105 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_4520 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012791  Vapar_4520  phage transcriptional regulator, AlpA  100 
 
 		 88 aa  182  1.0000000000000001e-45  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2255  phage transcriptional regulator, AlpA  78.41 
 
 		 88 aa  145  1.0000000000000001e-34  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.379253  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4519  phage transcriptional regulator, AlpA  69.62 
 
 		 90 aa  119  9.999999999999999e-27  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1859  phage transcriptional regulator, AlpA  71.93 
 
 		 143 aa  90.5  6e-18  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.44263  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0482  phage transcriptional regulator, AlpA  48.15 
 
 		 56 aa  61.6  0.000000004  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0336  phage transcriptional regulator, AlpA  43.64 
 
 		 66 aa  59.7  0.00000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6511  phage transcriptional regulator, AlpA  42.42 
 
 		 77 aa  60.1  0.00000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008036  Sala_3216  phage transcriptional regulator, AlpA  45.45 
 
 		 68 aa  58.2  0.00000004  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3522  phage transcriptional regulator, AlpA  46.94 
 
 		 65 aa  57.4  0.00000007  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0882  phage transcriptional regulator, AlpA  47.27 
 
 		 75 aa  57.4  0.00000007  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004310  phage transcriptional regulator AlpA  42 
 
 		 66 aa  56.2  0.0000001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.207831  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1406  putative transcriptional regulator  44.83 
 
 		 76 aa  56.2  0.0000001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6373  phage transcriptional regulator, AlpA  41.82 
 
 		 71 aa  55.5  0.0000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0267057  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1424  phage transcriptional regulator, AlpA  42.59 
 
 		 61 aa  55.1  0.0000003  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.435044  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1062  phage transcriptional regulator, AlpA  37.93 
 
 		 75 aa  54.7  0.0000004  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.979085  normal  0.790745 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1382  transcriptional regulator  37.1 
 
 		 68 aa  54.7  0.0000004  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1260  phage transcriptional regulator, AlpA  46.94 
 
 		 67 aa  54.7  0.0000004  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02082  phage transcriptional regulator, AlpA  41.82 
 
 		 70 aa  54.7  0.0000005  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.376453  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0273  phage transcriptional regulator, AlpA  43.1 
 
 		 71 aa  54.3  0.0000006  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.334205  normal  0.0643219 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2652  phage transcriptional regulator, AlpA  43.1 
 
 		 71 aa  54.3  0.0000006  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2662  Phage transcriptional regulator, AlpA  41.07 
 
 		 78 aa  53.9  0.0000007  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.687834  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1542  phage transcriptional regulator, AlpA  40 
 
 		 76 aa  53.5  0.0000009  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.417665 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0241  phage transcriptional regulator, AlpA  44.83 
 
 		 73 aa  53.5  0.0000009  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1751  Phage transcriptional regulator, AlpA  38.71 
 
 		 79 aa  53.1  0.000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.1124  normal  0.416635 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2277  prophage CP4-57 regulatory  40 
 
 		 71 aa  53.1  0.000001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.19411 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2784  phage transcriptional regulator, AlpA  41.18 
 
 		 66 aa  52.8  0.000001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.834885  normal  0.857348 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1159  phage transcriptional regulator, AlpA  44.9 
 
 		 62 aa  53.5  0.000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0925485  normal  0.345427 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3427  phage transcriptional regulator, AlpA  39.29 
 
 		 70 aa  53.1  0.000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3429  DNA-binding protein, putative  35.94 
 
 		 80 aa  52  0.000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  hitchhiker  0.000259221  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0150  phage transcriptional regulator, AlpA  38.18 
 
 		 71 aa  52  0.000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0102  phage transcriptional regulator, AlpA  43.1 
 
 		 71 aa  52  0.000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.11769 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0434  putative prophage CP4-57 regulatory protein  40.38 
 
 		 72 aa  52.4  0.000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0988805  normal  0.918772 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0443  phage transcriptional regulator, AlpA  40.38 
 
