More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ping_1778 on replicon NC_008709
Organism: Psychromonas ingrahamii 37



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008709  Ping_1778  putative PAS/PAC sensor protein  100 
 
 
131 aa  264  4e-70  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0428766  normal  0.338613 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1888  PAS sensor protein  43.22 
 
 
326 aa  108  2.0000000000000002e-23  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0507  signal transduction histidine kinase  42.86 
 
 
336 aa  107  4.0000000000000004e-23  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2511  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  44.35 
 
 
419 aa  107  4.0000000000000004e-23  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0167  signal transduction histidine kinase  44.35 
 
 
336 aa  107  7.000000000000001e-23  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3344  signal transduction histidine kinase  42.98 
 
 
336 aa  106  1e-22  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1346  sensory box/GGDEF domain protein  38.1 
 
 
425 aa  100  1e-20  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5593  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  41.23 
 
 
448 aa  97.1  8e-20  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1157  PAS:GGDEF  37.3 
 
 
418 aa  96.7  9e-20  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.958814  normal  0.862731 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1091  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  36.44 
 
 
424 aa  89.7  1e-17  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2903  putative PAS/PAC sensor protein  41.32 
 
 
400 aa  84.7  4e-16  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.097748  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4197  multi-sensor signal transduction histidine kinase  35.48 
 
 
1562 aa  84  6e-16  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0288  multi-sensor signal transduction histidine kinase  39.17 
 
 
884 aa  83.6  9e-16  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1171  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  36.44 
 
 
416 aa  80.9  0.000000000000005  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.137039  normal  0.392599 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03166  multi-sensor hybrid histidine kinase  35.9 
 
 
959 aa  80.5  0.000000000000007  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1232  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  35.59 
 
 
416 aa  78.6  0.00000000000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1335  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  33.88 
 
 
920 aa  79  0.00000000000002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0269119  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0393x  response regulator, histidine kinase  36.61 
 
 
943 aa  78.2  0.00000000000003  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.621999  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1833  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  31.82 
 
 
687 aa  77.4  0.00000000000006  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0973  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  40 
 
 
1064 aa  77.4  0.00000000000007  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4519  signal transduction histidine kinase  38.46 
 
 
366 aa  75.5  0.0000000000003  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.175783  normal  0.446714 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3652  signal transduction histidine kinase  40.4 
 
 
491 aa  75.1  0.0000000000003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0474  sensory box/GGDEF family protein  36.67 
 
 
792 aa  74.7  0.0000000000004  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1348  sensory box/GGDEF domain/EAL domain protein  35.38 
 
 
763 aa  74.3  0.0000000000005  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1259  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  34.48 
 
 
578 aa  73.9  0.0000000000007  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0219  hypothetical protein  36.45 
 
 
292 aa  73.2  0.000000000001  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3753  multi-sensor hybrid histidine kinase  31.03 
 
 
913 aa  73.2  0.000000000001  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0468324  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1029  multi-sensor hybrid histidine kinase  34.88 
 
 
1820 aa  73.2  0.000000000001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.165868 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1326  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  36.13 
 
 
1002 aa  73.2  0.000000000001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.121951  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2831  multi-sensor hybrid histidine kinase  35.9 
 
 
1407 aa  73.2  0.000000000001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.160519  n/a   
 
 
-
 
NC_009369  OSTLU_40751  predicted protein  37.5 
 
 
734 aa  72.4  0.000000000002  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  hitchhiker  0.00189379 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2628  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  32.79 
 
 
1238 aa  72.4  0.000000000002  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.891716  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4262  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  34.19 
 
 
861 aa  72.4  0.000000000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4936  multi-sensor signal transduction histidine kinase  33.87 
 
 
569 aa  72.4  0.000000000002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4037  PAS sensor protein  41.11 
 
 
366 aa  72  0.000000000003  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.221223 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4555  signal transduction histidine kinase  40.45 
 
 
369 aa  71.6  0.000000000003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01583  Response regulator containing a CheY-like receiver domain and a GGDEF domain  35.9 
 
 
477 aa  71.2  0.000000000004  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3085  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  40.95 
 
 
905 aa  71.6  0.000000000004  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0949  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  38.74 
 
 
962 aa  71.2  0.000000000004  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0219  hypothetical protein  35.51 
 
 
292 aa  71.2  0.000000000005  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0384  multi-sensor hybrid histidine kinase  32.77 
 
 
1692 aa  70.9  0.000000000005  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2754  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  31.36 
 
 
1275 aa  70.9  0.000000000006  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.727357 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3396  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  36.44 
 
 
927 aa  70.5  0.000000000007  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4407  signal transduction histidine kinase  40 
 
 
366 aa  70.5  0.000000000008  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.993369 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1159  PAS:GGDEF  34.75 
 
 
748 aa  69.7  0.00000000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010514  Mrad2831_6357  PAS sensor protein  34.12 
 
 
156 aa  69.7  0.00000000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0120  multi-sensor signal transduction histidine kinase  34.65 
 
 
1568 aa  68.6  0.00000000002  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3297  hypothetical protein  36.36 
 
 
360 aa  68.9  0.00000000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.747205  normal  0.456251 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4938  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  39.62 
 
