More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dred_1660 on replicon NC_009253
Organism: Desulfotomaculum reducens MI-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009253  Dred_1660  crossover junction endodeoxyribonuclease RuvC  100 
 
 
163 aa  337  5.9999999999999996e-92  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.183319  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1109  Holliday junction resolvase  62.26 
 
 
159 aa  209  9e-54  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.000000183978  normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0180  Holliday junction resolvase  61.44 
 
 
162 aa  206  1e-52  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3627  Holliday junction resolvase  63.4 
 
 
165 aa  196  1.0000000000000001e-49  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00535771  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1346  Holliday junction resolvase  58.82 
 
 
166 aa  196  2.0000000000000003e-49  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.000000795843  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1702  crossover junction endodeoxyribonuclease RuvC  58.71 
 
 
167 aa  194  5.000000000000001e-49  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.131729  normal  0.717874 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1452  Holliday junction resolvase  55.77 
 
 
182 aa  193  7e-49  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.883917  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_12330  crossover junction endodeoxyribonuclease RuvC  58.17 
 
 
165 aa  189  1e-47  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.128626  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1114  Holliday junction resolvase  57.69 
 
 
164 aa  186  8e-47  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1075  Holliday junction resolvase  53.55 
 
 
164 aa  179  2e-44  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.228203  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2336  Holliday junction resolvase  58.82 
 
 
161 aa  178  2.9999999999999997e-44  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.0868617  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1632  crossover junction endodeoxyribonuclease RuvC  54.97 
 
 
160 aa  177  4e-44  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.286173  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0744  Holliday junction resolvase  52.26 
 
 
164 aa  177  5.999999999999999e-44  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000123972  normal 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0903  crossover junction endodeoxyribonuclease RuvC  52.76 
 
 
164 aa  176  2e-43  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1798  Holliday junction endonuclease RuvC  51.63 
 
 
161 aa  173  9.999999999999999e-43  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000582609 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1322  crossover junction endodeoxyribonuclease RuvC  52.32 
 
 
179 aa  172  1.9999999999999998e-42  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0725718  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1415  Holliday junction resolvase  52.76 
 
 
171 aa  168  3e-41  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00000523238  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1364  crossover junction endodeoxyribonuclease RuvC  52.94 
 
 
162 aa  166  1e-40  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.553646  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3314  Holliday junction resolvase  50.97 
 
 
164 aa  161  3e-39  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0932  Holliday junction resolvase  50.97 
 
 
164 aa  162  3e-39  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000000000174044 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1433  hypothetical protein  54.97 
 
 
172 aa  161  4.0000000000000004e-39  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.000000864662  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0478  Holliday junction endonuclease RuvC  47.74 
 
 
180 aa  160  9e-39  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.000177165  normal  0.867612 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1604  crossover junction endodeoxyribonuclease RuvC  52.2 
 
 
192 aa  159  2e-38  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  decreased coverage  0.0000000814107  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0111  Holliday junction resolvase  50.99 
 
 
156 aa  158  3e-38  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2672  Holliday junction resolvase  50.33 
 
 
176 aa  157  6e-38  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00163378  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1438  Holliday junction resolvase  49.68 
 
 
173 aa  155  3e-37  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000786785  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01598  Holliday junction resolvase  50.63 
 
 
173 aa  154  6e-37  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2364  Holliday junction resolvase  49.04 
 
 
173 aa  153  9e-37  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  0.00103097  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1887  Holliday junction resolvase  50 
 
 
173 aa  153  1e-36  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.903201  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003924  crossover junction endodeoxyribonuclease RuvC  50 
 
 
173 aa  152  2e-36  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00124897  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3179  crossover junction endodeoxyribonuclease RuvC  49.67 
 
 
164 aa  152  2e-36  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.844491  normal 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0895  crossover junction endodeoxyribonuclease RuvC  43.37 
 
