146 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shewmr4_1700 on replicon NC_008321
Organism: Shewanella sp. MR-4



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008321  Shewmr4_1700  phage transcriptional regulator, AlpA  100 
 
 
64 aa  131  3e-30  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.843747  normal  0.0591517 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1777  phage transcriptional regulator, AlpA  89.29 
 
 
73 aa  102  1e-21  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal  0.235945 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0381  phage transcriptional regulator, AlpA  75.47 
 
 
66 aa  87  7e-17  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000563179 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1260  phage transcriptional regulator, AlpA  75 
 
 
67 aa  85.1  3e-16  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3522  phage transcriptional regulator, AlpA  69.23 
 
 
65 aa  79  0.00000000000002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0384  phage transcriptional regulator, AlpA  69.23 
 
 
65 aa  77.4  0.00000000000005  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000580996 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1159  phage transcriptional regulator, AlpA  53.57 
 
 
62 aa  72  0.000000000003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0925485  normal  0.345427 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1406  putative transcriptional regulator  53.85 
 
 
76 aa  69.3  0.00000000002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1156  phage transcriptional regulator, AlpA  56.36 
 
 
71 aa  67.4  0.00000000007  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4755  phage transcriptional regulator, AlpA  53.85 
 
 
60 aa  65.9  0.0000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2950  hypothetical protein  48.08 
 
 
103 aa  64.7  0.0000000004  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.058037  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3709  phage transcriptional regulator, AlpA  50 
 
 
67 aa  64.7  0.0000000004  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3697  phage transcriptional regulator, AlpA  50 
 
 
67 aa  64.7  0.0000000004  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0664555  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3550  phage transcriptional regulator, AlpA  50 
 
 
67 aa  64.7  0.0000000004  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1382  transcriptional regulator  45.1 
 
 
68 aa  62.4  0.000000002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3429  DNA-binding protein, putative  48 
 
 
80 aa  59.7  0.00000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  hitchhiker  0.000259221  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0716  phage transcriptional regulator, AlpA  46 
 
 
86 aa  59.7  0.00000001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3413  phage transcriptional regulator, AlpA  44.23 
 
 
71 aa  59.7  0.00000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00533865 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0482  phage transcriptional regulator, AlpA  51.02 
 
 
56 aa  58.9  0.00000002  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004310  phage transcriptional regulator AlpA  50 
 
 
66 aa  58.9  0.00000002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.207831  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1258  phage transcriptional regulator, AlpA  45.1 
 
 
61 aa  58.5  0.00000003  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal  0.496683 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1687  phage transcriptional regulator, AlpA  46.55 
 
 
64 aa  57.4  0.00000007  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1424  phage transcriptional regulator, AlpA  50 
 
 
61 aa  57  0.00000008  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.435044  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0412  Phage transcriptional regulator, AlpA  44.83 
 
 
75 aa  57  0.00000009  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.338686  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2784  phage transcriptional regulator, AlpA  46 
 
 
66 aa  57  0.00000009  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.834885  normal  0.857348 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3275  phage transcriptional regulator, AlpA  46 
 
 
86 aa  57  0.00000009  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1496  phage transcriptional regulator, AlpA  48 
 
 
64 aa  55.8  0.0000002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2153  phage transcriptional regulator, AlpA  44 
 
 
81 aa  56.2  0.0000002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1765  phage transcriptional regulator, AlpA  43.94 
 
 
70 aa  55.8  0.0000002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.993884  normal  0.447996 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1058  phage transcriptional regulator, AlpA  44 
 
 
88 aa  55.5  0.0000002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4006  AlpA family transcriptional regulator  44 
 
 
88 aa  55.5  0.0000002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008036  Sala_3216  phage transcriptional regulator, AlpA  43.64 
 
 
68 aa  55.1  0.0000003  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2904  phage transcriptional regulator, AlpA  44.23 
 
 
68 aa  55.5  0.0000003  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.438187 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3106  phage transcriptional regulator, AlpA  42 
 
