133 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic12D_3120 on replicon NC_012856
Organism: Ralstonia pickettii 12D



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012856  Rpic12D_3120  phage transcriptional regulator, AlpA  100 
 
 		 86 aa  177  4e-44  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2193  prophage CP4-57 regulatory  65.91 
 
 		 87 aa  111  4.0000000000000004e-24  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0962  putative bacteriophage DNA-binding transcription regulator protein  60 
 
 		 88 aa  79.7  0.00000000000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.907406 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4842  phage transcriptional regulator, AlpA  58.62 
 
 		 86 aa  76.6  0.0000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.257562 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0316  phage DNA binding protein  56.9 
 
 		 86 aa  75.9  0.0000000000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.370656 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0048  phage transcriptional regulator, AlpA  57.63 
 
 		 88 aa  75.9  0.0000000000002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1058  phage transcriptional regulator, AlpA  57.63 
 
 		 88 aa  75.1  0.0000000000003  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4006  AlpA family transcriptional regulator  57.63 
 
 		 88 aa  75.1  0.0000000000003  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2960  phage DNA binding protein  57.63 
 
 		 88 aa  72.8  0.000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.630956  hitchhiker  0.00000157452 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3275  phage transcriptional regulator, AlpA  55.93 
 
 		 86 aa  69.7  0.00000000001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3106  phage transcriptional regulator, AlpA  52.46 
 
 		 88 aa  69.3  0.00000000002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.19989 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0716  phage transcriptional regulator, AlpA  54.24 
 
 		 86 aa  68.2  0.00000000004  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_17010  Prophage CP4-57 regulatory, AlpA-like protein  41.67 
 
 		 95 aa  61.2  0.000000005  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3709  phage transcriptional regulator, AlpA  44.64 
 
 		 67 aa  59.3  0.00000002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2784  phage transcriptional regulator, AlpA  39.34 
 
 		 66 aa  59.3  0.00000002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.834885  normal  0.857348 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3550  phage transcriptional regulator, AlpA  44.64 
 
 		 67 aa  59.3  0.00000002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3697  phage transcriptional regulator, AlpA  44.64 
 
 		 67 aa  59.3  0.00000002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0664555  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1777  phage transcriptional regulator, AlpA  40.98 
 
 		 73 aa  58.2  0.00000003  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.235945 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4755  phage transcriptional regulator, AlpA  39.66 
 
 		 60 aa  56.6  0.0000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02082  phage transcriptional regulator, AlpA  38.89 
 
 		 70 aa  55.5  0.0000002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.376453  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0381  phage transcriptional regulator, AlpA  39.66 
 
 		 66 aa  55.1  0.0000003  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000563179 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1260  phage transcriptional regulator, AlpA  39.66 
 
 		 67 aa  55.5  0.0000003  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0412  Phage transcriptional regulator, AlpA  47.17 
 
 		 75 aa  55.1  0.0000004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.338686  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0653  phage transcriptional regulator, AlpA  44.07 
 
 		 75 aa  54.7  0.0000004  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0437376  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1687  phage transcriptional regulator, AlpA  40.98 
 
 		 64 aa  54.7  0.0000004  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2950  hypothetical protein  38.98 
 
 		 103 aa  54.3  0.0000005  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.058037  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1511  phage transcriptional regulator, AlpA  44.83 
 
 		 81 aa  54.7  0.0000005  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3522  phage transcriptional regulator, AlpA  39.66 
 
 		 65 aa  54.3  0.0000005  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1159  phage transcriptional regulator, AlpA  39.66 
 
 		 62 aa  54.3  0.0000005  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0925485  normal  0.345427 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_04065  phage transcriptional regulator, AlpA  40.74 
 
 		 80 aa  54.7  0.0000005  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3427  phage transcriptional regulator, AlpA  41.51 
 
 		 70 aa  53.9  0.0000008  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1363  AlpA family transcriptional regulator  40.35 
 
 		 66 aa  53.5  0.0000008  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.129507  hitchhiker  0.00109178 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1156  phage transcriptional regulator, AlpA  40.35 
 
