67 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_4519 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012791  Vapar_4519  phage transcriptional regulator, AlpA  100 
 
 		 90 aa  189  7e-48  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2255  phage transcriptional regulator, AlpA  74.68 
 
 		 88 aa  126  1.0000000000000001e-28  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.379253  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4520  phage transcriptional regulator, AlpA  69.62 
 
 		 88 aa  119  9.999999999999999e-27  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1859  phage transcriptional regulator, AlpA  63.93 
 
 		 143 aa  83.2  0.000000000000001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.44263  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0336  phage transcriptional regulator, AlpA  41.82 
 
 		 66 aa  57.4  0.00000007  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1406  putative transcriptional regulator  41.43 
 
 		 76 aa  57  0.00000009  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008036  Sala_3216  phage transcriptional regulator, AlpA  40.91 
 
 		 68 aa  55.1  0.0000003  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1542  phage transcriptional regulator, AlpA  36.51 
 
 		 76 aa  53.5  0.0000008  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.417665 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1143  phage transcriptional regulator, AlpA  41.82 
 
 		 68 aa  53.9  0.0000008  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.21173  hitchhiker  0.0000168687 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0482  phage transcriptional regulator, AlpA  44.23 
 
 		 56 aa  52.4  0.000002  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1062  phage transcriptional regulator, AlpA  33.33 
 
 		 75 aa  49.7  0.00001  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.979085  normal  0.790745 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004310  phage transcriptional regulator AlpA  38 
 
 		 66 aa  48.5  0.00003  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.207831  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6373  phage transcriptional regulator, AlpA  36.36 
 
 		 71 aa  48.5  0.00003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0267057  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1258  phage transcriptional regulator, AlpA  35.29 
 
 		 61 aa  48.1  0.00004  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.496683 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0434  putative prophage CP4-57 regulatory protein  33.33 
 
 		 72 aa  47.8  0.00005  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0988805  normal  0.918772 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02082  phage transcriptional regulator, AlpA  36.67 
 
 		 70 aa  47.8  0.00005  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.376453  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2652  phage transcriptional regulator, AlpA  32.73 
 
 		 71 aa  47.4  0.00006  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0273  phage transcriptional regulator, AlpA  32.73 
 
 		 71 aa  47.4  0.00006  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.334205  normal  0.0643219 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1382  transcriptional regulator  36 
 
 		 68 aa  47.4  0.00007  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2784  phage transcriptional regulator, AlpA  35.29 
 
 		 66 aa  47  0.00008  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.834885  normal  0.857348 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0102  phage transcriptional regulator, AlpA  38.46 
 
 		 71 aa  47  0.00008  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.11769 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2662  Phage transcriptional regulator, AlpA  35.71 
 
 		 78 aa  47  0.00009  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.687834  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3427  phage transcriptional regulator, AlpA  36.73 
 
 		 70 aa  47  0.00009  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4755  phage transcriptional regulator, AlpA  36 
 
 		 60 aa  46.6  0.0001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1260  phage transcriptional regulator, AlpA  38.78 
 
 		 67 aa  46.2  0.0001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1751  Phage transcriptional regulator, AlpA  35.59 
 
 		 79 aa  46.2  0.0002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.1124  normal  0.416635 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0882  phage transcriptional regulator, AlpA  41.67 
 
 		 75 aa  45.8  0.0002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4521  phage transcriptional regulator, AlpA  32.73 
 
 		 71 aa  45.4  0.0002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.243833 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0443  phage transcriptional regulator, AlpA  34.62 
 
 		 66 aa  45.8  0.0002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.614779 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2683  phage transcriptional regulator, AlpA  37.04 
 
 		 77 aa  45.4  0.0002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000806139  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0150  phage transcriptional regulator, AlpA  32.73 
 
 		 71 aa  46.2  0.0002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0243  phage transcriptional regulator, AlpA  33.33 
 
 		 74 aa  46.2  0.0002  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.95474  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0154  phage transcriptional regulator, AlpA  42.22 
 
