More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_2677 on replicon NC_008686
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008686  Pden_2677  MarR family transcriptional regulator  100 
 
 		 153 aa  296  5e-80  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3704  MarR family transcriptional regulator  44.44 
 
 		 145 aa  96.7  1e-19  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0735  MarR family transcriptional regulator  37.12 
 
 		 150 aa  82.8  0.000000000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.711731  normal  0.77844 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1107  MarR family transcriptional regulator  34.29 
 
 		 145 aa  80.1  0.000000000000009  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0113  MarR family transcriptional regulator  35.16 
 
 		 141 aa  77  0.00000000000008  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.51786  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0517  transcriptional regulator, MarR family  39.55 
 
 		 161 aa  75.9  0.0000000000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1796  MarR family transcriptional regulator  34.31 
 
 		 191 aa  74.3  0.0000000000005  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.630858  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3737  regulatory protein, MarR  39.06 
 
 		 144 aa  73.9  0.0000000000007  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.366539  normal  0.0258471 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1645  transcriptional regulator, MarR family  38.28 
 
 		 144 aa  73.6  0.0000000000009  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.150607  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0579  MarR family transcriptional regulator  38.4 
 
 		 148 aa  72.4  0.000000000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.14462  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_32790  Transcriptional regulator MarR family protein  36.3 
 
 		 148 aa  71.2  0.000000000005  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1469  MarR family transcriptional regulator  36.64 
 
 		 144 aa  70.5  0.000000000009  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.184271 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1511  MarR family transcriptional regulator  38.05 
 
 		 159 aa  69.3  0.00000000002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0866  transcriptional regulator, MarR family  35.33 
 
 		 159 aa  68.9  0.00000000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3804  MarR family transcriptional regulator  34.27 
 
 		 145 aa  68.9  0.00000000003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.279751  hitchhiker  0.00000113316 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3482  MarR family transcriptional regulator  39.84 
 
 		 171 aa  68.6  0.00000000003  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3538  MarR family transcriptional regulator  35 
 
 		 153 aa  68.9  0.00000000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1396  MarR family transcriptional regulator  33.57 
 
 		 145 aa  68.2  0.00000000004  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1814  MarR family transcriptional regulator  37.8 
 
 		 143 aa  67.8  0.00000000005  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.571932 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3125  transcriptional regulator, TrmB  37.14 
 
 		 157 aa  67.8  0.00000000005  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.402819 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4515  MarR family transcriptional regulator  33.57 
 
 		 145 aa  67.8  0.00000000006  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.934068  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3747  MarR family transcriptional regulator  34.13 
 
 		 181 aa  67.4  0.00000000006  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0512718  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2899  regulatory protein MarR  37.14 
 
 		 157 aa  67.8  0.00000000006  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.1792  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1789  putative transcriptional regulator  35.88 
 
 		 144 aa  67  0.0000000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0488  MarR family transcriptional regulator  34.13 
 
 		 160 aa  66.2  0.0000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.123923  normal  0.124611 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_20850  MarR family transcriptional regulator  35.88 
 
 		 144 aa  67  0.0000000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3022  transcriptional regulator, TrmB  38.1 
 
 		 157 aa  66.6  0.0000000001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.195041  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1729  MarR family transcriptional regulator  35.97 
 
 		 177 aa  65.9  0.0000000002  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.892869  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4021  MarR family transcriptional regulator  32.87 
 
 		 145 aa  65.9  0.0000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.021519 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7636  MarR family transcriptional regulator  41.74 
 
 		 159 aa  65.5  0.0000000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.582154 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1889  MarR family transcriptional regulator  37.01 
 
 		 182 aa  65.1  0.0000000003  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0135  MarR family transcriptional regulator  37.31 
 
 		 157 aa  65.1  0.0000000003  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.0405255  normal  0.71696 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2161  transcriptional regulator, MarR family  33.09 
 
