More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PC1_0553 on replicon NC_012917
Organism: Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012917  PC1_0553  malate dehydrogenase  100 
 
 		 312 aa  623  1e-177  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  unclonable  0.0000757079  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0788  malate dehydrogenase  98.71 
 
 		 311 aa  615  1e-175  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  unclonable  0.0000050316  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3484  malate dehydrogenase  91.61 
 
 		 313 aa  573  1.0000000000000001e-162  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  unclonable  0.0000124556  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0469  malate dehydrogenase  90.06 
 
 		 312 aa  572  1.0000000000000001e-162  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.0000123185  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03096  malate dehydrogenase  90.65 
 
 		 312 aa  568  1e-161  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0470  malate dehydrogenase, NAD-dependent  90.65 
 
 		 312 aa  568  1e-161  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03047  hypothetical protein  90.65 
 
 		 312 aa  568  1e-161  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3719  malate dehydrogenase  90.65 
 
 		 312 aa  568  1e-161  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0322257  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3425  malate dehydrogenase  90.65 
 
 		 312 aa  568  1e-161  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.672879  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4553  malate dehydrogenase  90.65 
 
 		 312 aa  568  1e-161  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0724333  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3540  malate dehydrogenase  90.65 
 
 		 312 aa  568  1e-161  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3761  malate dehydrogenase  90.03 
 
 		 312 aa  565  1e-160  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.420142  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0470  malate dehydrogenase  90.32 
 
 		 312 aa  565  1e-160  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.127263 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3971  malate dehydrogenase  90.03 
 
 		 312 aa  565  1e-160  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00314587  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3532  malate dehydrogenase  90.32 
 
 		 312 aa  566  1e-160  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.45791  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3616  malate dehydrogenase  90.03 
 
 		 312 aa  565  1e-160  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.0606227  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3671  malate dehydrogenase  89.35 
 
 		 312 aa  565  1e-160  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.306817 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3622  malate dehydrogenase  88.71 
 
 		 312 aa  561  1.0000000000000001e-159  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.817971  normal  0.609182 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3719  malate dehydrogenase  88.39 
 
 		 312 aa  558  1e-158  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.321061 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3551  malate dehydrogenase  88.71 
 
 		 312 aa  559  1e-158  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3550  malate dehydrogenase  88.71 
 
 		 312 aa  559  1e-158  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3657  malate dehydrogenase  88.71 
 
 		 312 aa  559  1e-158  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.774506  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3365  malate dehydrogenase  87.82 
 
 		 312 aa  553  1e-157  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  hitchhiker  0.0000174685  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0359  malate dehydrogenase  82.32 
 
 		 311 aa  516  1.0000000000000001e-145  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  hitchhiker  0.000905728  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0770  malate dehydrogenase  79.74 
 
 		 311 aa  502  1e-141  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3219  malate dehydrogenase  79.42 
 
 		 311 aa  501  1e-141  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00681526  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3339  malate dehydrogenase  80.06 
 
 		 311 aa  503  1e-141  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0614  malate dehydrogenase  80.06 
 
 		 311 aa  503  1e-141  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3509  malate dehydrogenase  80.06 
 
 		 311 aa  502  1e-141  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0303223  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0826  malate dehydrogenase  79.1 
 
 		 311 aa  498  1e-140  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00000000100776  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3685  malate dehydrogenase  78.46 
 
 		 311 aa  495  1e-139  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.184642  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0609  malate dehydrogenase  78.46 
 
 		 311 aa  495  1e-139  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0224326  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3627  malate dehydrogenase  78.46 
 
 		 311 aa  493  9.999999999999999e-139  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.454276  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0850  malate dehydrogenase  79.74 
 
 		 311 aa  494  9.999999999999999e-139  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001676  malate dehydrogenase  78.78 
 
 		 311 aa  491  9.999999999999999e-139  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.0000765273  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3809  malate dehydrogenase  78.14 
 
