77 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shewmr4_1689 on replicon NC_008321
Organism: Shewanella sp. MR-4



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008321  Shewmr4_1689  phage transcriptional regulator, AlpA  100 
 
 		 71 aa  147  4e-35  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.211878  hitchhiker  0.00954058 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1765  phage transcriptional regulator, AlpA  65.57 
 
 		 70 aa  90.5  6e-18  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.993884  normal  0.447996 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1051  phage transcriptional regulator, AlpA  52.38 
 
 		 70 aa  75.1  0.0000000000003  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.698345  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2822  transcriptional regulator  56.9 
 
 		 98 aa  61.6  0.000000003  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.15617  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004310  phage transcriptional regulator AlpA  49.18 
 
 		 66 aa  57  0.00000008  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.207831  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0868  prophage regulatory protein AlpA  55.32 
 
 		 93 aa  54.3  0.0000006  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.0624005  normal  0.678014 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2358  phage transcriptional regulator, AlpA  45.61 
 
 		 86 aa  52.8  0.000001  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.0201012  normal  0.0278403 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2749  phage transcriptional regulator, AlpA  45 
 
 		 67 aa  52.8  0.000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.496617  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1335  prophage CP4-57 regulatory protein  39.68 
 
 		 68 aa  52.8  0.000002  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1382  transcriptional regulator  40.32 
 
 		 68 aa  50.8  0.000006  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1751  Phage transcriptional regulator, AlpA  48.21 
 
 		 79 aa  50.1  0.000009  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.1124  normal  0.416635 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1618  phage transcriptional regulator, AlpA  43.64 
 
 		 83 aa  50.4  0.000009  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.939169  normal  0.0191928 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1700  phage transcriptional regulator, AlpA  40 
 
 		 64 aa  48.5  0.00003  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.843747  normal  0.0591517 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1260  phage transcriptional regulator, AlpA  43.86 
 
 		 67 aa  48.9  0.00003  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1156  phage transcriptional regulator, AlpA  40.68 
 
 		 71 aa  48.9  0.00003  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0152  phage transcriptional regulator, AlpA  40 
 
 		 380 aa  48.5  0.00003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.221406  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0482  phage transcriptional regulator, AlpA  45 
 
 		 56 aa  48.1  0.00005  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0567  phage transcriptional regulator, AlpA  41.94 
 
 		 75 aa  47.8  0.00005  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2784  phage transcriptional regulator, AlpA  46.55 
 
 		 66 aa  47.4  0.00006  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.834885  normal  0.857348 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0384  phage transcriptional regulator, AlpA  43.64 
 
 		 65 aa  47.8  0.00006  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000580996 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2960  phage DNA binding protein  42.59 
 
 		 88 aa  47  0.00009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.630956  hitchhiker  0.00000157452 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3522  phage transcriptional regulator, AlpA  42.11 
 
 		 65 aa  46.2  0.0001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3427  phage transcriptional regulator, AlpA  32.76 
 
 		 70 aa  46.6  0.0001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1406  putative transcriptional regulator  38.6 
 
 		 76 aa  46.6  0.0001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2950  hypothetical protein  36.36 
 
 		 103 aa  45.4  0.0002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.058037  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1511  phage transcriptional regulator, AlpA  35.38 
 
 		 81 aa  45.8  0.0002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2662  Phage transcriptional regulator, AlpA  44.64 
 
 		 78 aa  45.8  0.0002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.687834  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2372  prophage CP4-57 regulatory  34.92 
 
 		 67 aa  45.4  0.0002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.296006  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0716  phage transcriptional regulator, AlpA  40 
 
 		 86 aa  45.4  0.0002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3106  phage transcriptional regulator, AlpA  40 
 
 		 88 aa  46.2  0.0002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.19989 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1159  phage transcriptional regulator, AlpA  40.35 
 
 		 62 aa  45.4  0.0002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0925485  normal  0.345427 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0932  phage transcriptional regulator, AlpA  42.19 
 
 		 76 aa  45.1  0.0003  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.412381  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0241  phage transcriptional regulator, AlpA  44.83 
 
 		 73 aa  44.7  0.0004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0243  phage transcriptional regulator, AlpA  38.6 
 
 		 74 aa  44.7  0.0004  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.95474  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6511  phage transcriptional regulator, AlpA  39.66 
 
 		 77 aa  45.1  0.0004  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0381  phage transcriptional regulator, AlpA  42.11 
 
 		 66 aa  44.3  0.0005  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000563179 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1777  phage transcriptional regulator, AlpA  38.18 
 
