More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Patl_0539 on replicon NC_008228
Organism: Pseudoalteromonas atlantica T6c



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008228  Patl_0539  malate dehydrogenase  100 
 
 		 311 aa  625  1e-178  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00736  malate dehydrogenase  87.14 
 
 		 312 aa  525  1e-148  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3809  malate dehydrogenase  73.63 
 
 		 311 aa  460  9.999999999999999e-129  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0488572  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3627  malate dehydrogenase  73.31 
 
 		 311 aa  457  9.999999999999999e-129  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.454276  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3685  malate dehydrogenase  73.63 
 
 		 311 aa  459  9.999999999999999e-129  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.184642  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3173  malate dehydrogenase  73.95 
 
 		 311 aa  459  9.999999999999999e-129  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0439183  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0609  malate dehydrogenase  73.63 
 
 		 311 aa  459  9.999999999999999e-129  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0224326  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0770  malate dehydrogenase  72.99 
 
 		 311 aa  456  1e-127  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3339  malate dehydrogenase  73.31 
 
 		 311 aa  457  1e-127  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0614  malate dehydrogenase  73.31 
 
 		 311 aa  457  1e-127  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3219  malate dehydrogenase  72.99 
 
 		 311 aa  457  1e-127  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00681526  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3509  malate dehydrogenase  73.31 
 
 		 311 aa  456  1e-127  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0303223  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0867  malate dehydrogenase  72.99 
 
 		 311 aa  451  1.0000000000000001e-126  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000793131  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0850  malate dehydrogenase  73.63 
 
 		 311 aa  454  1.0000000000000001e-126  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0826  malate dehydrogenase  72.35 
 
 		 311 aa  451  1.0000000000000001e-126  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00000000100776  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0952  malate dehydrogenase  72.35 
 
 		 311 aa  448  1e-125  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0373108  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1002  malate dehydrogenase  72.99 
 
 		 311 aa  450  1e-125  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000312167  hitchhiker  0.0000277575 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03096  malate dehydrogenase  72.76 
 
 		 312 aa  445  1.0000000000000001e-124  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0470  malate dehydrogenase, NAD-dependent  72.76 
 
 		 312 aa  445  1.0000000000000001e-124  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3425  malate dehydrogenase  72.76 
 
 		 312 aa  445  1.0000000000000001e-124  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.672879  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4514  malate dehydrogenase  74.76 
 
 		 311 aa  447  1.0000000000000001e-124  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03047  hypothetical protein  72.76 
 
 		 312 aa  445  1.0000000000000001e-124  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3540  malate dehydrogenase  72.76 
 
 		 312 aa  445  1.0000000000000001e-124  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4553  malate dehydrogenase  72.76 
 
 		 312 aa  445  1.0000000000000001e-124  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0724333  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0470  malate dehydrogenase  72.76 
 
 		 312 aa  446  1.0000000000000001e-124  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.127263 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0359  malate dehydrogenase  72.35 
 
 		 311 aa  444  1.0000000000000001e-124  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  hitchhiker  0.000905728  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0672  malate dehydrogenase  72.35 
 
 		 311 aa  447  1.0000000000000001e-124  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3719  malate dehydrogenase  72.76 
 
 		 312 aa  445  1.0000000000000001e-124  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0322257  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3532  malate dehydrogenase  72.44 
 
 		 312 aa  443  1e-123  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.45791  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3671  malate dehydrogenase  70.51 
 
 		 312 aa  443  1e-123  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.306817 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3484  malate dehydrogenase  71.15 
 
 		 313 aa  441  1e-123  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  unclonable  0.0000124556  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0553  malate dehydrogenase  70.51 
 
 		 312 aa  437  9.999999999999999e-123  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  unclonable  0.0000757079  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0469  malate dehydrogenase  71.47 
 
 		 312 aa  441  9.999999999999999e-123  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.0000123185  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0788  malate dehydrogenase  70.1 
 
