35 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shew_1259 on replicon NC_009092
Organism: Shewanella loihica PV-4



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009092  Shew_1259  phage transcriptional regulator, AlpA  100 
 
 
52 aa  104  5e-22  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal  0.477494 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1777  phage transcriptional regulator, AlpA  63.64 
 
 
73 aa  50.8  0.000006  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal  0.235945 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1260  phage transcriptional regulator, AlpA  53.85 
 
 
67 aa  49.7  0.00001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1363  AlpA family transcriptional regulator  45 
 
 
66 aa  47.4  0.00006  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.129507  hitchhiker  0.00109178 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3522  phage transcriptional regulator, AlpA  50 
 
 
65 aa  47  0.00009  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0381  phage transcriptional regulator, AlpA  50 
 
 
66 aa  46.2  0.0002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000563179 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0635  phage transcriptional regulator, AlpA  54.29 
 
 
72 aa  45.1  0.0004  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.1566  normal  0.0401138 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3709  phage transcriptional regulator, AlpA  57.14 
 
 
67 aa  44.3  0.0005  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3697  phage transcriptional regulator, AlpA  57.14 
 
 
67 aa  44.3  0.0005  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0664555  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3550  phage transcriptional regulator, AlpA  57.14 
 
 
67 aa  44.3  0.0005  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0653  phage transcriptional regulator, AlpA  56.25 
 
 
75 aa  43.9  0.0008  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0437376  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1687  phage transcriptional regulator, AlpA  48.57 
 
 
64 aa  43.5  0.001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0384  phage transcriptional regulator, AlpA  52.38 
 
 
65 aa  43.1  0.001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000580996 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0962  putative bacteriophage DNA-binding transcription regulator protein  47.22 
 
 
88 aa  43.1  0.001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.907406 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2812  phage transcriptional regulator, AlpA  48.57 
 
 
72 aa  43.1  0.001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.652167  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_17010  Prophage CP4-57 regulatory, AlpA-like protein  54.55 
 
 
95 aa  43.1  0.001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1159  phage transcriptional regulator, AlpA  45.95 
 
 
62 aa  43.5  0.001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0925485  normal  0.345427 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1496  phage transcriptional regulator, AlpA  48.57 
 
 
64 aa  43.1  0.001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2364  phage transcriptional regulator, AlpA  44.44 
 
 
70 aa  42.4  0.002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.754995  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2960  phage DNA binding protein  45.71 
 
 
88 aa  42.4  0.002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.630956  hitchhiker  0.00000157452 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1000  phage transcriptional regulator, AlpA  51.43 
 
 
72 aa  42.7  0.002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0316  phage DNA binding protein  51.43 
 
 
86 aa  42.4  0.002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.370656 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4842  phage transcriptional regulator, AlpA  51.43 
 
 
86 aa  42.4  0.002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.257562 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2362  phage transcriptional regulator, AlpA  37.25 
 
 
76 aa  42.7  0.002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.566785 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1406  putative transcriptional regulator  56.25 
 
 
76 aa  42.4  0.002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4755  phage transcriptional regulator, AlpA  44.44 
 
 
60 aa  42  0.003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2332  phage transcriptional regulator, AlpA  48.57 
 
 
72 aa  41.6  0.003  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2950  hypothetical protein  50 
 
 
103 aa  42  0.003  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.058037  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1258  phage transcriptional regulator, AlpA  51.52 
 
 
61 aa  41.2  0.004  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal  0.496683 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1231  Phage transcriptional regulator, AlpA  45.71 
 
 
70 aa  41.2  0.005  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2153  phage transcriptional regulator, AlpA  57.14 
 
 
81 aa  41.2  0.005  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2913  phage transcriptional regulator, AlpA  44.44 
 
 
71 aa  40.8  0.006  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1667  phage transcriptional regulator, AlpA  45.71 
 
 
70 aa  40.8  0.006  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.215931  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_04065  phage transcriptional regulator, AlpA  45.16 
 
 
80 aa  40.4  0.008  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0481  phage transcriptional regulator, AlpA  45.71 
 
 
70 aa  40.4  0.008  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.922024  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>