 		 176 aa  63.2  0.000000001  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009426  Saro_3908  transcriptional regulator, TrmB  34.59 
 
 		 148 aa  62  0.000000003  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0802  MarR family transcriptional regulator  38.64 
 
 		 160 aa  61.6  0.000000003  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0707582  normal  0.338446 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3363  transcriptional regulator, MarR family  37.04 
 
 		 154 aa  61.6  0.000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.7144  hitchhiker  0.007363 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4054  MarR family transcriptional regulator  38.82 
 
 		 174 aa  61.2  0.000000005  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1921  MarR family transcriptional regulator  37.84 
 
 		 169 aa  61.2  0.000000005  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.124747  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5688  transcriptional regulator  37.14 
 
 		 154 aa  60.5  0.000000008  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.153344  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3105  transcriptional regulator, MarR family  39.82 
 
 		 154 aa  60.5  0.000000008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.0272572 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0617  MarR family transcriptional regulator  34.13 
 
 		 162 aa  60.5  0.000000009  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5531  transcriptional regulator, TrmB  38.14 
 
 		 158 aa  59.7  0.00000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.412859  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2587  MarR family transcriptional regulator  31.2 
 
 		 142 aa  58.9  0.00000002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.443857  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0962  MarR family transcriptional regulator  30.61 
 
 		 165 aa  58.9  0.00000002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.100112  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3626  MarR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 160 aa  59.3  0.00000002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00335375  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2226  MarR family transcriptional regulator  41.58 
 
 		 144 aa  59.3  0.00000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.971671 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2101  MarR family transcriptional regulator  43.16 
 
 		 142 aa  58.5  0.00000003  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.741541 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1873  MarR family transcriptional regulator  43.16 
 
 		 142 aa  58.5  0.00000003  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.924998 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1634  transcriptional regulator, MarR family  33.65 
 
 		 140 aa  58.9  0.00000003  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0355019  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5147  transcriptional regulator, TrmB  35.64 
 
 		 160 aa  58.2  0.00000004  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0142176 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2214  transcriptional regulator SlyA  33.33 
 
 		 144 aa  58.2  0.00000004  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.559997  hitchhiker  0.000464724 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2395  transcriptional regulator SlyA  35.38 
 
 		 149 aa  58.2  0.00000004  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3061  MarR family transcriptional regulator  40 
 
 		 159 aa  58.2  0.00000004  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0758  transcriptional regulator  31.34 
 
 		 162 aa  57.8  0.00000005  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.379408 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1642  transcriptional regulator, MarR family  23.49 
 
 		 150 aa  57.8  0.00000006  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06856  hypothetical protein  40.26 
 
 		 142 aa  57.8  0.00000006  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2765  MarR family transcriptional regulator  30.85 
 
 		 167 aa  57  0.00000009  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0576767  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1689  transcriptional regulator SlyA  33.85 
 
 		 145 aa  57  0.0000001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.245905  n/a   
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5405  MarR family transcriptional regulator  34.62 
 
 		 142 aa  56.6  0.0000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.955747 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_15420  transcriptional regulator  31.62 
 
 		 158 aa  56.6  0.0000001  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.481321  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2382  transcriptional regulator SlyA  34.92 
 
 		 145 aa  55.8  0.0000002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  decreased coverage  0.00066282  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1307  MarR family transcriptional regulator  41.57 
 
 		 159 aa  55.8  0.0000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.702718  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0911  MarR family transcriptional regulator  38.64 
 
 		 155 aa  55.5  0.0000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.369038 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2666  transcriptional regulator SlyA  34.92 
 
 		 145 aa  56.2  0.0000002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  decreased coverage  0.0001523  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1722  transcriptional regulator SlyA  34.62 
 
 		 145 aa  55.5  0.0000003  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  decreased coverage  0.00118206  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2560  transcriptional regulator SlyA  31.88 
 
 		 143 aa  55.5  0.0000003  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.0000000673945  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2236  MarR family transcriptional regulator  38.64 
 
