More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_0860 on replicon NC_009952
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009952  Dshi_0860  inner-membrane translocator  100 
 
 
324 aa  625  1e-178  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.18038  normal  0.215748 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2235  inner-membrane translocator  72.56 
 
 
327 aa  460  9.999999999999999e-129  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.344649  normal 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_5097  inner-membrane translocator  64.17 
 
 
330 aa  368  1e-101  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.282354  normal  0.971195 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4209  inner-membrane translocator  48.3 
 
 
346 aa  259  3e-68  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0640071  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0734  putative branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  48.03 
 
 
315 aa  249  3e-65  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0792  inner-membrane translocator  40.72 
 
 
335 aa  214  1.9999999999999998e-54  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.756221 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0177  inner-membrane translocator  41.08 
 
 
333 aa  202  8e-51  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3270  ABC transporter related  43 
 
 
313 aa  196  5.000000000000001e-49  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2458  inner-membrane translocator  38.85 
 
 
318 aa  195  9e-49  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4399  inner-membrane translocator  43.9 
 
 
333 aa  194  2e-48  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1990  inner-membrane translocator  41.22 
 
 
315 aa  192  4e-48  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.97086  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0634  inner-membrane translocator  40.13 
 
 
324 aa  192  5e-48  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2122  inner-membrane translocator  44.65 
 
 
304 aa  191  2e-47  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal  0.589332 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0988  inner-membrane translocator  37.11 
 
 
349 aa  186  4e-46  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  unclonable  0.00000237918 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4608  inner-membrane translocator  45.26 
 
 
316 aa  185  1.0000000000000001e-45  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4000  inner-membrane translocator  41.37 
 
 
337 aa  184  1.0000000000000001e-45  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5129  inner-membrane translocator  43.71 
 
 
306 aa  179  4e-44  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.829684  normal  0.0107834 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3172  inner-membrane translocator  45.88 
 
 
336 aa  177  2e-43  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0411504  normal  0.957226 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2304  inner-membrane translocator  37.67 
 
 
329 aa  174  9.999999999999999e-43  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4486  inner-membrane translocator  44.92 
 
 
320 aa  174  1.9999999999999998e-42  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1210  inner-membrane translocator  44.41 
 
 
334 aa  172  1e-41  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.085887  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4660  inner-membrane translocator  38.7 
 
 
343 aa  167  2.9999999999999998e-40  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.886685 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1050  inner-membrane translocator  37.39 
 
 
328 aa  164  2.0000000000000002e-39  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4369  inner-membrane translocator  37.33 
 
 
346 aa  162  7e-39  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0543124  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3641  inner-membrane translocator  44.18 
 
 
334 aa  162  8.000000000000001e-39  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0755911 
 
 
-
 
NC_009468  Acry_3458  inner-membrane translocator  37.08 
 
 
328 aa  161  2e-38  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.494334  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_2032  inner-membrane translocator  38.77 
 
 
318 aa  158  1e-37  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013744  Htur_4183  inner-membrane translocator  34.64 
 
 
358 aa  157  3e-37  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.708738  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1019  ABC transporter related  36.57 
 
 
594 aa  155  9e-37  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0364  inner-membrane translocator  40.48 
 
 
327 aa  154  2e-36  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1795  inner-membrane translocator  38.02 
 
 
338 aa  153  2.9999999999999998e-36  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.121113  hitchhiker  0.000132557 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4477  branched-chain amino acid inner-membrane translocator  37.67 
 
 
332 aa  153  5e-36  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0364038  normal  0.0227687 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2564  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  36.99 
 
 
355 aa  152  7e-36  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0617  inner-membrane translocator  37.07 
 
 
339 aa  152  1e-35  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0733  ABC transporter related  37.5 
 
 
597 aa  151  1e-35  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0657  inner-membrane translocator  37.07 
 
 
339 aa  152  1e-35  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.558006  normal  0.165436 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2899  ABC transporter related  37.76 
 
 
852 aa  150  3e-35  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3087  inner-membrane translocator  37.66 
 
 
321 aa  150  4e-35  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.878842  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6328  inner-membrane translocator  35.93 
 
 
320 aa  149  6e-35  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.540674  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6572  inner-membrane translocator  37.46 
 
 
351 aa  149  6e-35  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0236609  normal  0.0263346 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2770  inner-membrane translocator  34.69 
 
 
320 aa  149  8e-35  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0631444  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1805  inner-membrane translocator  36.62 
 
 
337 aa  149  8e-35  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.50221  normal 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3576  ABC transporter related  36.52 
 
 
838 aa  149  9e-35  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3829  inner-membrane translocator  38.68 
 
 
322 aa  148  1.0000000000000001e-34  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4906  inner-membrane translocator  38.68 
 
 
322 aa  148  1.0000000000000001e-34  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1675  inner-membrane translocator  34.29 
 
 
314 aa  146  4.0000000000000006e-34  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.675221  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0052  inner-membrane translocator  35.19 
 
 
346 aa  146  4.0000000000000006e-34  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.460999  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1583  inner-membrane translocator  37.63 
 
 
319 aa  146  4.0000000000000006e-34  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3556  inner-membrane translocator  36.96 
 
 
340 aa  145  8.000000000000001e-34  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0669576  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0212  inner-membrane translocator  36.45 
 
 
337 aa  145  1e-33  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2952  inner-membrane translocator  39.53 
 
