More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_4607 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_4607  anti-FecI sigma factor, FecR  100 
 
 		 326 aa  647    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4466  anti-FecI sigma factor, FecR  97.85 
 
 		 326 aa  607  1e-173  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4589  anti-FecI sigma factor, FecR  87.42 
 
 		 326 aa  580  1e-164  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0857  anti-FecI sigma factor, FecR  76.52 
 
 		 328 aa  477  1e-133  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.407643  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0930  putative FecR  55.45 
 
 		 329 aa  318  1e-85  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.127037  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_10460  Anti-sigma factor, FecR family  48.9 
 
 		 328 aa  266  4e-70  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.491124  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_01860  putative transmembrane sensor  47.53 
 
 		 331 aa  247  2e-64  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.305732  normal  0.808706 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0228  putative transmembrane sensor  46.3 
 
 		 331 aa  236  3e-61  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009040  Rsph17029_4120  putative FecR  38.94 
 
 		 324 aa  170  3e-41  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009008  RSP_4274  FecR protein  39.13 
 
 		 324 aa  169  6e-41  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1439  putative FecR  34.37 
 
 		 328 aa  143  4e-33  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1815  anti-FecI sigma factor, FecR  36.28 
 
 		 317 aa  140  3e-32  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2297  FecR protein  35.19 
 
 		 327 aa  139  4.999999999999999e-32  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.703309 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3700  anti-FecI sigma factor, FecR  34.97 
 
 		 321 aa  137  3.0000000000000003e-31  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.176614  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1412  anti-FecI sigma factor, FecR  36.65 
 
 		 317 aa  137  3.0000000000000003e-31  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2187  anti-FecI sigma factor, FecR  35.67 
 
 		 318 aa  136  5e-31  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.779531  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2882  FecR protein  32.62 
 
 		 334 aa  134  1.9999999999999998e-30  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.35627 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1443  putative transcriptional regulator, putative  30.15 
 
 		 320 aa  133  5e-30  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3758  FecR protein  35.86 
 
 		 324 aa  133  5e-30  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.0320078 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_03880  Anti-sigma factor protein, FecR family  33.44 
 
 		 335 aa  130  2.0000000000000002e-29  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.936876  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4509  putative FecR  33.33 
 
 		 338 aa  128  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_20000  putative transmembrane sensor  37.29 
 
 		 328 aa  128  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.145957  normal  1 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4534  putative FecR  33.93 
 
 		 316 aa  127  2.0000000000000002e-28  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.375141 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1339  FecR protein  35.22 
 
 		 319 aa  127  3e-28  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4053  anti-FecI sigma factor, FecR  34.97 
 
 		 324 aa  126  4.0000000000000003e-28  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4400  putative FecR  33.02 
 
 		 350 aa  126  4.0000000000000003e-28  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0568232  normal  0.23003 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1969  FecR protein  35.08 
 
 		 377 aa  125  1e-27  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.729282  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1977  putative FecR  33.13 
 
 		 334 aa  125  1e-27  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.28422  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2623  anti-FecI sigma factor, FecR  33.54 
 
 		 329 aa  122  7e-27  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.539768  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0700  anti-FecI sigma factor, FecR  38.19 
 
 		 309 aa  122  8e-27  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.747207  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2142  FecR protein  32.81 
 
 		 342 aa  120  3.9999999999999996e-26  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0332173  normal  0.0487008 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1718  putative transmembrane sensor  40.91 
 
 		 329 aa  119  9e-26  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_3080  FecR protein  31.08 
 
 		 317 aa  118  9.999999999999999e-26  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_33780  putative transmembrane sensor  30.7 
 
 		 331 aa  117  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00478537  hitchhiker  0.00622545 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2775  anti-FecI sigma factor, FecR  31.92 
 
 		 314 aa  115  6.9999999999999995e-25  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1106  FecR protein  32.17 
 
 		 321 aa  115  1.0000000000000001e-24  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1078  anti-FecI sigma factor, FecR  34.78 
 
 		 339 aa  114  2.0000000000000002e-24  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.235288 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2872  putative transmembrane sensor  31.76 
 
 		 331 aa  114  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.262603  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_3044  FecR protein  33.22 
 
 		 318 aa  112  7.000000000000001e-24  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.801975  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4090  putative transmembrane sensor  33.77 
 
 		 327 aa  112  8.000000000000001e-24  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0445  regulatory protein, putative  31.39 
 
 		 330 aa  112  8.000000000000001e-24  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.563383  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1285  regulatory protein, putative  31.53 
 
 		 301 aa  112  8.000000000000001e-24  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0657  FecR protein  30.7 
 
 		 337 aa  112  1.0000000000000001e-23  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2778  anti-FecI sigma factor, FecR  32.18 
 
 		 320 aa  112  1.0000000000000001e-23  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_45010  Anti-sigma factor, FecR-like protein  30.77 
 
 		 311 aa  111  2.0000000000000002e-23  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2076  anti-FecI sigma factor, FecR  33.33 
 
 		 336 aa  111  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.773044  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3555  anti-FecI sigma factor, FecR  31.34 
 
 		 335 aa  110  3e-23  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.170441  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2564  putative FecR  30.82 
 
 		 333 aa  110  3e-23  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.34255  normal  0.474352 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7284  two component sensor kinase  32.7 
 
 		 319 aa  110  3e-23  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5954  anti-FecI sigma factor, FecR  32.34 
 
 		 315 aa  109  6e-23  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0140157 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0786  putative FecR  30.21 
 