 		 66 aa  52.4  0.000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.614779 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1143  phage transcriptional regulator, AlpA  40 
 
 		 68 aa  52.4  0.000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.21173  hitchhiker  0.0000168687 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1156  phage transcriptional regulator, AlpA  36.67 
 
 		 71 aa  51.6  0.000003  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1777  phage transcriptional regulator, AlpA  40.82 
 
 		 73 aa  51.6  0.000004  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.235945 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4521  phage transcriptional regulator, AlpA  38.18 
 
 		 71 aa  50.8  0.000006  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.243833 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0243  phage transcriptional regulator, AlpA  35.29 
 
 		 74 aa  50.8  0.000006  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.95474  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2683  phage transcriptional regulator, AlpA  37.88 
 
 		 77 aa  50.4  0.000007  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000806139  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0481  phage transcriptional regulator, AlpA  45.1 
 
 		 70 aa  50.8  0.000007  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.922024  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1258  phage transcriptional regulator, AlpA  37.25 
 
 		 61 aa  50.4  0.000008  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.496683 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4755  phage transcriptional regulator, AlpA  40 
 
 		 60 aa  50.1  0.00001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0154  phage transcriptional regulator, AlpA  48.89 
 
 		 80 aa  49.7  0.00001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.77914  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2950  hypothetical protein  32.69 
 
 		 103 aa  48.9  0.00002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.058037  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0993  phage transcriptional regulator, AlpA  34.55 
 
 		 68 aa  48.9  0.00002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  hitchhiker  0.000350598  decreased coverage  0.00000494305 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1700  phage transcriptional regulator, AlpA  42.86 
 
 		 64 aa  49.3  0.00002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.843747  normal  0.0591517 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0653  phage transcriptional regulator, AlpA  41.18 
 
 		 75 aa  48.9  0.00002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0437376  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3413  phage transcriptional regulator, AlpA  44.9 
 
 		 71 aa  49.7  0.00002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00533865 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0381  phage transcriptional regulator, AlpA  40.82 
 
 		 66 aa  49.7  0.00002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000563179 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0384  phage transcriptional regulator, AlpA  42.86 
 
 		 65 aa  49.3  0.00002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000580996 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2033  phage transcriptional regulator, AlpA  40 
 
 		 68 aa  48.5  0.00003  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.917064  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0048  phage transcriptional regulator, AlpA  38.78 
 
 		 88 aa  48.5  0.00003  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1058  phage transcriptional regulator, AlpA  38.78 
 
 		 88 aa  48.5  0.00003  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4006  AlpA family transcriptional regulator  38.78 
 
 		 88 aa  48.5  0.00003  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1667  phage transcriptional regulator, AlpA  43.14 
 
 		 70 aa  47  0.00009  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.215931  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0668  hypothetical protein  37.74 
 
 		 65 aa  46.6  0.0001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.778257  hitchhiker  0.000000528136 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2907  hypothetical protein  35 
 
 		 69 aa  46.6  0.0001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00184004 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1869  hypothetical protein  35.94 
 
 		 86 aa  45.8  0.0002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.842496  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0893  AlpA family protein  31.58 
 
 		 66 aa  45.8  0.0002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3863  AlpA family protein  31.58 
 
 		 66 aa  45.8  0.0002  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.0520497  hitchhiker  0.0087856 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0948  phage transcriptional regulator, AlpA  31.58 
 
 		 66 aa  45.8  0.0002  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2749  phage transcriptional regulator, AlpA  44.44 
 
 		 67 aa  45.8  0.0002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.496617  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1000  phage transcriptional regulator, AlpA  41.18 
 
 		 72 aa  45.8  0.0002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0635  phage transcriptional regulator, AlpA  41.18 
 
 		 72 aa  45.4  0.0002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.1566  normal  0.0401138 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3550  phage transcriptional regulator, AlpA  34.62 
 
 		 67 aa  45.8  0.0002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3697  phage transcriptional regulator, AlpA  36 
 
