102 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_3994 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009439  Pmen_3994  phage transcriptional regulator, AlpA  100 
 
 		 78 aa  160  5.0000000000000005e-39  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.168145  normal  0.273173 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2372  prophage CP4-57 regulatory  46.38 
 
 		 67 aa  69.3  0.00000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.296006  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4148  phage transcriptional regulator, AlpA  47.17 
 
 		 55 aa  58.2  0.00000004  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.260842  normal  0.601946 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3429  DNA-binding protein, putative  46.15 
 
 		 80 aa  57.8  0.00000005  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  hitchhiker  0.000259221  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3427  phage transcriptional regulator, AlpA  46.15 
 
 		 70 aa  57  0.00000008  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0763  AlpA family protein  39.22 
 
 		 69 aa  53.5  0.0000009  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1156  phage transcriptional regulator, AlpA  38.33 
 
 		 71 aa  52.8  0.000002  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2907  hypothetical protein  46 
 
 		 69 aa  52.4  0.000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00184004 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1687  phage transcriptional regulator, AlpA  48.21 
 
 		 64 aa  52.4  0.000002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1730  phage transcriptional regulator, AlpA  52.94 
 
 		 72 aa  52.8  0.000002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.907409  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3196  AlpA family transcriptional regulator  29.73 
 
 		 78 aa  51.6  0.000003  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3413  phage transcriptional regulator, AlpA  44 
 
 		 71 aa  50.4  0.000007  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00533865 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2033  phage transcriptional regulator, AlpA  40.82 
 
 		 68 aa  50.4  0.000008  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.917064  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4782  AlpA family transcriptional regulator  29.17 
 
 		 77 aa  50.4  0.000008  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.320716 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0893  AlpA family protein  43.1 
 
 		 66 aa  50.4  0.000009  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3863  AlpA family protein  43.1 
 
 		 66 aa  50.4  0.000009  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.0520497  hitchhiker  0.0087856 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0948  phage transcriptional regulator, AlpA  43.1 
 
 		 66 aa  50.4  0.000009  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1258  phage transcriptional regulator, AlpA  44.07 
 
 		 61 aa  49.7  0.00001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.496683 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_04065  phage transcriptional regulator, AlpA  41.51 
 
 		 80 aa  50.1  0.00001  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1496  phage transcriptional regulator, AlpA  46.43 
 
 		 64 aa  49.7  0.00001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1597  phage transcriptional regulator, AlpA  42.62 
 
 		 72 aa  50.1  0.00001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1424  phage transcriptional regulator, AlpA  37.5 
 
 		 61 aa  48.9  0.00002  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.435044  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2135  prophage CP4-57 regulatory protein AlpA  31.75 
 
 		 92 aa  49.3  0.00002  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4887  prophage CP4-57 regulatory protein AlpA  31.75 
 
 		 92 aa  49.3  0.00002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2530  phage transcriptional regulator, AlpA  44.64 
 
 		 71 aa  49.3  0.00002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2878  phage transcriptional regulator, AlpA  33.96 
 
 		 68 aa  48.9  0.00002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.891339  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2904  phage transcriptional regulator, AlpA  41.38 
 
 		 68 aa  48.5  0.00003  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.438187 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1696  phage transcriptional regulator, AlpA  44.9 
 
 		 68 aa  48.5  0.00003  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.470891  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3391  prophage CP4-57 regulatory protein  27.4 
 
 		 76 aa  48.1  0.00004  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2153  phage transcriptional regulator, AlpA  41.18 
 
 		 81 aa  47.8  0.00005  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3522  phage transcriptional regulator, AlpA  40.82 
 
 		 65 aa  47.8  0.00006  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2332  phage transcriptional regulator, AlpA  34.85 
 
 		 72 aa  47.4  0.00007  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0240  prophage CP4-57 regulatory protein (AlpA)  40.98 
 
 		 72 aa  47.4  0.00007  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.608084  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2092  hypothetical protein  44 
 
