64 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Nham_2033 on replicon NC_007964
Organism: Nitrobacter hamburgensis X14



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007964  Nham_2033  phage transcriptional regulator, AlpA  100 
 
 		 68 aa  141  4e-33  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.917064  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3429  DNA-binding protein, putative  43.75 
 
 		 80 aa  52.4  0.000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  hitchhiker  0.000259221  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1156  phage transcriptional regulator, AlpA  41.67 
 
 		 71 aa  52  0.000003  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3522  phage transcriptional regulator, AlpA  46 
 
 		 65 aa  52  0.000003  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0882  phage transcriptional regulator, AlpA  43.1 
 
 		 75 aa  52  0.000003  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2390  prophage CP4-57 regulatory protein (AlpA)  42 
 
 		 78 aa  51.2  0.000004  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.179728  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2749  phage transcriptional regulator, AlpA  44 
 
 		 67 aa  51.2  0.000005  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.496617  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3427  phage transcriptional regulator, AlpA  37.5 
 
 		 70 aa  51.2  0.000005  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3994  phage transcriptional regulator, AlpA  40.82 
 
 		 78 aa  50.4  0.000008  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.168145  normal  0.273173 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1406  putative transcriptional regulator  43.75 
 
 		 76 aa  50.4  0.000008  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4349  phage transcriptional regulator, AlpA  44 
 
 		 74 aa  50.1  0.000009  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000832793 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1260  phage transcriptional regulator, AlpA  44 
 
 		 67 aa  50.1  0.00001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0381  phage transcriptional regulator, AlpA  46 
 
 		 66 aa  49.7  0.00001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000563179 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0384  phage transcriptional regulator, AlpA  44 
 
 		 65 aa  48.5  0.00003  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000580996 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4520  phage transcriptional regulator, AlpA  40 
 
 		 88 aa  48.5  0.00003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0434  putative prophage CP4-57 regulatory protein  43.75 
 
 		 72 aa  47.8  0.00005  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0988805  normal  0.918772 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0962  putative bacteriophage DNA-binding transcription regulator protein  41.67 
 
 		 88 aa  47.4  0.00006  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.907406 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2950  hypothetical protein  34 
 
 		 103 aa  47  0.00009  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.058037  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2255  phage transcriptional regulator, AlpA  38 
 
 		 88 aa  47  0.00009  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.379253  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4755  phage transcriptional regulator, AlpA  40 
 
 		 60 aa  46.6  0.0001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1542  phage transcriptional regulator, AlpA  44 
 
 		 76 aa  47  0.0001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.417665 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0150  phage transcriptional regulator, AlpA  41.67 
 
 		 71 aa  46.2  0.0001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3413  phage transcriptional regulator, AlpA  39.58 
 
 		 71 aa  46.6  0.0001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00533865 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6373  phage transcriptional regulator, AlpA  43.75 
 
 		 71 aa  46.2  0.0001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0267057  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0638  phage transcriptional regulator, AlpA  37.5 
 
 		 66 aa  45.8  0.0002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0720576 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0412  Phage transcriptional regulator, AlpA  37.5 
 
 		 75 aa  45.4  0.0002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.338686  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2652  phage transcriptional regulator, AlpA  39.58 
 
 		 71 aa  45.8  0.0002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0443  phage transcriptional regulator, AlpA  43.75 
 
 		 66 aa  46.2  0.0002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.614779 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0273  phage transcriptional regulator, AlpA  39.58 
 
 		 71 aa  45.8  0.0002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.334205  normal  0.0643219 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0241  phage transcriptional regulator, AlpA  39.58 
 
 		 73 aa  45.8  0.0002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2153  phage transcriptional regulator, AlpA  39.58 
 
 		 81 aa  45.8  0.0002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008036  Sala_3216  phage transcriptional regulator, AlpA  41.67 
 