 		 71 aa  53.1  0.000001  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1406  putative transcriptional regulator  39.66 
 
 		 76 aa  53.5  0.000001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001834  predicted transcriptional regulator  36.36 
 
 		 62 aa  52.4  0.000002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1382  transcriptional regulator  44 
 
 		 68 aa  52.8  0.000002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0384  phage transcriptional regulator, AlpA  39.66 
 
 		 65 aa  52  0.000003  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000580996 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1496  phage transcriptional regulator, AlpA  39.34 
 
 		 64 aa  51.6  0.000003  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2153  phage transcriptional regulator, AlpA  38.81 
 
 		 81 aa  51.6  0.000004  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3413  phage transcriptional regulator, AlpA  43.14 
 
 		 71 aa  51.6  0.000004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00533865 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1231  Phage transcriptional regulator, AlpA  40.35 
 
 		 70 aa  50.8  0.000006  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1454  phage transcriptional regulator, AlpA  38.6 
 
 		 70 aa  49.7  0.00001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3429  DNA-binding protein, putative  41.51 
 
 		 80 aa  48.9  0.00002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  hitchhiker  0.000259221  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004310  phage transcriptional regulator AlpA  36.07 
 
 		 66 aa  48.9  0.00002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.207831  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2812  phage transcriptional regulator, AlpA  38.6 
 
 		 72 aa  48.9  0.00002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.652167  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1667  phage transcriptional regulator, AlpA  36.84 
 
 		 70 aa  49.3  0.00002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.215931  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1598  phage transcriptional regulator, AlpA  34.92 
 
 		 79 aa  49.3  0.00002  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0771353  normal  0.422154 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2332  phage transcriptional regulator, AlpA  38.6 
 
 		 72 aa  49.3  0.00002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0683  phage transcriptional regulator, AlpA  40 
 
 		 69 aa  48.9  0.00002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0481  phage transcriptional regulator, AlpA  36.84 
 
 		 70 aa  49.7  0.00002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.922024  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3376  phage transcriptional regulator, AlpA  36.84 
 
 		 70 aa  48.5  0.00003  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.658853  normal  0.605571 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1000  phage transcriptional regulator, AlpA  38.6 
 
 		 72 aa  48.5  0.00003  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0635  phage transcriptional regulator, AlpA  32.86 
 
 		 72 aa  48.9  0.00003  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.1566  normal  0.0401138 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2289  phage transcriptional regulator, AlpA  36.84 
 
 		 70 aa  48.1  0.00004  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00398001  hitchhiker  0.0000834169 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1320  phage transcriptional regulator, AlpA  36.84 
 
 		 70 aa  48.1  0.00004  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.362532  normal  0.0773061 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4141  phage transcriptional regulator, AlpA  36.84 
 
 		 70 aa  47.8  0.00005  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0715374  hitchhiker  0.0000772725 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1258  phage transcriptional regulator, AlpA  31.03 
 
 		 61 aa  47.4  0.00007  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.496683 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0932  phage transcriptional regulator, AlpA  46.15 
 
 		 76 aa  47  0.00009  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.412381  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1700  phage transcriptional regulator, AlpA  42 
 
 		 64 aa  47  0.00009  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.843747  normal  0.0591517 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0868  prophage regulatory protein AlpA  38.1 
 
 		 93 aa  46.6  0.0001  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.0624005  normal  0.678014 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2205  Phage AlpA family protein  38.6 
 
 		 64 aa  46.6  0.0001  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2372  prophage CP4-57 regulatory  33.93 
 
 		 67 aa  46.2  0.0002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.296006  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2822  transcriptional regulator  38.1 
 
 		 98 aa  46.2  0.0002  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.15617  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2182  phage transcriptional regulator, AlpA  38.33 
 
 		 83 aa  45.8  0.0002  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.0966831  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0440  Phage transcriptional regulator, AlpA  39.62 
 
 		 80 aa  45.8  0.0002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1424  phage transcriptional regulator, AlpA  34.48 
 
 		 61 aa  46.2  0.0002  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.435044  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1751  Phage transcriptional regulator, AlpA  39.22 
 
