126 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pput_2913 on replicon NC_009512
Organism: Pseudomonas putida F1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009512  Pput_2913  phage transcriptional regulator, AlpA  100 
 
 		 71 aa  151  4e-36  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3285  phage transcriptional regulator, AlpA  90.14 
 
 		 71 aa  140  6e-33  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.597574  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2993  Phage transcriptional regulator, AlpA  74.19 
 
 		 86 aa  103  9e-22  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2332  phage transcriptional regulator, AlpA  67.19 
 
 		 72 aa  100  9e-21  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1000  phage transcriptional regulator, AlpA  65.62 
 
 		 72 aa  96.7  9e-20  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1231  Phage transcriptional regulator, AlpA  65 
 
 		 70 aa  95.5  2e-19  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2812  phage transcriptional regulator, AlpA  65.62 
 
 		 72 aa  95.9  2e-19  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.652167  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0635  phage transcriptional regulator, AlpA  62.5 
 
 		 72 aa  93.6  8e-19  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.1566  normal  0.0401138 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2289  phage transcriptional regulator, AlpA  61.76 
 
 		 70 aa  93.6  9e-19  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00398001  hitchhiker  0.0000834169 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1320  phage transcriptional regulator, AlpA  61.76 
 
 		 70 aa  93.6  9e-19  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.362532  normal  0.0773061 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1454  phage transcriptional regulator, AlpA  59.42 
 
 		 70 aa  92.8  1e-18  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1667  phage transcriptional regulator, AlpA  67.21 
 
 		 70 aa  92  2e-18  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.215931  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3376  phage transcriptional regulator, AlpA  65 
 
 		 70 aa  91.7  3e-18  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.658853  normal  0.605571 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4141  phage transcriptional regulator, AlpA  57.97 
 
 		 70 aa  91.3  4e-18  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0715374  hitchhiker  0.0000772725 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0481  phage transcriptional regulator, AlpA  64.52 
 
 		 70 aa  90.1  8e-18  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.922024  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0567  phage transcriptional regulator, AlpA  55.56 
 
 		 75 aa  76.6  0.0000000000001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_04065  phage transcriptional regulator, AlpA  55.77 
 
 		 80 aa  63.5  0.0000000009  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0241  phage transcriptional regulator, AlpA  53.06 
 
 		 73 aa  58.9  0.00000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1496  phage transcriptional regulator, AlpA  42.37 
 
 		 64 aa  57.4  0.00000007  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2784  phage transcriptional regulator, AlpA  44.64 
 
 		 66 aa  57  0.00000008  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.834885  normal  0.857348 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0653  phage transcriptional regulator, AlpA  46.43 
 
 		 75 aa  57  0.0000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0437376  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1687  phage transcriptional regulator, AlpA  42.37 
 
 		 64 aa  56.6  0.0000001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6511  phage transcriptional regulator, AlpA  49.02 
 
 		 77 aa  56.6  0.0000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0243  phage transcriptional regulator, AlpA  45.28 
 
 		 74 aa  54.7  0.0000004  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.95474  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2950  hypothetical protein  39.62 
 
 		 103 aa  52.8  0.000001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.058037  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2677  transcriptional regulator  41.27 
 
 		 70 aa  52.8  0.000001  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0482  phage transcriptional regulator, AlpA  48.08 
 
 		 56 aa  53.1  0.000001  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_17010  Prophage CP4-57 regulatory, AlpA-like protein  36.49 
 
 		 95 aa  52.8  0.000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02082  phage transcriptional regulator, AlpA  42.59 
 
 		 70 aa  52.4  0.000002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.376453  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2153  phage transcriptional regulator, AlpA  38.98 
 
 		 81 aa  52  0.000003  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0440  Phage transcriptional regulator, AlpA  47.27 
 
 		 80 aa  52  0.000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0154  phage transcriptional regulator, AlpA  44.23 
 
 		 80 aa  52  0.000003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.77914  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0941  AlpA family transcriptional regulator  41.67 
 
