66 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PC1_2878 on replicon NC_012917
Organism: Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012917  PC1_2878  phage transcriptional regulator, AlpA  100 
 
 		 68 aa  138  1.9999999999999998e-32  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.891339  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0763  AlpA family protein  73.53 
 
 		 69 aa  111  4.0000000000000004e-24  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3140  phage transcriptional regulator, AlpA  77.94 
 
 		 68 aa  109  1.0000000000000001e-23  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1390  phage transcriptional regulator, AlpA  70.59 
 
 		 70 aa  105  2e-22  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2135  prophage CP4-57 regulatory protein AlpA  70.15 
 
 		 92 aa  103  9e-22  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4887  prophage CP4-57 regulatory protein AlpA  70.15 
 
 		 92 aa  103  9e-22  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1076  prophage CP4-57 regulatory protein AlpA  73.13 
 
 		 68 aa  102  1e-21  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.154592 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4782  AlpA family transcriptional regulator  71.19 
 
 		 77 aa  96.3  1e-19  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.320716 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3391  prophage CP4-57 regulatory protein  71.19 
 
 		 76 aa  95.9  2e-19  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3196  AlpA family transcriptional regulator  64.29 
 
 		 78 aa  95.5  2e-19  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4693  AlpA family transcriptional regulator  75.47 
 
 		 57 aa  90.5  7e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0668  hypothetical protein  40.32 
 
 		 65 aa  56.6  0.0000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.778257  hitchhiker  0.000000528136 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1935  phage transcriptional regulator, AlpA  42.31 
 
 		 75 aa  53.5  0.000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2530  phage transcriptional regulator, AlpA  34.48 
 
 		 71 aa  51.2  0.000005  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3522  phage transcriptional regulator, AlpA  41.07 
 
 		 65 aa  50.8  0.000006  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2904  phage transcriptional regulator, AlpA  46.81 
 
 		 68 aa  50.4  0.000008  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.438187 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2677  transcriptional regulator  45.28 
 
 		 70 aa  50.4  0.000008  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02082  phage transcriptional regulator, AlpA  44.26 
 
 		 70 aa  49.7  0.00001  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.376453  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2372  prophage CP4-57 regulatory  35.82 
 
 		 67 aa  50.1  0.00001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.296006  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3994  phage transcriptional regulator, AlpA  33.96 
 
 		 78 aa  48.9  0.00002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.168145  normal  0.273173 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_40550  prophage CP4-57 regulatory protein  35.82 
 
 		 74 aa  48.9  0.00003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3550  phage transcriptional regulator, AlpA  44.23 
 
 		 67 aa  48.5  0.00003  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0893  AlpA family protein  40.35 
 
 		 66 aa  48.9  0.00003  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0948  phage transcriptional regulator, AlpA  40.35 
 
 		 66 aa  48.9  0.00003  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3863  AlpA family protein  40.35 
 
 		 66 aa  48.9  0.00003  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.0520497  hitchhiker  0.0087856 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1260  phage transcriptional regulator, AlpA  37.5 
 
 		 67 aa  48.5  0.00003  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3709  phage transcriptional regulator, AlpA  44.9 
 
 		 67 aa  48.1  0.00004  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3697  phage transcriptional regulator, AlpA  44.9 
 
 		 67 aa  48.1  0.00004  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0664555  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0381  phage transcriptional regulator, AlpA  48.89 
 
 		 66 aa  48.1  0.00004  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000563179 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3885  phage transcriptional regulator, AlpA  34.48 
 
 		 68 aa  47  0.00008  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4755  phage transcriptional regulator, AlpA  48.98 
 
 		 60 aa  47  0.00008  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0048  phage transcriptional regulator, AlpA  32.31 
 
 		 88 aa  47  0.00008  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1058  phage transcriptional regulator, AlpA  32.31 
 
 		 88 aa  47  0.00008  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4006  AlpA family transcriptional regulator  32.31 
 
 		 88 aa  47  0.00008  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4148  phage transcriptional regulator, AlpA  35.85 
 
 		 55 aa  47  0.00009  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.260842  normal  0.601946 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1777  phage transcriptional regulator, AlpA  37.29 
 
 		 73 aa  46.2  0.0001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.235945 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0243  phage transcriptional regulator, AlpA  40 
 
 		 74 aa  46.6  0.0001  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.95474  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1159  phage transcriptional regulator, AlpA  44.9 
 
 		 62 aa  45.4  0.0002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0925485  normal  0.345427 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2334  hypothetical protein  36.21 
 
 		 72 aa  45.4  0.0003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.31954  hitchhiker  0.0000000198775 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2092  hypothetical protein  36.21 
 
 		 72 aa  45.4  0.0003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0384  phage transcriptional regulator, AlpA  43.75 
 
 		 65 aa  45.4  0.0003  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000580996 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2907  hypothetical protein  32.76 
 
 		 69 aa  45.1  0.0003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00184004 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1131  phage transcriptional regulator, AlpA  40.82 
 
 		 69 aa  45.1  0.0004  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.232619  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2960  phage DNA binding protein  33.87 
 
 		 88 aa  45.1  0.0004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.630956  hitchhiker  0.00000157452 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2193  prophage CP4-57 regulatory  33.9 
 
 		 87 aa  44.3  0.0006  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3106  phage transcriptional regulator, AlpA  32.26 
 
 		 88 aa  44.3  0.0006  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.19989 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1730  phage transcriptional regulator, AlpA  36.21 
 
 		 72 aa  43.9  0.0007  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.907409  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1156  phage transcriptional regulator, AlpA  37.04 
 
 		 71 aa  43.9  0.0008  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3413  phage transcriptional regulator, AlpA  32.08 
 
 		 71 aa  43.1  0.001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00533865 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0522  phage transcriptional regulator  31.03 
 
 		 73 aa  43.5  0.001  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.527959  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0653  phage transcriptional regulator, AlpA  29.58 
 
 		 75 aa  43.1  0.001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0437376  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3120  phage transcriptional regulator, AlpA  30.51 
 
 		 86 aa  43.1  0.001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4842  phage transcriptional regulator, AlpA  36.84 
 
 		 86 aa  42.7  0.002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.257562 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0316  phage DNA binding protein  36.84 
 
 		 86 aa  42.7  0.002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.370656 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4777  hypothetical protein  30.43 
 
 		 76 aa  42.7  0.002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.606513  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_17010  Prophage CP4-57 regulatory, AlpA-like protein  30.51 
 
 		 95 aa  42  0.003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1511  phage transcriptional regulator, AlpA  38.6 
 
 		 81 aa  42  0.003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0240  prophage CP4-57 regulatory protein (AlpA)  62.96 
 
 		 72 aa  41.6  0.003  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.608084  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1406  putative transcriptional regulator  35.29 
 
 		 76 aa  41.2  0.004  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3429  DNA-binding protein, putative  35.29 
 
 		 80 aa  41.2  0.004  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  hitchhiker  0.000259221  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1258  phage transcriptional regulator, AlpA  29.63 
 
 		 61 aa  40.8  0.006  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.496683 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1000  phage transcriptional regulator, AlpA  33.33 
 
 		 72 aa  40.8  0.007  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0482  phage transcriptional regulator, AlpA  35.19 
 
 		 56 aa  40.4  0.008  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1597  phage transcriptional regulator, AlpA  26.67 
 
 		 72 aa  40.4  0.009  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2255  phage transcriptional regulator, AlpA  34.55 
 
 		 88 aa  40.4  0.009  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.379253  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2332  phage transcriptional regulator, AlpA  30.77 
 
 		 72 aa  40  0.01  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>