39 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ddes_1227 on replicon NC_011883
Organism: Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011883  Ddes_1227  phage transcriptional regulator, AlpA  100 
 
 
78 aa  160  5.0000000000000005e-39  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.0127458  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1968  phage transcriptional regulator, AlpA  35.59 
 
 
72 aa  53.1  0.000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0901685  normal  0.059551 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2246  prophage CP4-57 regulatory  45.1 
 
 
91 aa  52.8  0.000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.422477 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2566  prophage CP4-57 regulatory  45.1 
 
 
91 aa  52.8  0.000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.37333 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2725  hypothetical protein  50 
 
 
48 aa  52  0.000003  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2004  transcriptional regulator  39.66 
 
 
68 aa  51.6  0.000004  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2070  transcriptional regulator  40.38 
 
 
74 aa  50.8  0.000006  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0255  prophage CP4-57 regulatory  36.84 
 
 
77 aa  50.1  0.00001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.883107  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1562  phage transcriptional regulator, AlpA  36.21 
 
 
79 aa  49.7  0.00002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.544133  normal  0.10217 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1611  phage transcriptional regulator, AlpA  35 
 
 
74 aa  48.9  0.00003  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0193561  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3119  phage transcriptional regulator, AlpA  38.46 
 
 
58 aa  48.9  0.00003  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.0000632591  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1256  phage transcriptional regulator, AlpA  29.82 
 
 
64 aa  46.6  0.0001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2487  hypothetical protein  39.68 
 
 
68 aa  46.2  0.0001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0999  phage transcriptional regulator, AlpA  41.67 
 
 
57 aa  45.8  0.0002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3477  phage transcriptional regulator, AlpA  34.69 
 
 
60 aa  45.4  0.0003  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3251  hypothetical protein  27.63 
 
 
77 aa  45.4  0.0003  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4164  phage transcriptional regulator, AlpA  31.58 
 
 
111 aa  45.1  0.0003  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3429  DNA-binding protein, putative  36.21 
 
 
80 aa  44.7  0.0004  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  hitchhiker  0.000259221  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1468  phage transcriptional regulator, AlpA  35.85 
 
 
136 aa  44.7  0.0004  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0978574  normal  0.521864 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2991  hypothetical protein  30.3 
 
 
73 aa  44.7  0.0004  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.120456  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_40550  prophage CP4-57 regulatory protein  33.82 
 
 
74 aa  44.3  0.0006  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2916  hypothetical protein  36.54 
 
 
71 aa  44.3  0.0006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.0151072 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4074  prophage CP4-57 transcriptional regulator protein, AlpA family  34 
 
 
67 aa  43.1  0.001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0638  phage transcriptional regulator, AlpA  33.33 
 
 
66 aa  42.7  0.001  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.0720576 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1156  phage transcriptional regulator, AlpA  34.69 
 
 
71 aa  42.4  0.002  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1265  phage transcriptional regulator, AlpA  34.62 
 
 
127 aa  42.7  0.002  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.637502  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1131  phage transcriptional regulator, AlpA  31.48 
 
 
69 aa  42.4  0.002  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.232619  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2398  Phage transcriptional regulator, AlpA  30.51 
 
 
103 aa  42  0.003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0592161  normal  0.404854 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0279  prophage CP4-57 regulatory protein  34.09 
 
 
72 aa  41.6  0.004  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00300713  n/a   
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5085  putative transcriptional regulator  34.43 
 
 
89 aa  41.6  0.004  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  decreased coverage  0.0000000380445  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2339  phage transcriptional regulator, AlpA  40 
 
 
73 aa  41.6  0.004  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3481  phage transcriptional regulator, AlpA  32.69 
 
 
127 aa  41.6  0.004  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1133  phage transcriptional regulator, AlpA  32.2 
 
 
129 aa  41.2  0.005  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4520  phage transcriptional regulator, AlpA  35.19 
 
 
88 aa  40.4  0.008  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2141  prophage CP4-57 regulatory  33.33 
 
 
98 aa  40.4  0.008  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.35973  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2255  phage transcriptional regulator, AlpA  40.43 
 
 
88 aa  40.4  0.008  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.379253  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3451  phage transcriptional regulator, AlpA  37.74 
 
 
76 aa  40.4  0.009  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0052  AlpA family protein  29.82 
 
 
72 aa  40.4  0.009  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0929  phage transcriptional regulator, AlpA  50 
 
 
78 aa  40  0.01  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000788728 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>