More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mboo_0479 on replicon NC_009712
Organism: Candidatus Methanoregula boonei 6A8



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009712  Mboo_0479  coenzyme F420 hydrogenase  100 
 
 		 437 aa  912    Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.654505  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0452  coenzyme F420-reducing hydrogenase, alpha subunit  70.94 
 
 		 456 aa  667    Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2287  coenzyme F420 hydrogenase, subunit alpha  69.79 
 
 		 456 aa  659    Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  0.304616 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2332  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  70.25 
 
 		 469 aa  645    Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0084  coenzyme F420 hydrogenase, subunit alpha  74.6 
 
 		 455 aa  701    Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  decreased coverage  0.0042117  normal  0.0638209 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0015  coenzyme F420-reducing hydrogenase, alpha subunit  70.25 
 
 		 455 aa  659    Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_2174  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  72.08 
 
 		 455 aa  678    Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_2023  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  56.67 
 
 		 438 aa  513  1e-144  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  0.113638 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0073  nickel-dependent hydrogenase large subunit  38.58 
 
 		 410 aa  295  1e-78  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0649  coenzyme F420-reducing hydrogenase, alpha subunit  37.81 
 
 		 410 aa  294  2e-78  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_1045  nickel-dependent hydrogenase large subunit  35.49 
 
 		 385 aa  222  9.999999999999999e-57  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0692  nickel-dependent hydrogenase large subunit  32.69 
 
 		 390 aa  206  5e-52  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0196  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  33.17 
 
 		 390 aa  206  6e-52  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0627  nickel-dependent hydrogenase large subunit  33.17 
 
 		 390 aa  206  8e-52  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  0.931032 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1291  coenzyme F420 hydrogenase, subunit alpha  32.93 
 
 		 390 aa  205  2e-51  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.333817  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1007  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  26 
 
 		 455 aa  133  6e-30  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0097  nickel-dependent hydrogenase large subunit  26.36 
 
 		 475 aa  129  8.000000000000001e-29  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.325648  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0652  F420-non-reducing hydrogenase subunit A  27.06 
 
 		 471 aa  123  6e-27  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0070  nickel-dependent hydrogenase large subunit  25.56 
 
 		 471 aa  119  9.999999999999999e-26  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0969  nickel-dependent hydrogenase large subunit  27.71 
 
 		 418 aa  115  2.0000000000000002e-24  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1712  F420-non-reducing hydrogenase subunit A  27.85 
 
 		 418 aa  114  3e-24  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0977  nickel-dependent hydrogenase large subunit  27.36 
 
 		 418 aa  111  3e-23  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.390644  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1787  nickel-dependent hydrogenase large subunit  22.54 
 
 		 481 aa  107  4e-22  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.993845  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2476  nickel-dependent hydrogenase large subunit  25.55 
 
 		 473 aa  106  6e-22  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.795621  normal  0.410999 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0996  nickel-dependent hydrogenase large subunit  27.42 
 
 		 418 aa  105  2e-21  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3270  nickel-dependent hydrogenase large subunit  23.98 
 
 		 517 aa  101  2e-20  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2718  NAD-reducing hydrogenase, beta subunit  25.55 
 
 		 478 aa  101  3e-20  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2032  nickel-dependent hydrogenase large subunit  23.67 
 
 		 567 aa  101  3e-20  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0709763  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_1215  nickel-dependent hydrogenase large subunit  27.07 
 
 		 418 aa  100  5e-20  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0080  nickel-dependent hydrogenase large subunit  26.95 
 
 		 421 aa  100  5e-20  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  0.303597  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1138  nickel-dependent hydrogenase large subunit  23.65 
 
 		 431 aa  99.8  9e-20  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0078  nickel-dependent hydrogenase large subunit  25.46 
 
 		 474 aa  99.4  1e-19  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1113  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  23.96 
 
 		 476 aa  99  1e-19  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.301961  normal  1 
 
 
-
 
NC_002936  DET0110  [Ni/Fe] hydrogenase, group 1, large subunit, putative  23.05 
 
 		 526 aa  98.6  2e-19  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2089  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  22.71 
 
 		 567 aa  98.6  2e-19  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2660  Coenzyme F420 hydrogenase  24.56 
 
 		 433 aa  98.6  2e-19  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.041142  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_2013  nickel-dependent hydrogenase large subunit  23.48 
 
 		 487 aa  99  2e-19  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1459  nickel-dependent hydrogenase large subunit  26.76 
 
 		 504 aa  97.4  4e-19  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.720227 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1764  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  22.53 
 
 		 568 aa  97.1  5e-19  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1553  nickel-dependent hydrogenase large subunit  24.62 
 
 		 479 aa  97.1  5e-19  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1673  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  24.62 
 
 		 493 aa  95.9  1e-18  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.521628  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1821  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  21.83 
 
 		 567 aa  95.9  1e-18  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.545248  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0531  putative nickel-dependent hydrogenase, large subunit  26.03 
 
 		 504 aa  95.5  2e-18  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3147  nickel-dependent hydrogenase large subunit  22.68 
 
 		 570 aa  94.4  3e-18  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_120  Ni/Fe hydrogenase, large subunit  22.67 
 
 		 526 aa  94.4  3e-18  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2156  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  21.65 
 
 		 567 aa  94.4  4e-18  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.352792  normal  0.370314 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1231  nickel-dependent hydrogenase large subunit  24.32 
 
 		 458 aa  94  4e-18  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1879  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  21.65 
 
 		 567 aa  94.4  4e-18  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2258  nickel-dependent hydrogenase large subunit  23.75 
 
