More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Krad_3580 on replicon NC_009664
Organism: Kineococcus radiotolerans SRS30216



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009664  Krad_3580  putative cold-shock DNA-binding domain protein  100 
 
 
152 aa  301  2.0000000000000002e-81  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0321058  normal  0.113438 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0104  cold-shock DNA-binding protein family protein  69.05 
 
 
129 aa  179  8.000000000000001e-45  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0818  cold-shock DNA-binding domain protein  65.41 
 
 
135 aa  179  9.000000000000001e-45  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0234  cold-shock DNA-binding protein family protein  67.46 
 
 
127 aa  175  2e-43  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0848  cold-shock DNA-binding domain protein  66.14 
 
 
127 aa  174  4e-43  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.433224  decreased coverage  0.00674689 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4185  cold-shock DNA-binding domain protein  62.99 
 
 
127 aa  171  2.9999999999999996e-42  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.942545  normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_31390  cold-shock DNA-binding protein family  65.35 
 
 
127 aa  164  2.9999999999999998e-40  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.5492  normal  0.13403 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0812  cold-shock DNA-binding domain protein  62.31 
 
 
131 aa  163  8e-40  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.507491  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3932  cold-shock DNA-binding protein family protein  59.23 
 
 
131 aa  155  1e-37  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.558986  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8902  putative cold-shock DNA-binding domain protein  58.78 
 
 
132 aa  154  3e-37  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.197613  normal 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_26200  cold-shock DNA-binding protein family  57.03 
 
 
128 aa  152  2e-36  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.109676  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_2047  cold-shock DNA-binding domain protein  59.06 
 
 
127 aa  152  2e-36  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal  0.716085 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0746  cold-shock DNA-binding domain protein  59.06 
 
 
127 aa  150  8e-36  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.0633058  hitchhiker  0.00940381 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8097  cold-shock DNA-binding domain protein  56.49 
 
 
131 aa  148  3e-35  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0007  cold shock protein  54.76 
 
 
129 aa  147  6e-35  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0908  cold-shock DNA-binding domain protein  53.97 
 
 
127 aa  145  2.0000000000000003e-34  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.547384 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0790  cold-shock DNA-binding protein family protein  54.33 
 
 
127 aa  145  2.0000000000000003e-34  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_24110  cold-shock DNA-binding protein family  56.06 
 
 
133 aa  145  2.0000000000000003e-34  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_34040  cold-shock DNA-binding protein family  55.12 
 
 
128 aa  144  3e-34  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0146  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  54.96 
 
 
132 aa  142  1e-33  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00475602 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4426  cold-shock DNA-binding protein family protein  57.69 
 
 
131 aa  141  3e-33  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal  0.285968 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2930  cold-shock DNA-binding domain protein  55.12 
 
 
127 aa  140  7e-33  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.915487  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10888  cold shock protein B cspB  51.47 
 
 
138 aa  139  9.999999999999999e-33  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  3.73128e-16  normal  0.272066 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_04160  cold-shock DNA-binding protein family  55.12 
 
 
127 aa  138  1.9999999999999998e-32  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.0300603  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0722  cold-shock DNA-binding domain protein  50 
 
 
129 aa  136  1e-31  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  0.155583 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0481  cold-shock DNA-binding domain protein  51.97 
 
 
131 aa  135  3.0000000000000003e-31  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1236  Cold-shock protein DNA-binding protein  49.31 
 
 
155 aa  133  8e-31  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.111681  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0825  cold-shock DNA-binding domain protein  46.76 
 
 
139 aa  133  9.999999999999999e-31  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.425934  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5045  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  49.26 
 
 
136 aa  132  1.9999999999999998e-30  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3294  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  54.96 
 
 
131 aa  131  3e-30  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.977708  normal  0.173304 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1707  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  49.26 
 
 
136 aa  131  3e-30  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4731  cold-shock DNA-binding domain protein  53.49 
 
 
129 aa  130  6e-30  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4475  cold-shock DNA-binding protein family protein  47.06 
 
