115 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_2289 on replicon NC_007973
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007973  Rmet_2289  phage transcriptional regulator, AlpA  100 
 
 		 70 aa  146  1.0000000000000001e-34  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00398001  hitchhiker  0.0000834169 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1320  phage transcriptional regulator, AlpA  100 
 
 		 70 aa  146  1.0000000000000001e-34  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.362532  normal  0.0773061 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1454  phage transcriptional regulator, AlpA  95.71 
 
 		 70 aa  140  4e-33  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3376  phage transcriptional regulator, AlpA  94.29 
 
 		 70 aa  139  1.9999999999999998e-32  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.658853  normal  0.605571 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4141  phage transcriptional regulator, AlpA  92.86 
 
 		 70 aa  136  8.999999999999999e-32  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0715374  hitchhiker  0.0000772725 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1231  Phage transcriptional regulator, AlpA  90 
 
 		 70 aa  133  7.000000000000001e-31  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2332  phage transcriptional regulator, AlpA  72.73 
 
 		 72 aa  104  4e-22  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1000  phage transcriptional regulator, AlpA  73.24 
 
 		 72 aa  103  1e-21  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2812  phage transcriptional regulator, AlpA  71.83 
 
 		 72 aa  102  1e-21  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.652167  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1667  phage transcriptional regulator, AlpA  71.43 
 
 		 70 aa  101  3e-21  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.215931  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0481  phage transcriptional regulator, AlpA  71.43 
 
 		 70 aa  99.4  2e-20  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.922024  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0635  phage transcriptional regulator, AlpA  66.67 
 
 		 72 aa  99.4  2e-20  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.1566  normal  0.0401138 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2993  Phage transcriptional regulator, AlpA  70 
 
 		 86 aa  94.4  5e-19  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2913  phage transcriptional regulator, AlpA  61.76 
 
 		 71 aa  93.6  9e-19  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3285  phage transcriptional regulator, AlpA  62.12 
 
 		 71 aa  91.3  4e-18  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.597574  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0567  phage transcriptional regulator, AlpA  64.91 
 
 		 75 aa  82.8  0.000000000000001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_04065  phage transcriptional regulator, AlpA  55.17 
 
 		 80 aa  70.9  0.000000000006  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1406  putative transcriptional regulator  38.1 
 
 		 76 aa  57.4  0.00000006  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02082  phage transcriptional regulator, AlpA  50.94 
 
 		 70 aa  57.4  0.00000007  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.376453  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1687  phage transcriptional regulator, AlpA  43.86 
 
 		 64 aa  57  0.00000008  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2784  phage transcriptional regulator, AlpA  44.44 
 
 		 66 aa  56.6  0.0000001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.834885  normal  0.857348 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3697  phage transcriptional regulator, AlpA  43.86 
 
 		 67 aa  56.6  0.0000001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0664555  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3709  phage transcriptional regulator, AlpA  43.86 
 
 		 67 aa  56.6  0.0000001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_17010  Prophage CP4-57 regulatory, AlpA-like protein  42.47 
 
 		 95 aa  56.6  0.0000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3550  phage transcriptional regulator, AlpA  43.86 
 
 		 67 aa  56.6  0.0000001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2950  hypothetical protein  36.21 
 
 		 103 aa  55.1  0.0000003  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.058037  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1496  phage transcriptional regulator, AlpA  43.86 
 
 		 64 aa  55.1  0.0000004  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0243  phage transcriptional regulator, AlpA  43.1 
 
 		 74 aa  54.3  0.0000006  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.95474  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0241  phage transcriptional regulator, AlpA  40.35 
 
 		 73 aa  53.9  0.0000007  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1597  phage transcriptional regulator, AlpA  38.33 
 
 		 72 aa  53.1  0.000001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0716  phage transcriptional regulator, AlpA  36.49 
 
 		 86 aa  53.1  0.000001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3106  phage transcriptional regulator, AlpA  35.14 
 
 		 88 aa  53.1  0.000001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.19989 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0683  phage transcriptional regulator, AlpA  32.86 
 
