97 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RSc1897 on replicon NC_003295
Organism: Ralstonia solanacearum GMI1000



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_003295  RSc1897  hypothetical protein  100 
 
 		 71 aa  145  1.0000000000000001e-34  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.088473  normal  0.90287 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2362  phage transcriptional regulator, AlpA  70.18 
 
 		 76 aa  85.5  2e-16  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.566785 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2390  prophage CP4-57 regulatory protein (AlpA)  64.91 
 
 		 78 aa  82  0.000000000000003  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.179728  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0412  Phage transcriptional regulator, AlpA  45.28 
 
 		 75 aa  64.3  0.0000000006  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.338686  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3413  phage transcriptional regulator, AlpA  42 
 
 		 71 aa  58.2  0.00000004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00533865 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1258  phage transcriptional regulator, AlpA  42.59 
 
 		 61 aa  55.5  0.0000003  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.496683 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4006  AlpA family transcriptional regulator  45.61 
 
 		 88 aa  54.7  0.0000004  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1058  phage transcriptional regulator, AlpA  45.61 
 
 		 88 aa  54.7  0.0000004  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4755  phage transcriptional regulator, AlpA  40.74 
 
 		 60 aa  54.7  0.0000004  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001834  predicted transcriptional regulator  37.74 
 
 		 62 aa  54.3  0.0000005  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0048  phage transcriptional regulator, AlpA  45.61 
 
 		 88 aa  54.3  0.0000005  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1382  transcriptional regulator  41.18 
 
 		 68 aa  53.9  0.0000007  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0497  phage transcriptional regulator, AlpA  41.43 
 
 		 91 aa  53.5  0.0000009  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1156  phage transcriptional regulator, AlpA  41.51 
 
 		 71 aa  52.8  0.000001  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3522  phage transcriptional regulator, AlpA  40.74 
 
 		 65 aa  53.1  0.000001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1363  AlpA family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 66 aa  52  0.000003  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.129507  hitchhiker  0.00109178 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0381  phage transcriptional regulator, AlpA  44.44 
 
 		 66 aa  51.6  0.000003  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000563179 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_04065  phage transcriptional regulator, AlpA  35.85 
 
 		 80 aa  50.1  0.00001  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2662  Phage transcriptional regulator, AlpA  46.43 
 
 		 78 aa  49.7  0.00001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.687834  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3550  phage transcriptional regulator, AlpA  45.65 
 
 		 67 aa  50.1  0.00001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3697  phage transcriptional regulator, AlpA  41.18 
 
 		 67 aa  50.1  0.00001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0664555  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3709  phage transcriptional regulator, AlpA  41.18 
 
 		 67 aa  50.1  0.00001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2141  prophage CP4-57 regulatory  39.66 
 
 		 98 aa  49.7  0.00001  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.35973  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0683  phage transcriptional regulator, AlpA  47.83 
 
 		 69 aa  49.3  0.00002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3238  phage transcriptional regulator, AlpA  33.9 
 
 		 96 aa  48.9  0.00002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  hitchhiker  0.00555486  normal  0.294063 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0384  phage transcriptional regulator, AlpA  42.59 
 
 		 65 aa  48.9  0.00002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000580996 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1777  phage transcriptional regulator, AlpA  38.89 
 
 		 73 aa  48.9  0.00002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.235945 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1260  phage transcriptional regulator, AlpA  40.74 
 
 		 67 aa  48.5  0.00003  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2960  phage DNA binding protein  41.51 
 
 		 88 aa  48.5  0.00003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.630956  hitchhiker  0.00000157452 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1700  phage transcriptional regulator, AlpA  41.18 
 
 		 64 aa  48.5  0.00003  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.843747  normal  0.0591517 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2784  phage transcriptional regulator, AlpA  41.51 
 
 		 66 aa  48.5  0.00003  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.834885  normal  0.857348 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5807  phage transcriptional regulator, AlpA  40 
 