 		 80 aa  45.1  0.0003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.77914  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6511  phage transcriptional regulator, AlpA  35.71 
 
 		 77 aa  45.1  0.0003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2277  prophage CP4-57 regulatory  34.55 
 
 		 71 aa  45.1  0.0003  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.19411 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1777  phage transcriptional regulator, AlpA  36.73 
 
 		 73 aa  45.4  0.0003  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.235945 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3429  DNA-binding protein, putative  35.29 
 
 		 80 aa  45.1  0.0003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  hitchhiker  0.000259221  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0241  phage transcriptional regulator, AlpA  36.21 
 
 		 73 aa  44.7  0.0004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4349  phage transcriptional regulator, AlpA  38.71 
 
 		 74 aa  45.1  0.0004  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000832793 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1424  phage transcriptional regulator, AlpA  38 
 
 		 61 aa  44.7  0.0005  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.435044  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0716  phage transcriptional regulator, AlpA  31.37 
 
 		 86 aa  44.3  0.0005  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4006  AlpA family transcriptional regulator  33.9 
 
 		 88 aa  44.3  0.0005  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0048  phage transcriptional regulator, AlpA  35.09 
 
 		 88 aa  44.7  0.0005  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1058  phage transcriptional regulator, AlpA  33.9 
 
 		 88 aa  44.3  0.0005  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3522  phage transcriptional regulator, AlpA  36.73 
 
 		 65 aa  43.9  0.0007  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1159  phage transcriptional regulator, AlpA  36.73 
 
 		 62 aa  43.9  0.0007  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0925485  normal  0.345427 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0993  phage transcriptional regulator, AlpA  29.09 
 
 		 68 aa  43.1  0.001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  hitchhiker  0.000350598  decreased coverage  0.00000494305 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2960  phage DNA binding protein  30.51 
 
 		 88 aa  43.1  0.001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.630956  hitchhiker  0.00000157452 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3275  phage transcriptional regulator, AlpA  31.37 
 
 		 86 aa  42.4  0.002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1689  phage transcriptional regulator, AlpA  34.92 
 
 		 71 aa  42.7  0.002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.211878  hitchhiker  0.00954058 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0481  phage transcriptional regulator, AlpA  39.22 
 
 		 70 aa  42.7  0.002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.922024  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3106  phage transcriptional regulator, AlpA  30.51 
 
 		 88 aa  42.7  0.002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.19989 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2749  phage transcriptional regulator, AlpA  35.71 
 
 		 67 aa  42.7  0.002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.496617  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0316  phage DNA binding protein  33.33 
 
 		 86 aa  41.6  0.003  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.370656 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2950  hypothetical protein  29.09 
 
 		 103 aa  42  0.003  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.058037  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4842  phage transcriptional regulator, AlpA  33.33 
 
 		 86 aa  42  0.003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.257562 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0440  Phage transcriptional regulator, AlpA  36.36 
 
 		 80 aa  41.6  0.003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0653  phage transcriptional regulator, AlpA  35.29 
 
 		 75 aa  42  0.003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0437376  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1700  phage transcriptional regulator, AlpA  38.78 
 
 		 64 aa  42  0.003  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.843747  normal  0.0591517 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0381  phage transcriptional regulator, AlpA  34.69 
 
 		 66 aa  41.2  0.004  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000563179 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1869  hypothetical protein  33.93 
 
 		 86 aa  41.2  0.005  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.842496  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1511  phage transcriptional regulator, AlpA  34.48 
 
 		 81 aa  41.2  0.005  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_20201  transcriptional regulator  35.71 
 
 		 65 aa  40.8  0.007  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.508361 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1598  phage transcriptional regulator, AlpA  30 
 
 		 79 aa  40.4  0.007  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0771353  normal  0.422154 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3413  phage transcriptional regulator, AlpA  36.73 
 
 		 71 aa  40.4  0.008  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00533865 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_40550  prophage CP4-57 regulatory protein  38.71 
 
 		 74 aa  40.4  0.008  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2033  phage transcriptional regulator, AlpA  34 
 
 		 68 aa  40.4  0.008  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.917064  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>