 
88 aa  55.1  0.0000003  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.19989 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3427  phage transcriptional regulator, AlpA  40.38 
 
 
70 aa  55.1  0.0000003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0048  phage transcriptional regulator, AlpA  44 
 
 
88 aa  55.1  0.0000003  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2960  phage DNA binding protein  42.59 
 
 
88 aa  55.1  0.0000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.630956  hitchhiker  0.00000157452 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1696  phage transcriptional regulator, AlpA  37.5 
 
 
68 aa  54.7  0.0000004  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.470891  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1363  AlpA family transcriptional regulator  43.4 
 
 
66 aa  55.1  0.0000004  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.129507  hitchhiker  0.00109178 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0653  phage transcriptional regulator, AlpA  50 
 
 
75 aa  54.3  0.0000005  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0437376  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0962  putative bacteriophage DNA-binding transcription regulator protein  46.15 
 
 
88 aa  54.3  0.0000006  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.907406 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2907  hypothetical protein  47.46 
 
 
69 aa  53.9  0.0000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00184004 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02082  phage transcriptional regulator, AlpA  46.3 
 
 
70 aa  53.9  0.0000007  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.376453  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1143  phage transcriptional regulator, AlpA  39.68 
 
 
68 aa  53.9  0.0000007  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.21173  hitchhiker  0.0000168687 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0316  phage DNA binding protein  38 
 
 
86 aa  53.1  0.000001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.370656 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4842  phage transcriptional regulator, AlpA  36.36 
 
 
86 aa  53.5  0.000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.257562 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0150  phage transcriptional regulator, AlpA  44 
 
 
71 aa  53.1  0.000001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2334  hypothetical protein  46.3 
 
 
72 aa  53.5  0.000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.31954  hitchhiker  0.0000000198775 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0243  phage transcriptional regulator, AlpA  39.22 
 
 
74 aa  52.8  0.000001  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.95474  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2092  hypothetical protein  46.3 
 
 
72 aa  53.5  0.000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_04065  phage transcriptional regulator, AlpA  44 
 
 
80 aa  53.5  0.000001  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1000  phage transcriptional regulator, AlpA  41.82 
 
 
72 aa  52.4  0.000002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0481  phage transcriptional regulator, AlpA  41.82 
 
 
70 aa  52.8  0.000002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.922024  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1667  phage transcriptional regulator, AlpA  43.4 
 
 
70 aa  52  0.000003  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.215931  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1597  phage transcriptional regulator, AlpA  37.93 
 
 
72 aa  52  0.000003  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0336  phage transcriptional regulator, AlpA  42 
 
 
66 aa  51.6  0.000003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1542  phage transcriptional regulator, AlpA  38.18 
 
 
76 aa  51.6  0.000004  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.417665 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4521  phage transcriptional regulator, AlpA  42 
 
 
71 aa  51.2  0.000005  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.243833 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2390  prophage CP4-57 regulatory protein (AlpA)  39.22 
 
 
78 aa  50.4  0.000007  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.179728  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1598  phage transcriptional regulator, AlpA  49.12 
 
 
79 aa  50.4  0.000009  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0771353  normal  0.422154 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1062  phage transcriptional regulator, AlpA  40 
 
 
75 aa  50.1  0.00001  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.979085  normal  0.790745 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6373  phage transcriptional regulator, AlpA  42 
 
 
71 aa  49.7  0.00001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0267057  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0154  phage transcriptional regulator, AlpA  41.38 
 
 
80 aa  50.1  0.00001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.77914  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0893  AlpA family protein  42.86 
 
 
66 aa  49.7  0.00001  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2362  phage transcriptional regulator, AlpA  43.14 
 
 
76 aa  49.7  0.00001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.566785 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3863  AlpA family protein  42.86 
 
 
66 aa  49.7  0.00001  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.0520497  hitchhiker  0.0087856 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0948  phage transcriptional regulator, AlpA  42.86 
 