 
147 aa  125  2.0000000000000002e-28  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.534449  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4562  cold-shock DNA-binding protein family protein  46.32 
 
 
136 aa  124  4.0000000000000003e-28  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.0340056 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4858  cold-shock DNA-binding protein family protein  46.32 
 
 
136 aa  124  4.0000000000000003e-28  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.705438  normal  0.0994336 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4338  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  47.24 
 
 
128 aa  121  3e-27  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5860  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  46.97 
 
 
144 aa  121  3e-27  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.344345 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3947  cold-shock protein, DNA-binding  46.46 
 
 
128 aa  119  9.999999999999999e-27  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.986356  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_6113  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  51.52 
 
 
66 aa  71.2  0.000000000004  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_05400  putative cold-shock DNA-binding domain protein  54.55 
 
 
67 aa  71.2  0.000000000004  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  4.33246e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0392  cold-shock DNA-binding protein family protein  50.65 
 
 
92 aa  71.2  0.000000000005  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0028  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  52.38 
 
 
66 aa  71.2  0.000000000005  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  unclonable  0.00000000000670362  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8911  putative cold-shock DNA-binding domain protein  53.12 
 
 
66 aa  70.1  0.00000000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2064  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  53.12 
 
 
67 aa  70.1  0.00000000001  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  unclonable  0.0000000000424325  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0817  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  50.79 
 
 
66 aa  70.1  0.00000000001  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  hitchhiker  0.000000123312  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0833  cold-shock protein DNA-binding  50.79 
 
 
66 aa  70.1  0.00000000001  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  hitchhiker  0.000000457197  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0754  cold-shock DNA-binding domain protein  52.46 
 
 
66 aa  69.7  0.00000000001  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0103  cold-shock DNA-binding domain protein  52.24 
 
 
67 aa  68.9  0.00000000002  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1072  cold-shock DNA-binding domain protein  56.06 
 
 
68 aa  68.6  0.00000000003  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  unclonable  0.0000000253624  normal 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1580  cold-shock DNA-binding domain protein  53.73 
 
 
67 aa  68.2  0.00000000003  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.507056  normal  0.495998 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3637  putative cold-shock DNA-binding domain protein  53.73 
 
 
67 aa  68.6  0.00000000003  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3728  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  53.33 
 
 
65 aa  68.2  0.00000000004  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.484525  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0982  cold-shock DNA-binding domain protein  53.85 
 
 
83 aa  67.8  0.00000000005  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  unclonable  0.000000000734957  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3973  cold-shock DNA-binding domain protein  55 
 
 
65 aa  67.8  0.00000000005  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  unclonable  0.000000000342931  unclonable  0.0000000000681945 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0036  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  55 
 
 
66 aa  67.8  0.00000000005  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3299  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  48.48 
 
 
66 aa  67.8  0.00000000006  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.301257  normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5298  cold shock protein CspC  52.46 
 
 
67 aa  67.8  0.00000000006  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5356  cold shock protein CspC  52.46 
 
 
67 aa  67.8  0.00000000006  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3784  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  51.56 
 
 
69 aa  67.4  0.00000000006  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0782  cold-shock DNA-binding domain protein  53.12 
 
 
66 aa  67.8  0.00000000006  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.733249  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0803  cold-shock DNA-binding domain protein  51.52 
 
 
66 aa  67.4  0.00000000007  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_2017  cold-shock DNA-binding protein family protein  52.46 
 
 
65 aa  67.4  0.00000000007  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.679038  normal 
 
 
-
 
NC_002976  SERP0466  CSD family cold shock protein  49.21 
 
 
66 aa  67  0.0000000001  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.281351  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS5040  cold shock protein CspC  52.46 
 
 
67 aa  66.6  0.0000000001  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5647  cold shock protein CspC  52.46 
 
 
65 aa  66.6  0.0000000001  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000135799 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4870  cold shock protein  52.46 
 
 
67 aa  66.6  0.0000000001  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4885  cold shock protein  52.46 
 
