More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Plav_1137 on replicon NC_009719
Organism: Parvibaculum lavamentivorans DS-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009719  Plav_1137  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  100 
 
 
253 aa  491  9.999999999999999e-139  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.891192  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3997  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  55.04 
 
 
253 aa  260  1e-68  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.895675 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2751  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  48.22 
 
 
252 aa  217  2e-55  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.995251  normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2914  short chain dehydrogenase  44.36 
 
 
255 aa  215  4e-55  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.892644  normal  0.135282 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1619  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  47.2 
 
 
253 aa  207  1e-52  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.901509  normal  0.0346671 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0777  2,5-dichloro-2,5-cyclohexadiene-1,4-diol dehydrogenase  44.18 
 
 
256 aa  205  6e-52  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  unclonable  0.000000000602932 
 
 
-
 
NC_013744  Htur_3816  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.31 
 
 
253 aa  196  4.0000000000000005e-49  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.840312  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2680  short chain dehydrogenase  45.85 
 
 
253 aa  193  2e-48  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.313407  normal  0.819387 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1396  short chain dehydrogenase  45.6 
 
 
253 aa  191  1e-47  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8333  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.31 
 
 
257 aa  191  1e-47  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.319832  n/a   
 
 
-
 
NC_007412  Ava_C0109  short chain dehydrogenase  43.32 
 
 
251 aa  190  1e-47  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1406  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  47.81 
 
 
251 aa  191  1e-47  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4194  short chain dehydrogenase  45.7 
 
 
253 aa  190  2e-47  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.896625 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1817  short chain dehydrogenase  45.6 
 
 
253 aa  189  2.9999999999999997e-47  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3894  short chain dehydrogenase  45.2 
 
 
253 aa  189  2.9999999999999997e-47  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.933722  normal  0.0806905 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4406  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.7 
 
 
253 aa  189  4e-47  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.410481  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6823  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.17 
 
 
258 aa  189  5e-47  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1425  short chain dehydrogenase  46.25 
 
 
253 aa  188  5.999999999999999e-47  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.857979  normal  0.357324 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1552  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.32 
 
 
248 aa  184  9e-46  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0714452  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3623  short chain dehydrogenase  45.7 
 
 
253 aa  184  2.0000000000000003e-45  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0211534  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1137  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.2 
 
 
255 aa  183  2.0000000000000003e-45  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.420878 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1575  short chain dehydrogenase  41.43 
 
 
249 aa  182  5.0000000000000004e-45  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1352  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.72 
 
 
282 aa  181  7e-45  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.316546  normal  0.241504 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2192  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.46 
 
 
256 aa  181  1e-44  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0046226 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3152  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.53 
 
 
250 aa  179  4e-44  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.182399  normal 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0509  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.73 
 
 
265 aa  175  7e-43  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_43180  short chain dehydrogenase  45.06 
 
 
253 aa  175  7e-43  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.350844 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2963  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.97 
 
 
250 aa  174  9e-43  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.991261  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1080  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  40.56 
 
 
246 aa  174  9.999999999999999e-43  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.38691  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1946  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  39.84 
 
 
262 aa  173  1.9999999999999998e-42  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  unclonable  0.000000538802 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2283  putative Short-chain dehydrogenase/reductase  46.15 
 
 
251 aa  173  1.9999999999999998e-42  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.890359 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2979  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.43 
 
 
255 aa  173  2.9999999999999996e-42  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.259784  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6656  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.35 
 
 
249 aa  172  3.9999999999999995e-42  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.790867  normal  0.270985 
 
 
-
 
NC_004310  BR1122  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  40.16 
 
 
246 aa  171  7.999999999999999e-42  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0726405  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0516  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.86 
 
 
249 aa  171  9e-42  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.875683  normal 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3650  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.8 
 
 
252 aa  171  1e-41  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8330  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.83 
 
 
255 aa  171  1e-41  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2067  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.04 
 
 
246 aa  169  4e-41  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0355  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.94 
 
 
263 aa  168  8e-41  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00000760103 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0264  putative short-chain dehydrogenase  44.9 
 
 
262 aa  168  9e-41  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2736  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.6 
 
 
255 aa  167  1e-40  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.777047  n/a   
 
 
-
 
NC_013744  Htur_3801  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.2 
 
 
251 aa  166  2.9999999999999998e-40  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  hitchhiker  0.00700482  n/a   
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6297  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.85 
 
 
262 aa  166  4e-40  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.251558  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3284  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.8 
 
 
248 aa  166  4e-40  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.849975  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3594  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.08 
 
 
261 aa  164  2.0000000000000002e-39  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.806821  normal  0.214566 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6225  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.24 
 
 
252 aa  163  2.0000000000000002e-39  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1599  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.71 
 
