178 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_3135 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009439  Pmen_3135  hypothetical protein  100 
 
 		 176 aa  357  4e-98  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.464073  normal  0.01424 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2530  hypothetical protein  52.78 
 
 		 179 aa  202  1e-51  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1685  transposase, putative  53.22 
 
 		 184 aa  183  1.0000000000000001e-45  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.207714 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4081  hypothetical protein  50.57 
 
 		 177 aa  182  2.0000000000000003e-45  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0580442  normal  0.342905 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_33360  hypothetical protein  50.28 
 
 		 176 aa  181  4.0000000000000006e-45  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3130  transposase and inactivated derivatives  52.54 
 
 		 178 aa  173  9.999999999999999e-43  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0127624  normal  0.415202 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0352  hypothetical protein  48.07 
 
 		 187 aa  172  1.9999999999999998e-42  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.642542  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1952  hypothetical protein  48.02 
 
 		 178 aa  171  2.9999999999999996e-42  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4226  hypothetical protein  48.19 
 
 		 177 aa  171  5e-42  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.853067  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2531  transposase  47.51 
 
 		 187 aa  169  2e-41  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.719011  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1473  transposase, putative  46.02 
 
 		 179 aa  168  3e-41  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1384  hypothetical protein  45.14 
 
 		 180 aa  167  9e-41  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.705846 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1855  hypothetical protein  43.43 
 
 		 175 aa  166  1e-40  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1962  hypothetical protein  47.24 
 
 		 164 aa  165  2e-40  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3405  hypothetical protein  51.41 
 
 		 179 aa  164  4e-40  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0242544  normal  0.205029 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2835  hypothetical protein  45.45 
 
 		 191 aa  164  5e-40  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1317  protein of unknown function DUF1568  50.3 
 
 		 179 aa  162  2.0000000000000002e-39  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.737296  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1689  hypothetical protein  43.1 
 
 		 184 aa  162  3e-39  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.625848  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0768  hypothetical protein  48.5 
 
 		 175 aa  157  5e-38  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.0333217  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0731  hypothetical protein  46.59 
 
 		 176 aa  157  6e-38  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2421  hypothetical protein  47.44 
 
 		 161 aa  157  8e-38  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4825  transposase and inactivated derivative  45.09 
 
 		 163 aa  155  3e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3392  hypothetical protein  43.93 
 
 		 165 aa  153  1e-36  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00223  hypothetical protein  43.93 
 
 		 165 aa  152  2e-36  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00227  hypothetical protein  43.93 
 
 		 165 aa  152  2e-36  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2890  hypothetical protein  42.37 
 
 		 191 aa  152  2.9999999999999998e-36  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3379  conserved hypothetical protein  43.93 
 
 		 165 aa  150  7e-36  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0240  hypothetical protein  43.35 
 
 		 165 aa  150  1e-35  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0243  hypothetical protein  40.23 
 
 		 178 aa  147  7e-35  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.273479  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1888  hypothetical protein  40.74 
 
 		 171 aa  146  2.0000000000000003e-34  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.17258  hitchhiker  0.00842787 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0361  hypothetical protein  41.28 
 
 		 191 aa  145  2.0000000000000003e-34  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0721b  hypothetical protein  46.09 
 
 		 133 aa  142  3e-33  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4373  hypothetical protein  42.46 
 
 		 178 aa  140  9.999999999999999e-33  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.295832  normal  0.0449373 
 
 
-
 
NC_006369  lpl2478  hypothetical protein  46.62 
 
 		 161 aa  139  1.9999999999999998e-32  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0796  hypothetical protein  38.32 
 
 		 159 aa  131  5e-30  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2532  hypothetical protein  37.11 
 
 		 157 aa  91.7  6e-18  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.709096 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2244  transposase  35.03 
 
 		 161 aa  75.5  0.0000000000004  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.196666  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3477  hypothetical protein  27.7 
 
 		 188 aa  69.7  0.00000000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.379705  normal  0.40189 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0885  protein of unknown function DUF1568  31.82 
 
 		 169 aa  65.5  0.0000000004  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4707  hypothetical protein  28.47 
 
 		 152 aa  64.3  0.0000000008  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2777  hypothetical protein  34.9 
 
 		 149 aa  63.9  0.000000001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.430133  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4597  hypothetical protein  33.33 
 
 		 151 aa  61.6  0.000000006  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0971888 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3465  hypothetical protein  30.56 
 
 		 150 aa  61.2  0.000000007  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0943  protein of unknown function DUF1568  28.67 
 
 		 163 aa  60.1  0.00000002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.74816  normal  0.454082 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0788  hypothetical protein  26.85 
 
 		 150 aa  58.9  0.00000003  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3976  protein of unknown function DUF1568  27.86 
 
 		 151 aa  58.5  0.00000004  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.183049  normal  0.223747 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3919  hypothetical protein  30.28 
 
 		 151 aa  57.8  0.00000008  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0968412  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1574  hypothetical protein  30.07 
 
 		 150 aa  57.8  0.00000009  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.620864  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1975  hypothetical protein  27.08 
 
 		 163 aa  57  0.0000001  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.121263 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2468  hypothetical protein  28.67 
 
 		 181 aa  57  0.0000001  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.321631  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4599  hypothetical protein  29.08 
 
