65 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SbBS512_E2186 on replicon NC_010658
Organism: Shigella boydii CDC 3083-94



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010658  SbBS512_E2186  prophage CP4-57 regulatory protein (AlpA)  100 
 
 		 85 aa  178  2.9999999999999997e-44  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0232094  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2339  phage transcriptional regulator, AlpA  43.86 
 
 		 73 aa  61.2  0.000000004  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2683  phage transcriptional regulator, AlpA  41.18 
 
 		 77 aa  55.5  0.0000003  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000806139  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0941  AlpA family transcriptional regulator  47.06 
 
 		 74 aa  54.7  0.0000005  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.30814  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0922  phage transcriptional regulator, AlpA  45.1 
 
 		 78 aa  53.9  0.0000007  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.124152  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0386  DNA-binding protein, putative  39.66 
 
 		 82 aa  52.4  0.000002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1159  phage transcriptional regulator, AlpA  48 
 
 		 62 aa  50.4  0.000008  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0925485  normal  0.345427 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1062  phage transcriptional regulator, AlpA  41.18 
 
 		 75 aa  48.9  0.00002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.979085  normal  0.790745 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2950  hypothetical protein  36.36 
 
 		 103 aa  47.8  0.00005  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.058037  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3752  phage transcriptional regulator, AlpA  37.74 
 
 		 93 aa  47.8  0.00005  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.433172  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0336  phage transcriptional regulator, AlpA  38.18 
 
 		 66 aa  47  0.00009  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3362  phage transcriptional regulator, AlpA  36.36 
 
 		 117 aa  47  0.00009  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.253587  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1260  phage transcriptional regulator, AlpA  44 
 
 		 67 aa  45.4  0.0002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2545  phage transcriptional regulator, AlpA  36.36 
 
 		 81 aa  45.4  0.0002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.227611  hitchhiker  0.000981483 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2893  phage transcriptional regulator, AlpA  36.49 
 
 		 95 aa  45.8  0.0002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.0941309 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2141  prophage CP4-57 regulatory  42.31 
 
 		 98 aa  45.8  0.0002  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.35973  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0353  Phage transcriptional regulator, AlpA  33.85 
 
 		 69 aa  45.4  0.0003  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3481  phage transcriptional regulator, AlpA  44 
 
 		 127 aa  45.1  0.0003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1725  phage transcriptional regulator, AlpA  33.8 
 
 		 74 aa  44.7  0.0004  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2018  phage transcriptional regulator, AlpA  42 
 
 		 128 aa  45.1  0.0004  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0497  phage transcriptional regulator, AlpA  39.62 
 
 		 91 aa  45.1  0.0004  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0363  DNA-binding protein, putative  33.78 
 
 		 76 aa  45.1  0.0004  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.15227  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1468  phage transcriptional regulator, AlpA  33.33 
 
 		 136 aa  44.3  0.0005  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0978574  normal  0.521864 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1265  phage transcriptional regulator, AlpA  34.85 
 
 		 127 aa  44.3  0.0005  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.637502  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2246  prophage CP4-57 regulatory  32.14 
 
 		 91 aa  43.9  0.0007  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.422477 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5807  phage transcriptional regulator, AlpA  40.74 
 
 		 91 aa  43.9  0.0008  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.600163  normal  0.0888575 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1777  phage transcriptional regulator, AlpA  44 
 
 		 73 aa  43.5  0.0009  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.235945 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2017  hypothetical protein  43.64 
 
 		 86 aa  43.1  0.001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.425283  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2652  phage transcriptional regulator, AlpA  40 
 
 		 71 aa  43.1  0.001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0102  phage transcriptional regulator, AlpA  40 
 
 		 71 aa  43.1  0.001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.11769 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0273  phage transcriptional regulator, AlpA  40 
 
 		 71 aa  43.1  0.001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.334205  normal  0.0643219 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0434  putative prophage CP4-57 regulatory protein  38.33 
 