 
66 aa  49.7  0.00001  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1051  phage transcriptional regulator, AlpA  34.38 
 
 
70 aa  49.3  0.00002  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.698345  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2193  prophage CP4-57 regulatory  42 
 
 
87 aa  48.9  0.00002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4520  phage transcriptional regulator, AlpA  42.86 
 
 
88 aa  49.3  0.00002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2812  phage transcriptional regulator, AlpA  44 
 
 
72 aa  49.3  0.00002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.652167  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0635  phage transcriptional regulator, AlpA  42 
 
 
72 aa  48.9  0.00002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.1566  normal  0.0401138 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0668  hypothetical protein  42.86 
 
 
65 aa  49.3  0.00002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.778257  hitchhiker  0.000000528136 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1511  phage transcriptional regulator, AlpA  42.86 
 
 
81 aa  49.7  0.00002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1730  phage transcriptional regulator, AlpA  42 
 
 
72 aa  49.3  0.00002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.907409  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_40550  prophage CP4-57 regulatory protein  42.31 
 
 
74 aa  49.3  0.00002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2332  phage transcriptional regulator, AlpA  44 
 
 
72 aa  49.3  0.00002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0434  putative prophage CP4-57 regulatory protein  36.36 
 
 
72 aa  49.3  0.00002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0988805  normal  0.918772 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0443  phage transcriptional regulator, AlpA  40 
 
 
66 aa  49.3  0.00002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.614779 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_17010  Prophage CP4-57 regulatory, AlpA-like protein  40 
 
 
95 aa  49.3  0.00002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1897  hypothetical protein  41.18 
 
 
71 aa  48.5  0.00003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.088473  normal  0.90287 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2822  transcriptional regulator  35.94 
 
 
98 aa  48.5  0.00003  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.15617  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0993  phage transcriptional regulator, AlpA  40 
 
 
68 aa  48.5  0.00003  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  hitchhiker  0.000350598  decreased coverage  0.00000494305 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2662  Phage transcriptional regulator, AlpA  47.83 
 
 
78 aa  48.9  0.00003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.687834  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1689  phage transcriptional regulator, AlpA  40 
 
 
71 aa  48.5  0.00003  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.211878  hitchhiker  0.00954058 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2749  phage transcriptional regulator, AlpA  40.68 
 
 
67 aa  48.5  0.00003  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.496617  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2255  phage transcriptional regulator, AlpA  42.86 
 
 
88 aa  48.5  0.00003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.379253  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0273  phage transcriptional regulator, AlpA  36 
 
 
71 aa  48.5  0.00003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.334205  normal  0.0643219 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2652  phage transcriptional regulator, AlpA  36 
 
 
71 aa  48.5  0.00003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1935  phage transcriptional regulator, AlpA  46.94 
 
 
75 aa  48.5  0.00003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0063  hypothetical protein  34.69 
 
 
73 aa  48.1  0.00004  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1611  phage transcriptional regulator, AlpA  42 
 
 
74 aa  47.8  0.00005  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0193561  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0241  phage transcriptional regulator, AlpA  37.29 
 
 
73 aa  47.8  0.00005  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2277  prophage CP4-57 regulatory  40 
 
 
71 aa  47.4  0.00006  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.19411 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0102  phage transcriptional regulator, AlpA  36.36 
 
 
71 aa  47.4  0.00007  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.11769 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1231  Phage transcriptional regulator, AlpA  39.29 
 
 
70 aa  47.4  0.00008  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4141  phage transcriptional regulator, AlpA  39.29 
 
 
70 aa  47  0.00008  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0715374  hitchhiker  0.0000772725 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0868  prophage regulatory protein AlpA  48.21 
 
 
93 aa  47  0.00009  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.0624005  normal  0.678014 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2372  prophage CP4-57 regulatory  35.85 
 
 
67 aa  47  0.00009  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.296006  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0440  Phage transcriptional regulator, AlpA  38.18 
 
 
80 aa  47  0.00009  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>