More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_0177 on replicon NC_008686
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008686  Pden_0177  inner-membrane translocator  100 
 
 		 333 aa  649    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0734  putative branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  48.94 
 
 		 315 aa  257  2e-67  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0792  inner-membrane translocator  44.34 
 
 		 335 aa  251  1e-65  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.756221 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3270  ABC transporter related  47.93 
 
 		 313 aa  238  1e-61  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2458  inner-membrane translocator  44.64 
 
 		 318 aa  233  3e-60  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0988  inner-membrane translocator  45.55 
 
 		 349 aa  227  2e-58  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  unclonable  0.00000237918 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4000  inner-membrane translocator  44.17 
 
 		 337 aa  219  6e-56  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4209  inner-membrane translocator  42.01 
 
 		 346 aa  218  8.999999999999998e-56  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0640071  normal  1 
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5129  inner-membrane translocator  45.42 
 
 		 306 aa  214  1.9999999999999998e-54  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.829684  normal  0.0107834 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2235  inner-membrane translocator  41.46 
 
 		 327 aa  213  2.9999999999999995e-54  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.344649  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1990  inner-membrane translocator  41.34 
 
 		 315 aa  213  4.9999999999999996e-54  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.97086  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4486  inner-membrane translocator  45.27 
 
 		 320 aa  202  7e-51  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2122  inner-membrane translocator  44.18 
 
 		 304 aa  199  3.9999999999999996e-50  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.589332 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3172  inner-membrane translocator  44.76 
 
 		 336 aa  199  3.9999999999999996e-50  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0411504  normal  0.957226 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_5097  inner-membrane translocator  40.18 
 
 		 330 aa  199  5e-50  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.282354  normal  0.971195 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0634  inner-membrane translocator  37.42 
 
 		 324 aa  196  5.000000000000001e-49  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0364  inner-membrane translocator  42.12 
 
 		 327 aa  195  8.000000000000001e-49  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0079  inner-membrane translocator  40.99 
 
 		 361 aa  193  3e-48  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4399  inner-membrane translocator  41.06 
 
 		 333 aa  192  6e-48  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4608  inner-membrane translocator  43.21 
 
 		 316 aa  189  4e-47  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3641  inner-membrane translocator  48.01 
 
 		 334 aa  187  3e-46  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0755911 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2987  inner-membrane translocator  39.1 
 
 		 340 aa  184  1.0000000000000001e-45  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.465915  normal  0.488268 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0085  inner-membrane translocator  41.27 
 
 		 324 aa  184  2.0000000000000003e-45  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1620  inner-membrane translocator  38.2 
 
 		 368 aa  184  2.0000000000000003e-45  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.779012 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1210  inner-membrane translocator  47.67 
 
 		 334 aa  182  5.0000000000000004e-45  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.085887  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3828  inner-membrane translocator  41.34 
 
 		 320 aa  174  9.999999999999999e-43  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1019  ABC transporter related  39.21 
 
 		 594 aa  172  5e-42  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1331  inner-membrane translocator  41.92 
 
 		 363 aa  172  9e-42  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.412363  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3133  inner-membrane translocator  39.13 
 
 		 322 aa  172  1e-41  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2770  inner-membrane translocator  38.89 
 
 		 320 aa  171  2e-41  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0631444  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1228  inner-membrane translocator  38.63 
 
 		 354 aa  170  3e-41  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0580355  normal  0.0656558 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4369  inner-membrane translocator  36.83 
 
 		 346 aa  169  8e-41  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0543124  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2952  inner-membrane translocator  37.42 
 
 		 333 aa  166  5e-40  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.211647 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4660  inner-membrane translocator  37.5 
 
 		 343 aa  165  1.0000000000000001e-39  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.886685 
 
 
-
 
NC_008760  Pnap_4746  inner-membrane translocator  38.41 
 
 		 340 aa  163  3e-39  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.333311  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3759  hypothetical protein  34.45 
 
 		 322 aa  163  4.0000000000000004e-39  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.232972  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0860  inner-membrane translocator  42.01 
 
 		 324 aa  162  7e-39  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.18038  normal  0.215748 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C5953  inner-membrane translocator  36.15 
 
 		 343 aa  160  2e-38  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0291485  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2520  inner-membrane translocator  33.13 
 
 		 323 aa  161  2e-38  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3087  inner-membrane translocator  38.73 
 
 		 321 aa  159  5e-38  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.878842  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2304  inner-membrane translocator  36.08 
 
 		 329 aa  159  6e-38  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3164  inner-membrane translocator  32.4 
 
 		 324 aa  158  1e-37  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.317947  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2332  inner-membrane translocator  32.71 
 
 		 324 aa  158  1e-37  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.404854  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0212  inner-membrane translocator  38.1 
 
 		 337 aa  157  2e-37  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2951  inner-membrane translocator  31.5 
 
 		 323 aa  157  2e-37  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0213557  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1905  inner-membrane translocator  37.67 
 
 		 338 aa  157  3e-37  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.802473 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0052  inner-membrane translocator  36.16 
 
 		 346 aa  156  4e-37  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.460999  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3651  inner-membrane translocator  37.78 
 
 		 335 aa  156  6e-37  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2893  inner-membrane translocator  36.88 
 
 		 652 aa  154  1e-36  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0733  ABC transporter related  37.63 
 
 		 597 aa  155  1e-36  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3483  inner-membrane translocator  34.62 
 
 		 328 aa  153  2.9999999999999998e-36  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.742895  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1079  inner-membrane translocator  33.02 
 