 		 155 aa  55.5  0.0000003  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.443536  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1876  transcriptional regulator SlyA  31.88 
 
 		 143 aa  55.5  0.0000003  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.00000000116497  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1859  transcriptional regulator, MarR family  43.62 
 
 		 157 aa  55.5  0.0000003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.89352  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1907  MarR family transcriptional regulator  25 
 
 		 193 aa  55.5  0.0000003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.75839 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1614  transcriptional regulator SlyA  34.62 
 
 		 146 aa  55.1  0.0000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.550286 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1130  MarR family transcriptional regulator  26.83 
 
 		 148 aa  55.1  0.0000003  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0083  transcriptional regulator SlyA  34.35 
 
 		 144 aa  55.1  0.0000003  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.404027  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0489  transcriptional regulator, MarR family  35.61 
 
 		 148 aa  55.5  0.0000003  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2258  MarR family transcriptional regulator  41.18 
 
 		 155 aa  55.5  0.0000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.148664  normal  0.143759 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1730  transcriptional regulator SlyA  34.62 
 
 		 146 aa  55.1  0.0000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00443681  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1767  transcriptional regulator SlyA  31.88 
 
 		 143 aa  55.5  0.0000003  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00000000697661  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1899  transcriptional regulator SlyA  34.62 
 
 		 146 aa  55.5  0.0000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0947823  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3382  transcriptional regulator, MarR family  30.93 
 
 		 170 aa  54.7  0.0000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.180661 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1557  transcriptional regulator SlyA  35.07 
 
 		 144 aa  54.7  0.0000004  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.991489  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1834  transcriptional regulator SlyA  35.07 
 
 		 144 aa  54.7  0.0000005  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.397695  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1554  transcriptional regulator SlyA  33.83 
 
 		 146 aa  54.3  0.0000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1541  transcriptional regulator SlyA  33.83 
 
 		 146 aa  54.3  0.0000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.294149  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0096  MarR family transcriptional regulator  36.04 
 
 		 141 aa  54.7  0.0000005  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3680  transcriptional regulator, MarR family  30.93 
 
 		 170 aa  54.7  0.0000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.359333 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4897  transcriptional regulator, MarR family  28.57 
 
 		 151 aa  54.3  0.0000005  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4863  MarR family transcriptional regulator  46.75 
 
 		 157 aa  54.3  0.0000006  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.238839  normal  0.273246 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1558  transcriptional regulator, MarR family  36.79 
 
 		 149 aa  53.9  0.0000008  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3391  MarR family transcriptional regulator  35 
 
 		 146 aa  53.9  0.0000009  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.917296 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1998  transcriptional regulator, MarR family  35.07 
 
 		 144 aa  53.1  0.000001  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000396376  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3308  MarR family transcriptional regulator  30.95 
 
 		 138 aa  53.1  0.000001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3099  MarR family transcriptional regulator  30.95 
 
 		 144 aa  53.5  0.000001  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.634884  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3085  MarR family transcriptional regulator  30.95 
 
 		 144 aa  53.1  0.000001  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.729277  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1852  transcriptional regulator SlyA  35.07 
 
 		 144 aa  53.1  0.000001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00181712  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2354  transcriptional regulator SlyA  35.07 
 
 		 144 aa  53.1  0.000001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00255065  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3314  transcriptional regulator, MarR family  30.95 
 
 		 138 aa  53.5  0.000001  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4407  transcriptional regulator, MarR family  32.48 
 
 		 163 aa  53.1  0.000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.102927  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3304  transcriptional regulator, MarR family  30.95 
 
 		 138 aa  53.5  0.000001  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.779081  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4128  MarR family transcriptional regulator  35 
 
 		 146 aa  53.1  0.000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.565602  normal  0.462864 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1928  transcriptional regulator, MarR family  30.95 
 
 		 138 aa  53.1  0.000001  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  0.428879 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>