More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ssed_0952 on replicon NC_009831
Organism: Shewanella sediminis HAW-EB3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009831  Ssed_0952  malate dehydrogenase  100 
 
 		 311 aa  617  1e-176  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0373108  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0867  malate dehydrogenase  95.82 
 
 		 311 aa  599  1e-170  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000793131  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1002  malate dehydrogenase  94.86 
 
 		 311 aa  592  1e-168  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000312167  hitchhiker  0.0000277575 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0850  malate dehydrogenase  93.25 
 
 		 311 aa  581  1.0000000000000001e-165  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3509  malate dehydrogenase  91.32 
 
 		 311 aa  577  1e-164  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0303223  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0770  malate dehydrogenase  91.32 
 
 		 311 aa  575  1.0000000000000001e-163  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0826  malate dehydrogenase  92.6 
 
 		 311 aa  575  1.0000000000000001e-163  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00000000100776  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3219  malate dehydrogenase  91.64 
 
 		 311 aa  577  1.0000000000000001e-163  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00681526  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3685  malate dehydrogenase  90.35 
 
 		 311 aa  572  1.0000000000000001e-162  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.184642  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3809  malate dehydrogenase  90.03 
 
 		 311 aa  570  1.0000000000000001e-162  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0488572  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3627  malate dehydrogenase  90.03 
 
 		 311 aa  570  1.0000000000000001e-162  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.454276  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3339  malate dehydrogenase  90.68 
 
 		 311 aa  573  1.0000000000000001e-162  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0614  malate dehydrogenase  90.68 
 
 		 311 aa  573  1.0000000000000001e-162  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0609  malate dehydrogenase  90.35 
 
 		 311 aa  572  1.0000000000000001e-162  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0224326  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3173  malate dehydrogenase  91.32 
 
 		 311 aa  570  1e-161  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0439183  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0672  malate dehydrogenase  90.35 
 
 		 311 aa  565  1e-160  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0359  malate dehydrogenase  81.35 
 
 		 311 aa  508  1e-143  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  hitchhiker  0.000905728  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03096  malate dehydrogenase  80 
 
 		 312 aa  496  1e-139  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0470  malate dehydrogenase, NAD-dependent  80 
 
 		 312 aa  496  1e-139  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4553  malate dehydrogenase  80 
 
 		 312 aa  496  1e-139  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0724333  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001676  malate dehydrogenase  78.46 
 
 		 311 aa  495  1e-139  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.0000765273  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03047  hypothetical protein  80 
 
 		 312 aa  496  1e-139  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3540  malate dehydrogenase  80 
 
 		 312 aa  496  1e-139  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3671  malate dehydrogenase  79.03 
 
 		 312 aa  496  1e-139  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.306817 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3719  malate dehydrogenase  80 
 
 		 312 aa  496  1e-139  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0322257  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3532  malate dehydrogenase  80 
 
 		 312 aa  496  1e-139  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.45791  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3425  malate dehydrogenase  80 
 
 		 312 aa  496  1e-139  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.672879  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3622  malate dehydrogenase  78.06 
 
 		 312 aa  491  9.999999999999999e-139  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.817971  normal  0.609182 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00795  malate dehydrogenase  78.14 
 
 		 311 aa  492  9.999999999999999e-139  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0470  malate dehydrogenase  79.68 
 
 		 312 aa  493  9.999999999999999e-139  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.127263 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0553  malate dehydrogenase  78.46 
 
 		 312 aa  488  1e-137  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  unclonable  0.0000757079  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0788  malate dehydrogenase  78.78 
 
 		 311 aa  490  1e-137  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  unclonable  0.0000050316  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3550  malate dehydrogenase  78.06 
 
 		 312 aa  489  1e-137  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3719  malate dehydrogenase  77.74 
 
 		 312 aa  488  1e-137  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.321061 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3551  malate dehydrogenase  78.06 
 
 		 312 aa  489  1e-137  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3657  malate dehydrogenase  78.06 
 
 		 312 aa  489  1e-137  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.774506  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3484  malate dehydrogenase  78.06 
 
 		 313 aa  485  1e-136  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  unclonable  0.0000124556  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3761  malate dehydrogenase  78.39 
 
 		 312 aa  487  1e-136  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.420142  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0469  malate dehydrogenase  77.74 
 
 		 312 aa  484  1e-136  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.0000123185  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2850  malate dehydrogenase  78.14 
 
 		 353 aa  486  1e-136  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.371941  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3971  malate dehydrogenase  78.39 
 
 		 312 aa  487  1e-136  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00314587  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3616  malate dehydrogenase  78.39 
 
 		 312 aa  487  1e-136  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.0606227  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3365  malate dehydrogenase  74.84 
 
 		 312 aa  459  9.999999999999999e-129  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  hitchhiker  0.0000174685  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1055  malate dehydrogenase  76.45 
 
 		 311 aa  452  1.0000000000000001e-126  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  unclonable  0.00000000618832  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0297  malate dehydrogenase  72.9 
 
 		 319 aa  440  9.999999999999999e-123  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0539  malate dehydrogenase  72.35 
 
 		 311 aa  428  1e-119  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00736  malate dehydrogenase  73.4 
 
 		 312 aa  424  1e-118  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4514  malate dehydrogenase  71.94 
 
 		 311 aa  416  9.999999999999999e-116  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009357  OSTLU_12282  predicted protein  57.61 
 
 		 319 aa  325  8.000000000000001e-88  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009362  OSTLU_32875  predicted protein  55.38 
 
 		 370 aa  317  2e-85  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009360  OSTLU_24671  predicted protein  53.67 
 
 		 335 aa  312  5.999999999999999e-84  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.880693  normal  0.0269583 
 