 		 69 aa  53.1  0.000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1696  phage transcriptional regulator, AlpA  38.33 
 
 		 68 aa  53.1  0.000001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.470891  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2749  phage transcriptional regulator, AlpA  42.11 
 
 		 67 aa  53.1  0.000001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.496617  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0653  phage transcriptional regulator, AlpA  46.3 
 
 		 75 aa  52.8  0.000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0437376  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1363  AlpA family transcriptional regulator  41.07 
 
 		 66 aa  52.8  0.000002  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.129507  hitchhiker  0.00109178 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0962  putative bacteriophage DNA-binding transcription regulator protein  43.86 
 
 		 88 aa  52  0.000003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.907406 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1598  phage transcriptional regulator, AlpA  40.91 
 
 		 79 aa  52  0.000003  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0771353  normal  0.422154 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1424  phage transcriptional regulator, AlpA  44.23 
 
 		 61 aa  51.6  0.000004  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.435044  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1156  phage transcriptional regulator, AlpA  38.1 
 
 		 71 aa  51.6  0.000004  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4842  phage transcriptional regulator, AlpA  40 
 
 		 86 aa  51.2  0.000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.257562 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2960  phage DNA binding protein  36.92 
 
 		 88 aa  51.2  0.000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.630956  hitchhiker  0.00000157452 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1777  phage transcriptional regulator, AlpA  36.84 
 
 		 73 aa  50.8  0.000006  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.235945 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1058  phage transcriptional regulator, AlpA  39.13 
 
 		 88 aa  50.8  0.000006  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4006  AlpA family transcriptional regulator  39.13 
 
 		 88 aa  50.8  0.000006  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0384  phage transcriptional regulator, AlpA  38.6 
 
 		 65 aa  50.8  0.000006  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000580996 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2904  phage transcriptional regulator, AlpA  42 
 
 		 68 aa  50.8  0.000007  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.438187 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0893  AlpA family protein  34.55 
 
 		 66 aa  50.4  0.000007  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3863  AlpA family protein  34.55 
 
 		 66 aa  50.4  0.000007  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.0520497  hitchhiker  0.0087856 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0948  phage transcriptional regulator, AlpA  34.55 
 
 		 66 aa  50.4  0.000007  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0048  phage transcriptional regulator, AlpA  39.13 
 
 		 88 aa  50.8  0.000007  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0440  Phage transcriptional regulator, AlpA  43.86 
 
 		 80 aa  50.4  0.000008  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1382  transcriptional regulator  40.35 
 
 		 68 aa  50.4  0.000008  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1260  phage transcriptional regulator, AlpA  38.6 
 
 		 67 aa  50.4  0.000009  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1051  phage transcriptional regulator, AlpA  41.67 
 
 		 70 aa  49.7  0.00001  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.698345  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3275  phage transcriptional regulator, AlpA  37.7 
 
 		 86 aa  50.1  0.00001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6511  phage transcriptional regulator, AlpA  40.35 
 
 		 77 aa  50.1  0.00001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0668  hypothetical protein  34.55 
 
 		 65 aa  50.1  0.00001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.778257  hitchhiker  0.000000528136 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2907  hypothetical protein  40 
 
 		 69 aa  50.1  0.00001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00184004 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2193  prophage CP4-57 regulatory  37.7 
 
 		 87 aa  48.9  0.00002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1159  phage transcriptional regulator, AlpA  36.84 
 
 		 62 aa  48.9  0.00002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0925485  normal  0.345427 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3885  phage transcriptional regulator, AlpA  35.85 
 
 		 68 aa  49.3  0.00002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0154  phage transcriptional regulator, AlpA  41.38 
 
 		 80 aa  49.7  0.00002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.77914  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0316  phage DNA binding protein  35 
 
 		 86 aa  48.9  0.00002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.370656 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0381  phage transcriptional regulator, AlpA  36.84 
 
 		 66 aa  49.3  0.00002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000563179 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2153  phage transcriptional regulator, AlpA  38.98 
 