 
333 aa  144  2e-33  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.211647 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_6025  inner-membrane translocator  37.63 
 
 
333 aa  144  2e-33  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3735  putative branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  35.35 
 
 
333 aa  143  5e-33  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0957  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  34.17 
 
 
331 aa  141  9.999999999999999e-33  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.834531  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2893  inner-membrane translocator  37.95 
 
 
652 aa  141  9.999999999999999e-33  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0663  inner-membrane translocator  37.41 
 
 
339 aa  141  9.999999999999999e-33  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.722061  normal 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0010  inner-membrane translocator  32.55 
 
 
309 aa  141  1.9999999999999998e-32  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00370487 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2987  inner-membrane translocator  32.91 
 
 
340 aa  141  1.9999999999999998e-32  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.465915  normal  0.488268 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3531  inner-membrane translocator  36.36 
 
 
340 aa  140  3e-32  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.696528 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0079  inner-membrane translocator  37.17 
 
 
361 aa  139  4.999999999999999e-32  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0085  inner-membrane translocator  36.16 
 
 
324 aa  139  6e-32  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5859  inner-membrane translocator  35.38 
 
 
342 aa  139  6e-32  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.0455278 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1620  inner-membrane translocator  31.29 
 
 
368 aa  139  7e-32  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.779012 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6433  inner-membrane translocator  34.62 
 
 
344 aa  139  7.999999999999999e-32  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0224691  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1448  inner-membrane translocator  35.76 
 
 
337 aa  139  8.999999999999999e-32  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  decreased coverage  0.00412694  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2025  inner-membrane translocator  38.57 
 
 
339 aa  139  8.999999999999999e-32  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1286  inner-membrane translocator  35.76 
 
 
337 aa  139  8.999999999999999e-32  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.20936  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3651  inner-membrane translocator  36.63 
 
 
335 aa  138  1e-31  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007337  Reut_D6489  inner-membrane translocator  35.31 
 
 
320 aa  138  1e-31  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.635062  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4999  inner-membrane translocator  34.9 
 
 
333 aa  138  1e-31  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0649125  normal 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5726  inner-membrane translocator  38.36 
 
 
347 aa  137  2e-31  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.375427  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1818  inner-membrane translocator  35.25 
 
 
313 aa  137  2e-31  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6573  inner-membrane translocator  38.36 
 
 
347 aa  137  2e-31  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.176253  normal  0.0417549 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6090  inner-membrane translocator  38.36 
 
 
347 aa  137  2e-31  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C5953  inner-membrane translocator  34.98 
 
 
343 aa  137  3.0000000000000003e-31  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0291485  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1079  inner-membrane translocator  34.62 
 
 
333 aa  137  3.0000000000000003e-31  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.710188  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4701  ABC transporter related  34.69 
 
 
840 aa  135  9.999999999999999e-31  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.676085  normal  0.601296 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3133  inner-membrane translocator  32.77 
 
 
322 aa  133  3e-30  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2520  inner-membrane translocator  33.44 
 
 
323 aa  134  3e-30  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0547  inner-membrane translocator  37.81 
 
 
337 aa  133  3.9999999999999996e-30  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2247  transmembrane ABC transporter protein  36.7 
 
 
341 aa  132  6e-30  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0431032  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3477  inner-membrane translocator  34.78 
 
 
333 aa  132  6.999999999999999e-30  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.783038  normal  0.228237 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3535  inner-membrane translocator  34.73 
 
 
334 aa  132  6.999999999999999e-30  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.0298292 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3828  inner-membrane translocator  40.83 
 
 
320 aa  132  7.999999999999999e-30  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4079  inner-membrane translocator  33.56 
 
 
323 aa  131  1.0000000000000001e-29  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3483  inner-membrane translocator  35.63 
 
 
328 aa  131  2.0000000000000002e-29  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.742895  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3307  inner-membrane translocator  32.87 
 
 
314 aa  131  2.0000000000000002e-29  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2139  ABC branched-chain amino acid transporter, inner membrane subunit  35.59 
 
 
313 aa  131  2.0000000000000002e-29  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2332  inner-membrane translocator  31.45 
 
 
324 aa  130  2.0000000000000002e-29  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.404854  normal 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6269  inner-membrane translocator  33.44 
 
 
339 aa  130  3e-29  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3164  inner-membrane translocator  31.25 
 
 
324 aa  130  3e-29  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.317947  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3210  inner-membrane translocator  39.29 
 
 
331 aa  130  3e-29  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.756428  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2704  ABC transporter related  31.74 
 
 
842 aa  130  4.0000000000000003e-29  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.565726  normal  0.530497 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2583  inner-membrane translocator  35.14 
 
 
306 aa  130  4.0000000000000003e-29  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.48452  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1228  inner-membrane translocator  37.38 
 
 
354 aa  130  4.0000000000000003e-29  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0580355  normal  0.0656558 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4270  inner-membrane translocator  36.08 
 
 
325 aa  129  6e-29  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3340  transmembrane ABC transporter protein  36.4 
 
 
328 aa  129  9.000000000000001e-29  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3759  hypothetical protein  31.13 
 
 
322 aa  128  1.0000000000000001e-28  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.232972  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1398  inner-membrane translocator  33.97 
 
 
329 aa  128  2.0000000000000002e-28  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3288  hypothetical protein  33.9 
 
 
332 aa  127  2.0000000000000002e-28  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.334199  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>