More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Hoch_4659 on replicon NC_013440
Organism: Haliangium ochraceum DSM 14365



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013440  Hoch_4659  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  100 
 
 
436 aa  881    Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.102171  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4510  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  45.69 
 
 
465 aa  330  3e-89  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.195113  normal 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1626  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD family  33.56 
 
 
688 aa  235  1.0000000000000001e-60  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_15880  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  47.29 
 
 
516 aa  234  2.0000000000000002e-60  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.876653  normal  0.155423 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0623  RNA polymerase sigma factor RpoD  46.78 
 
 
623 aa  231  3e-59  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.185828  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0703  RNA polymerase sigma factor RpoD  46.78 
 
 
623 aa  230  3e-59  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1427  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD subfamily  48.92 
 
 
504 aa  229  7e-59  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal  0.744088 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1101  RpoD family RNA polymerase sigma factor  47.21 
 
 
602 aa  228  1e-58  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.248126  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2057  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD subfamily  46.12 
 
 
495 aa  228  1e-58  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.130961  normal  0.746729 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0297  RNA polymerase sigma factor  44.58 
 
 
474 aa  228  1e-58  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_13280  RNA polymerase sigma factor RpoD, C-terminal domain/RNA polymerase sigma factor, sigma-70 family  47.5 
 
 
497 aa  228  1e-58  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  decreased coverage  0.00389203  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04069  RNA polymerase sigma factor RpoD  45.68 
 
 
624 aa  228  2e-58  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.41319  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1917  RNA polymerase sigma factor  48.93 
 
 
499 aa  228  2e-58  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal  0.0130031 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1991  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD subfamily  48.92 
 
 
549 aa  227  3e-58  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.918536  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12718  RNA polymerase sigma factor  48.48 
 
 
528 aa  227  3e-58  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1761  RNA polymerase sigma factor  48.92 
 
 
559 aa  227  3e-58  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4595  RpoD family RNA polymerase sigma factor  33.26 
 
 
640 aa  227  3e-58  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.5682  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2963  RNA polymerase sigma factor  49.14 
 
 
495 aa  227  3e-58  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.743322  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1531  RNA polymerase sigma factor  48.92 
 
 
502 aa  226  4e-58  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.138503  decreased coverage  0.00383208 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_16690  RNA polymerase sigma factor RpoD, C-terminal domain/RNA polymerase sigma factor, sigma-70 family  48.48 
 
 
594 aa  227  4e-58  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal  0.029353 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1611  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD subfamily  46.91 
 
 
433 aa  227  4e-58  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000262017 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1806  sigma 70 (RpoD)  47.23 
 
 
594 aa  226  5.0000000000000005e-58  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000803488  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0716  Fis family transcriptional regulator  47.21 
 
 
613 aa  226  5.0000000000000005e-58  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.000000378476  normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1878  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD subfamily  48.48 
 
 
483 aa  226  5.0000000000000005e-58  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.230521  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1607  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD subfamily  48.48 
 
 
559 aa  226  6e-58  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.512877  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1617  RNA polymerase, sigma 28 subunit  48.48 
 
 
441 aa  226  6e-58  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  hitchhiker  0.00878104  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3572  RNA polymerase sigma factor RpoD  45.27 
 
 
618 aa  226  7e-58  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  hitchhiker  0.00998328  normal  0.692055 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2245  RNA polymerase sigma factor RpoD  48.05 
 
 
489 aa  226  7e-58  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2697  RNA polymerase sigma factor RpoD  46.78 
 
 
610 aa  226  8e-58  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.057224  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6393  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD subfamily  44.22 
 
 
697 aa  226  9e-58  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001624  RNA polymerase sigma factor RpoD  46.35 
 
 
620 aa  226  9e-58  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.294566  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2185  RNA polymerase sigma factor  48.05 
 
 
480 aa  225  9e-58  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2231  RNA polymerase sigma factor  48.05 
 