 		 311 aa  493  9.999999999999999e-139  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0488572  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0867  malate dehydrogenase  79.42 
 
 		 311 aa  491  9.999999999999999e-139  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000793131  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0952  malate dehydrogenase  78.46 
 
 		 311 aa  488  1e-137  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0373108  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1002  malate dehydrogenase  78.78 
 
 		 311 aa  489  1e-137  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000312167  hitchhiker  0.0000277575 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0672  malate dehydrogenase  78.46 
 
 		 311 aa  490  1e-137  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00795  malate dehydrogenase  78.14 
 
 		 311 aa  488  1e-137  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2850  malate dehydrogenase  78.46 
 
 		 353 aa  487  1e-136  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.371941  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3173  malate dehydrogenase  77.17 
 
 		 311 aa  486  1e-136  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0439183  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1055  malate dehydrogenase  79.17 
 
 		 311 aa  470  1.0000000000000001e-131  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  unclonable  0.00000000618832  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0539  malate dehydrogenase  70.51 
 
 		 311 aa  417  1e-116  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00736  malate dehydrogenase  70.83 
 
 		 312 aa  412  1e-114  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4514  malate dehydrogenase  70.97 
 
 		 311 aa  402  1e-111  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0297  malate dehydrogenase  67.1 
 
 		 319 aa  402  1e-111  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009362  OSTLU_32875  predicted protein  57.46 
 
 		 370 aa  330  2e-89  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006692  CNG03490  malate dehydrogenase, putative  56.69 
 
 		 338 aa  322  6e-87  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009360  OSTLU_24671  predicted protein  56.23 
 
 		 335 aa  318  5e-86  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.880693  normal  0.0269583 
 
 
-
 
NC_009357  OSTLU_12282  predicted protein  57.61 
 
 		 319 aa  313  2.9999999999999996e-84  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011699  PHATRDRAFT_51297  predicted protein  51.88 
 
 		 345 aa  300  2e-80  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
BN001301  ANIA_06717  malate dehydrogenase (Eurofung)  52.38 
 
 		 340 aa  289  4e-77  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
BN001301  ANIA_06499  malate dehydrogenase, NAD-dependent (AFU_orthologue; AFUA_6G05210)  50.76 
 
 		 330 aa  275  6e-73  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  0.0415235 
 
 
-
 
NC_009068  PICST_66451  mitochondrial malate dehydrogenase  48.56 
 
 		 332 aa  265  7e-70  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  0.390905  normal  1 
 
 
-
 
NC_009068  PICST_40132  NAD-dependent malate dehydrogenase  46.27 
 
 		 337 aa  258  1e-67  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  1  normal  0.019207 
 
 
-
 
BN001303  ANIA_05031  conserved hypothetical protein: similar to cytplasmic malate dehydrogenase (Eurofung)  44.31 
 
 		 323 aa  240  2e-62  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  0.702277 
 
 
-
 
NC_006692  CNG03100  L-malate dehydrogenase, putative  48.64 
 
 		 336 aa  239  5.999999999999999e-62  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.116944  n/a   
 
 
-
 
NC_009045  PICST_78343  malate dehydrogenase  44.77 
 
 		 346 aa  234  1.0000000000000001e-60  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  0.25351  decreased coverage  0.000277635 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2374  malate dehydrogenase, NAD-dependent  32.39 
 
 		 311 aa  106  5e-22  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2230  malate dehydrogenase  31.87 
 
 		 320 aa  104  2e-21  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2255  malate dehydrogenase  29.81 
 
 		 311 aa  103  3e-21  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1210  malate dehydrogenase  30.89 
 
 		 318 aa  103  3e-21  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.771205  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0624  malate dehydrogenase  30.15 
 
 		 332 aa  103  3e-21  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.000517637  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1867  malate dehydrogenase  30.98 
 
 		 308 aa  102  8e-21  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.00765461  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1748  malate dehydrogenase  31.97 
 