 		 81 aa  48.5  0.00003  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0102  phage transcriptional regulator, AlpA  34.43 
 
 		 71 aa  48.5  0.00003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.11769 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0482  phage transcriptional regulator, AlpA  46.15 
 
 		 56 aa  48.5  0.00003  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4755  phage transcriptional regulator, AlpA  32.76 
 
 		 60 aa  48.5  0.00003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0882  phage transcriptional regulator, AlpA  40.38 
 
 		 75 aa  48.9  0.00003  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2372  prophage CP4-57 regulatory  41.07 
 
 		 67 aa  48.1  0.00004  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.296006  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004310  phage transcriptional regulator AlpA  42 
 
 		 66 aa  48.1  0.00004  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.207831  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0150  phage transcriptional regulator, AlpA  36.84 
 
 		 71 aa  48.1  0.00004  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2092  hypothetical protein  43.75 
 
 		 72 aa  48.1  0.00004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2334  hypothetical protein  43.75 
 
 		 72 aa  48.1  0.00004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.31954  hitchhiker  0.0000000198775 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3120  phage transcriptional regulator, AlpA  36.84 
 
 		 86 aa  48.1  0.00004  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0522  phage transcriptional regulator  33.33 
 
 		 73 aa  47.8  0.00005  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.527959  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4349  phage transcriptional regulator, AlpA  33.82 
 
 		 74 aa  47.8  0.00005  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000832793 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1730  phage transcriptional regulator, AlpA  35.85 
 
 		 72 aa  47.4  0.00007  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.907409  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4521  phage transcriptional regulator, AlpA  35.71 
 
 		 71 aa  47  0.00008  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.243833 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3429  DNA-binding protein, putative  38.18 
 
 		 80 aa  46.2  0.0001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  hitchhiker  0.000259221  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2822  transcriptional regulator  32.35 
 
 		 98 aa  46.2  0.0001  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.15617  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0993  phage transcriptional regulator, AlpA  38.18 
 
 		 68 aa  46.6  0.0001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  hitchhiker  0.000350598  decreased coverage  0.00000494305 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2277  prophage CP4-57 regulatory  37.5 
 
 		 71 aa  47  0.0001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.19411 
 
 
-
 
NC_008036  Sala_3216  phage transcriptional regulator, AlpA  33.33 
 
 		 68 aa  47  0.0001  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1700  phage transcriptional regulator, AlpA  39.29 
 
 		 64 aa  46.6  0.0001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.843747  normal  0.0591517 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2662  Phage transcriptional regulator, AlpA  38.6 
 
 		 78 aa  45.8  0.0002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.687834  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3522  phage transcriptional regulator, AlpA  33.33 
 
 		 65 aa  45.8  0.0002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0434  putative prophage CP4-57 regulatory protein  35.09 
 
 		 72 aa  45.8  0.0002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0988805  normal  0.918772 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0273  phage transcriptional regulator, AlpA  29.51 
 
 		 71 aa  45.8  0.0002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.334205  normal  0.0643219 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2652  phage transcriptional regulator, AlpA  29.51 
 
 		 71 aa  45.8  0.0002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2182  phage transcriptional regulator, AlpA  40.35 
 
 		 83 aa  45.1  0.0003  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.0966831  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1751  Phage transcriptional regulator, AlpA  41.07 
 
 		 79 aa  45.1  0.0003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.1124  normal  0.416635 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6373  phage transcriptional regulator, AlpA  33.33 
 
 		 71 aa  45.4  0.0003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0267057  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0443  phage transcriptional regulator, AlpA  34.62 
 
 		 66 aa  45.1  0.0003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.614779 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2677  transcriptional regulator  41.07 
 
 		 70 aa  45.1  0.0004  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1258  phage transcriptional regulator, AlpA  35.09 
 
 		 61 aa  44.7  0.0004  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.496683 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3698  prophage CP4-57 regulatory protein (AlpA)  34.85 
 
 		 70 aa  44.7  0.0005  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001834  predicted transcriptional regulator  29.63 
 
 		 62 aa  44.3  0.0006  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>