 		 79 aa  45.1  0.0003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.1124  normal  0.416635 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1725  phage transcriptional regulator, AlpA  42.5 
 
 		 74 aa  45.1  0.0003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2904  phage transcriptional regulator, AlpA  37.5 
 
 		 68 aa  45.4  0.0003  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.438187 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2907  hypothetical protein  42 
 
 		 69 aa  45.1  0.0004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00184004 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0243  phage transcriptional regulator, AlpA  31.58 
 
 		 74 aa  44.7  0.0004  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.95474  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0893  AlpA family protein  28.81 
 
 		 66 aa  44.7  0.0004  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3863  AlpA family protein  28.81 
 
 		 66 aa  44.7  0.0004  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.0520497  hitchhiker  0.0087856 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0948  phage transcriptional regulator, AlpA  28.81 
 
 		 66 aa  44.7  0.0004  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0941  AlpA family transcriptional regulator  33.93 
 
 		 74 aa  44.7  0.0004  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.30814  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3238  phage transcriptional regulator, AlpA  32.43 
 
 		 96 aa  44.7  0.0004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  hitchhiker  0.00555486  normal  0.294063 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0154  phage transcriptional regulator, AlpA  37.7 
 
 		 80 aa  44.7  0.0004  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.77914  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2662  Phage transcriptional regulator, AlpA  33.87 
 
 		 78 aa  44.3  0.0005  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.687834  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2092  hypothetical protein  37.74 
 
 		 72 aa  44.3  0.0005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2334  hypothetical protein  37.74 
 
 		 72 aa  44.3  0.0005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.31954  hitchhiker  0.0000000198775 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1897  hypothetical protein  37.25 
 
 		 71 aa  44.3  0.0006  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.088473  normal  0.90287 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0353  Phage transcriptional regulator, AlpA  38.3 
 
 		 69 aa  44.3  0.0006  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1597  phage transcriptional regulator, AlpA  32.2 
 
 		 72 aa  44.3  0.0006  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0241  phage transcriptional regulator, AlpA  33.33 
 
 		 73 aa  44.3  0.0006  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4349  phage transcriptional regulator, AlpA  34.48 
 
 		 74 aa  43.9  0.0007  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000832793 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1173  phage transcriptional regulator, AlpA  33.9 
 
 		 94 aa  43.9  0.0008  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.436282  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3562  phage transcriptional regulator, AlpA  33.9 
 
 		 94 aa  43.9  0.0008  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1051  phage transcriptional regulator, AlpA  39.34 
 
 		 70 aa  43.1  0.001  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.698345  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0993  phage transcriptional regulator, AlpA  37.93 
 
 		 68 aa  43.1  0.001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  hitchhiker  0.000350598  decreased coverage  0.00000494305 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0567  phage transcriptional regulator, AlpA  34.55 
 
 		 75 aa  42.7  0.001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0668  hypothetical protein  29.82 
 
 		 65 aa  43.5  0.001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.778257  hitchhiker  0.000000528136 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0882  phage transcriptional regulator, AlpA  36.54 
 
 		 75 aa  43.5  0.001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2878  phage transcriptional regulator, AlpA  30.51 
 
 		 68 aa  43.1  0.001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.891339  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2362  phage transcriptional regulator, AlpA  35.29 
 
 		 76 aa  43.1  0.001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.566785 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2916  hypothetical protein  32.73 
 
 		 71 aa  43.1  0.001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.0151072 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1133  phage transcriptional regulator, AlpA  32.39 
 
 		 129 aa  42.4  0.002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1618  phage transcriptional regulator, AlpA  36.51 
 
 		 83 aa  42.4  0.002  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.939169  normal  0.0191928 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2358  phage transcriptional regulator, AlpA  34.78 
 
 		 86 aa  42  0.002  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.0201012  normal  0.0278403 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0482  phage transcriptional regulator, AlpA  37.04 
 
 		 56 aa  42.4  0.002  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6511  phage transcriptional regulator, AlpA  35.29 
 
 		 77 aa  42.4  0.002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>