 		 68 aa  45.1  0.0003  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2277  prophage CP4-57 regulatory  43.75 
 
 		 71 aa  45.1  0.0003  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.19411 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0993  phage transcriptional regulator, AlpA  41.67 
 
 		 68 aa  45.1  0.0003  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  hitchhiker  0.000350598  decreased coverage  0.00000494305 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1777  phage transcriptional regulator, AlpA  37.5 
 
 		 73 aa  45.1  0.0003  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.235945 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4521  phage transcriptional regulator, AlpA  41.67 
 
 		 71 aa  44.7  0.0004  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.243833 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1424  phage transcriptional regulator, AlpA  38.18 
 
 		 61 aa  44.3  0.0006  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.435044  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1382  transcriptional regulator  36.54 
 
 		 68 aa  44.3  0.0006  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003245  predicted transcriptional regulator  38.33 
 
 		 96 aa  43.9  0.0007  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0482  phage transcriptional regulator, AlpA  40 
 
 		 56 aa  43.9  0.0008  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0102  phage transcriptional regulator, AlpA  37.5 
 
 		 71 aa  43.5  0.0008  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.11769 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1700  phage transcriptional regulator, AlpA  37.5 
 
 		 64 aa  43.9  0.0008  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.843747  normal  0.0591517 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6511  phage transcriptional regulator, AlpA  37.5 
 
 		 77 aa  43.5  0.0009  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0336  phage transcriptional regulator, AlpA  39.58 
 
 		 66 aa  43.5  0.001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0440  Phage transcriptional regulator, AlpA  41.67 
 
 		 80 aa  43.1  0.001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1159  phage transcriptional regulator, AlpA  34 
 
 		 62 aa  43.1  0.001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0925485  normal  0.345427 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1687  phage transcriptional regulator, AlpA  39.58 
 
 		 64 aa  43.5  0.001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2907  hypothetical protein  33.33 
 
 		 69 aa  43.5  0.001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00184004 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004310  phage transcriptional regulator AlpA  37.25 
 
 		 66 aa  42.7  0.002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.207831  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0683  phage transcriptional regulator, AlpA  40.82 
 
 		 69 aa  42.4  0.002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1598  phage transcriptional regulator, AlpA  43.59 
 
 		 79 aa  42.4  0.002  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0771353  normal  0.422154 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2362  phage transcriptional regulator, AlpA  36 
 
 		 76 aa  42  0.002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.566785 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1143  phage transcriptional regulator, AlpA  37.5 
 
 		 68 aa  42.4  0.002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.21173  hitchhiker  0.0000168687 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0154  phage transcriptional regulator, AlpA  39.58 
 
 		 80 aa  42  0.003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.77914  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2372  prophage CP4-57 regulatory  30.51 
 
 		 67 aa  42  0.003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.296006  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3333  phage transcriptional regulator, AlpA  30.65 
 
 		 74 aa  41.6  0.004  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.480185  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1496  phage transcriptional regulator, AlpA  37.5 
 
 		 64 aa  41.6  0.004  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1363  AlpA family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 66 aa  41.2  0.004  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.129507  hitchhiker  0.00109178 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0243  phage transcriptional regulator, AlpA  34.62 
 
 		 74 aa  41.6  0.004  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.95474  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2784  phage transcriptional regulator, AlpA  36 
 
 		 66 aa  41.2  0.005  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.834885  normal  0.857348 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1859  phage transcriptional regulator, AlpA  33.33 
 
 		 143 aa  41.2  0.005  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.44263  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0868  prophage regulatory protein AlpA  40.74 
 
 		 93 aa  41.2  0.005  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.0624005  normal  0.678014 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3238  phage transcriptional regulator, AlpA  35.29 
 
 		 96 aa  41.2  0.005  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  hitchhiker  0.00555486  normal  0.294063 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4519  phage transcriptional regulator, AlpA  34 
 
 		 90 aa  40.4  0.008  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>