 		 333 aa  153  4e-36  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.710188  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0010  inner-membrane translocator  36.39 
 
 		 318 aa  152  7e-36  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.429526  n/a   
 
 
-
 
NC_013744  Htur_4183  inner-membrane translocator  32.17 
 
 		 358 aa  152  8.999999999999999e-36  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.708738  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6269  inner-membrane translocator  36.93 
 
 		 339 aa  150  3e-35  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4045  inner-membrane translocator  40 
 
 		 315 aa  150  4e-35  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5160  inner-membrane translocator  34.43 
 
 		 332 aa  147  2.0000000000000003e-34  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.767449  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3367  inner-membrane translocator  37.6 
 
 		 342 aa  147  2.0000000000000003e-34  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1050  inner-membrane translocator  32.21 
 
 		 328 aa  147  2.0000000000000003e-34  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009468  Acry_3458  inner-membrane translocator  32.52 
 
 		 328 aa  145  7.0000000000000006e-34  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.494334  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3779  inner-membrane translocator  33.64 
 
 		 349 aa  144  2e-33  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3531  inner-membrane translocator  32.97 
 
 		 340 aa  144  2e-33  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.696528 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2899  ABC transporter related  37.16 
 
 		 852 aa  144  2e-33  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3535  inner-membrane translocator  34.59 
 
 		 334 aa  143  3e-33  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.0298292 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3911  inner-membrane translocator  35.22 
 
 		 323 aa  143  4e-33  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.658147  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0078  inner-membrane translocator  35.2 
 
 		 324 aa  143  4e-33  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0021  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  34.88 
 
 		 323 aa  142  7e-33  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.901563  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3576  ABC transporter related  34.4 
 
 		 838 aa  142  9.999999999999999e-33  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0089  inner-membrane translocator  34.87 
 
 		 324 aa  142  9.999999999999999e-33  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.828472 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0059  inner-membrane translocator  36.26 
 
 		 328 aa  141  9.999999999999999e-33  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0244383  normal  1 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5859  inner-membrane translocator  33.93 
 
 		 342 aa  140  3.9999999999999997e-32  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0455278 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_3045  inner-membrane translocator  33.65 
 
 		 323 aa  139  4.999999999999999e-32  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.926794  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1379  inner-membrane translocator  32.88 
 
 		 317 aa  139  7.999999999999999e-32  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0957  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  31.92 
 
 		 331 aa  139  8.999999999999999e-32  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.834531  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1676  inner-membrane translocator  32.42 
 
 		 323 aa  139  8.999999999999999e-32  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.102995  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3327  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  35.22 
 
 		 324 aa  137  3.0000000000000003e-31  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3556  inner-membrane translocator  36.16 
 
 		 340 aa  137  3.0000000000000003e-31  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0669576  normal  1 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6433  inner-membrane translocator  33.92 
 
 		 344 aa  136  4e-31  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0224691  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc3340  transmembrane ABC transporter protein  35.2 
 
 		 328 aa  135  7.000000000000001e-31  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1448  inner-membrane translocator  35.77 
 
 		 337 aa  135  7.000000000000001e-31  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  decreased coverage  0.00412694  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1286  inner-membrane translocator  35.77 
 
 		 337 aa  135  7.000000000000001e-31  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.20936  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1675  inner-membrane translocator  36.46 
 
 		 314 aa  135  8e-31  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.675221  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0196  putative branched-chain amino acid ABC transporter integral membrane subunit  34.91 
 
 		 324 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.47626  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3373  putative amino acid uptake ABC transporter, permease protein  34.91 
 
 		 324 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_4062  putative amino acid uptake ABC transporter, permease protein  34.91 
 
 		 324 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2997  putative amino acid uptake ABC transporter, permease protein  34.91 
 
 		 324 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.801367  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1605  putative amino acid uptake ABC transporter, permease protein  34.91 
 
 		 324 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3516  inner-membrane translocator  37.2 
 
 		 344 aa  134  1.9999999999999998e-30  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.1335 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3988  putative amino acid uptake ABC transporter, permease protein  34.91 
 
 		 324 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4701  ABC transporter related  36.67 
 
 		 840 aa  134  3e-30  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.676085  normal  0.601296 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0010  inner-membrane translocator  31.54 
 
 		 309 aa  133  3e-30  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00370487 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3307  inner-membrane translocator  31.15 
 
 		 314 aa  133  5e-30  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3288  hypothetical protein  31.8 
 
 		 332 aa  132  7.999999999999999e-30  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.334199  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2714  inner-membrane translocator  33.33 
 
 		 351 aa  131  1.0000000000000001e-29  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  hitchhiker  0.00849932  normal  0.409913 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1439  inner-membrane translocator  33.33 
 
 		 330 aa  132  1.0000000000000001e-29  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.674436  normal  0.355177 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4477  branched-chain amino acid inner-membrane translocator  34.64 
 
 		 332 aa  131  1.0000000000000001e-29  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0364038  normal  0.0227687 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_4025  inner-membrane translocator  31.29 
 
 		 332 aa  130  2.0000000000000002e-29  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3293  ABC branched-chain amino acid transporter, inner membrane subunit  31.29 
 
 		 332 aa  130  3e-29  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.11625  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1205  inner-membrane translocator  34.3 
 
 		 333 aa  130  4.0000000000000003e-29  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4079  inner-membrane translocator  32.99 
 
 		 323 aa  129  5.0000000000000004e-29  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>