 
480 aa  225  9e-58  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.128274  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2139  RNA polymerase sigma factor  48.05 
 
 
616 aa  225  1e-57  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00848  RNA polymerase sigma factor RpoD  46.35 
 
 
620 aa  225  1e-57  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0044  RNA polymerase sigma factor RpoD  46.35 
 
 
621 aa  225  1e-57  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00416651  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2516  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  47.21 
 
 
598 aa  225  1e-57  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.329688 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2398  RpoD subfamily RNA polymerase sigma-70  48.05 
 
 
555 aa  225  1e-57  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.107802  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2174  RNA polymerase sigma factor  48.05 
 
 
480 aa  225  1e-57  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.512894  hitchhiker  0.00228971 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1212  RpoD family RNA polymerase sigma factor  44.35 
 
 
599 aa  225  1e-57  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.389301 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0692  RNA polymerase sigma factor RpoD  44.58 
 
 
489 aa  224  2e-57  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3089  RNA polymerase sigma factor RpoD  42.97 
 
 
577 aa  224  2e-57  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3401  RNA polymerase sigma factor RpoD  46.35 
 
 
615 aa  224  2e-57  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3465  RNA polymerase sigma factor RpoD  46.35 
 
 
615 aa  224  2e-57  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.268708  hitchhiker  0.00491171 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3397  RNA polymerase sigma factor RpoD  46.35 
 
 
615 aa  224  2e-57  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.000443649  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3471  RNA polymerase sigma factor RpoD  46.35 
 
 
615 aa  224  2e-57  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2461  RNA polymerase sigma factor  48.05 
 
 
478 aa  224  2e-57  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3939  RNA polymerase sigma factor  48.05 
 
 
488 aa  224  2e-57  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3567  RNA polymerase sigma factor RpoD  46.35 
 
 
615 aa  224  2e-57  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.942992  normal  0.234837 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02937  RNA polymerase sigma factor  46.35 
 
 
613 aa  224  3e-57  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00570536  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0387  RNA polymerase sigma factor RpoD  45.92 
 
 
616 aa  224  3e-57  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  unclonable  0.00859546  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3312  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD subfamily  47.62 
 
 
571 aa  224  3e-57  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4641  RNA polymerase sigma factor RpoD  45.92 
 
 
616 aa  224  3e-57  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.594079 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1509  RNA polymerase sigma factor  48.05 
 
 
435 aa  224  3e-57  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0421  RNA polymerase sigma factor RpoD  45.92 
 
 
616 aa  224  3e-57  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0853887  normal 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_14350  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  48.46 
 
 
433 aa  224  3e-57  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.0336848  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02887  hypothetical protein  46.35 
 
 
613 aa  224  3e-57  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00855324  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7088  DNA-directed RNA polymerase sigma subunit (sigma70/sigma32)-like protein  48.05 
 
 
561 aa  224  3e-57  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0640657  normal 
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0788  RNA polymerase sigma factor RpoD  43.09 
 
 
622 aa  224  3e-57  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.101684  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3248  RNA polymerase sigma factor RpoD  46.35 
 
 
613 aa  224  3e-57  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0316286  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_1021  RNA polymerase sigma factor RpoD  43.09 
 
 
625 aa  224  3e-57  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0996  DNA-directed RNA polymerase, sigma subunit (sigma70/sigma32)  46.75 
 
 
458 aa  224  3e-57  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  unclonable  0.0000205805  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0632  RNA polymerase sigma factor RpoD  46.35 
 
 
613 aa  224  3e-57  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0281134  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0633  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  46.35 
 
 
613 aa  223  4e-57  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00000780039  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_24330  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  47.62 
 
 
439 aa  223  4e-57  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal  0.134736 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4028  RNA polymerase sigma factor RpoD  45.92 
 
 
615 aa  223  4e-57  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.8019  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4334  RNA polymerase sigma-70 factor  46.78 
 