 		 160 aa  57  0.0000001  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1685  hypothetical protein  26.17 
 
 		 149 aa  57.4  0.0000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.365398  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0489  hypothetical protein  25.16 
 
 		 310 aa  56.2  0.0000002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.448467 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0613  hypothetical protein  29.66 
 
 		 151 aa  56.2  0.0000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.018198 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2932  hypothetical protein  29.01 
 
 		 234 aa  54.7  0.0000006  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.56667  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0347  hypothetical protein  34.26 
 
 		 158 aa  54.3  0.0000008  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.119312  normal  0.0189577 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1133  hypothetical protein  32.65 
 
 		 153 aa  53.5  0.000001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  decreased coverage  0.000547954  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1552  hypothetical protein  25.71 
 
 		 205 aa  53.9  0.000001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.0339239 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4462  hypothetical protein  23.61 
 
 		 152 aa  53.5  0.000001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1386  protein of unknown function DUF1568  27.01 
 
 		 325 aa  53.5  0.000001  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2394  hypothetical protein  36.63 
 
 		 239 aa  53.5  0.000001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.419691  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3020  hypothetical protein  25.16 
 
 		 316 aa  53.9  0.000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4421  hypothetical protein  27.01 
 
 		 152 aa  53.1  0.000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.268203 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0324  protein of unknown function DUF1568  23.62 
 
 		 252 aa  53.1  0.000002  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.551772  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5047  hypothetical protein  27.46 
 
 		 151 aa  53.1  0.000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0419469  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1802  protein of unknown function DUF1568  33.33 
 
 		 240 aa  52.4  0.000003  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5083  hypothetical protein  28.28 
 
 		 151 aa  52.4  0.000003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.268045  normal  0.309651 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3016  hypothetical protein  23.03 
 
 		 312 aa  52.4  0.000004  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007641  Rru_B0033  hypothetical protein  31.19 
 
 		 235 aa  51.6  0.000005  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3286  protein of unknown function DUF1568  30.36 
 
 		 214 aa  52  0.000005  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  decreased coverage  0.00118326  unclonable  0.0000000135739 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1364  hypothetical protein  29.66 
 
 		 150 aa  51.6  0.000005  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0968684  normal  0.0104776 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1784  hypothetical protein  52.38 
 
 		 197 aa  52  0.000005  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0262  hypothetical protein  22.63 
 
 		 152 aa  51.2  0.000007  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0793  hypothetical protein  23.03 
 
 		 314 aa  51.2  0.000007  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1423  protein of unknown function DUF1568  33.91 
 
 		 325 aa  51.2  0.000007  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  0.892865 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4223  hypothetical protein  28.23 
 
 		 212 aa  51.2  0.000007  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.228925 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2264  transposase and inactivated derivatives  22.54 
 
 		 323 aa  50.8  0.00001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.88974  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0708  protein of unknown function DUF1568  29.23 
 
 		 233 aa  50.4  0.00001  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.615013  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5236  hypothetical protein  27.46 
 
 		 151 aa  50.4  0.00001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5382  hypothetical protein  38.24 
 
 		 223 aa  50.1  0.00001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.564815  normal  0.588654 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1151  protein of unknown function DUF1568  31.73 
 
 		 231 aa  49.7  0.00002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0595  hypothetical protein  22.67 
 
 		 258 aa  49.7  0.00002  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  0.217159  hitchhiker  2.03187e-17 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0740  hypothetical protein  29.23 
 
 		 255 aa  50.1  0.00002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.345588  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1489  hypothetical protein  26.24 
 
 		 153 aa  48.9  0.00003  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1888b  hypothetical protein  37.78 
 
 		 101 aa  49.3  0.00003  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0301  hypothetical protein  37.78 
 
 		 91 aa  48.5  0.00004  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4549  hypothetical protein  25.75 
 
 		 181 aa  48.5  0.00005  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.86188 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2218  hypothetical protein  25.32 
 
 		 327 aa  48.5  0.00005  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  hitchhiker  0.00293328  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2793  transposase-like p;rotein  25.19 
 
 		 165 aa  48.5  0.00005  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5411  protein of unknown function DUF1568  25.45 
 
 		 218 aa  48.1  0.00007  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  hitchhiker  0.00000187281  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3871  protein of unknown function DUF1568  31.07 
 
 		 236 aa  48.1  0.00007  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1967  hypothetical protein  22.73 
 
 		 282 aa  47.8  0.00007  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.969925  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2265  transposase and inactivated derivatives  21.92 
 
 		 241 aa  48.1  0.00007  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1484  hypothetical protein  27.19 
 
 		 231 aa  48.1  0.00007  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4538  protein of unknown function DUF1568  22.75 
 
 		 251 aa  47.8  0.00007  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.0855967  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0682  hypothetical protein  23.7 
 
 		 232 aa  47.8  0.00008  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.349284  normal  0.584525 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3612  hypothetical protein  27.21 
 
 		 201 aa  47.8  0.00009  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.0368765  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1024  hypothetical protein  25 
 
 		 163 aa  47.4  0.00009  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.0275616 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1007  hypothetical protein  27.69 
 
 		 234 aa  47.8  0.00009  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.849512  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3926  hypothetical protein  24.1 
 
 		 322 aa  47.8  0.00009  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>