 		 91 aa  48.1  0.00004  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.600163  normal  0.0888575 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02082  phage transcriptional regulator, AlpA  41.18 
 
 		 70 aa  47.8  0.00005  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.376453  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1159  phage transcriptional regulator, AlpA  35.19 
 
 		 62 aa  47.4  0.00006  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0925485  normal  0.345427 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3106  phage transcriptional regulator, AlpA  37.74 
 
 		 88 aa  47  0.00008  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.19989 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2893  phage transcriptional regulator, AlpA  38.57 
 
 		 95 aa  47  0.00009  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.0941309 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1915  prophage CP4-57 regulatory protein  33.33 
 
 		 80 aa  46.2  0.0001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.317133  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6373  phage transcriptional regulator, AlpA  39.22 
 
 		 71 aa  46.6  0.0001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0267057  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2677  transcriptional regulator  45.65 
 
 		 70 aa  45.8  0.0002  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4842  phage transcriptional regulator, AlpA  35.85 
 
 		 86 aa  45.8  0.0002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.257562 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3481  phage transcriptional regulator, AlpA  35.71 
 
 		 127 aa  45.4  0.0002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0962  putative bacteriophage DNA-binding transcription regulator protein  35.29 
 
 		 88 aa  45.1  0.0003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.907406 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4521  phage transcriptional regulator, AlpA  39.22 
 
 		 71 aa  45.4  0.0003  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.243833 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0316  phage DNA binding protein  33.96 
 
 		 86 aa  45.1  0.0003  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.370656 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0154  phage transcriptional regulator, AlpA  43.48 
 
 		 80 aa  45.1  0.0003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.77914  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2277  prophage CP4-57 regulatory  37.25 
 
 		 71 aa  45.4  0.0003  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.19411 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01121  hypothetical protein  38.64 
 
 		 81 aa  45.1  0.0004  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1406  putative transcriptional regulator  31.48 
 
 		 76 aa  44.7  0.0004  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1424  phage transcriptional regulator, AlpA  34.48 
 
 		 61 aa  44.7  0.0004  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.435044  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0882  phage transcriptional regulator, AlpA  39.22 
 
 		 75 aa  45.1  0.0004  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2907  hypothetical protein  32 
 
 		 69 aa  44.7  0.0005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00184004 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0638  phage transcriptional regulator, AlpA  33.96 
 
 		 66 aa  44.3  0.0006  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0720576 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3111  phage transcriptional regulator, AlpA  35.14 
 
 		 86 aa  44.3  0.0006  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1611  phage transcriptional regulator, AlpA  38 
 
 		 74 aa  44.3  0.0006  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0193561  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0434  putative prophage CP4-57 regulatory protein  37.25 
 
 		 72 aa  44.3  0.0006  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0988805  normal  0.918772 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1725  phage transcriptional regulator, AlpA  33.85 
 
 		 74 aa  44.3  0.0006  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3120  phage transcriptional regulator, AlpA  37.25 
 
 		 86 aa  44.3  0.0006  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0443  phage transcriptional regulator, AlpA  37.25 
 
 		 66 aa  43.9  0.0007  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.614779 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1496  phage transcriptional regulator, AlpA  31.03 
 
 		 64 aa  43.9  0.0007  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0150  phage transcriptional regulator, AlpA  37.25 
 
 		 71 aa  43.9  0.0007  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2218  phage transcriptional regulator, AlpA  37.04 
 
 		 99 aa  43.9  0.0008  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.353724 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3362  phage transcriptional regulator, AlpA  33.96 
 
 		 117 aa  43.9  0.0008  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.253587  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1468  phage transcriptional regulator, AlpA  32.86 
 
 		 136 aa  43.1  0.001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0978574  normal  0.521864 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2364  phage transcriptional regulator, AlpA  34.78 
 
 		 70 aa  43.1  0.001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.754995  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0363  DNA-binding protein, putative  32.26 
 