 		 74 aa  51.2  0.000004  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.30814  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1751  Phage transcriptional regulator, AlpA  47.06 
 
 		 79 aa  50.8  0.000006  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.1124  normal  0.416635 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3885  phage transcriptional regulator, AlpA  38.89 
 
 		 68 aa  50.8  0.000006  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3550  phage transcriptional regulator, AlpA  39.62 
 
 		 67 aa  50.8  0.000007  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3697  phage transcriptional regulator, AlpA  39.62 
 
 		 67 aa  50.8  0.000007  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0664555  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3709  phage transcriptional regulator, AlpA  39.62 
 
 		 67 aa  50.8  0.000007  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2662  Phage transcriptional regulator, AlpA  45.1 
 
 		 78 aa  50.1  0.00001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.687834  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1363  AlpA family transcriptional regulator  36.21 
 
 		 66 aa  50.1  0.00001  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.129507  hitchhiker  0.00109178 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2749  phage transcriptional regulator, AlpA  43.14 
 
 		 67 aa  48.9  0.00002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.496617  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004310  phage transcriptional regulator AlpA  43.64 
 
 		 66 aa  48.9  0.00002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.207831  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001834  predicted transcriptional regulator  32.76 
 
 		 62 aa  48.9  0.00003  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3362  phage transcriptional regulator, AlpA  38.46 
 
 		 117 aa  48.5  0.00003  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.253587  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4349  phage transcriptional regulator, AlpA  36.36 
 
 		 74 aa  48.9  0.00003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000832793 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0668  hypothetical protein  32.14 
 
 		 65 aa  48.5  0.00003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.778257  hitchhiker  0.000000528136 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2092  hypothetical protein  42.86 
 
 		 72 aa  48.5  0.00003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2334  hypothetical protein  42.86 
 
 		 72 aa  48.5  0.00003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.31954  hitchhiker  0.0000000198775 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1777  phage transcriptional regulator, AlpA  32.76 
 
 		 73 aa  48.1  0.00004  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.235945 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1156  phage transcriptional regulator, AlpA  37.1 
 
 		 71 aa  48.1  0.00004  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2904  phage transcriptional regulator, AlpA  35.19 
 
 		 68 aa  47.8  0.00005  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.438187 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1159  phage transcriptional regulator, AlpA  35.09 
 
 		 62 aa  47.8  0.00005  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0925485  normal  0.345427 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1730  phage transcriptional regulator, AlpA  34.55 
 
 		 72 aa  47.8  0.00005  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.907409  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0962  putative bacteriophage DNA-binding transcription regulator protein  34.78 
 
 		 88 aa  47.8  0.00006  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.907406 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3429  DNA-binding protein, putative  36.84 
 
 		 80 aa  47.8  0.00006  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  hitchhiker  0.000259221  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2907  hypothetical protein  36.36 
 
 		 69 aa  47.8  0.00006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00184004 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1424  phage transcriptional regulator, AlpA  41.18 
 
 		 61 aa  47.4  0.00007  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.435044  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0683  phage transcriptional regulator, AlpA  27.87 
 
 		 69 aa  47.4  0.00007  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0063  hypothetical protein  41.51 
 
 		 73 aa  47  0.0001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1725  phage transcriptional regulator, AlpA  33.33 
 
 		 74 aa  46.6  0.0001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1258  phage transcriptional regulator, AlpA  31.03 
 
 		 61 aa  46.6  0.0001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.496683 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0716  phage transcriptional regulator, AlpA  32.05 
 
 		 86 aa  46.6  0.0001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1597  phage transcriptional regulator, AlpA  39.62 
 
 		 72 aa  46.2  0.0001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1382  transcriptional regulator  38.78 
 
 		 68 aa  46.6  0.0001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0384  phage transcriptional regulator, AlpA  36.21 
 
 		 65 aa  47  0.0001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000580996 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_40550  prophage CP4-57 regulatory protein  34.85 
 
