61 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene GSU0063 on replicon NC_002939
Organism: Geobacter sulfurreducens PCA



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002939  GSU0063  hypothetical protein  100 
 
 		 73 aa  140  8e-33  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2950  hypothetical protein  42.86 
 
 		 103 aa  50.1  0.00001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.058037  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0482  phage transcriptional regulator, AlpA  38.18 
 
 		 56 aa  50.1  0.00001  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2339  phage transcriptional regulator, AlpA  47.17 
 
 		 73 aa  49.7  0.00001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1231  Phage transcriptional regulator, AlpA  44.9 
 
 		 70 aa  49.7  0.00001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1777  phage transcriptional regulator, AlpA  34.69 
 
 		 73 aa  48.5  0.00003  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.235945 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1700  phage transcriptional regulator, AlpA  34.69 
 
 		 64 aa  48.1  0.00004  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.843747  normal  0.0591517 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1062  phage transcriptional regulator, AlpA  44.9 
 
 		 75 aa  48.1  0.00004  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.979085  normal  0.790745 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1260  phage transcriptional regulator, AlpA  38.78 
 
 		 67 aa  47.8  0.00005  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1258  phage transcriptional regulator, AlpA  45.28 
 
 		 61 aa  47.8  0.00005  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.496683 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0635  phage transcriptional regulator, AlpA  44.9 
 
 		 72 aa  47  0.00009  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.1566  normal  0.0401138 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3429  DNA-binding protein, putative  41.18 
 
 		 80 aa  46.2  0.0001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  hitchhiker  0.000259221  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1667  phage transcriptional regulator, AlpA  40.82 
 
 		 70 aa  46.2  0.0001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.215931  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3285  phage transcriptional regulator, AlpA  41.51 
 
 		 71 aa  47  0.0001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.597574  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0279  prophage CP4-57 regulatory protein  38.78 
 
 		 72 aa  46.6  0.0001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00300713  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2913  phage transcriptional regulator, AlpA  41.51 
 
 		 71 aa  47  0.0001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1406  putative transcriptional regulator  44.9 
 
 		 76 aa  46.6  0.0001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3522  phage transcriptional regulator, AlpA  37.74 
 
 		 65 aa  46.2  0.0001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2332  phage transcriptional regulator, AlpA  42.86 
 
 		 72 aa  46.2  0.0001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1000  phage transcriptional regulator, AlpA  42.86 
 
 		 72 aa  46.2  0.0002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3362  phage transcriptional regulator, AlpA  44.9 
 
 		 117 aa  45.4  0.0002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.253587  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2812  phage transcriptional regulator, AlpA  40.82 
 
 		 72 aa  45.4  0.0003  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.652167  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0481  phage transcriptional regulator, AlpA  38.78 
 
 		 70 aa  45.1  0.0004  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.922024  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2993  Phage transcriptional regulator, AlpA  42.86 
 
 		 86 aa  44.7  0.0004  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0381  phage transcriptional regulator, AlpA  30.61 
 
 		 66 aa  44.7  0.0005  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000563179 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1133  phage transcriptional regulator, AlpA  44.9 
 
 		 129 aa  44.3  0.0006  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0243  phage transcriptional regulator, AlpA  37.74 
 
 		 74 aa  44.3  0.0006  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.95474  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3427  phage transcriptional regulator, AlpA  31.37 
 
 		 70 aa  43.9  0.0007  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3376  phage transcriptional regulator, AlpA  38.78 
 
 		 70 aa  43.9  0.0008  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.658853  normal  0.605571 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3481  phage transcriptional regulator, AlpA  42.86 
 
 		 127 aa  42.7  0.001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4141  phage transcriptional regulator, AlpA  38.78 
 
 		 70 aa  43.5  0.001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0715374  hitchhiker  0.0000772725 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2289  phage transcriptional regulator, AlpA  38.78 
 
 		 70 aa  43.5  0.001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00398001  hitchhiker  0.0000834169 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1320  phage transcriptional regulator, AlpA  38.78 
 
 		 70 aa  43.5  0.001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.362532  normal  0.0773061 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1454  phage transcriptional regulator, AlpA  38.78 
 
 		 70 aa  43.5  0.001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_04065  phage transcriptional regulator, AlpA  39.62 
 
 		 80 aa  42.7  0.002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1265  phage transcriptional regulator, AlpA  40.32 
 
 		 127 aa  42.4  0.002  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.637502  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1765  phage transcriptional regulator, AlpA  36.07 
 
 		 70 aa  42.4  0.002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.993884  normal  0.447996 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2904  phage transcriptional regulator, AlpA  41.51 
 
 		 68 aa  42.7  0.002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.438187 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3333  phage transcriptional regulator, AlpA  35.48 
 
 		 74 aa  42.4  0.002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.480185  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0932  phage transcriptional regulator, AlpA  32.76 
 
 		 76 aa  42.4  0.002  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.412381  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1468  phage transcriptional regulator, AlpA  42.86 
 
 		 136 aa  42  0.003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0978574  normal  0.521864 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0716  phage transcriptional regulator, AlpA  38.78 
 
 		 86 aa  42  0.003  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3275  phage transcriptional regulator, AlpA  40.82 
 
 		 86 aa  41.6  0.003  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0384  phage transcriptional regulator, AlpA  36.73 
 
 		 65 aa  42  0.003  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000580996 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2545  phage transcriptional regulator, AlpA  43.75 
 
 		 81 aa  42  0.003  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.227611  hitchhiker  0.000981483 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2907  hypothetical protein  44.9 
 
 		 69 aa  41.6  0.003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00184004 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2186  prophage CP4-57 regulatory protein (AlpA)  39.62 
 
 		 85 aa  42  0.003  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0232094  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1159  phage transcriptional regulator, AlpA  32.65 
 
 		 62 aa  41.6  0.004  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0925485  normal  0.345427 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1597  phage transcriptional regulator, AlpA  40 
 
 		 72 aa  41.2  0.005  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4006  AlpA family transcriptional regulator  38.78 
 
 		 88 aa  40.8  0.006  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1058  phage transcriptional regulator, AlpA  38.78 
 
 		 88 aa  40.8  0.006  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2018  phage transcriptional regulator, AlpA  38.78 
 
 		 128 aa  40.8  0.006  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1156  phage transcriptional regulator, AlpA  32.65 
 
 		 71 aa  40.8  0.006  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0048  phage transcriptional regulator, AlpA  38.78 
 
 		 88 aa  40.8  0.007  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0683  phage transcriptional regulator, AlpA  37.5 
 
 		 69 aa  40.8  0.007  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1696  phage transcriptional regulator, AlpA  40 
 
 		 68 aa  40.4  0.007  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.470891  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0941  AlpA family transcriptional regulator  35.59 
 
 		 74 aa  40.4  0.008  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.30814  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0653  phage transcriptional regulator, AlpA  37.25 
 
 		 75 aa  40.4  0.008  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0437376  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2193  prophage CP4-57 regulatory  33.96 
 
 		 87 aa  40.4  0.008  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2218  phage transcriptional regulator, AlpA  40.82 
 
 		 99 aa  40.4  0.009  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.353724 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_17010  Prophage CP4-57 regulatory, AlpA-like protein  40 
 
 		 95 aa  40  0.01  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>