 		 73 aa  44.3  0.0006  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.235945 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2006  prophage regulatory protein AlpA family protein  32.79 
 
 		 72 aa  43.9  0.0007  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0927823  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0150  phage transcriptional regulator, AlpA  40 
 
 		 71 aa  43.9  0.0008  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0316  phage DNA binding protein  36.07 
 
 		 86 aa  43.9  0.0008  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.370656 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1424  phage transcriptional regulator, AlpA  33.87 
 
 		 61 aa  43.1  0.001  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.435044  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0154  phage transcriptional regulator, AlpA  38.46 
 
 		 80 aa  43.5  0.001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.77914  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3413  phage transcriptional regulator, AlpA  36.36 
 
 		 71 aa  43.5  0.001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00533865 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4842  phage transcriptional regulator, AlpA  36.67 
 
 		 86 aa  43.1  0.001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.257562 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4755  phage transcriptional regulator, AlpA  36.36 
 
 		 60 aa  43.5  0.001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2153  phage transcriptional regulator, AlpA  34.48 
 
 		 81 aa  43.1  0.001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3429  DNA-binding protein, putative  34.48 
 
 		 80 aa  43.5  0.001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  hitchhiker  0.000259221  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3275  phage transcriptional regulator, AlpA  38.18 
 
 		 86 aa  43.1  0.001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003245  predicted transcriptional regulator  40 
 
 		 96 aa  43.5  0.001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_04065  phage transcriptional regulator, AlpA  37.29 
 
 		 80 aa  42.4  0.002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1000  phage transcriptional regulator, AlpA  40.68 
 
 		 72 aa  42.7  0.002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2255  phage transcriptional regulator, AlpA  37.5 
 
 		 88 aa  42.4  0.002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.379253  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4519  phage transcriptional regulator, AlpA  34.92 
 
 		 90 aa  42.7  0.002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2339  phage transcriptional regulator, AlpA  36.84 
 
 		 73 aa  42.7  0.002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0941  AlpA family transcriptional regulator  35.09 
 
 		 74 aa  42.4  0.002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.30814  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4006  AlpA family transcriptional regulator  40 
 
 		 88 aa  42.4  0.002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1058  phage transcriptional regulator, AlpA  40 
 
 		 88 aa  42.4  0.002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3698  prophage CP4-57 regulatory protein (AlpA)  38.6 
 
 		 70 aa  42.4  0.002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0048  phage transcriptional regulator, AlpA  40 
 
 		 88 aa  42  0.003  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0336  phage transcriptional regulator, AlpA  40 
 
 		 66 aa  42  0.003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008036  Sala_3216  phage transcriptional regulator, AlpA  40 
 
 		 68 aa  42  0.003  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1667  phage transcriptional regulator, AlpA  37.29 
 
 		 70 aa  42  0.003  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.215931  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0481  phage transcriptional regulator, AlpA  37.29 
 
 		 70 aa  42  0.003  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.922024  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6373  phage transcriptional regulator, AlpA  38.18 
 
 		 71 aa  41.6  0.004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0267057  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4349  phage transcriptional regulator, AlpA  41.3 
 
 		 74 aa  41.6  0.004  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000832793 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2277  prophage CP4-57 regulatory  40 
 
 		 71 aa  41.2  0.005  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.19411 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4521  phage transcriptional regulator, AlpA  38.18 
 
 		 71 aa  40.8  0.006  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.243833 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1542  phage transcriptional regulator, AlpA  38.6 
 
 		 76 aa  40.8  0.006  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.417665 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0434  putative prophage CP4-57 regulatory protein  38.33 
 
 		 72 aa  40.8  0.006  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0988805  normal  0.918772 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0962  putative bacteriophage DNA-binding transcription regulator protein  38.6 
 
 		 88 aa  40.8  0.007  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.907406 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4520  phage transcriptional regulator, AlpA  35.71 
 
 		 88 aa  40.4  0.008  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0635  phage transcriptional regulator, AlpA  36.07 
 
 		 72 aa  40.4  0.008  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.1566  normal  0.0401138 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0443  phage transcriptional regulator, AlpA  38.18 
 
 		 66 aa  40.4  0.008  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.614779 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0273  phage transcriptional regulator, AlpA  36.36 
 
 		 71 aa  40.4  0.009  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.334205  normal  0.0643219 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2652  phage transcriptional regulator, AlpA  36.36 
 
 		 71 aa  40.4  0.009  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2332  phage transcriptional regulator, AlpA  39.66 
 
 		 72 aa  40  0.01  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1598  phage transcriptional regulator, AlpA  37.5 
 
 		 79 aa  40  0.01  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0771353  normal  0.422154 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>