  0.0000002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1382  transcriptional regulator  40 
 
 		 68 aa  56.2  0.0000002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4755  phage transcriptional regulator, AlpA  44.23 
 
 		 60 aa  55.8  0.0000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0882  phage transcriptional regulator, AlpA  36.92 
 
 		 75 aa  55.5  0.0000002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6511  phage transcriptional regulator, AlpA  45.1 
 
 		 77 aa  55.1  0.0000003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0635  phage transcriptional regulator, AlpA  44.44 
 
 		 72 aa  55.1  0.0000003  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.1566  normal  0.0401138 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0482  phage transcriptional regulator, AlpA  40.74 
 
 		 56 aa  54.7  0.0000004  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0412  Phage transcriptional regulator, AlpA  51.92 
 
 		 75 aa  54.3  0.0000006  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.338686  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0683  phage transcriptional regulator, AlpA  41.18 
 
 		 69 aa  53.9  0.0000007  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0241  phage transcriptional regulator, AlpA  45 
 
 		 73 aa  53.9  0.0000007  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2904  phage transcriptional regulator, AlpA  46.3 
 
 		 68 aa  53.5  0.0000008  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.438187 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1667  phage transcriptional regulator, AlpA  46.15 
 
 		 70 aa  53.5  0.0000009  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.215931  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004310  phage transcriptional regulator AlpA  38 
 
 		 66 aa  53.5  0.0000009  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.207831  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_40550  prophage CP4-57 regulatory protein  42.59 
 
 		 74 aa  53.5  0.000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2662  Phage transcriptional regulator, AlpA  43.14 
 
 		 78 aa  52.8  0.000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.687834  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1062  phage transcriptional regulator, AlpA  40.38 
 
 		 75 aa  53.1  0.000001  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.979085  normal  0.790745 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0154  phage transcriptional regulator, AlpA  43.64 
 
 		 80 aa  52.8  0.000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.77914  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2182  phage transcriptional regulator, AlpA  46.94 
 
 		 83 aa  52.4  0.000002  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.0966831  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2033  phage transcriptional regulator, AlpA  43.75 
 
 		 68 aa  52.4  0.000002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.917064  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2530  phage transcriptional regulator, AlpA  41.38 
 
 		 71 aa  52  0.000002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4520  phage transcriptional regulator, AlpA  35.94 
 
 		 88 aa  52  0.000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1231  Phage transcriptional regulator, AlpA  40.32 
 
 		 70 aa  51.6  0.000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0481  phage transcriptional regulator, AlpA  44.23 
 
 		 70 aa  51.6  0.000003  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.922024  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1000  phage transcriptional regulator, AlpA  44.23 
 
 		 72 aa  51.2  0.000004  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2812  phage transcriptional regulator, AlpA  44.23 
 
 		 72 aa  51.2  0.000004  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.652167  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1751  Phage transcriptional regulator, AlpA  43.14 
 
 		 79 aa  51.6  0.000004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.1124  normal  0.416635 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2784  phage transcriptional regulator, AlpA  35.85 
 
 		 66 aa  51.2  0.000004  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.834885  normal  0.857348 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2193  prophage CP4-57 regulatory  42.11 
 
 		 87 aa  51.2  0.000005  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2332  phage transcriptional regulator, AlpA  41.38 
 
 		 72 aa  50.8  0.000005  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1730  phage transcriptional regulator, AlpA  43.4 
 
 		 72 aa  50.8  0.000006  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.907409  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2749  phage transcriptional regulator, AlpA  41.18 
 
 		 67 aa  50.8  0.000006  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.496617  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2390  prophage CP4-57 regulatory protein (AlpA)  36.54 
 
 		 78 aa  50.8  0.000006  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.179728  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3550  phage transcriptional regulator, AlpA  45.1 
 
 		 67 aa  50.4  0.000007  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3697  phage transcriptional regulator, AlpA  45.1 
 
 		 67 aa  50.4  0.000007  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0664555  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3709  phage transcriptional regulator, AlpA  45.1 
 
 		 67 aa  50.4  0.000007  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2255  phage transcriptional regulator, AlpA  41.18 
 
 		 88 aa  50.4  0.000008  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.379253  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1597  phage transcriptional regulator, AlpA  44.23 
 
 		 72 aa  50.4  0.000008  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2092  hypothetical protein  44.9 
 
 		 72 aa  50.4  0.000009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2334  hypothetical protein  44.9 
 
 		 72 aa  50.4  0.000009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.31954  hitchhiker  0.0000000198775 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2993  Phage transcriptional regulator, AlpA  43.14 
 
 		 86 aa  49.7  0.00001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02082  phage transcriptional regulator, AlpA  40 
 
 		 70 aa  49.7  0.00001  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.376453  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1696  phage transcriptional regulator, AlpA  45.1 
 
 		 68 aa  50.1  0.00001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.470891  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0440  Phage transcriptional regulator, AlpA  41.38 
 
 		 80 aa  49.3  0.00002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2339  phage transcriptional regulator, AlpA  41.18 
 
 		 73 aa  49.3  0.00002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3120  phage transcriptional regulator, AlpA  41.51 
 
 		 86 aa  48.9  0.00002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1363  AlpA family transcriptional regulator  38 
 
 		 66 aa  48.5  0.00003  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.129507  hitchhiker  0.00109178 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2006  prophage regulatory protein AlpA family protein  32.81 
 
 		 72 aa  48.1  0.00004  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0927823  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4349  phage transcriptional regulator, AlpA  34.62 
 
 		 74 aa  47.8  0.00005  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000832793 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1611  phage transcriptional regulator, AlpA  30.51 
 
 		 74 aa  47.4  0.00006  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0193561  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2913  phage transcriptional regulator, AlpA  36.84 
 
 		 71 aa  47.8  0.00006  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0868  prophage regulatory protein AlpA  35.82 
 
 		 93 aa  47  0.00008  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.0624005  normal  0.678014 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3285  phage transcriptional regulator, AlpA  39.22 
 
 		 71 aa  47  0.00009  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.597574  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2822  transcriptional regulator  38.33 
 
 		 98 aa  46.6  0.0001  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.15617  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1320  phage transcriptional regulator, AlpA  38.18 
 
 		 70 aa  46.2  0.0001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.362532  normal  0.0773061 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>