71 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene VC0395_A2683 on replicon NC_009457
Organism: Vibrio cholerae O395



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009457  VC0395_A2683  phage transcriptional regulator, AlpA  100 
 
 		 77 aa  157  5e-38  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000806139  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0386  DNA-binding protein, putative  61.29 
 
 		 82 aa  76.3  0.0000000000001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3752  phage transcriptional regulator, AlpA  64.71 
 
 		 93 aa  67.4  0.00000000007  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.433172  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0551  phage transcriptional regulator, AlpA  52.63 
 
 		 80 aa  67  0.00000000008  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0922  phage transcriptional regulator, AlpA  59.26 
 
 		 78 aa  66.6  0.0000000001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.124152  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0347  phage transcriptional regulator, AlpA  45.16 
 
 		 81 aa  63.2  0.000000001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.24522 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3781  hypothetical protein  56.9 
 
 		 75 aa  62  0.000000003  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.650876 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1062  phage transcriptional regulator, AlpA  43.94 
 
 		 75 aa  60.8  0.000000006  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.979085  normal  0.790745 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2902  phage transcriptional regulator, AlpA  47.69 
 
 		 69 aa  60.1  0.00000001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0315  prophage CP4-57 regulatory  58.33 
 
 		 98 aa  58.5  0.00000003  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0941  AlpA family transcriptional regulator  49.02 
 
 		 74 aa  55.8  0.0000002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.30814  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2186  prophage CP4-57 regulatory protein (AlpA)  41.18 
 
 		 85 aa  55.5  0.0000002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0232094  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2017  hypothetical protein  39.06 
 
 		 86 aa  53.1  0.000001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.425283  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3427  phage transcriptional regulator, AlpA  41.51 
 
 		 70 aa  52.8  0.000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2339  phage transcriptional regulator, AlpA  39.22 
 
 		 73 aa  50.8  0.000006  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4520  phage transcriptional regulator, AlpA  37.88 
 
 		 88 aa  50.4  0.000007  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2950  hypothetical protein  41.07 
 
 		 103 aa  49.7  0.00001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.058037  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1058  phage transcriptional regulator, AlpA  37.25 
 
 		 88 aa  49.7  0.00001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4006  AlpA family transcriptional regulator  37.25 
 
 		 88 aa  49.7  0.00001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0048  phage transcriptional regulator, AlpA  37.25 
 
 		 88 aa  49.7  0.00001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2255  phage transcriptional regulator, AlpA  38.98 
 
 		 88 aa  48.1  0.00004  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.379253  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3562  phage transcriptional regulator, AlpA  36.07 
 
 		 94 aa  47  0.00009  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1173  phage transcriptional regulator, AlpA  36.07 
 
 		 94 aa  47  0.00009  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.436282  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4519  phage transcriptional regulator, AlpA  37.04 
 
 		 90 aa  45.4  0.0002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0241  phage transcriptional regulator, AlpA  35.94 
 
 		 73 aa  45.4  0.0003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1133  phage transcriptional regulator, AlpA  32.84 
 
 		 129 aa  45.1  0.0003  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0635  phage transcriptional regulator, AlpA  34.43 
 
 		 72 aa  45.4  0.0003  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.1566  normal  0.0401138 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2812  phage transcriptional regulator, AlpA  37.29 
 
 		 72 aa  44.3  0.0006  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.652167  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1265  phage transcriptional regulator, AlpA  31.08 
 
 		 127 aa  43.9  0.0007  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.637502  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0882  phage transcriptional regulator, AlpA  35.42 
 
 		 75 aa  42.7  0.001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3119  phage transcriptional regulator, AlpA  35.71 
 
 		 58 aa  43.1  0.001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.0000632591  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0482  phage transcriptional regulator, AlpA  43.4 
 
 		 56 aa  43.1  0.001  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0948  phage transcriptional regulator, AlpA  31.67 
 
 		 66 aa  43.1  0.001  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0481  phage transcriptional regulator, AlpA  38 
 
 		 70 aa  43.1  0.001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.922024  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1667  phage transcriptional regulator, AlpA  38 
 
 		 70 aa  43.1  0.001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.215931  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3863  AlpA family protein  31.67 
 
