More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene HMPREF0424_0838 on replicon NC_013721
Organism: Gardnerella vaginalis 409-05



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013721  HMPREF0424_0838  crossover junction endodeoxyribonuclease RuvC  100 
 
 		 193 aa  389  1e-107  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0451  Holliday junction resolvase  78.87 
 
 		 194 aa  270  1e-71  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.118775  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1794  crossover junction endodeoxyribonuclease RuvC  63.25 
 
 		 188 aa  187  7e-47  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.282589  normal  0.0953637 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1370  crossover junction endodeoxyribonuclease RuvC  58.82 
 
 		 190 aa  183  1.0000000000000001e-45  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.984472  normal  0.0696246 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1666  crossover junction endodeoxyribonuclease RuvC  61.68 
 
 		 199 aa  183  1.0000000000000001e-45  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.0256287  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_17510  Holliday junction endonuclease RuvC  54.84 
 
 		 189 aa  182  3e-45  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.919514  normal  0.170304 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_13940  Holliday junction endonuclease RuvC  53.16 
 
 		 197 aa  169  3e-41  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.191488  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0837  crossover junction endodeoxyribonuclease RuvC  54.25 
 
 		 185 aa  161  4.0000000000000004e-39  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0698715  normal  0.0994154 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2385  Holliday junction endonuclease RuvC  55.48 
 
 		 177 aa  158  5e-38  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1992  Holliday junction resolvase  57.14 
 
 		 199 aa  157  9e-38  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.0125062 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2300  crossover junction endodeoxyribonuclease RuvC  52.9 
 
 		 189 aa  152  2.9999999999999998e-36  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2352  crossover junction endodeoxyribonuclease RuvC  54.19 
 
 		 170 aa  151  5.9999999999999996e-36  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2303  Holliday junction resolvase  49.16 
 
 		 192 aa  151  5.9999999999999996e-36  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0280076  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2033  Holliday junction resolvase  49.16 
 
 		 192 aa  150  8e-36  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000766099 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1660  crossover junction endodeoxyribonuclease RuvC  50.33 
 
 		 163 aa  149  2e-35  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.183319  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1692  crossover junction endodeoxyribonuclease RuvC  54.19 
 
 		 330 aa  149  2e-35  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12614  Holliday junction resolvase  52.9 
 
 		 188 aa  148  4e-35  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.00000342168  normal  0.676212 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2573  Holliday junction resolvase  52.9 
 
 		 194 aa  146  2.0000000000000003e-34  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2095  Holliday junction resolvase  50.32 
 
 		 182 aa  144  7.0000000000000006e-34  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6113  Crossover junction endodeoxyribonuclease  50.97 
 
 		 200 aa  144  8.000000000000001e-34  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.0688405 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2265  Holliday junction resolvase  54.36 
 
 		 193 aa  144  9e-34  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2304  Holliday junction resolvase  54.36 
 
 		 193 aa  144  9e-34  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.774501 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2312  Holliday junction resolvase  54.36 
 
 		 193 aa  144  9e-34  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_15060  Holliday junction resolvase  54.84 
 
 		 196 aa  142  3e-33  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.117861  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3828  crossover junction endodeoxyribonuclease RuvC  45.51 
 
 		 176 aa  140  9.999999999999999e-33  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0595683  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3056  Holliday junction resolvase  50.27 
 
 		 207 aa  140  9.999999999999999e-33  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.631668 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3826  Holliday junction resolvase  54.25 
 
 		 220 aa  139  1.9999999999999998e-32  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.248102 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2109  crossover junction endodeoxyribonuclease RuvC  56.77 
 
 		 176 aa  135  3.0000000000000003e-31  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0239412  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1798  Holliday junction endonuclease RuvC  43.14 
 
 		 161 aa  135  5e-31  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000582609 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3396  crossover junction endodeoxyribonuclease RuvC  54.19 
 
 		 181 aa  134  9e-31  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00187802  hitchhiker  0.00000696704 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1702  crossover junction endodeoxyribonuclease RuvC  46.41 
 