 		 74 aa  46.2  0.0001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1058  phage transcriptional regulator, AlpA  33.82 
 
 		 88 aa  46.2  0.0001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4006  AlpA family transcriptional regulator  33.82 
 
 		 88 aa  46.2  0.0001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2193  prophage CP4-57 regulatory  35 
 
 		 87 aa  45.8  0.0002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1696  phage transcriptional regulator, AlpA  38.18 
 
 		 68 aa  45.8  0.0002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.470891  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3481  phage transcriptional regulator, AlpA  35.38 
 
 		 127 aa  46.2  0.0002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0893  AlpA family protein  32.76 
 
 		 66 aa  45.4  0.0002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1260  phage transcriptional regulator, AlpA  34.48 
 
 		 67 aa  45.8  0.0002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3863  AlpA family protein  32.76 
 
 		 66 aa  45.4  0.0002  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.0520497  hitchhiker  0.0087856 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0948  phage transcriptional regulator, AlpA  32.76 
 
 		 66 aa  45.4  0.0002  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0048  phage transcriptional regulator, AlpA  33.82 
 
 		 88 aa  46.2  0.0002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3275  phage transcriptional regulator, AlpA  32.05 
 
 		 86 aa  45.1  0.0003  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2545  phage transcriptional regulator, AlpA  31.43 
 
 		 81 aa  45.4  0.0003  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.227611  hitchhiker  0.000981483 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3522  phage transcriptional regulator, AlpA  33.33 
 
 		 65 aa  45.4  0.0003  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1265  phage transcriptional regulator, AlpA  36.67 
 
 		 127 aa  45.4  0.0003  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.637502  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2822  transcriptional regulator  40.68 
 
 		 98 aa  45.1  0.0004  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.15617  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1511  phage transcriptional regulator, AlpA  35.38 
 
 		 81 aa  44.7  0.0004  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1406  putative transcriptional regulator  33.93 
 
 		 76 aa  45.1  0.0004  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4755  phage transcriptional regulator, AlpA  33.96 
 
 		 60 aa  45.1  0.0004  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2205  Phage AlpA family protein  37.74 
 
 		 64 aa  44.3  0.0005  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1598  phage transcriptional regulator, AlpA  35.48 
 
 		 79 aa  44.3  0.0006  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0771353  normal  0.422154 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2339  phage transcriptional regulator, AlpA  38.18 
 
 		 73 aa  44.3  0.0006  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0353  Phage transcriptional regulator, AlpA  43.59 
 
 		 69 aa  43.9  0.0008  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0150  phage transcriptional regulator, AlpA  38.89 
 
 		 71 aa  43.9  0.0008  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0882  phage transcriptional regulator, AlpA  34.62 
 
 		 75 aa  43.9  0.0008  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0443  phage transcriptional regulator, AlpA  38.18 
 
 		 66 aa  43.5  0.0009  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.614779 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1051  phage transcriptional regulator, AlpA  35.59 
 
 		 70 aa  43.5  0.001  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.698345  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0932  phage transcriptional regulator, AlpA  42.31 
 
 		 76 aa  43.1  0.001  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.412381  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1468  phage transcriptional regulator, AlpA  35.19 
 
 		 136 aa  43.5  0.001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0978574  normal  0.521864 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0522  phage transcriptional regulator  33.33 
 
 		 73 aa  43.1  0.001  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.527959  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1700  phage transcriptional regulator, AlpA  38.78 
 
 		 64 aa  43.1  0.001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.843747  normal  0.0591517 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3818  hypothetical protein  39.22 
 
 		 95 aa  43.5  0.001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.328579 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0381  phage transcriptional regulator, AlpA  33.33 
 
 		 66 aa  43.5  0.001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000563179 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2277  prophage CP4-57 regulatory  35.09 
 
 		 71 aa  42.7  0.002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.19411 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6373  phage transcriptional regulator, AlpA  37.25 
 
 		 71 aa  42.4  0.002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0267057  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>