28 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_5807 on replicon NC_009621
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009621  Smed_5807  phage transcriptional regulator, AlpA  100 
 
 		 91 aa  184  5e-46  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.600163  normal  0.0888575 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0497  phage transcriptional regulator, AlpA  76.83 
 
 		 91 aa  131  3.9999999999999996e-30  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2893  phage transcriptional regulator, AlpA  71.43 
 
 		 95 aa  127  7.000000000000001e-29  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.0941309 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2141  prophage CP4-57 regulatory  67.02 
 
 		 98 aa  124  6e-28  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.35973  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3562  phage transcriptional regulator, AlpA  64.71 
 
 		 94 aa  105  2e-22  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1173  phage transcriptional regulator, AlpA  64.71 
 
 		 94 aa  105  2e-22  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.436282  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1265  phage transcriptional regulator, AlpA  62.22 
 
 		 127 aa  105  3e-22  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.637502  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3481  phage transcriptional regulator, AlpA  60.87 
 
 		 127 aa  105  3e-22  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1468  phage transcriptional regulator, AlpA  61.63 
 
 		 136 aa  103  1e-21  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0978574  normal  0.521864 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3111  phage transcriptional regulator, AlpA  60.47 
 
 		 86 aa  101  3e-21  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2018  phage transcriptional regulator, AlpA  62.2 
 
 		 128 aa  96.7  9e-20  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1133  phage transcriptional regulator, AlpA  52.81 
 
 		 129 aa  90.9  5e-18  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3362  phage transcriptional regulator, AlpA  58.54 
 
 		 117 aa  90.5  7e-18  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.253587  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2218  phage transcriptional regulator, AlpA  56.18 
 
 		 99 aa  85.9  2e-16  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.353724 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0353  Phage transcriptional regulator, AlpA  56.14 
 
 		 69 aa  69.7  0.00000000001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1725  phage transcriptional regulator, AlpA  52.38 
 
 		 74 aa  67.4  0.00000000007  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2545  phage transcriptional regulator, AlpA  50.72 
 
 		 81 aa  66.6  0.0000000001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.227611  hitchhiker  0.000981483 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2652  AlpA family transcriptional regulator  47.83 
 
 		 76 aa  65.9  0.0000000002  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00696014  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0616  prophage CP4-57 regulatory  48.61 
 
 		 81 aa  65.1  0.0000000004  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3870  phage transcriptional regulator, AlpA  42.31 
 
 		 80 aa  60.1  0.00000001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0363  DNA-binding protein, putative  47.69 
 
 		 76 aa  60.1  0.00000001  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.15227  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1897  hypothetical protein  40 
 
 		 71 aa  48.1  0.00004  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.088473  normal  0.90287 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2362  phage transcriptional regulator, AlpA  39.34 
 
 		 76 aa  46.2  0.0002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.566785 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2186  prophage CP4-57 regulatory protein (AlpA)  40.74 
 
 		 85 aa  43.9  0.0009  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0232094  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0941  AlpA family transcriptional regulator  42.31 
 
 		 74 aa  43.5  0.001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.30814  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1751  Phage transcriptional regulator, AlpA  39.22 
 
 		 79 aa  40.8  0.007  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.1124  normal  0.416635 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001834  predicted transcriptional regulator  45 
 
 		 62 aa  40.4  0.008  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0340  phage transcriptional regulator, AlpA  38.18 
 
 		 75 aa  40.4  0.008  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>