More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pcar_0667 on replicon NC_007498
Organism: Pelobacter carbinolicus DSM 2380



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007498  Pcar_0667  outer membrane efflux protein  100 
 
 
478 aa  950    Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6346  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  37.47 
 
 
491 aa  239  8e-62  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4652  RND efflux system outer membrane lipoprotein  36.92 
 
 
464 aa  218  2.9999999999999998e-55  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.964655 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0511  RND efflux system outer membrane lipoprotein NodT  32.98 
 
 
497 aa  213  4.9999999999999996e-54  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.310056  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1591  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  33.19 
 
 
481 aa  208  1e-52  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  unclonable  0.000000292967 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2371  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  33.33 
 
 
482 aa  205  2e-51  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.774787 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0569  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  33.26 
 
 
486 aa  189  8e-47  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.20716  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2832  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  30.85 
 
 
520 aa  189  9e-47  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2205  RND efflux system outer membrane lipoprotein  34.48 
 
 
471 aa  188  2e-46  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.916558  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2485  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  32.32 
 
 
487 aa  187  2e-46  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.072827  normal  0.13209 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1968  RND efflux system outer membrane lipoprotein  34.06 
 
 
471 aa  187  5e-46  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  hitchhiker  0.000949064  normal 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0079  hypothetical protein  28.54 
 
 
479 aa  186  8e-46  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2098  RND efflux system outer membrane lipoprotein  34.14 
 
 
471 aa  186  9e-46  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_31920  putative outer membrane protein  32.63 
 
 
498 aa  185  1.0000000000000001e-45  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.964531  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1919  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  31.48 
 
 
482 aa  185  2.0000000000000003e-45  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.328582  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3002  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  30.82 
 
 
516 aa  184  3e-45  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2524  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  31.14 
 
 
489 aa  183  7e-45  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.670028  normal  0.773524 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2380  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  32 
 
 
481 aa  183  7e-45  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1142  RND efflux system outer membrane lipoprotein  31.99 
 
 
492 aa  183  7e-45  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.258577  normal  0.581397 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_3093  outer membrane protein  30.59 
 
 
503 aa  182  8.000000000000001e-45  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  unclonable  7.56103e-19  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2711  outer membrane lipoprotein precursor  32.79 
 
 
499 aa  182  1e-44  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.299078  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1840  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  32.33 
 
 
462 aa  182  1e-44  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.37883  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2756  outer membrane efflux protein  32.39 
 
 
490 aa  181  2e-44  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.158368  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4293  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  32.47 
 
 
501 aa  182  2e-44  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4181  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  32.47 
 
 
501 aa  182  2e-44  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.366543  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4489  RND efflux system outer membrane lipoprotein  30.88 
 
 
523 aa  182  2e-44  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.000880078  hitchhiker  0.0020567 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3948  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  30.77 
 
 
523 aa  182  2e-44  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.822582 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_28780  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  31.38 
 
 
512 aa  181  2.9999999999999997e-44  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.506262  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2799  RND efflux system outer membrane lipoprotein  30.6 
 
 
495 aa  181  2.9999999999999997e-44  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4072  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  31.65 
 
 
464 aa  179  1e-43  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.153495 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1393  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  30.33 
 
 
461 aa  177  5e-43  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5742  RND efflux system outer membrane lipoprotein  31.97 
 
 
497 aa  176  6e-43  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.238393  normal  0.954317 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1818  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  33.91 
 
 
503 aa  176  9e-43  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.570974  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0050  RND efflux system outer membrane lipoprotein  30.86 
 
 
523 aa  176  9e-43  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.151271  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0020  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  30.86 
 
 
523 aa  176  9e-43  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.25615  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2428  RND efflux system outer membrane lipoprotein  33.95 
 
 
509 aa  175  9.999999999999999e-43  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.440095 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5204  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  32.09 
 
 
495 aa  175  1.9999999999999998e-42  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0069  RND efflux system outer membrane lipoprotein  30.86 
 
 
523 aa  174  1.9999999999999998e-42  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3811  RND efflux system outer membrane lipoprotein  34.21 
 
 
476 aa  174  1.9999999999999998e-42  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.521708  normal  0.399123 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1407  RND efflux system outer membrane lipoprotein  31.93 
 
 
488 aa  174  1.9999999999999998e-42  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.380774 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2104  RND efflux system outer membrane lipoprotein  34.12 
 
 
510 aa  174  3.9999999999999995e-42  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.409236  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1435  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  31.65 
 
 
469 aa  173  5e-42  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3749  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  34.4 
 
 
488 aa  173  5.999999999999999e-42  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.202049  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6200  multidrug efflux system outer membrane subunit  30.97 
 
 
504 aa  173  5.999999999999999e-42  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.584656  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4619  RND efflux system outer membrane lipoprotein  34.4 
 
 
488 aa  173  5.999999999999999e-42  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.573778  normal  0.397239 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5685  RND efflux system outer membrane lipoprotein  34.19 
 
 
488 aa  173  6.999999999999999e-42  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.166803 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1391  RND efflux system outer membrane lipoprotein  31.94 
 
 
485 aa  173  6.999999999999999e-42  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.228401  normal  0.164456 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3427  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  31.95 
 
 
470 aa  173  7.999999999999999e-42  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1275  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  29.7 
 
 
590 aa  172  9e-42  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2899  RND efflux system outer membrane lipoprotein  30.8 
 
 
504 aa  172  1e-41  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_3082  RND efflux system outer membrane lipoprotein  30.93 
 
 
536 aa  172  1e-41  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000116407 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1364  RND efflux system outer membrane lipoprotein  33.63 
 