 
67 aa  66.6  0.0000000001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4985  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  52.46 
 
 
67 aa  66.6  0.0000000001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5310  cold shock protein CspC  52.46 
 
 
65 aa  66.6  0.0000000001  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.156889  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5424  cold shock protein CspC  52.46 
 
 
65 aa  66.6  0.0000000001  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.491326  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0010  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  53.97 
 
 
65 aa  66.2  0.0000000001  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  unclonable  0.00000000102405  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0310  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  48.48 
 
 
67 aa  66.2  0.0000000001  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000124748 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0105  cold-shock DNA-binding domain protein  46.15 
 
 
204 aa  66.6  0.0000000001  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.310654  normal  0.194385 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0979  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  50.79 
 
 
66 aa  66.2  0.0000000001  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  unclonable  0.0000000000188175  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1732  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  49.21 
 
 
66 aa  66.6  0.0000000001  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  unclonable  0.0000000000101176  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0301  cold-shock DNA-binding domain protein  56.45 
 
 
67 aa  66.2  0.0000000001  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  decreased coverage  0.00253542  normal  0.0688177 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2532  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  53.12 
 
 
65 aa  66.6  0.0000000001  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.19716  normal  0.287944 
 
 
-
 
NC_008505  LACR_C47  cold-shock DNA-binding protein family protein  47.62 
 
 
66 aa  66.6  0.0000000001  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5280  cold shock protein CspC  52.46 
 
 
67 aa  66.6  0.0000000001  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000584465 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8123  cold-shock DNA-binding domain protein  46.97 
 
 
67 aa  66.6  0.0000000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2949  cold-shock DNA-binding protein family protein  53.33 
 
 
69 aa  66.2  0.0000000001  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000763354  normal 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1151  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  50.79 
 
 
66 aa  66.2  0.0000000001  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  decreased coverage  0.00000468526  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_1092  cold shock DNA-binding domain-containing protein  50 
 
 
69 aa  67  0.0000000001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  decreased coverage  0.000741991  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0268  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  48.48 
 
 
67 aa  66.2  0.0000000001  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00110044 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1731  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  55.74 
 
 
69 aa  66.6  0.0000000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  unclonable  0.0000000915529  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0312  cold-shock DNA-binding domain protein  52.38 
 
 
418 aa  67  0.0000000001  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.147611  hitchhiker  0.000223606 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2784  cold-shock protein DNA-binding  43.94 
 
 
66 aa  66.2  0.0000000002  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_34450  cold-shock DNA-binding protein family  50.75 
 
 
68 aa  65.9  0.0000000002  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2727  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  43.94 
 
 
66 aa  66.2  0.0000000002  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0668  cold-shock DNA-binding domain protein  56.25 
 
 
67 aa  65.9  0.0000000002  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.16024  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2279  cold-shock DNA-binding domain protein  53.03 
 
 
310 aa  65.9  0.0000000002  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.703886  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0226  cold-shock DNA-binding protein family protein  53.33 
 
 
65 aa  65.5  0.0000000002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000017804  normal 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1777  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  54.1 
 
 
67 aa  66.2  0.0000000002  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.0000000555984  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2614  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  50 
 
 
68 aa  65.9  0.0000000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal  0.0114712 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1970  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  53.12 
 
 
69 aa  65.9  0.0000000002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  decreased coverage  0.00428125  normal  0.0463669 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4097  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  53.23 
 
 
69 aa  65.5  0.0000000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0272616  normal 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0278  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  52.38 
 
 
65 aa  65.9  0.0000000002  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  unclonable  0.0000000141015  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3497  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  50.79 
 
 
66 aa  65.9  0.0000000002  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  decreased coverage  0.000000616798  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1853  cold-shock DNA-binding protein family protein  52.38 
 
 
66 aa  65.9  0.0000000002  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  decreased coverage  0.00000000550442  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1614  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  50 
 
 
68 aa  65.9  0.0000000002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.074349  hitchhiker  0.00762568 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>