 		 311 aa  435  1e-121  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  unclonable  0.0000050316  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3616  malate dehydrogenase  70.51 
 
 		 312 aa  434  1e-121  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.0606227  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3551  malate dehydrogenase  70.19 
 
 		 312 aa  435  1e-121  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3550  malate dehydrogenase  70.19 
 
 		 312 aa  435  1e-121  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00795  malate dehydrogenase  70.55 
 
 		 311 aa  437  1e-121  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3971  malate dehydrogenase  70.51 
 
 		 312 aa  434  1e-121  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00314587  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3719  malate dehydrogenase  69.87 
 
 		 312 aa  434  1e-121  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.321061 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3622  malate dehydrogenase  70.19 
 
 		 312 aa  436  1e-121  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.817971  normal  0.609182 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3657  malate dehydrogenase  70.19 
 
 		 312 aa  435  1e-121  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.774506  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001676  malate dehydrogenase  69.9 
 
 		 311 aa  435  1e-121  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.0000765273  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3761  malate dehydrogenase  70.51 
 
 		 312 aa  434  1e-121  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.420142  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2850  malate dehydrogenase  69.77 
 
 		 353 aa  437  1e-121  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.371941  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3365  malate dehydrogenase  67.95 
 
 		 312 aa  426  1e-118  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  hitchhiker  0.0000174685  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1055  malate dehydrogenase  71.7 
 
 		 311 aa  427  1e-118  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  unclonable  0.00000000618832  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0297  malate dehydrogenase  66.67 
 
 		 319 aa  399  9.999999999999999e-111  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011699  PHATRDRAFT_51297  predicted protein  54.86 
 
 		 345 aa  324  1e-87  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009360  OSTLU_24671  predicted protein  54.63 
 
 		 335 aa  315  5e-85  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.880693  normal  0.0269583 
 
 
-
 
NC_009362  OSTLU_32875  predicted protein  56.55 
 
 		 370 aa  314  9.999999999999999e-85  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006692  CNG03490  malate dehydrogenase, putative  54.46 
 
 		 338 aa  313  1.9999999999999998e-84  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009357  OSTLU_12282  predicted protein  54.49 
 
 		 319 aa  302  6.000000000000001e-81  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
BN001301  ANIA_06717  malate dehydrogenase (Eurofung)  54.14 
 
 		 340 aa  300  2e-80  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009068  PICST_66451  mitochondrial malate dehydrogenase  53.82 
 
 		 332 aa  296  3e-79  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  0.390905  normal  1 
 
 
-
 
BN001301  ANIA_06499  malate dehydrogenase, NAD-dependent (AFU_orthologue; AFUA_6G05210)  50.76 
 
 		 330 aa  286  2e-76  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  0.0415235 
 
 
-
 
NC_006692  CNG03100  L-malate dehydrogenase, putative  50.3 
 
 		 336 aa  259  4e-68  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.116944  n/a   
 
 
-
 
NC_009068  PICST_40132  NAD-dependent malate dehydrogenase  46.43 
 
 		 337 aa  258  1e-67  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  1  normal  0.019207 
 
 
-
 
BN001303  ANIA_05031  conserved hypothetical protein: similar to cytplasmic malate dehydrogenase (Eurofung)  45.85 
 
 		 323 aa  250  2e-65  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  0.702277 
 
 
-
 
NC_009045  PICST_78343  malate dehydrogenase  45.19 
 
 		 346 aa  236  4e-61  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  0.25351  decreased coverage  0.000277635 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4496  malate dehydrogenase, NAD-dependent  33.86 
 
 		 313 aa  112  5e-24  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.794515 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2374  malate dehydrogenase, NAD-dependent  32.39 
 
 		 311 aa  109  6e-23  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1748  malate dehydrogenase  31.23 
 
 		 307 aa  108  2e-22  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  0.747056 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0624  malate dehydrogenase  28.7 
 
