42 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SO_0386 on replicon NC_004347
Organism: Shewanella oneidensis MR-1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004347  SO_0386  DNA-binding protein, putative  100 
 
 		 82 aa  164  2.9999999999999998e-40  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2683  phage transcriptional regulator, AlpA  61.29 
 
 		 77 aa  76.3  0.0000000000001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000806139  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3781  hypothetical protein  51.85 
 
 		 75 aa  65.5  0.0000000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.650876 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0922  phage transcriptional regulator, AlpA  55.77 
 
 		 78 aa  63.2  0.000000001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.124152  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0941  AlpA family transcriptional regulator  48.21 
 
 		 74 aa  62  0.000000003  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.30814  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3752  phage transcriptional regulator, AlpA  45.83 
 
 		 93 aa  62  0.000000003  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.433172  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0551  phage transcriptional regulator, AlpA  45.16 
 
 		 80 aa  60.5  0.000000007  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0315  prophage CP4-57 regulatory  53.85 
 
 		 98 aa  57.8  0.00000005  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2902  phage transcriptional regulator, AlpA  62.26 
 
 		 69 aa  57.4  0.00000006  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0347  phage transcriptional regulator, AlpA  41.38 
 
 		 81 aa  57.4  0.00000007  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.24522 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2186  prophage CP4-57 regulatory protein (AlpA)  39.66 
 
 		 85 aa  52.4  0.000002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0232094  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2339  phage transcriptional regulator, AlpA  38.46 
 
 		 73 aa  49.7  0.00001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0932  phage transcriptional regulator, AlpA  36.92 
 
 		 76 aa  47.8  0.00006  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.412381  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2017  hypothetical protein  44.64 
 
 		 86 aa  47  0.00008  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.425283  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2812  phage transcriptional regulator, AlpA  36.36 
 
 		 72 aa  46.6  0.0001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.652167  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3106  phage transcriptional regulator, AlpA  37.04 
 
 		 88 aa  44.3  0.0005  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.19989 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_04065  phage transcriptional regulator, AlpA  38.6 
 
 		 80 aa  44.3  0.0006  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3275  phage transcriptional regulator, AlpA  38.46 
 
 		 86 aa  43.9  0.0007  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2332  phage transcriptional regulator, AlpA  34.55 
 
 		 72 aa  43.9  0.0007  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1667  phage transcriptional regulator, AlpA  38 
 
 		 70 aa  44.3  0.0007  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.215931  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0716  phage transcriptional regulator, AlpA  39.22 
 
 		 86 aa  43.5  0.001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0481  phage transcriptional regulator, AlpA  38 
 
 		 70 aa  43.5  0.001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.922024  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3427  phage transcriptional regulator, AlpA  33.33 
 
 		 70 aa  43.5  0.001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0635  phage transcriptional regulator, AlpA  36.54 
 
 		 72 aa  43.5  0.001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.1566  normal  0.0401138 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1000  phage transcriptional regulator, AlpA  36.54 
 
 		 72 aa  43.5  0.001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02082  phage transcriptional regulator, AlpA  33.96 
 
 		 70 aa  42.4  0.002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.376453  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1159  phage transcriptional regulator, AlpA  36 
 
 		 62 aa  42  0.003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0925485  normal  0.345427 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0482  phage transcriptional regulator, AlpA  43.14 
 
 		 56 aa  42  0.003  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4755  phage transcriptional regulator, AlpA  38 
 
 		 60 aa  41.6  0.004  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4006  AlpA family transcriptional regulator  34.62 
 
 		 88 aa  41.6  0.004  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1058  phage transcriptional regulator, AlpA  34.62 
 
 		 88 aa  41.6  0.004  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0048  phage transcriptional regulator, AlpA  34.62 
 
 		 88 aa  41.2  0.004  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0653  phage transcriptional regulator, AlpA  37.25 
 
 		 75 aa  41.6  0.004  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0437376  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2960  phage DNA binding protein  33.96 
 
 		 88 aa  41.2  0.005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.630956  hitchhiker  0.00000157452 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1062  phage transcriptional regulator, AlpA  31.88 
 
 		 75 aa  41.2  0.005  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.979085  normal  0.790745 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2950  hypothetical protein  36 
 
 		 103 aa  40.8  0.006  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.058037  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1363  AlpA family transcriptional regulator  48.65 
 
 		 66 aa  40.4  0.008  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.129507  hitchhiker  0.00109178 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1751  Phage transcriptional regulator, AlpA  42.22 
 
 		 79 aa  40.4  0.008  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.1124  normal  0.416635 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1231  Phage transcriptional regulator, AlpA  36 
 
 		 70 aa  40.4  0.008  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0316  phage DNA binding protein  32.79 
 
 		 86 aa  40.4  0.009  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.370656 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3481  phage transcriptional regulator, AlpA  34 
 
 		 127 aa  40  0.01  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3429  DNA-binding protein, putative  35.29 
 
 		 80 aa  40  0.01  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  hitchhiker  0.000259221  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>