 
-
 
NC_006692  CNG03490  malate dehydrogenase, putative  55.41 
 
 		 338 aa  311  5.999999999999999e-84  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011699  PHATRDRAFT_51297  predicted protein  53.92 
 
 		 345 aa  301  8.000000000000001e-81  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
BN001301  ANIA_06717  malate dehydrogenase (Eurofung)  51.89 
 
 		 340 aa  287  2e-76  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009068  PICST_66451  mitochondrial malate dehydrogenase  51.44 
 
 		 332 aa  280  2e-74  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  0.390905  normal  1 
 
 
-
 
BN001301  ANIA_06499  malate dehydrogenase, NAD-dependent (AFU_orthologue; AFUA_6G05210)  48.16 
 
 		 330 aa  265  7e-70  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  0.0415235 
 
 
-
 
NC_009068  PICST_40132  NAD-dependent malate dehydrogenase  45.97 
 
 		 337 aa  256  3e-67  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  1  normal  0.019207 
 
 
-
 
BN001303  ANIA_05031  conserved hypothetical protein: similar to cytplasmic malate dehydrogenase (Eurofung)  46.15 
 
 		 323 aa  242  6e-63  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  0.702277 
 
 
-
 
NC_006692  CNG03100  L-malate dehydrogenase, putative  46.83 
 
 		 336 aa  231  2e-59  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.116944  n/a   
 
 
-
 
NC_009045  PICST_78343  malate dehydrogenase  44.61 
 
 		 346 aa  226  4e-58  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  0.25351  decreased coverage  0.000277635 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1325  malate dehydrogenase  31.61 
 
 		 317 aa  112  9e-24  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000000410815 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2900  malate dehydrogenase  31.91 
 
 		 317 aa  110  2.0000000000000002e-23  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00000048511  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2374  malate dehydrogenase, NAD-dependent  30.93 
 
 		 311 aa  110  4.0000000000000004e-23  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1300  malate dehydrogenase  32.23 
 
 		 320 aa  109  5e-23  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1088  malate dehydrogenase, NAD-dependent  29.52 
 
 		 316 aa  109  7.000000000000001e-23  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  hitchhiker  0.00100592  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0253  malate dehydrogenase  32.07 
 
 		 309 aa  109  7.000000000000001e-23  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.041825  normal  0.0135962 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0338  malate dehydrogenase  33.83 
 
 		 304 aa  108  1e-22  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3276  malate dehydrogenase  32.7 
 
 		 312 aa  108  1e-22  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2829  malate dehydrogenase (NAD)  31.73 
 
 		 320 aa  108  1e-22  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1121  malate dehydrogenase  32.18 
 
 		 309 aa  108  1e-22  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1029  malate dehydrogenase  31.07 
 
 		 310 aa  107  2e-22  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00758057  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0283  malate dehydrogenase  32.07 
 
 		 309 aa  107  3e-22  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0912  malate dehydrogenase, NAD-dependent  31.86 
 
 		 312 aa  107  3e-22  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.0881394  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1450  malate dehydrogenase, NAD-dependent  31.15 
 
 		 333 aa  107  3e-22  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0919  malate dehydrogenase, NAD-dependent  35.56 
 
 		 320 aa  107  4e-22  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0994344 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4459  malate dehydrogenase, NAD-dependent  31.19 
 
 		 309 aa  106  5e-22  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.688925 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0398  malate dehydrogenase  29.52 
 
 		 313 aa  106  5e-22  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1867  malate dehydrogenase  31.83 
 
 		 308 aa  106  5e-22  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.00765461  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2290  malate dehydrogenase  30.42 
 
 		 309 aa  106  6e-22  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.974079 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4723  malate dehydrogenase  31.87 
 
 		 312 aa  105  9e-22  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4486  malate dehydrogenase  31.87 
 
 		 312 aa  105  9e-22  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4321  malate dehydrogenase  31.87 
 
 		 312 aa  105  9e-22  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4837  malate dehydrogenase  31.87 
 
 		 312 aa  105  9e-22  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0536  malate dehydrogenase  31.87 
 
 		 312 aa  105  9e-22  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00988703 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4718  malate dehydrogenase  31.87 
 
 		 312 aa  105  9e-22  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4702  malate dehydrogenase  31.87 
 
 		 312 aa  105  9e-22  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.842149  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4707  malate dehydrogenase  31.87 
 
 		 312 aa  105  9e-22  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000597561 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1182  malate dehydrogenase  32.12 
 
 		 320 aa  105  1e-21  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.333007  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0624  malate dehydrogenase  28.65 
 
 		 332 aa  105  1e-21  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.000517637  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4333  malate dehydrogenase  31.56 
 
 		 312 aa  104  2e-21  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2230  malate dehydrogenase  32.32 
 
 		 320 aa  104  2e-21  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4496  malate dehydrogenase, NAD-dependent  33 
 
 		 313 aa  104  2e-21  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.794515 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1900  malate dehydrogenase  30.43 
 
 		 310 aa  104  2e-21  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4422  malate dehydrogenase  31.56 
 
 		 312 aa  104  2e-21  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1210  malate dehydrogenase  31.15 
 
 		 318 aa  103  4e-21  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.771205  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1587  malate dehydrogenase, NAD-dependent  33.33 
 
 		 320 aa  102  6e-21  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.295644  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1466  malate dehydrogenase  30.93 
 
 		 317 aa  102  9e-21  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0862702  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0153  malate dehydrogenase  36.12 
 
 		 321 aa  102  9e-21  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1140  malate dehydrogenase, NAD-dependent  30.91 
 
 		 307 aa  102  9e-21  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.208998  normal  0.907929 
 
 
-
 
NC_002978  WD1121  malate dehydrogenase  28.52 
 
 		 316 aa  101  1e-20  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>