 
252 aa  163  3e-39  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.166139  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1760  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.23 
 
 
255 aa  163  3e-39  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.233538  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3260  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.2 
 
 
255 aa  162  4.0000000000000004e-39  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  decreased coverage  0.00276657  normal  0.102342 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1005  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.32 
 
 
260 aa  162  6e-39  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000302146 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0154  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.37 
 
 
255 aa  162  6e-39  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.649375  normal  0.270956 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3295  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.58 
 
 
246 aa  162  6e-39  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6220  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.3 
 
 
252 aa  162  6e-39  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.621886  normal 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2798  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.34 
 
 
256 aa  162  7e-39  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1335  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.29 
 
 
262 aa  161  9e-39  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00696289  normal  0.955731 
 
 
-
 
NC_011885  Cyan7425_0107  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.8 
 
 
258 aa  160  2e-38  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2515  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.17 
 
 
250 aa  160  2e-38  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1270  Short-chain dehydrogenase  42.04 
 
 
248 aa  160  2e-38  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5225  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44 
 
 
257 aa  159  3e-38  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5327  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.63 
 
 
248 aa  159  3e-38  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0136754  normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1547  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.69 
 
 
269 aa  159  3e-38  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.255418  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1081  oxidoreductase, putative short-chain alcohol dehydrogenase  39.76 
 
 
253 aa  159  4e-38  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0075  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.27 
 
 
250 aa  159  4e-38  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0514  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.92 
 
 
252 aa  159  5e-38  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7039  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.56 
 
 
258 aa  158  8e-38  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.607221 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_2412  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.4 
 
 
248 aa  157  2e-37  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.253805  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0548  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.73 
 
 
261 aa  156  2e-37  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1600  NAD-dependent epimerase/dehydratase:Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.63 
 
 
248 aa  157  2e-37  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.766796  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3027  Short-chain dehydrogenase/reductase  38.34 
 
 
259 aa  156  3e-37  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.730472  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5290  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  41.13 
 
 
274 aa  156  3e-37  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0720968  normal  0.127644 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0240  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  38.4 
 
 
261 aa  155  5.0000000000000005e-37  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.67492  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2811  short chain dehydrogenase  41.37 
 
 
263 aa  155  7e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2681  short chain dehydrogenase  41.37 
 
 
263 aa  155  7e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3466  glucose 1-dehydrogenase  36.44 
 
 
247 aa  155  7e-37  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0764776  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2590  short chain dehydrogenase  41.37 
 
 
263 aa  155  7e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2639  short chain dehydrogenase  41.37 
 
 
263 aa  155  7e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2705  short chain dehydrogenase  41.37 
 
 
263 aa  155  7e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.856225  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0515  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.43 
 
 
249 aa  155  7e-37  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2225  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.73 
 
 
267 aa  155  8e-37  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.801106 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1022  short chain dehydrogenase  38.46 
 
 
261 aa  155  8e-37  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.917277  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1658  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.06 
 
 
247 aa  155  8e-37  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1783  glucose 1-dehydrogenase  36.18 
 
 
247 aa  154  1e-36  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.88349  normal 
 
 
-
 
NC_008697  Noca_4841  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.82 
 
 
258 aa  154  1e-36  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.166683  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2059  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.2 
 
 
252 aa  154  2e-36  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2140  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.5 
 
 
254 aa  153  2e-36  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2910  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.84 
 
 
251 aa  153  2.9999999999999998e-36  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.640216  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3707  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.2 
 
 
261 aa  153  2.9999999999999998e-36  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.372057  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2507  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.36 
 
 
253 aa  153  2.9999999999999998e-36  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.024976  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5464  NAD-dependent epimerase/dehydratase:Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.87 
 
 
253 aa  152  5e-36  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.852927  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0643  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.89 
 
 
271 aa  152  5.9999999999999996e-36  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.224446 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5557  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.81 
 
 
272 aa  152  5.9999999999999996e-36  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5100  putative short-chain dehydrogenase/reductase SDR family protein  37.6 
 
 
261 aa  151  1e-35  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.917841  normal  0.678944 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3095  3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase  40.24 
 
 
246 aa  151  1e-35  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.025547 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2473  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.8 
 
 
256 aa  151  1e-35  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_3070  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.48 
 
 
267 aa  151  1e-35  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.49838  normal 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0373  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  37.12 
 
 
272 aa  151  1e-35  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1357  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.96 
 
 
250 aa  150  2e-35  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  4.35686e-16  hitchhiker  0.0000092144 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2262  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.9 
 
 
261 aa  150  2e-35  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0863  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40 
 
 
264 aa  150  2e-35  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1334  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.43 
 
 
254 aa  150  2e-35  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>