 		 72 aa  47.4  0.00007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2334  hypothetical protein  44 
 
 		 72 aa  47.4  0.00007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.31954  hitchhiker  0.0000000198775 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0962  putative bacteriophage DNA-binding transcription regulator protein  34.38 
 
 		 88 aa  47  0.00008  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.907406 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3885  phage transcriptional regulator, AlpA  35.94 
 
 		 68 aa  47.4  0.00008  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0683  phage transcriptional regulator, AlpA  43.86 
 
 		 69 aa  46.6  0.0001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3140  phage transcriptional regulator, AlpA  33.96 
 
 		 68 aa  46.2  0.0001  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1511  phage transcriptional regulator, AlpA  33.85 
 
 		 81 aa  45.8  0.0002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1935  phage transcriptional regulator, AlpA  36.07 
 
 		 75 aa  46.2  0.0002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0482  phage transcriptional regulator, AlpA  35.71 
 
 		 56 aa  46.2  0.0002  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2193  prophage CP4-57 regulatory  36.84 
 
 		 87 aa  45.1  0.0003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004310  phage transcriptional regulator AlpA  30.51 
 
 		 66 aa  45.1  0.0003  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.207831  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0412  Phage transcriptional regulator, AlpA  35.85 
 
 		 75 aa  45.4  0.0003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.338686  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1363  AlpA family transcriptional regulator  40.82 
 
 		 66 aa  45.1  0.0003  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.129507  hitchhiker  0.00109178 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1076  prophage CP4-57 regulatory protein AlpA  32.76 
 
 		 68 aa  45.1  0.0003  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.154592 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2812  phage transcriptional regulator, AlpA  35.38 
 
 		 72 aa  45.1  0.0003  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.652167  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_17010  Prophage CP4-57 regulatory, AlpA-like protein  46.94 
 
 		 95 aa  45.4  0.0003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3550  phage transcriptional regulator, AlpA  38.78 
 
 		 67 aa  45.1  0.0003  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3697  phage transcriptional regulator, AlpA  38.78 
 
 		 67 aa  45.1  0.0003  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0664555  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3709  phage transcriptional regulator, AlpA  38.78 
 
 		 67 aa  45.1  0.0003  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0522  phage transcriptional regulator  33.33 
 
 		 73 aa  45.1  0.0004  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.527959  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2950  hypothetical protein  40.82 
 
 		 103 aa  44.3  0.0005  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.058037  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2993  Phage transcriptional regulator, AlpA  40.82 
 
 		 86 aa  44.7  0.0005  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2784  phage transcriptional regulator, AlpA  32.2 
 
 		 66 aa  44.3  0.0005  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.834885  normal  0.857348 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1777  phage transcriptional regulator, AlpA  33.9 
 
 		 73 aa  44.3  0.0005  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.235945 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2390  prophage CP4-57 regulatory protein (AlpA)  29.31 
 
 		 78 aa  44.7  0.0005  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.179728  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0635  phage transcriptional regulator, AlpA  40.82 
 
 		 72 aa  44.3  0.0005  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.1566  normal  0.0401138 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1231  Phage transcriptional regulator, AlpA  33.93 
 
 		 70 aa  44.3  0.0006  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4141  phage transcriptional regulator, AlpA  35.71 
 
 		 70 aa  44.3  0.0006  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0715374  hitchhiker  0.0000772725 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4693  AlpA family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 57 aa  44.3  0.0006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1000  phage transcriptional regulator, AlpA  37.74 
 
 		 72 aa  44.3  0.0006  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0316  phage DNA binding protein  31.25 
 
 		 86 aa  43.9  0.0008  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.370656 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2289  phage transcriptional regulator, AlpA  35.71 
 
 		 70 aa  43.1  0.001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00398001  hitchhiker  0.0000834169 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1320  phage transcriptional regulator, AlpA  35.71 
 