 		 66 aa  43.1  0.001  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.0520497  hitchhiker  0.0087856 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3429  DNA-binding protein, putative  32.08 
 
 		 80 aa  42.7  0.001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  hitchhiker  0.000259221  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0893  AlpA family protein  31.67 
 
 		 66 aa  43.1  0.001  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3481  phage transcriptional regulator, AlpA  28.36 
 
 		 127 aa  43.5  0.001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1156  phage transcriptional regulator, AlpA  42.86 
 
 		 71 aa  43.5  0.001  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1468  phage transcriptional regulator, AlpA  31.43 
 
 		 136 aa  42.4  0.002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0978574  normal  0.521864 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0638  phage transcriptional regulator, AlpA  44.19 
 
 		 66 aa  42.7  0.002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0720576 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1406  putative transcriptional regulator  34 
 
 		 76 aa  42.7  0.002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1382  transcriptional regulator  35.29 
 
 		 68 aa  42.7  0.002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1859  phage transcriptional regulator, AlpA  35.19 
 
 		 143 aa  42.4  0.002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.44263  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2332  phage transcriptional regulator, AlpA  37.25 
 
 		 72 aa  42  0.002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0363  DNA-binding protein, putative  50 
 
 		 76 aa  41.6  0.003  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.15227  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2784  phage transcriptional regulator, AlpA  36.36 
 
 		 66 aa  41.6  0.003  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.834885  normal  0.857348 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1000  phage transcriptional regulator, AlpA  37.25 
 
 		 72 aa  41.6  0.003  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3275  phage transcriptional regulator, AlpA  35.29 
 
 		 86 aa  42  0.003  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2960  phage DNA binding protein  35.29 
 
 		 88 aa  42  0.003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.630956  hitchhiker  0.00000157452 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0154  phage transcriptional regulator, AlpA  36.84 
 
 		 80 aa  42  0.003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.77914  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3106  phage transcriptional regulator, AlpA  35.29 
 
 		 88 aa  42  0.003  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.19989 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6511  phage transcriptional regulator, AlpA  37.04 
 
 		 77 aa  41.2  0.004  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0716  phage transcriptional regulator, AlpA  35.29 
 
 		 86 aa  41.6  0.004  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1159  phage transcriptional regulator, AlpA  34 
 
 		 62 aa  41.6  0.004  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0925485  normal  0.345427 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0434  putative prophage CP4-57 regulatory protein  38.18 
 
 		 72 aa  41.6  0.004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0988805  normal  0.918772 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0653  phage transcriptional regulator, AlpA  33.33 
 
 		 75 aa  41.2  0.005  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0437376  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0440  Phage transcriptional regulator, AlpA  39.62 
 
 		 80 aa  41.2  0.005  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_04065  phage transcriptional regulator, AlpA  37.25 
 
 		 80 aa  40.8  0.006  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1777  phage transcriptional regulator, AlpA  33.93 
 
 		 73 aa  40.8  0.006  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.235945 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2662  Phage transcriptional regulator, AlpA  37.04 
 
 		 78 aa  40.8  0.007  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.687834  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1687  phage transcriptional regulator, AlpA  32.73 
 
 		 64 aa  40.4  0.007  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02082  phage transcriptional regulator, AlpA  33.33 
 
 		 70 aa  40.4  0.007  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.376453  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2652  phage transcriptional regulator, AlpA  41.18 
 
 		 71 aa  40.4  0.007  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0273  phage transcriptional regulator, AlpA  41.18 
 
 		 71 aa  40.4  0.007  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.334205  normal  0.0643219 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0243  phage transcriptional regulator, AlpA  33.96 
 
 		 74 aa  40.4  0.008  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.95474  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2141  prophage CP4-57 regulatory  31.67 
 
 		 98 aa  40.4  0.008  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.35973  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0340  phage transcriptional regulator, AlpA  54.84 
 
 		 75 aa  40.4  0.008  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0668  hypothetical protein  31.37 
 
 		 65 aa  40  0.01  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.778257  hitchhiker  0.000000528136 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2218  phage transcriptional regulator, AlpA  32.2 
 
 		 99 aa  40  0.01  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.353724 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>