135 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Oter_4324 on replicon NC_010571
Organism: Opitutus terrae PB90-1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010571  Oter_4324  xylose isomerase domain-containing protein  100 
 
 
309 aa  635    Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4404  xylose isomerase domain-containing protein  33.07 
 
 
250 aa  149  5e-35  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.658574  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0747  xylose isomerase domain-containing protein  32.67 
 
 
250 aa  149  6e-35  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.123525  normal  0.466968 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0432  xylose isomerase domain-containing protein  32.78 
 
 
258 aa  131  2.0000000000000002e-29  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_1938  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  34 
 
 
256 aa  126  4.0000000000000003e-28  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  decreased coverage  0.00000239688  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5021  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  32.76 
 
 
297 aa  125  7e-28  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.672095  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00428  Twin-arginine translocation pathway signal  30.32 
 
 
334 aa  116  5e-25  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1735  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  31.23 
 
 
286 aa  115  7.999999999999999e-25  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.340783  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5169  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  32.16 
 
 
294 aa  114  2.0000000000000002e-24  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.193202  normal  0.0119355 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1075  xylose isomerase domain-containing protein  28.14 
 
 
249 aa  105  7e-22  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1892  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  28.25 
 
 
296 aa  103  5e-21  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.866168 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1158  xylose isomerase-like TIM barrel  28.99 
 
 
253 aa  101  1e-20  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4611  xylose isomerase domain-containing protein  31.06 
 
 
325 aa  101  2e-20  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.805097  normal  0.241232 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1192  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  25.76 
 
 
284 aa  101  2e-20  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.78026  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2692  twin-arginine translocation pathway signal  30.64 
 
 
300 aa  100  4e-20  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0365  xylose isomerase domain-containing protein  27.52 
 
 
284 aa  100  4e-20  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3167  twin-arginine translocation pathway signal  29.01 
 
 
326 aa  99.8  5e-20  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2188  xylose isomerase domain-containing protein  26.57 
 
 
290 aa  99.4  6e-20  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.686752  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1272  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  26.51 
 
 
287 aa  96.3  7e-19  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1695  sugar phosphate isomerases/epimerases  29.23 
 
 
285 aa  95.5  9e-19  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.0560599 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_11160  sugar phosphate isomerase/epimerase  34.9 
 
 
275 aa  95.5  9e-19  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal  0.0839384 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2652  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  29.62 
 
 
283 aa  95.1  1e-18  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  unclonable  0.000000000202898  normal  0.140843 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2156  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  30.83 
 
 
241 aa  94.4  2e-18  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3062  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  25 
 
 
287 aa  94.7  2e-18  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6351  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  30.31 
 
 
279 aa  94  3e-18  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0527  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  27.86 
 
 
289 aa  93.6  4e-18  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  hitchhiker  0.00000000820487  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4110  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  28.75 
 
 
324 aa  92.4  8e-18  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.719196  hitchhiker  0.00235403 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2333  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  26.69 
 
 
255 aa  90.9  3e-17  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2705  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  26.64 
 
 
287 aa  90.1  4e-17  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.917825  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3701  hypothetical protein  25.52 
 
 
259 aa  89.7  5e-17  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1429  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  27.71 
 
 
284 aa  88.6  1e-16  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  unclonable  0.000000000000502947  normal  0.0400752 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3337  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  26.09 
 
 
287 aa  87  3e-16  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.562048  normal  0.679518 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0136  xylose isomerase domain-containing protein  29.89 
 
 
250 aa  86.3  7e-16  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.937365  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3435  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  27.14 
 
 
289 aa  85.5  0.000000000000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0088  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  24.57 
 
 
341 aa  84.7  0.000000000000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1723  xylose isomerase domain-containing protein  29.92 
 
 
253 aa  84.7  0.000000000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.186177  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3653  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  27.05 
 
 
292 aa  84  0.000000000000003  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.142923  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3491  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  25.38 
 
 
281 aa  83.2  0.000000000000005  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.642855  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4327  xylose isomerase domain-containing protein  28.03 
 
 
249 aa  82.8  0.000000000000006  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.543415 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0395  xylose isomerase domain-containing protein  28.36 
 
 
252 aa  82.4  0.000000000000008  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.0482433 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1628  xylose isomerase domain-containing protein  24.56 
 
 
319 aa  82  0.00000000000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1046  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  27.31 
 
 
287 aa  82  0.00000000000001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_27510  sugar phosphate isomerase/epimerase  26.87 
 
 
274 aa  80.9  0.00000000000003  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0334  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  24.52 
 
 
318 aa  79.7  0.00000000000005  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.212034  normal  0.78899 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3458  xylose isomerase domain-containing protein  27.8 
 
 
248 aa  79.3  0.00000000000007  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.463794  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0886  xylose isomerase domain-containing protein  26.42 
 
 
254 aa  78.6  0.0000000000001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.490019 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0252  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  30.26 
 
 
248 aa  78.6  0.0000000000001  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0784  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  30.05 
 
 
278 aa  78.2  0.0000000000002  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.838141 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2332  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  27.11 
 
 
253 aa  76.3  0.0000000000006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.43019  normal 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1543  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  28.06 
 
 
245 aa  74.3  0.000000000002  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.482416  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0574  xylose isomerase domain-containing protein  31 
 