 
1027 aa  68.6  0.00000000003  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.393519 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0526  putative PAS/PAC sensor protein  30.97 
 
 
157 aa  68.6  0.00000000003  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0391  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  41.3 
 
 
1040 aa  68.6  0.00000000003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.519884  normal  0.119604 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0770  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  34.41 
 
 
814 aa  67.8  0.00000000005  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.486726  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6213  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  46.88 
 
 
559 aa  67.4  0.00000000005  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0188  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  37.84 
 
 
578 aa  67.8  0.00000000005  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4874  histidine kinase  37.89 
 
 
544 aa  67  0.00000000007  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.300744  normal  0.0460746 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4511  putative PAS/PAC sensor protein  38.37 
 
 
164 aa  67  0.00000000007  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3170  putative PAS/PAC sensor protein  33.88 
 
 
148 aa  67  0.00000000008  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0594815  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1042  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  32.52 
 
 
1059 aa  67  0.00000000008  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.192885 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0113  PAS sensor protein  35.05 
 
 
160 aa  67  0.00000000008  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0386  multi-sensor hybrid histidine kinase  33.04 
 
 
1342 aa  67  0.00000000009  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4785  PAS sensor protein  34.74 
 
 
158 aa  66.2  0.0000000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3363  PAS sensor protein  34.74 
 
 
158 aa  66.2  0.0000000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.435353  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0812  putative PAS/PAC sensor protein  33.6 
 
 
152 aa  66.6  0.0000000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1560  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  36.7 
 
 
1017 aa  66.6  0.0000000001  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1655  sensory box histidine kinase/response regulator  44.19 
 
 
824 aa  65.9  0.0000000002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3604  signal transduction histidine kinase  37.93 
 
 
354 aa  65.5  0.0000000002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2045  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  34.41 
 
 
812 aa  65.9  0.0000000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  decreased coverage  0.000148537 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1355  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  31.93 
 
 
929 aa  65.5  0.0000000002  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.968718  normal 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1716  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  39.08 
 
 
1238 aa  65.5  0.0000000002  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1544  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  35.9 
 
 
764 aa  65.5  0.0000000002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.210593  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2346  hypothetical protein  42.47 
 
 
364 aa  66.2  0.0000000002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3478  putative signal transduction histidine kinase  37.93 
 
 
354 aa  65.5  0.0000000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.293899 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3280  PAS sensor protein  37.93 
 
 
354 aa  65.5  0.0000000002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2926  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  36.44 
 
 
461 aa  65.9  0.0000000002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00000284142  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0895  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  34.92 
 
 
894 aa  65.9  0.0000000002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.530834 
 
 
-
 
NC_011690  PHATRDRAFT_15977  predicted protein  43.28 
 
 
108 aa  65.5  0.0000000003  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2357  histidine kinase  45.21 
 
 
533 aa  65.1  0.0000000003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.0826278 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0882  putative PAS/PAC sensor protein  34 
 
 
166 aa  65.1  0.0000000003  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3210  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  28.1 
 
 
425 aa  64.7  0.0000000004  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.141244  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1662  putative PAS/PAC sensor protein  33 
 
 
157 aa  64.7  0.0000000005  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.18425  normal  0.642578 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1859  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  34.65 
 
 
917 aa  64.3  0.0000000005  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0675  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  35.48 
 
 
925 aa  63.9  0.0000000006  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0074  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  31.78 
 
 
857 aa  63.9  0.0000000006  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.102755  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2209  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  31.62 
 
 
844 aa  63.9  0.0000000006  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1062  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  32.71 
 
 
1027 aa  63.9  0.0000000007  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.782086  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1683  sensory box protein  30.71 
 
 
853 aa  63.5  0.0000000008  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009363  OSTLU_35077  predicted protein  34.26 
 
 
110 aa  63.9  0.0000000008  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  normal  0.0655449 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0617  putative PAS/PAC sensor protein  32.69 
 
 
580 aa  63.9  0.0000000008  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3567  histidine kinase  36.67 
 
 
539 aa  63.9  0.0000000008  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.464366  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2682  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  33.33 
 
 
790 aa  63.5  0.0000000008  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2739  sensory box protein, putative  33.61 
 
 
151 aa  63.5  0.0000000009  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2042  multi-sensor signal transduction histidine kinase  37.25 
 
 
477 aa  63.5  0.0000000009  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.562637  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00559  signal transduction protein  36.96 
 
 
815 aa  62.8  0.000000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0623  signal transduction histidine kinase  28.85 
 
 
334 aa  63.2  0.000000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.528714 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0612  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  36.89 
 
 
1061 aa  63.5  0.000000001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0428  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  27.05 
 
 
989 aa  63.2  0.000000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1292  putative PAS/PAC sensor protein  36.27 
 
 
147 aa  62.8  0.000000001  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1140  putative PAS/PAC sensor protein  32.17 
 
 
132 aa  63.2  0.000000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000113848 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3160  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  36.84 
 
 
389 aa  63.2  0.000000001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.350023  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3014  putative PAS/PAC sensor protein  33.61 
 
 
148 aa  63.2  0.000000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>