 		 167 aa  132  3e-30  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.131729  normal  0.717874 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_15340  Holliday junction endonuclease RuvC  47.76 
 
 		 208 aa  132  3e-30  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.0768617  normal  1 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0111  Holliday junction resolvase  44.16 
 
 		 156 aa  130  9e-30  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1798  Holliday junction resolvase  52.9 
 
 		 175 aa  129  2.0000000000000002e-29  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.0451382  hitchhiker  0.00012152 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1934  crossover junction endodeoxyribonuclease RuvC  44.92 
 
 		 215 aa  127  1.0000000000000001e-28  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1452  Holliday junction resolvase  41.83 
 
 		 182 aa  126  2.0000000000000002e-28  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.883917  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2065  crossover junction endodeoxyribonuclease RuvC  53.59 
 
 		 193 aa  125  5e-28  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0180  Holliday junction resolvase  39.22 
 
 		 162 aa  124  8.000000000000001e-28  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1345  Holliday junction endonuclease RuvC  50.97 
 
 		 178 aa  122  2e-27  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.306219  normal  0.526243 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1346  Holliday junction resolvase  39.76 
 
 		 166 aa  120  9e-27  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.000000795843  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1114  Holliday junction resolvase  35.44 
 
 		 164 aa  120  1.9999999999999998e-26  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5146  Holliday junction resolvase  50.97 
 
 		 178 aa  119  3e-26  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  decreased coverage  0.00188604  decreased coverage  0.000100944 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1632  crossover junction endodeoxyribonuclease RuvC  41.45 
 
 		 160 aa  118  4.9999999999999996e-26  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.286173  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1369  Holliday junction resolvase  49.03 
 
 		 172 aa  117  9.999999999999999e-26  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.242329 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0890  Holliday junction resolvase  37.75 
 
 		 164 aa  116  1.9999999999999998e-25  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  0.0795494 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3627  Holliday junction resolvase  42.48 
 
 		 165 aa  116  1.9999999999999998e-25  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00535771  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_12330  crossover junction endodeoxyribonuclease RuvC  39.87 
 
 		 165 aa  115  3.9999999999999997e-25  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.128626  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0903  crossover junction endodeoxyribonuclease RuvC  38.31 
 
 		 164 aa  115  5e-25  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2182  Holliday junction resolvase  44.37 
 
 		 173 aa  114  1.0000000000000001e-24  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.64085  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2595  Holliday junction resolvase  49.03 
 
 		 164 aa  113  2.0000000000000002e-24  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00143043 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1377  Holliday junction resolvase  35.06 
 
 		 184 aa  113  2.0000000000000002e-24  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.180632  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2364  Holliday junction resolvase  44.37 
 
 		 173 aa  112  4.0000000000000004e-24  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  0.00103097  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_12900  Holliday junction endonuclease RuvC  50.67 
 
 		 211 aa  111  6e-24  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.522457  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_04920  Holliday junction resolvase  33.91 
 
 		 184 aa  110  1.0000000000000001e-23  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1433  hypothetical protein  41.95 
 
 		 172 aa  110  1.0000000000000001e-23  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.000000864662  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3178  crossover junction endodeoxyribonuclease RuvC  52.26 
 
 		 188 aa  110  2.0000000000000002e-23  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1808  Holliday junction resolvase  45.03 
 
 		 160 aa  109  2.0000000000000002e-23  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0426  Holliday junction resolvase  38.02 
 
 		 181 aa  109  2.0000000000000002e-23  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.633574  normal  0.046933 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_11451  Holliday junction resolvase  36.84 
 
 		 157 aa  108  4.0000000000000004e-23  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.447359  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1322  crossover junction endodeoxyribonuclease RuvC  38.56 
 
 		 179 aa  108  4.0000000000000004e-23  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0725718  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1075  Holliday junction resolvase  41.94 
 
 		 164 aa  108  5e-23  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.228203  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0769  Holliday junction resolvase  34.81 
 
 		 182 aa  108  6e-23  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3618  crossover junction endodeoxyribonuclease RuvC  42.11 
 