 		 332 aa  107  4e-22  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.000517637  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4459  malate dehydrogenase, NAD-dependent  30.7 
 
 		 309 aa  106  6e-22  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.688925 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1140  malate dehydrogenase, NAD-dependent  31.66 
 
 		 307 aa  106  6e-22  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.208998  normal  0.907929 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2971  malate dehydrogenase, NAD-dependent  29.71 
 
 		 307 aa  105  1e-21  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.184219  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1088  malate dehydrogenase, NAD-dependent  31.51 
 
 		 316 aa  104  2e-21  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  hitchhiker  0.00100592  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0605  malate dehydrogenase  27.81 
 
 		 332 aa  103  3e-21  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1867  malate dehydrogenase  33.79 
 
 		 308 aa  103  4e-21  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.00765461  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2255  malate dehydrogenase  31.13 
 
 		 311 aa  100  2e-20  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0864  malate dehydrogenase, NAD-dependent  29.93 
 
 		 312 aa  101  2e-20  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00343298 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1900  malate dehydrogenase  31.63 
 
 		 310 aa  100  3e-20  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2829  malate dehydrogenase (NAD)  31.25 
 
 		 320 aa  99.8  5e-20  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0912  malate dehydrogenase, NAD-dependent  31.43 
 
 		 312 aa  99.8  6e-20  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.0881394  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1029  malate dehydrogenase  30.25 
 
 		 310 aa  99  9e-20  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00758057  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1300  malate dehydrogenase  32.21 
 
 		 320 aa  99  1e-19  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2230  malate dehydrogenase  30.41 
 
 		 320 aa  97.8  2e-19  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5970  malate dehydrogenase, NAD-dependent  35.48 
 
 		 310 aa  97.1  4e-19  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0284223  normal  0.475687 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1182  malate dehydrogenase  31.51 
 
 		 320 aa  96.3  6e-19  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.333007  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1951  malate dehydrogenase (NAD)  29.87 
 
 		 308 aa  95.1  1e-18  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.800681 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1136  malate dehydrogenase  28.3 
 
 		 297 aa  95.5  1e-18  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1273  malate dehydrogenase  30.57 
 
 		 324 aa  94.7  2e-18  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.570878  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1626  malate dehydrogenase  32.01 
 
 		 312 aa  94.4  2e-18  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4206  malate dehydrogenase  28.9 
 
 		 314 aa  94.4  2e-18  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2185  malate dehydrogenase  29.08 
 
 		 312 aa  94  3e-18  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2178  malate dehydrogenase, NAD-dependent  31.25 
 
 		 326 aa  93.2  4e-18  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00838959 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0338  malate dehydrogenase  29.21 
 
 		 304 aa  93.2  5e-18  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2290  malate dehydrogenase  27.3 
 
 		 309 aa  93.2  5e-18  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.974079 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0428  malate dehydrogenase  32.3 
 
 		 307 aa  92.8  7e-18  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0497  malate dehydrogenase (NAD)  30.55 
 
 		 432 aa  92.4  8e-18  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2343  malate dehydrogenase  27.02 
 
 		 317 aa  92.4  9e-18  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3020  malate dehydrogenase (NAD)  30.48 
 
 		 312 aa  92.4  9e-18  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2234  malate dehydrogenase  31.13 
 
 		 312 aa  92  1e-17  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1587  malate dehydrogenase, NAD-dependent  30.59 
 
 		 320 aa  92  1e-17  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.295644  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0862  malate dehydrogenase  29.14 
 
 		 310 aa  92  1e-17  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.0390301  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0615  Lactate/malate dehydrogenase  36.31 
 
 		 316 aa  92  1e-17  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1210  malate dehydrogenase  32.17 
 
 		 318 aa  91.7  1e-17  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.771205  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0610  malate dehydrogenase  27.64 
 
 		 313 aa  92  1e-17  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2322  malate dehydrogenase  31.13 
 
 		 312 aa  92  1e-17  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0749738  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>