More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SbBS512_E3540 on replicon NC_010658
Organism: Shigella boydii CDC 3083-94



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
CP001509  ECD_03096  malate dehydrogenase  100 
 
 		 312 aa  620  1e-176  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0470  malate dehydrogenase, NAD-dependent  100 
 
 		 312 aa  620  1e-176  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03047  hypothetical protein  100 
 
 		 312 aa  620  1e-176  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4553  malate dehydrogenase  100 
 
 		 312 aa  620  1e-176  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0724333  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3540  malate dehydrogenase  100 
 
 		 312 aa  620  1e-176  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0470  malate dehydrogenase  99.68 
 
 		 312 aa  617  1e-176  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.127263 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3719  malate dehydrogenase  100 
 
 		 312 aa  620  1e-176  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0322257  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3532  malate dehydrogenase  99.68 
 
 		 312 aa  618  1e-176  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.45791  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3425  malate dehydrogenase  100 
 
 		 312 aa  620  1e-176  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.672879  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3622  malate dehydrogenase  94.87 
 
 		 312 aa  597  1e-170  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.817971  normal  0.609182 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3657  malate dehydrogenase  94.87 
 
 		 312 aa  596  1e-169  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.774506  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3719  malate dehydrogenase  94.55 
 
 		 312 aa  595  1e-169  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.321061 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3551  malate dehydrogenase  94.87 
 
 		 312 aa  596  1e-169  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3550  malate dehydrogenase  94.87 
 
 		 312 aa  596  1e-169  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3671  malate dehydrogenase  93.27 
 
 		 312 aa  590  1e-167  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.306817 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0469  malate dehydrogenase  92.6 
 
 		 312 aa  581  1.0000000000000001e-165  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.0000123185  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3484  malate dehydrogenase  91.99 
 
 		 313 aa  579  1e-164  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  unclonable  0.0000124556  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3971  malate dehydrogenase  89.74 
 
 		 312 aa  568  1e-161  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00314587  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3616  malate dehydrogenase  89.74 
 
 		 312 aa  568  1e-161  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.0606227  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3761  malate dehydrogenase  89.74 
 
 		 312 aa  568  1e-161  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.420142  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0553  malate dehydrogenase  90.65 
 
 		 312 aa  568  1e-161  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  unclonable  0.0000757079  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0788  malate dehydrogenase  90.32 
 
 		 311 aa  567  1e-161  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  unclonable  0.0000050316  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3365  malate dehydrogenase  86.22 
 
 		 312 aa  546  1e-154  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  hitchhiker  0.0000174685  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0359  malate dehydrogenase  83.23 
 
 		 311 aa  523  1e-147  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  hitchhiker  0.000905728  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0826  malate dehydrogenase  80.97 
 
 		 311 aa  501  1e-141  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00000000100776  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3509  malate dehydrogenase  80.65 
 
 		 311 aa  503  1e-141  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0303223  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2850  malate dehydrogenase  80.71 
 
 		 353 aa  501  1e-141  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.371941  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0770  malate dehydrogenase  80 
 
 		 311 aa  499  1e-140  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001676  malate dehydrogenase  79.94 
 
 		 311 aa  499  1e-140  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.0000765273  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0850  malate dehydrogenase  81.29 
 
 		 311 aa  500  1e-140  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3339  malate dehydrogenase  80.32 
 
 		 311 aa  500  1e-140  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0614  malate dehydrogenase  80.32 
 
 		 311 aa  500  1e-140  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0867  malate dehydrogenase  80.32 
 
 		 311 aa  498  1e-140  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000793131  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3219  malate dehydrogenase  80 
 
 		 311 aa  500  1e-140  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00681526  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3685  malate dehydrogenase  79.68 
 
 		 311 aa  497  1e-139  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.184642  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0952  malate dehydrogenase  80 
 
 		 311 aa  496  1e-139  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0373108  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00795  malate dehydrogenase  79.61 
 
 		 311 aa  496  1e-139  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0672  malate dehydrogenase  80 
 
 		 311 aa  495  1e-139  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3627  malate dehydrogenase  79.35 
 
 		 311 aa  496  1e-139  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.454276  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3809  malate dehydrogenase  79.35 
 
 		 311 aa  495  1e-139  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0488572  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0609  malate dehydrogenase  79.68 
 
 		 311 aa  497  1e-139  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0224326  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1002  malate dehydrogenase  79.68 
 
 		 311 aa  492  9.999999999999999e-139  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000312167  hitchhiker  0.0000277575 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3173  malate dehydrogenase  79.03 
 
 		 311 aa  489  1e-137  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0439183  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1055  malate dehydrogenase  81.35 
 
 		 311 aa  481  1e-135  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  unclonable  0.00000000618832  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0539  malate dehydrogenase  72.76 
 
 		 311 aa  424  1e-118  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0297  malate dehydrogenase  71.15 
 
 		 319 aa  424  1e-117  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00736  malate dehydrogenase  73.08 
 
 		 312 aa  419  1e-116  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4514  malate dehydrogenase  71.29 
 
 		 311 aa  405  1.0000000000000001e-112  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009362  OSTLU_32875  predicted protein  57.64 
 
 		 370 aa  330  2e-89  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009360  OSTLU_24671  predicted protein  54.81 
 
 		 335 aa  313  1.9999999999999998e-84  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.880693  normal  0.0269583 
 
 
-
 
NC_009357  OSTLU_12282  predicted protein  56.41 
 
 		 319 aa  313  2.9999999999999996e-84  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011699  PHATRDRAFT_51297  predicted protein  54.37 
 
 		 345 aa  311  6.999999999999999e-84  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006692  CNG03490  malate dehydrogenase, putative  54.31 
 