 		 67 aa  45.8  0.0002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0664555  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3709  phage transcriptional regulator, AlpA  36 
 
 		 67 aa  45.8  0.0002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2372  prophage CP4-57 regulatory  37.25 
 
 		 67 aa  45.1  0.0003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.296006  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0440  Phage transcriptional regulator, AlpA  38.98 
 
 		 80 aa  45.1  0.0003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2402  prophage CP4-57 regulatory  36.07 
 
 		 86 aa  45.4  0.0003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0128248  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0683  phage transcriptional regulator, AlpA  29.51 
 
 		 69 aa  45.1  0.0003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1045  phage transcriptional regulator, AlpA  48.78 
 
 		 80 aa  45.4  0.0003  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  hitchhiker  0.000000119119  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2960  phage DNA binding protein  33.33 
 
 		 88 aa  45.1  0.0003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.630956  hitchhiker  0.00000157452 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2993  Phage transcriptional regulator, AlpA  35.38 
 
 		 86 aa  45.1  0.0004  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2332  phage transcriptional regulator, AlpA  34.85 
 
 		 72 aa  44.7  0.0004  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3106  phage transcriptional regulator, AlpA  33.33 
 
 		 88 aa  44.7  0.0004  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.19989 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0316  phage DNA binding protein  35.29 
 
 		 86 aa  44.7  0.0004  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.370656 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2153  phage transcriptional regulator, AlpA  30.65 
 
 		 81 aa  44.3  0.0005  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4842  phage transcriptional regulator, AlpA  33.33 
 
 		 86 aa  44.3  0.0005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.257562 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003245  predicted transcriptional regulator  50 
 
 		 96 aa  44.3  0.0006  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1598  phage transcriptional regulator, AlpA  33.33 
 
 		 79 aa  43.9  0.0007  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0771353  normal  0.422154 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2904  phage transcriptional regulator, AlpA  37.25 
 
 		 68 aa  43.9  0.0007  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.438187 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2677  transcriptional regulator  40.38 
 
 		 70 aa  43.1  0.001  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1597  phage transcriptional regulator, AlpA  35.42 
 
 		 57 aa  43.5  0.001  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0379309  normal  0.417431 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_20201  transcriptional regulator  38.1 
 
 		 65 aa  43.5  0.001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.508361 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01121  hypothetical protein  40.43 
 
 		 81 aa  43.1  0.001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0279  prophage CP4-57 regulatory protein  33.33 
 
 		 72 aa  43.1  0.001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00300713  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4349  phage transcriptional regulator, AlpA  37.25 
 
 		 74 aa  43.1  0.001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000832793 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2812  phage transcriptional regulator, AlpA  39.22 
 
 		 72 aa  43.1  0.001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.652167  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_40550  prophage CP4-57 regulatory protein  41.18 
 
 		 74 aa  43.1  0.001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0716  phage transcriptional regulator, AlpA  29.41 
 
 		 86 aa  42.4  0.002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0962  putative bacteriophage DNA-binding transcription regulator protein  32.65 
 
 		 88 aa  42  0.003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.907406 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_20231  hypothetical protein  38.1 
 
 		 65 aa  42  0.003  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.49947 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2916  hypothetical protein  39.13 
 
 		 71 aa  42  0.003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.0151072 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_04065  phage transcriptional regulator, AlpA  34 
 
 		 80 aa  42  0.003  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3818  hypothetical protein  45.24 
 
 		 95 aa  41.2  0.005  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.328579 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1562  phage transcriptional regulator, AlpA  32.08 
 
 		 79 aa  40.8  0.006  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.544133  normal  0.10217 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3885  phage transcriptional regulator, AlpA  31.15 
 
 		 68 aa  40.8  0.006  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1689  phage transcriptional regulator, AlpA  35.71 
 
 		 71 aa  40.4  0.007  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.211878  hitchhiker  0.00954058 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2182  phage transcriptional regulator, AlpA  43.18 
 
 		 83 aa  40.4  0.008  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.0966831  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>