 		 76 aa  43.1  0.001  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.15227  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0716  phage transcriptional regulator, AlpA  30.19 
 
 		 86 aa  42.4  0.002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004310  phage transcriptional regulator AlpA  40 
 
 		 66 aa  42.7  0.002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.207831  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1265  phage transcriptional regulator, AlpA  32.86 
 
 		 127 aa  42.7  0.002  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.637502  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1687  phage transcriptional regulator, AlpA  35.29 
 
 		 64 aa  42.4  0.002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_17010  Prophage CP4-57 regulatory, AlpA-like protein  35.29 
 
 		 95 aa  42.7  0.002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2950  hypothetical protein  35.29 
 
 		 103 aa  42.4  0.002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.058037  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3429  DNA-binding protein, putative  33.33 
 
 		 80 aa  42.7  0.002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  hitchhiker  0.000259221  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0993  phage transcriptional regulator, AlpA  35.29 
 
 		 68 aa  42.7  0.002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  hitchhiker  0.000350598  decreased coverage  0.00000494305 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1751  Phage transcriptional regulator, AlpA  42 
 
 		 79 aa  42.4  0.002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.1124  normal  0.416635 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2652  phage transcriptional regulator, AlpA  35.29 
 
 		 71 aa  42.7  0.002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0273  phage transcriptional regulator, AlpA  35.29 
 
 		 71 aa  42.7  0.002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.334205  normal  0.0643219 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0440  Phage transcriptional regulator, AlpA  38 
 
 		 80 aa  42.7  0.002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0102  phage transcriptional regulator, AlpA  35.29 
 
 		 71 aa  42.7  0.002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.11769 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2018  phage transcriptional regulator, AlpA  33.96 
 
 		 128 aa  42  0.003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0353  Phage transcriptional regulator, AlpA  33.33 
 
 		 69 aa  42  0.003  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0336  phage transcriptional regulator, AlpA  29.41 
 
 		 66 aa  41.6  0.003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4137  phage transcriptional regulator, AlpA  28.85 
 
 		 124 aa  42  0.003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.358207  hitchhiker  0.000000411307 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2193  prophage CP4-57 regulatory  35.29 
 
 		 87 aa  41.6  0.004  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6511  phage transcriptional regulator, AlpA  40.82 
 
 		 77 aa  41.6  0.004  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4148  phage transcriptional regulator, AlpA  29.17 
 
 		 55 aa  41.6  0.004  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.260842  normal  0.601946 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3870  phage transcriptional regulator, AlpA  38.46 
 
 		 80 aa  41.2  0.004  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2372  prophage CP4-57 regulatory  34 
 
 		 67 aa  41.2  0.005  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.296006  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2006  prophage regulatory protein AlpA family protein  34 
 
 		 72 aa  41.2  0.005  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0927823  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2545  phage transcriptional regulator, AlpA  31.25 
 
 		 81 aa  40.8  0.006  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.227611  hitchhiker  0.000981483 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1133  phage transcriptional regulator, AlpA  30.19 
 
 		 129 aa  40.8  0.006  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1696  phage transcriptional regulator, AlpA  30 
 
 		 68 aa  40.4  0.008  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.470891  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0241  phage transcriptional regulator, AlpA  36.84 
 
 		 73 aa  40.4  0.008  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1597  phage transcriptional regulator, AlpA  28.85 
 
 		 72 aa  40.4  0.009  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0522  phage transcriptional regulator  39.22 
 
 		 73 aa  40.4  0.009  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.527959  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3698  prophage CP4-57 regulatory protein (AlpA)  35.19 
 
 		 70 aa  40.4  0.009  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3562  phage transcriptional regulator, AlpA  33.78 
 
 		 94 aa  40  0.01  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1173  phage transcriptional regulator, AlpA  33.78 
 
 		 94 aa  40  0.01  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.436282  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>