 		 338 aa  310  2e-83  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
BN001301  ANIA_06717  malate dehydrogenase (Eurofung)  52.55 
 
 		 340 aa  295  6e-79  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
BN001301  ANIA_06499  malate dehydrogenase, NAD-dependent (AFU_orthologue; AFUA_6G05210)  50.61 
 
 		 330 aa  272  4.0000000000000004e-72  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  0.0415235 
 
 
-
 
NC_009068  PICST_40132  NAD-dependent malate dehydrogenase  46.45 
 
 		 337 aa  265  7e-70  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  1  normal  0.019207 
 
 
-
 
NC_009068  PICST_66451  mitochondrial malate dehydrogenase  48.09 
 
 		 332 aa  262  6e-69  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  0.390905  normal  1 
 
 
-
 
NC_006692  CNG03100  L-malate dehydrogenase, putative  48.18 
 
 		 336 aa  239  2.9999999999999997e-62  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.116944  n/a   
 
 
-
 
NC_009045  PICST_78343  malate dehydrogenase  44.96 
 
 		 346 aa  233  2.0000000000000002e-60  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  0.25351  decreased coverage  0.000277635 
 
 
-
 
BN001303  ANIA_05031  conserved hypothetical protein: similar to cytplasmic malate dehydrogenase (Eurofung)  42.77 
 
 		 323 aa  233  5e-60  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  0.702277 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2374  malate dehydrogenase, NAD-dependent  33.33 
 
 		 311 aa  114  3e-24  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2255  malate dehydrogenase  30.84 
 
 		 311 aa  112  8.000000000000001e-24  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1048  malate dehydrogenase  32.29 
 
 		 319 aa  111  1.0000000000000001e-23  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.466907  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1140  malate dehydrogenase, NAD-dependent  32.6 
 
 		 307 aa  110  4.0000000000000004e-23  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.208998  normal  0.907929 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1748  malate dehydrogenase  32.99 
 
 		 307 aa  108  1e-22  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  0.747056 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1450  malate dehydrogenase, NAD-dependent  32 
 
 		 333 aa  108  2e-22  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1088  malate dehydrogenase, NAD-dependent  31.14 
 
 		 316 aa  107  3e-22  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  hitchhiker  0.00100592  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1210  malate dehydrogenase  31.4 
 
 		 318 aa  107  3e-22  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.771205  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4459  malate dehydrogenase, NAD-dependent  32.25 
 
 		 309 aa  106  5e-22  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.688925 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4496  malate dehydrogenase, NAD-dependent  32.42 
 
 		 313 aa  105  9e-22  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.794515 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2829  malate dehydrogenase (NAD)  31.43 
 
 		 320 aa  105  1e-21  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0605  malate dehydrogenase  28.99 
 
 		 332 aa  104  2e-21  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0641  malate dehydrogenase  29.34 
 
 		 313 aa  103  3e-21  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0862  malate dehydrogenase  30.49 
 
 		 310 aa  103  4e-21  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.0390301  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1656  malate dehydrogenase, NAD-dependent  29.72 
 
 		 312 aa  101  1e-20  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2230  malate dehydrogenase  31.66 
 
 		 320 aa  102  1e-20  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1900  malate dehydrogenase  30.94 
 
 		 310 aa  102  1e-20  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2185  malate dehydrogenase  29.78 
 
 		 312 aa  101  2e-20  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0398  malate dehydrogenase  28.8 
 
 		 313 aa  101  2e-20  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1029  malate dehydrogenase  30.46 
 
 		 310 aa  101  2e-20  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00758057  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1675  malate dehydrogenase  30.94 
 
 		 309 aa  101  2e-20  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  0.0291374  normal  0.817536 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1951  malate dehydrogenase (NAD)  33.88 
 
 		 308 aa  100  3e-20  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.800681 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1182  malate dehydrogenase  31.76 
 
 		 320 aa  100  4e-20  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.333007  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD1121  malate dehydrogenase  29.05 
 
 		 316 aa  99.8  5e-20  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0956  malate dehydrogenase, NAD-dependent  31.53 
 
 		 315 aa  99.8  5e-20  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0864  malate dehydrogenase, NAD-dependent  31.86 
 
 		 312 aa  99.4  7e-20  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00343298 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4206  malate dehydrogenase  30 
 
 		 314 aa  99  1e-19  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1713  malate dehydrogenase  29.54 
 
 		 310 aa  98.2  1e-19  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.905202  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3020  malate dehydrogenase (NAD)  30.29 
 
 		 312 aa  99  1e-19  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4702  malate dehydrogenase  31.33 
 
 		 312 aa  98.2  2e-19  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.842149  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4723  malate dehydrogenase  31.33 
 
 		 312 aa  98.2  2e-19  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4486  malate dehydrogenase  31.33 
 
 		 312 aa  98.2  2e-19  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4321  malate dehydrogenase  31.33 
 
 		 312 aa  98.2  2e-19  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4333  malate dehydrogenase  31.33 
 
 		 312 aa  98.2  2e-19  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4837  malate dehydrogenase  31.33 
 
 		 312 aa  98.2  2e-19  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1626  malate dehydrogenase  31.45 
 
 		 312 aa  97.4  2e-19  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2343  malate dehydrogenase  30 
 
 		 317 aa  98.2  2e-19  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4718  malate dehydrogenase  31.33 
 
 		 312 aa  98.2  2e-19  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1325  malate dehydrogenase  29 
 
 		 317 aa  98.2  2e-19  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000000410815 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4707  malate dehydrogenase  31.33 
 
 		 312 aa  98.2  2e-19  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000597561 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>