 		 72 aa  43.5  0.001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0988805  normal  0.918772 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1700  phage transcriptional regulator, AlpA  38.89 
 
 		 64 aa  42.7  0.002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.843747  normal  0.0591517 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3429  DNA-binding protein, putative  33.33 
 
 		 80 aa  42.7  0.002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  hitchhiker  0.000259221  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0048  phage transcriptional regulator, AlpA  32.81 
 
 		 88 aa  42.4  0.002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1058  phage transcriptional regulator, AlpA  32.81 
 
 		 88 aa  42.7  0.002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4006  AlpA family transcriptional regulator  32.81 
 
 		 88 aa  42.7  0.002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3111  phage transcriptional regulator, AlpA  40 
 
 		 86 aa  42.4  0.002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0063  hypothetical protein  39.62 
 
 		 73 aa  42  0.003  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0150  phage transcriptional regulator, AlpA  38.18 
 
 		 71 aa  42  0.003  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4521  phage transcriptional regulator, AlpA  38.18 
 
 		 71 aa  42  0.003  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.243833 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1156  phage transcriptional regulator, AlpA  38.18 
 
 		 71 aa  42  0.003  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02082  phage transcriptional regulator, AlpA  35 
 
 		 70 aa  42  0.003  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.376453  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1143  phage transcriptional regulator, AlpA  36.36 
 
 		 68 aa  42  0.003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.21173  hitchhiker  0.0000168687 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0653  phage transcriptional regulator, AlpA  37.5 
 
 		 75 aa  42  0.003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0437376  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2652  AlpA family transcriptional regulator  29.51 
 
 		 76 aa  41.6  0.003  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00696014  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1335  prophage CP4-57 regulatory protein  37.7 
 
 		 68 aa  41.6  0.003  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0482  phage transcriptional regulator, AlpA  36.54 
 
 		 56 aa  41.6  0.004  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3562  phage transcriptional regulator, AlpA  40 
 
 		 94 aa  41.2  0.004  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1173  phage transcriptional regulator, AlpA  40 
 
 		 94 aa  41.2  0.004  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.436282  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6373  phage transcriptional regulator, AlpA  33.85 
 
 		 71 aa  41.6  0.004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0267057  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0993  phage transcriptional regulator, AlpA  34.92 
 
 		 68 aa  41.6  0.004  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  hitchhiker  0.000350598  decreased coverage  0.00000494305 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0440  Phage transcriptional regulator, AlpA  39.22 
 
 		 80 aa  41.6  0.004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1542  phage transcriptional regulator, AlpA  33.85 
 
 		 76 aa  41.2  0.005  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.417665 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0315  prophage CP4-57 regulatory  34.38 
 
 		 98 aa  41.2  0.005  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2277  prophage CP4-57 regulatory  33.33 
 
 		 71 aa  40.8  0.006  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.19411 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3522  phage transcriptional regulator, AlpA  42 
 
 		 65 aa  40.8  0.006  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3427  phage transcriptional regulator, AlpA  28.85 
 
 		 70 aa  40.8  0.006  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0443  phage transcriptional regulator, AlpA  36.36 
 
 		 66 aa  40.8  0.007  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.614779 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0154  phage transcriptional regulator, AlpA  35.29 
 
 		 80 aa  40.8  0.007  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.77914  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1258  phage transcriptional regulator, AlpA  36 
 
 		 61 aa  40.8  0.007  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.496683 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2902  phage transcriptional regulator, AlpA  33.96 
 
 		 69 aa  40.4  0.007  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2566  prophage CP4-57 regulatory  30.91 
 
 		 91 aa  40.8  0.007  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.37333 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1133  phage transcriptional regulator, AlpA  38 
 
 		 129 aa  40.4  0.008  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0932  phage transcriptional regulator, AlpA  38.46 
 
 		 76 aa  40.4  0.009  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.412381  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>