 		 486 aa  94.4  4e-18  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2098  quinone-reactive Ni/Fe hydrogenase, large subunit  22.3 
 
 		 567 aa  94  5e-18  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0258  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  23.31 
 
 		 526 aa  93.2  8e-18  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4496  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  23.04 
 
 		 430 aa  93.2  8e-18  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.401222  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2037  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  22.57 
 
 		 568 aa  92.8  1e-17  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2320  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  22.2 
 
 		 570 aa  92.8  1e-17  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2952  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  23.37 
 
 		 546 aa  92.4  1e-17  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.437472 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0884  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  24.21 
 
 		 432 aa  92.8  1e-17  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.912975  normal  0.251676 
 
 
-
 
NC_002936  DET0615  hydrogenase, group 3, VhuA subunit, putative  23.84 
 
 		 479 aa  92  2e-17  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0588  F420-non-reducing hydrogenase subunit A  23.13 
 
 		 479 aa  91.7  2e-17  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.0000204108  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2221  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  23.09 
 
 		 482 aa  92  2e-17  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.794889  normal  0.78316 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3537  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  21.98 
 
 		 469 aa  91.7  2e-17  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4661  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  25 
 
 		 487 aa  91.7  3e-17  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1042  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  23.03 
 
 		 485 aa  91.3  3e-17  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.90765  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_553  nickel-dependent hydrogenase, group 3, large subunit  23.29 
 
 		 479 aa  91.3  3e-17  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.0139726  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3972  nickel-dependent hydrogenase large subunit  23.21 
 
 		 473 aa  90.5  5e-17  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000529156 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2716  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  25.75 
 
 		 479 aa  90.5  5e-17  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.892044  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3884  nickel-dependent hydrogenase large subunit  24.08 
 
 		 473 aa  90.1  6e-17  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1071  nickel-dependent hydrogenase large subunit  24.44 
 
 		 470 aa  90.1  7e-17  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.018808  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1055  nickel-dependent hydrogenase large subunit  24.18 
 
 		 432 aa  89.4  1e-16  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.620596 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0937  [NiFe] hydrogenase, alpha subunit, putative  24.18 
 
 		 422 aa  89.4  1e-16  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.952693  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1435  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  22.08 
 
 		 577 aa  89.4  1e-16  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.611833  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2250  nickel-dependent hydrogenase large subunit  25.23 
 
 		 488 aa  89.4  1e-16  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0169608  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2791  nickel-dependent hydrogenase large subunit  25.39 
 
 		 482 aa  89.4  1e-16  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.119602  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2748  nickel-dependent hydrogenase large subunit  24.29 
 
 		 488 aa  89  1e-16  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3539  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  23.7 
 
 		 474 aa  88.6  2e-16  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2132  nickel-dependent hydrogenase large subunit  24.15 
 
 		 425 aa  88.6  2e-16  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.0448433  normal  0.0283043 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3378  NADH ubiquinone oxidoreductase, 20 kDa subunit  23.76 
 
 		 474 aa  87.8  3e-16  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.40537  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2169  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  25.34 
 
 		 424 aa  87.8  3e-16  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1940  hydrogen:quinone oxidoreductase  23.99 
 
 		 475 aa  87.8  4e-16  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3098  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  22.38 
 
 		 597 aa  87.4  5e-16  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_04400  Soluble nickel-dependent hydrogenase, large subunit, HoxH  23.53 
 
 		 419 aa  87  6e-16  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1263  hypothetical protein  23.46 
 
 		 433 aa  86.7  7e-16  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.321319  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2419  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  23.55 
 
 		 473 aa  86.3  9e-16  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.954862  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1256  nickel-dependent hydrogenase large subunit  21.9 
 
 		 430 aa  85.9  0.000000000000001  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0095  nickel-dependent hydrogenase large subunit  23.73 
 
 		 474 aa  86.3  0.000000000000001  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1122  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  23.79 
 
 		 425 aa  86.3  0.000000000000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3855  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  24.25 
 
 		 507 aa  86.3  0.000000000000001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2097  nickel-dependent hydrogenase large subunit  25.23 
 
 		 424 aa  85.9  0.000000000000001  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1907  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  22.08 
 
 		 567 aa  86.3  0.000000000000001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.022032 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0092  nickel-dependent hydrogenase large subunit  23.52 
 
 		 474 aa  85.1  0.000000000000002  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.643449 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1651  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  30.92 
 
 		 485 aa  84.7  0.000000000000003  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3680  nickel-dependent hydrogenase large subunit  24.14 
 
 		 509 aa  84.3  0.000000000000004  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0782936  normal  0.503756 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3474  nickel-dependent hydrogenase large subunit  22.79 
 
 		 432 aa  84.3  0.000000000000004  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.455292  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1155  nickel-dependent hydrogenase large subunit  22.24 
 
 		 597 aa  84  0.000000000000005  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.295857  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3416  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  22.53 
 
 		 430 aa  83.2  0.000000000000007  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.291194  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3479  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  22.53 
 
 		 430 aa  83.2  0.000000000000007  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.441341  normal  0.0523033 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2555  NAD-reducing hydrogenase HoxS beta subunit  24.24 
 
 		 476 aa  83.2  0.000000000000009  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.148056  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1368  nickel-dependent hydrogenase large subunit  23.89 
 
 		 475 aa  83.2  0.000000000000009  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3427  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  23.22 
 
 		 430 aa  82.8  0.00000000000001  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.260108 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0114  NAD-reducing hydrogenase, beta subunit  24.6 
 
 		 494 aa  82.4  0.00000000000001  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0805  nickel-dependent hydrogenase large subunit  24.12 
 
 		 465 aa  82.8  0.00000000000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>