 
616 aa  223  4e-57  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0537  RNA polymerase sigma-70 factor  45.92 
 
 
616 aa  223  4e-57  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1104  RpoD family RNA polymerase sigma factor  45.92 
 
 
616 aa  223  4e-57  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0640269  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3360  RNA polymerase sigma factor RpoD  46.35 
 
 
613 aa  223  4e-57  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0343174  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5149  RNA polymerase sigma factor RpoD  45.92 
 
 
615 aa  223  4e-57  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3764  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD subfamily  48.05 
 
 
448 aa  223  4e-57  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal  0.343389 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3532  RNA polymerase sigma factor RpoD  46.35 
 
 
613 aa  223  4e-57  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000451825  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0418  RNA polymerase sigma factor RpoD  45.92 
 
 
616 aa  223  4e-57  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3502  RNA polymerase sigma factor RpoD  46.35 
 
 
613 aa  223  4e-57  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00613431  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0553  RNA polymerase sigma factor RpoD  46.35 
 
 
612 aa  223  4e-57  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000000359129  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3473  RNA polymerase sigma factor RpoD  46.35 
 
 
631 aa  223  4e-57  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0442977  normal  0.143212 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0634  RNA polymerase sigma factor RpoD  46.35 
 
 
612 aa  223  4e-57  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0230181  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_07520  RNA polymerase sigma factor RpoD  44.86 
 
 
617 aa  223  4e-57  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0627024  normal  0.302038 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4380  RNA polymerase sigma factor RpoD  46.35 
 
 
613 aa  223  4e-57  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00205022  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0548  RNA polymerase sigma factor RpoD  46.35 
 
 
612 aa  223  4e-57  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.128359  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0263  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  45.92 
 
 
629 aa  223  4.9999999999999996e-57  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.262087 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0718  RNA polymerase sigma factor RpoD  44.86 
 
 
617 aa  223  4.9999999999999996e-57  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0303  RNA polymerase sigma factor RpoD  46.35 
 
 
612 aa  223  4.9999999999999996e-57  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000283425  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0783  RNA polymerase sigma factor RpoD  46.35 
 
 
611 aa  223  4.9999999999999996e-57  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.060586  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3489  RNA polymerase sigma factor RpoD  46.35 
 
 
611 aa  223  4.9999999999999996e-57  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0495804  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3370  RNA polymerase sigma factor RpoD  46.35 
 
 
612 aa  223  4.9999999999999996e-57  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.264997  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2908  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  45.92 
 
 
619 aa  223  4.9999999999999996e-57  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.32821  normal  0.122569 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4300  RNA polymerase sigma factor RpoD  46.35 
 
 
647 aa  223  4.9999999999999996e-57  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1284  RNA polymerase sigma-70 factor  45.92 
 
 
616 aa  223  6e-57  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0045  hypothetical protein  45.68 
 
 
602 aa  223  6e-57  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.250484  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2990  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  45.92 
 
 
619 aa  223  6e-57  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0529376  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3087  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  45.92 
 
 
619 aa  223  6e-57  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0259525  hitchhiker  0.0013173 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0762  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  44.17 
 
 
819 aa  223  7e-57  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.023937  normal  0.967295 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4815  RNA polymerase sigma factor RpoD  45.92 
 
 
616 aa  223  7e-57  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0715  RNA polymerase sigma factor RpoD  42.68 
 
 
624 aa  223  7e-57  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0461  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  44.44 
 
 
608 aa  223  7e-57  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2310  RNA polymerase sigma factor rpoD (sigma-70)  46.35 
 
 
621 aa  222  9e-57  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2834  RNA polymerase sigma factor RpoD-like protein  45.49 
 
 
617 aa  222  9.999999999999999e-57  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0916822  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1144  RpoD family RNA polymerase sigma factor  45.49 
 
 
627 aa  222  9.999999999999999e-57  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0208725  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>