 		 166 aa  108  6e-23  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.1831  normal  0.457471 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1109  Holliday junction resolvase  37.97 
 
 		 159 aa  108  7.000000000000001e-23  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.000000183978  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1249  Holliday junction resolvase  42.48 
 
 		 180 aa  107  8.000000000000001e-23  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2336  Holliday junction resolvase  44.59 
 
 		 161 aa  107  9.000000000000001e-23  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.0868617  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0658  crossover junction endodeoxyribonuclease RuvC  39.2 
 
 		 191 aa  107  1e-22  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.545827  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0079  Holliday junction resolvase  37.01 
 
 		 181 aa  107  1e-22  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1415  Holliday junction resolvase  43.95 
 
 		 171 aa  107  1e-22  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00000523238  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2240  crossover junction endodeoxyribonuclease RuvC  37.66 
 
 		 182 aa  106  2e-22  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2672  Holliday junction resolvase  42.21 
 
 		 176 aa  106  2e-22  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00163378  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0932  Holliday junction resolvase  42.14 
 
 		 164 aa  106  2e-22  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000000000174044 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01556  Holliday junction resolvase  43.14 
 
 		 174 aa  105  3e-22  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.244757  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0486  Holliday junction resolvase  39.87 
 
 		 181 aa  105  3e-22  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3314  Holliday junction resolvase  42.14 
 
 		 164 aa  106  3e-22  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0719  Holliday junction resolvase  44.97 
 
 		 168 aa  106  3e-22  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_385  crossover junction endodeoxyribonuclease  44.08 
 
 		 165 aa  105  3e-22  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0744  Holliday junction resolvase  41.29 
 
 		 164 aa  105  4e-22  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000123972  normal  1 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0361  Holliday junction resolvase  41.94 
 
 		 165 aa  105  4e-22  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0343  Holliday junction resolvase  41.94 
 
 		 165 aa  105  4e-22  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0443  crossover junction endodeoxyribonuclease RuvC  44.08 
 
 		 165 aa  105  5e-22  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3179  crossover junction endodeoxyribonuclease RuvC  38.22 
 
 		 164 aa  105  6e-22  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.844491  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0379  Holliday junction resolvase  39.87 
 
 		 181 aa  104  6e-22  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0420  crossover junction endodeoxyribonuclease RuvC  42.76 
 
 		 167 aa  104  7e-22  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0503  Holliday junction resolvase  37.5 
 
 		 181 aa  103  1e-21  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.46163 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0394  Holliday junction resolvase  39.87 
 
 		 181 aa  104  1e-21  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.638558 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3856  Holliday junction resolvase  40.74 
 
 		 183 aa  103  1e-21  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1438  Holliday junction resolvase  42.76 
 
 		 173 aa  103  2e-21  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000786785  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2355  Holliday junction resolvase  41.18 
 
 		 180 aa  103  2e-21  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2534  Holliday junction resolvase  41.18 
 
 		 180 aa  103  2e-21  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3405  Holliday junction resolvase  41.18 
 
 		 180 aa  103  2e-21  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3399  Holliday junction resolvase  41.18 
 
 		 180 aa  103  2e-21  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3343  Holliday junction resolvase  41.56 
 
 		 180 aa  102  2e-21  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00888007 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0268  Holliday junction resolvase  41.18 
 
 		 284 aa  102  3e-21  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0400  crossover junction endodeoxyribonuclease RuvC  34.76 
 
 		 187 aa  102  4e-21  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.253093 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0617  Holliday junction resolvase  41.56 
 
 		 180 aa  102  4e-21  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.481352 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1130  Holliday junction resolvase  41.18 
 
 		 275 aa  102  4e-21  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0207  Holliday junction resolvase  40.52 
 
 		 180 aa  102  4e-21  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0690  Holliday junction resolvase  40.52 
 
 		 180 aa  102  4e-21  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2554  Holliday junction resolvase  39.87 
 
 		 180 aa  101  5e-21  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.250708  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>