 		 70 aa  43.1  0.001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.362532  normal  0.0773061 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1454  phage transcriptional regulator, AlpA  38.78 
 
 		 70 aa  43.1  0.001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0241  phage transcriptional regulator, AlpA  32.76 
 
 		 73 aa  43.5  0.001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4842  phage transcriptional regulator, AlpA  35.71 
 
 		 86 aa  43.5  0.001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.257562 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1611  phage transcriptional regulator, AlpA  35.48 
 
 		 74 aa  43.1  0.001  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0193561  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1667  phage transcriptional regulator, AlpA  36.67 
 
 		 70 aa  43.5  0.001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.215931  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3376  phage transcriptional regulator, AlpA  36.73 
 
 		 70 aa  42.4  0.002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.658853  normal  0.605571 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0048  phage transcriptional regulator, AlpA  33.33 
 
 		 88 aa  42.4  0.002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1058  phage transcriptional regulator, AlpA  33.33 
 
 		 88 aa  42.4  0.002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4006  AlpA family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 88 aa  42.4  0.002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0668  hypothetical protein  38.46 
 
 		 65 aa  42.7  0.002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.778257  hitchhiker  0.000000528136 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0381  phage transcriptional regulator, AlpA  34.69 
 
 		 66 aa  42.4  0.002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000563179 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0384  phage transcriptional regulator, AlpA  37.5 
 
 		 65 aa  42.7  0.002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000580996 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1390  phage transcriptional regulator, AlpA  38.46 
 
 		 70 aa  42.7  0.002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0150  phage transcriptional regulator, AlpA  35.71 
 
 		 71 aa  41.6  0.003  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0243  phage transcriptional regulator, AlpA  32.14 
 
 		 74 aa  42  0.003  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.95474  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1131  phage transcriptional regulator, AlpA  30.16 
 
 		 69 aa  42  0.003  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.232619  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2913  phage transcriptional regulator, AlpA  30.3 
 
 		 71 aa  41.6  0.003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1260  phage transcriptional regulator, AlpA  36.73 
 
 		 67 aa  42  0.003  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0481  phage transcriptional regulator, AlpA  38.78 
 
 		 70 aa  41.6  0.003  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.922024  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1382  transcriptional regulator  36 
 
 		 68 aa  41.6  0.004  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3285  phage transcriptional regulator, AlpA  31.25 
 
 		 71 aa  41.6  0.004  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.597574  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3120  phage transcriptional regulator, AlpA  33.33 
 
 		 86 aa  41.6  0.004  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0653  phage transcriptional regulator, AlpA  35 
 
 		 75 aa  41.2  0.005  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0437376  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0567  phage transcriptional regulator, AlpA  30.99 
 
 		 75 aa  41.2  0.005  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1859  phage transcriptional regulator, AlpA  32.14 
 
 		 143 aa  41.2  0.005  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.44263  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1406  putative transcriptional regulator  33.33 
 
 		 76 aa  41.2  0.005  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0882  phage transcriptional regulator, AlpA  30.16 
 
 		 75 aa  41.2  0.005  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2006  prophage regulatory protein AlpA family protein  34 
 
 		 72 aa  40.8  0.006  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0927823  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6511  phage transcriptional regulator, AlpA  33.93 
 
 		 77 aa  40.8  0.006  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2960  phage DNA binding protein  32.14 
 
 		 88 aa  40.8  0.006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.630956  hitchhiker  0.00000157452 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2255  phage transcriptional regulator, AlpA  31.37 
 
 		 88 aa  40.8  0.006  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.379253  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3106  phage transcriptional regulator, AlpA  30.36 
 
 		 88 aa  40.4  0.007  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.19989 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6373  phage transcriptional regulator, AlpA  33.93 
 
 		 71 aa  40.4  0.007  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0267057  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0993  phage transcriptional regulator, AlpA  32.76 
 
 		 68 aa  40.4  0.008  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  hitchhiker  0.000350598  decreased coverage  0.00000494305 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>