29 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Spro_3870 on replicon NC_009832
Organism: Serratia proteamaculans 568



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009832  Spro_3870  phage transcriptional regulator, AlpA  100 
 
 
80 aa  162  1.0000000000000001e-39  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1133  phage transcriptional regulator, AlpA  47.5 
 
 
129 aa  73.6  0.0000000000009  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2018  phage transcriptional regulator, AlpA  43.75 
 
 
128 aa  72  0.000000000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1468  phage transcriptional regulator, AlpA  46.15 
 
 
136 aa  71.6  0.000000000003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0978574  normal  0.521864 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3562  phage transcriptional regulator, AlpA  48.1 
 
 
94 aa  71.6  0.000000000003  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1173  phage transcriptional regulator, AlpA  48.1 
 
 
94 aa  71.6  0.000000000003  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.436282  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3362  phage transcriptional regulator, AlpA  42.5 
 
 
117 aa  71.6  0.000000000004  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.253587  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3111  phage transcriptional regulator, AlpA  43.75 
 
 
86 aa  70.5  0.000000000007  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2218  phage transcriptional regulator, AlpA  48.1 
 
 
99 aa  68.9  0.00000000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.353724 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2141  prophage CP4-57 regulatory  43.59 
 
 
98 aa  68.2  0.00000000003  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.35973  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3481  phage transcriptional regulator, AlpA  46.15 
 
 
127 aa  67.4  0.00000000007  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1265  phage transcriptional regulator, AlpA  43.59 
 
 
127 aa  66.2  0.0000000001  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.637502  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2893  phage transcriptional regulator, AlpA  39.74 
 
 
95 aa  64.7  0.0000000004  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.0941309 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2545  phage transcriptional regulator, AlpA  47.46 
 
 
81 aa  63.2  0.000000001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.227611  hitchhiker  0.000981483 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1725  phage transcriptional regulator, AlpA  43.94 
 
 
74 aa  63.2  0.000000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0497  phage transcriptional regulator, AlpA  38.46 
 
 
91 aa  61.2  0.000000004  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5807  phage transcriptional regulator, AlpA  42.31 
 
 
91 aa  60.1  0.00000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.600163  normal  0.0888575 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0353  Phage transcriptional regulator, AlpA  42.37 
 
 
69 aa  58.9  0.00000002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0363  DNA-binding protein, putative  38.1 
 
 
76 aa  54.7  0.0000004  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.15227  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2652  AlpA family transcriptional regulator  41.38 
 
 
76 aa  53.9  0.0000007  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00696014  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0616  prophage CP4-57 regulatory  40 
 
 
81 aa  51.2  0.000004  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0340  phage transcriptional regulator, AlpA  44.64 
 
 
75 aa  48.1  0.00003  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2362  phage transcriptional regulator, AlpA  38.81 
 
 
76 aa  47.4  0.00007  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.566785 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2339  phage transcriptional regulator, AlpA  38.6 
 
 
73 aa  44.3  0.0006  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0932  phage transcriptional regulator, AlpA  44.68 
 
 
76 aa  42.7  0.002  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.412381  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1897  hypothetical protein  38.46 
 
 
71 aa  41.2  0.004  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.088473  normal  0.90287 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4006  AlpA family transcriptional regulator  40.43 
 
 
88 aa  41.2  0.005  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1058  phage transcriptional regulator, AlpA  40.43 
 
 
88 aa  41.2  0.005  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0048  phage transcriptional regulator, AlpA  40.43 
 
 
88 aa  40.8  0.006  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>