 		 383 aa  109  6e-23  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0948035  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2727  anti-FecI sigma factor, FecR  30.82 
 
 		 325 aa  109  7.000000000000001e-23  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.135065 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2233  putative FecR  31.21 
 
 		 327 aa  108  9.000000000000001e-23  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.761744  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4312  anti-FecI sigma factor, FecR  30.22 
 
 		 320 aa  108  1e-22  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0130371 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4014  anti-FecI sigma factor, FecR  40.2 
 
 		 320 aa  108  1e-22  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.284425 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2358  hypothetical protein  30 
 
 		 342 aa  108  2e-22  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0172911  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4730  FecR protein  31.49 
 
 		 327 aa  107  2e-22  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0996  anti-FecI sigma factor, FecR  27.27 
 
 		 315 aa  107  2e-22  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0734  anti-FecI sigma factor, FecR  30.41 
 
 		 310 aa  107  2e-22  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.721156 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3602  putative FecR  29.78 
 
 		 320 aa  107  2e-22  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.225931 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2373  putative FecR  33.01 
 
 		 329 aa  107  3e-22  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.518516  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_47390  putative transmembrane sensor  32.29 
 
 		 327 aa  107  3e-22  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00116285  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4503  putative FecR  32.01 
 
 		 328 aa  106  7e-22  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0323465  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2367  anti-FecI sigma factor, FecR  30.45 
 
 		 335 aa  105  1e-21  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1630  putative FecR  31.19 
 
 		 324 aa  105  1e-21  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.294588 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2050  FecR, iron siderophore sensor protein  32.08 
 
 		 329 aa  104  2e-21  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0910  anti-FecI sigma factor, FecR  32.26 
 
 		 320 aa  104  2e-21  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0697892 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1204  regulatory protein, putative  30.37 
 
 		 320 aa  103  3e-21  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0724  FecR protein  31.34 
 
 		 330 aa  103  3e-21  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.533854  normal  0.985224 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0379  anti-FecI sigma factor, FecR  31.92 
 
 		 318 aa  103  5e-21  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.45013  normal  0.45289 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2674  putative FecR  36.41 
 
 		 318 aa  103  6e-21  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.249504  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0668  transmembrane sensor, putative  31.56 
 
 		 321 aa  102  9e-21  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1833  FecR protein  31.36 
 
 		 306 aa  102  1e-20  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.108836 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0866  anti-FecI sigma factor, FecR  30.57 
 
 		 328 aa  100  2e-20  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_40220  Anti-sigma factor protein, FecR family  35.86 
 
 		 264 aa  101  2e-20  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1733  FecR protein  27.99 
 
 		 319 aa  101  2e-20  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.204897 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4851  anti-FecI sigma factor, FecR  30.16 
 
 		 318 aa  101  2e-20  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_64690  putative transmembrane sensor  31.34 
 
 		 340 aa  101  2e-20  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0240897  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2192  ECF subfamily RNA polymerase sigma factor  34.51 
 
 		 374 aa  100  3e-20  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3545  anti-FecI sigma factor, FecR  34.51 
 
 		 374 aa  100  3e-20  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.534763  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3721  anti-FecI sigma factor, FecR  32.15 
 
 		 342 aa  100  3e-20  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.280211  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0896  anti-FecI sigma factor, FecR  30.6 
 
 		 320 aa  100  3e-20  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.823331  normal  0.189227 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2219  anti-FecI sigma factor, FecR  30.51 
 
 		 335 aa  100  3e-20  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1077  putative FecR  30.09 
 
 		 331 aa  100  4e-20  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.428658  normal  0.484443 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2066  anti-FecI sigma factor, FecR  31.78 
 
 		 324 aa  100  4e-20  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_06170  putative transmembrane sensor  32.31 
 
 		 323 aa  100  4e-20  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.202236  normal  0.0195078 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4217  anti-FecI sigma factor, FecR  30.67 
 
 		 320 aa  99.8  5e-20  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0936  putative FecR  27.1 
 
 		 350 aa  99.4  7e-20  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1450  anti-FecI sigma factor, FecR  37.21 
 
 		 440 aa  99.4  8e-20  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.523851  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4378  putative FecR  29 
 
 		 321 aa  99.4  8e-20  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.620498  normal  0.854602 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0377  anti-FecI sigma factor, FecR  29.45 
 
 		 318 aa  99.4  8e-20  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.435624  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0736  anti-FecI sigma factor, FecR  29.13 
 
 		 318 aa  99  9e-20  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5618  putative transmembrane sensor  31.45 
 
 		 340 aa  98.6  1e-19  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.680128  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4484  anti-FecI sigma factor, FecR  27.03 
 
 		 310 aa  98.2  1e-19  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.656085 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0351  anti-FecI sigma factor, FecR  29.94 
 
 		 318 aa  98.2  2e-19  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.547847  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3958  putative regulatory protein  26.85 
 
 		 396 aa  97.8  2e-19  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0733  anti-FecI sigma factor, FecR  27.6 
 
 		 328 aa  98.2  2e-19  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.420828 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_46650  putative transmembrane sensor  33.85 
 
 		 280 aa  98.2  2e-19  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0000141667  hitchhiker  0.00000417147 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0605  anti-FecI sigma factor, FecR  28.16 
 
 		 325 aa  97.4  3e-19  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4020  putative transmembrane sensor  32.94 
 
 		 268 aa  97.4  3e-19  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.654919  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>