 
254 aa  73.9  0.000000000003  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2406  hypothetical protein  28.19 
 
 
253 aa  73.9  0.000000000003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0720427  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3397  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  28.19 
 
 
251 aa  73.9  0.000000000003  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.843177  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3498  Xylose isomerase domain-containing protein TIM barrel  25.58 
 
 
248 aa  72.8  0.000000000008  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.503466  hitchhiker  0.000525778 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3722  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  27.69 
 
 
246 aa  70.1  0.00000000004  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.0190729 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2093  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  26.11 
 
 
253 aa  69.3  0.00000000008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.446343  normal  0.467472 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5339  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  29.15 
 
 
250 aa  69.3  0.00000000008  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  decreased coverage  0.00377604  normal  0.870166 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1892  xylose isomerase domain-containing protein  28.04 
 
 
304 aa  67.8  0.0000000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0241791  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1893  xylose isomerase domain-containing protein  29.52 
 
 
304 aa  67  0.0000000004  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0559869  normal 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1198  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  23.43 
 
 
255 aa  65.9  0.0000000008  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1722  xylose isomerase-like TIM barrel  31.12 
 
 
299 aa  64.3  0.000000002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.688264  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0425  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  27.37 
 
 
243 aa  63.9  0.000000004  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2612  xylose isomerase domain-containing protein  28.45 
 
 
294 aa  63.5  0.000000005  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1595  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  23.44 
 
 
284 aa  62.4  0.00000001  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1912  xylose isomerase domain-containing protein  27.05 
 
 
271 aa  61.6  0.00000002  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.193983  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1346  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  26.26 
 
 
301 aa  61.6  0.00000002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013745  Htur_4661  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  27.98 
 
 
243 aa  60.8  0.00000003  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2336  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  28.95 
 
 
245 aa  60.5  0.00000003  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.791708  normal  0.26673 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3285  xylose isomerase domain-containing protein  25.5 
 
 
287 aa  60.1  0.00000004  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.515332 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1739  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  21.27 
 
 
271 aa  60.5  0.00000004  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.125041  normal  0.800521 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3969  xylose isomerase domain-containing protein  28.57 
 
 
290 aa  58.5  0.0000002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.0171269  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2972  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  25.79 
 
 
245 aa  58.2  0.0000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2541  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  25.27 
 
 
252 aa  57.4  0.0000003  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0273  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  27.37 
 
 
278 aa  55.8  0.0000009  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4213  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  33.85 
 
 
340 aa  55.5  0.000001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1340  xylose isomerase domain-containing protein  24.88 
 
 
309 aa  54.3  0.000003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_22460  sugar phosphate isomerase/epimerase  21.11 
 
 
282 aa  53.5  0.000004  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_03870  xylose isomerase-like enzyme  25 
 
 
244 aa  52.8  0.000007  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0439  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  23.56 
 
 
308 aa  52.8  0.000007  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  hitchhiker  0.00988774  normal  0.647818 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_20260  sugar phosphate isomerase/epimerase  23 
 
 
293 aa  52.4  0.00001  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.239255  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0939  xylose isomerase-like TIM barrel  24.76 
 
 
309 aa  51.6  0.00002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  hitchhiker  0.00907131  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1301  xylose isomerase domain-containing protein  23.9 
 
 
309 aa  51.6  0.00002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1421  xylose isomerase domain-containing protein  24.76 
 
 
309 aa  51.6  0.00002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1238  putative myo-inositol catabolism protein  25 
 
 
309 aa  50.8  0.00003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3595  Myo-inosose-2 dehydratase  27.27 
 
 
297 aa  50.8  0.00003  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1894  xylose isomerase domain-containing protein  24.88 
 
 
309 aa  50.8  0.00003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.21993 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0986  xylose isomerase domain-containing protein  24.46 
 
 
273 aa  50.1  0.00004  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1521  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  26.24 
 
 
294 aa  49.7  0.00006  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4706  inosose dehydratase  34.48 
 
 
301 aa  49.7  0.00006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.000727756  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4055  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  28.63 
 
 
297 aa  48.9  0.0001  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1399  xylose isomerase domain-containing protein  23.79 
 
 
309 aa  48.5  0.0001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1362  Myo-inosose-2 dehydratase  25.73 
 
 
294 aa  48.9  0.0001  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_50050  2-keto-myo-inositol dehydratase  23.08 
 
 
303 aa  48.5  0.0001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.602375  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1247  putative myo-inositol catabolism protein  34.44 
 
 
313 aa  48.1  0.0002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.537579  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3560  xylose isomerase domain-containing protein  27.56 
 
 
300 aa  48.5  0.0002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.27811 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3285  sugar phosphate isomerase/epimerase, IolE  28.46 
 
 
302 aa  47.8  0.0003  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4565  xylose isomerase-like TIM barrel  23.65 
 
 
309 aa  47.8  0.0003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0833957  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3839  xylose isomerase domain-containing protein  25.47 
 
 
300 aa  47.4  0.0003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0043  xylose isomerase domain-containing protein  27.47 
 
 
308 aa  47  0.0004  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03434  predicted L-xylulose 5-phosphate 3-epimerase  26.56 
 
 
286 aa  46.6  0.0005  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>