 		 307 aa  102  9e-21  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  0.747056 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4496  malate dehydrogenase, NAD-dependent  32.48 
 
 		 313 aa  101  1e-20  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.794515 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2829  malate dehydrogenase (NAD)  31.96 
 
 		 320 aa  101  1e-20  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1182  malate dehydrogenase  31.89 
 
 		 320 aa  100  2e-20  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.333007  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0862  malate dehydrogenase  30.49 
 
 		 310 aa  100  3e-20  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.0390301  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0153  malate dehydrogenase  34.36 
 
 		 321 aa  99.8  5e-20  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1900  malate dehydrogenase  31.23 
 
 		 310 aa  99.4  8e-20  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1450  malate dehydrogenase, NAD-dependent  30.67 
 
 		 333 aa  99  9e-20  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1029  malate dehydrogenase  30.7 
 
 		 310 aa  98.6  1e-19  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00758057  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1510  malate dehydrogenase  30.87 
 
 		 310 aa  99  1e-19  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.0354026  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1121  malate dehydrogenase  30.67 
 
 		 309 aa  99  1e-19  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1300  malate dehydrogenase  31.66 
 
 		 320 aa  99  1e-19  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0864  malate dehydrogenase, NAD-dependent  31.35 
 
 		 312 aa  97.8  2e-19  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00343298 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1088  malate dehydrogenase, NAD-dependent  30.45 
 
 		 316 aa  97.8  2e-19  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  hitchhiker  0.00100592  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1656  malate dehydrogenase, NAD-dependent  29.72 
 
 		 312 aa  97.8  2e-19  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2971  malate dehydrogenase, NAD-dependent  33.33 
 
 		 307 aa  97.1  3e-19  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.184219  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4459  malate dehydrogenase, NAD-dependent  31.6 
 
 		 309 aa  97.4  3e-19  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.688925 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1140  malate dehydrogenase, NAD-dependent  30.89 
 
 		 307 aa  96.7  4e-19  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.208998  normal  0.907929 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4206  malate dehydrogenase  28.53 
 
 		 314 aa  97.1  4e-19  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1951  malate dehydrogenase (NAD)  32.38 
 
 		 308 aa  97.1  4e-19  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.800681 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2185  malate dehydrogenase  28.62 
 
 		 312 aa  96.7  5e-19  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2290  malate dehydrogenase  29.77 
 
 		 309 aa  96.3  6e-19  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.974079 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5970  malate dehydrogenase, NAD-dependent  35.55 
 
 		 310 aa  95.9  7e-19  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0284223  normal  0.475687 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1325  malate dehydrogenase  28.26 
 
 		 317 aa  95.5  9e-19  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000000410815 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0283  malate dehydrogenase  30.75 
 
 		 309 aa  95.9  9e-19  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1466  malate dehydrogenase  29.57 
 
 		 317 aa  95.1  1e-18  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0862702  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0253  malate dehydrogenase  30.8 
 
 		 309 aa  95.5  1e-18  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.041825  normal  0.0135962 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0912  malate dehydrogenase, NAD-dependent  32.31 
 
 		 312 aa  94.7  2e-18  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.0881394  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2377  malate dehydrogenase, NAD-dependent  28.35 
 
 		 307 aa  94.7  2e-18  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.379215  normal  0.1398 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3020  malate dehydrogenase (NAD)  29.84 
 
 		 312 aa  94.7  2e-18  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0497  malate dehydrogenase (NAD)  31.15 
 
 		 432 aa  94.4  2e-18  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0956  malate dehydrogenase, NAD-dependent  32.9 
 
 		 315 aa  94.4  3e-18  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1675  malate dehydrogenase  31.16 
 
 		 309 aa  94  3e-18  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  0.0291374  normal  0.817536 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2876  malate dehydrogenase  30.94 
 
 		 320 aa  93.6  3e-18  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>