 
500 aa  171  2e-41  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.0424146 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1794  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  33.41 
 
 
486 aa  171  2e-41  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2360  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  31.57 
 
 
465 aa  171  2e-41  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.578411  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0451  RND efflux system outer membrane lipoprotein  33.33 
 
 
459 aa  171  2e-41  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.841968 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2663  RND efflux system outer membrane lipoprotein  29.07 
 
 
496 aa  171  3e-41  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3547  RND efflux system outer membrane lipoprotein  32.57 
 
 
477 aa  170  4e-41  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.138729  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4636  RND efflux system outer membrane lipoprotein  32.29 
 
 
521 aa  170  4e-41  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  decreased coverage  0.00362376  normal  0.387542 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0019  RND efflux system outer membrane lipoprotein  31.96 
 
 
539 aa  171  4e-41  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.308598  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0477  RND efflux system outer membrane lipoprotein  32.39 
 
 
471 aa  170  5e-41  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.392731  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3184  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  29.8 
 
 
475 aa  170  6e-41  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0829  outer membrane efflux protein OprC  33.9 
 
 
510 aa  169  7e-41  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_2146  outer membrane efflux protein OprC  33.9 
 
 
510 aa  169  7e-41  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0515  outer membrane efflux protein OprC  33.9 
 
 
510 aa  169  7e-41  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0418  outer membrane efflux protein OprC  33.9 
 
 
510 aa  169  8e-41  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1842  RND efflux system outer membrane lipoprotein  33.9 
 
 
510 aa  169  8e-41  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2893  RND efflux system outer membrane lipoprotein  32.14 
 
 
516 aa  169  8e-41  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3444  RND efflux system outer membrane lipoprotein  30.8 
 
 
495 aa  169  9e-41  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.960604 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1450  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  32.61 
 
 
471 aa  169  9e-41  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4536  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  34.29 
 
 
533 aa  169  1e-40  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.748568  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3582  RND efflux transporter  29.83 
 
 
496 aa  169  1e-40  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.109729  normal 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1464  RND efflux system outer membrane lipoprotein  33.9 
 
 
510 aa  169  1e-40  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3375  RND efflux system outer membrane lipoprotein  33.12 
 
 
517 aa  169  1e-40  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0151483  normal 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5986  RND efflux system outer membrane lipoprotein  32.19 
 
 
497 aa  169  1e-40  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6520  RND efflux system outer membrane lipoprotein  28.48 
 
 
500 aa  169  1e-40  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.128206 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1949  RND efflux system outer membrane lipoprotein  28.95 
 
 
459 aa  169  1e-40  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2189  RND efflux system outer membrane lipoprotein  29.61 
 
 
496 aa  169  1e-40  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.250734  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2332  RND efflux system outer membrane lipoprotein  30.56 
 
 
496 aa  168  2e-40  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2162  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  31.02 
 
 
475 aa  167  2.9999999999999998e-40  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0722212  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0412  RND efflux system outer membrane lipoprotein  29.82 
 
 
477 aa  167  2.9999999999999998e-40  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2594  RND efflux system outer membrane lipoprotein  33.62 
 
 
477 aa  167  2.9999999999999998e-40  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  hitchhiker  0.000572805  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5505  RND efflux system outer membrane lipoprotein  30.08 
 
 
496 aa  167  2.9999999999999998e-40  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.130053  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0649  RND efflux system outer membrane lipoprotein  30.08 
 
 
496 aa  167  2.9999999999999998e-40  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.814679  normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2340  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  29.83 
 
 
502 aa  167  4e-40  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0040  RND efflux system outer membrane lipoprotein  32.03 
 
 
520 aa  167  4e-40  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1231  RND efflux system outer membrane lipoprotein  29.93 
 
 
486 aa  167  4e-40  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0812696  normal  0.324306 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4920  RND efflux system outer membrane lipoprotein  34.52 
 
 
513 aa  167  5e-40  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.31782  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1748  RND efflux system outer membrane lipoprotein NodT  29.85 
 
 
488 aa  167  5e-40  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.630432  normal  0.156732 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3016  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  34.52 
 
 
513 aa  167  5.9999999999999996e-40  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0049  RND efflux system outer membrane lipoprotein  31.82 
 
 
509 aa  166  5.9999999999999996e-40  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.963186  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5350  RND efflux system outer membrane lipoprotein  34.52 
 
 
513 aa  167  5.9999999999999996e-40  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.00199019  normal  0.49097 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1077  RND efflux system outer membrane lipoprotein  31.08 
 
 
496 aa  166  6.9999999999999995e-40  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.512437  normal 
 
 
-
 
NC_003296  RS03144  putative outer membrane CHANEL lipoprotein transmembrane  28.42 
 
 
508 aa  166  8e-40  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.330645 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1666  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  29.34 
 
 
546 aa  166  8e-40  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal  0.13133 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0105  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  31.48 
 
 
457 aa  166  8e-40  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.265235  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2162  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  32.1 
 
 
489 aa  166  9e-40  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4697  RND efflux system outer membrane lipoprotein  34.29 
 
 
513 aa  166  1.0000000000000001e-39  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.204697  normal  0.315368 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3232  RND efflux system outer membrane lipoprotein  30.67 
 
 
523 aa  166  1.0000000000000001e-39  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.254242  normal  0.304417 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2557  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  31.35 
 
 
484 aa  166  1.0000000000000001e-39  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.034745  normal  0.935873 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2283  outer membrane efflux protein  28.98 
 
 
501 aa  164  2.0000000000000002e-39  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal  0.0628456 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>