48 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bind_2893 on replicon NC_010581
Organism: Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010581  Bind_2893  phage transcriptional regulator, AlpA  100 
 
 
95 aa  191  2e-48  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.0941309 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0497  phage transcriptional regulator, AlpA  85.37 
 
 
91 aa  147  4e-35  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2141  prophage CP4-57 regulatory  77.01 
 
 
98 aa  145  1.0000000000000001e-34  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.35973  normal 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5807  phage transcriptional regulator, AlpA  71.43 
 
 
91 aa  127  7.000000000000001e-29  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.600163  normal  0.0888575 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1468  phage transcriptional regulator, AlpA  65.38 
 
 
136 aa  111  4.0000000000000004e-24  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0978574  normal  0.521864 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3111  phage transcriptional regulator, AlpA  69.14 
 
 
86 aa  110  5e-24  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3481  phage transcriptional regulator, AlpA  61.8 
 
 
127 aa  110  6e-24  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1265  phage transcriptional regulator, AlpA  65.38 
 
 
127 aa  110  7.000000000000001e-24  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.637502  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3562  phage transcriptional regulator, AlpA  59.77 
 
 
94 aa  105  2e-22  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1173  phage transcriptional regulator, AlpA  59.77 
 
 
94 aa  105  2e-22  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.436282  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2018  phage transcriptional regulator, AlpA  61.73 
 
 
128 aa  102  2e-21  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1133  phage transcriptional regulator, AlpA  59.26 
 
 
129 aa  99.8  1e-20  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2218  phage transcriptional regulator, AlpA  59.77 
 
 
99 aa  98.2  3e-20  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.353724 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3362  phage transcriptional regulator, AlpA  51.58 
 
 
117 aa  95.5  2e-19  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.253587  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0353  Phage transcriptional regulator, AlpA  55.17 
 
 
69 aa  75.9  0.0000000000002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1725  phage transcriptional regulator, AlpA  55.93 
 
 
74 aa  75.1  0.0000000000003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2545  phage transcriptional regulator, AlpA  50 
 
 
81 aa  72.8  0.000000000001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.227611  hitchhiker  0.000981483 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2652  AlpA family transcriptional regulator  50.85 
 
 
76 aa  70.9  0.000000000006  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00696014  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0363  DNA-binding protein, putative  58 
 
 
76 aa  64.7  0.0000000004  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.15227  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3870  phage transcriptional regulator, AlpA  39.74 
 
 
80 aa  64.7  0.0000000004  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0616  prophage CP4-57 regulatory  51.92 
 
 
81 aa  64.3  0.0000000005  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2362  phage transcriptional regulator, AlpA  44 
 
 
76 aa  49.3  0.00002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.566785 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1897  hypothetical protein  38.57 
 
 
71 aa  47  0.00008  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.088473  normal  0.90287 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001834  predicted transcriptional regulator  33.33 
 
 
62 aa  46.6  0.0001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2186  prophage CP4-57 regulatory protein (AlpA)  36.49 
 
 
85 aa  45.8  0.0002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0232094  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0999  phage transcriptional regulator, AlpA  41.67 
 
 
57 aa  46.2  0.0002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0941  AlpA family transcriptional regulator  37.74 
 
 
74 aa  45.4  0.0003  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.30814  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4349  phage transcriptional regulator, AlpA  37.7 
 
 
74 aa  45.1  0.0003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000832793 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1058  phage transcriptional regulator, AlpA  35.85 
 
 
88 aa  44.3  0.0005  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4006  AlpA family transcriptional regulator  35.85 
 
 
88 aa  44.3  0.0005  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_40550  prophage CP4-57 regulatory protein  40.38 
 
 
74 aa  44.3  0.0005  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0048  phage transcriptional regulator, AlpA  35.85 
 
 
88 aa  43.9  0.0007  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2339  phage transcriptional regulator, AlpA  35.85 
 
 
73 aa  43.9  0.0007  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1751  Phage transcriptional regulator, AlpA  37.7 
 
 
79 aa  43.5  0.001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.1124  normal  0.416635 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2950  hypothetical protein  32.08 
 
 
103 aa  42.7  0.002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.058037  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2662  Phage transcriptional regulator, AlpA  30.77 
 
 
78 aa  42.7  0.002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.687834  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1159  phage transcriptional regulator, AlpA  33.96 
 
 
62 aa  41.2  0.004  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0925485  normal  0.345427 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2960  phage DNA binding protein  32.2 
 
 
88 aa  41.2  0.005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.630956  hitchhiker  0.00000157452 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4842  phage transcriptional regulator, AlpA  33.33 
 
 
86 aa  40.8  0.006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.257562 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0481  phage transcriptional regulator, AlpA  31.48 
 
 
70 aa  40.8  0.006  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.922024  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2812  phage transcriptional regulator, AlpA  31.58 
 
 
72 aa  40.4  0.007  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.652167  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3106  phage transcriptional regulator, AlpA  30.51 
 
 
88 aa  40.8  0.007  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.19989 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3120  phage transcriptional regulator, AlpA  28.57 
 
 
86 aa  40.4  0.008  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2153  phage transcriptional regulator, AlpA  32.2 
 
 
81 aa  40.4  0.008  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02082  phage transcriptional regulator, AlpA  36.17 
 
 
70 aa  40.4  0.009  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.376453  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2916  hypothetical protein  31.25 
 
 
71 aa  40  0.01  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.0151072 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1667  phage transcriptional regulator, AlpA  31.48 
 
 
70 aa  40  0.01  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.215931  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4755  phage transcriptional regulator, AlpA  35.85 
 
 
60 aa  40  0.01  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>