 
167 aa  152  2e-36  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  hitchhiker  0.000302066  normal  0.153116 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2115  crossover junction endodeoxyribonuclease RuvC  54.61 
 
 
184 aa  152  2.9999999999999998e-36  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.805464  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0957  crossover junction endodeoxyribonuclease RuvC  55.03 
 
 
171 aa  151  2.9999999999999998e-36  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0890  Holliday junction resolvase  48.39 
 
 
164 aa  151  4e-36  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal  0.0795494 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3856  Holliday junction resolvase  48.41 
 
 
183 aa  151  5e-36  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2182  Holliday junction resolvase  50.67 
 
 
173 aa  150  5.9999999999999996e-36  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.64085  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3618  crossover junction endodeoxyribonuclease RuvC  45.28 
 
 
166 aa  150  1e-35  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.1831  normal  0.457471 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0995  crossover junction endodeoxyribonuclease RuvC  46.1 
 
 
183 aa  149  1e-35  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.410626  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2595  Holliday junction resolvase  55.7 
 
 
164 aa  149  2e-35  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00143043 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4753  Holliday junction resolvase  51.53 
 
 
165 aa  149  2e-35  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0486  Holliday junction resolvase  47.17 
 
 
181 aa  148  4e-35  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0426  Holliday junction resolvase  47.17 
 
 
181 aa  147  6e-35  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.633574  normal  0.046933 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1720  crossover junction endodeoxyribonuclease RuvC  51.27 
 
 
166 aa  146  1.0000000000000001e-34  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.029168  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0443  crossover junction endodeoxyribonuclease RuvC  52.98 
 
 
165 aa  145  2.0000000000000003e-34  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0984  crossover junction endodeoxyribonuclease RuvC  47.83 
 
 
200 aa  145  3e-34  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0420  crossover junction endodeoxyribonuclease RuvC  52.32 
 
 
167 aa  145  3e-34  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2032  Holliday junction resolvase  50.31 
 
 
173 aa  144  4.0000000000000006e-34  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00302461  normal 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_385  crossover junction endodeoxyribonuclease  52.98 
 
 
165 aa  144  5e-34  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0583  Holliday junction resolvase  46.54 
 
 
183 aa  144  5e-34  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0609  Holliday junction resolvase  46.54 
 
 
183 aa  144  7.0000000000000006e-34  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.385188  normal  0.439523 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1480  Holliday junction resolvase  48.77 
 
 
182 aa  144  7.0000000000000006e-34  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.303273  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1408  Holliday junction resolvase  45.86 
 
 
174 aa  143  8.000000000000001e-34  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0741674  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0719  Holliday junction resolvase  55.41 
 
 
168 aa  143  9e-34  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0482  Holliday junction resolvase  49.02 
 
 
184 aa  143  1e-33  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.0464061 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0972  crossover junction endodeoxyribonuclease RuvC  48.32 
 
 
192 aa  143  1e-33  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00108753 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3417  Holliday junction resolvase  47.24 
 
 
182 aa  142  2e-33  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.124566  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0207  Holliday junction resolvase  46.84 
 
 
180 aa  142  2e-33  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0690  Holliday junction resolvase  46.84 
 
 
180 aa  142  2e-33  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1038  Holliday junction resolvase  50.66 
 
 
157 aa  142  2e-33  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.0318292  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3979  crossover junction endodeoxyribonuclease RuvC  45.57 
 
 
176 aa  141  4e-33  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.175883  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0657  Holliday junction resolvase  46.84 
 
 
180 aa  141  4e-33  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1249  Holliday junction resolvase  46.2 
 
 
180 aa  141  4e-33  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01834  Holliday junction resolvase  50.74 
 
 
173 aa  140  5e-33  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.837934  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1777  crossover junction endodeoxyribonuclease RuvC  50.74 
 
 
173 aa  140  5e-33  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00202932  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1956  Holliday junction resolvase  50.74 
 
 
173 aa  140  5e-33  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.396234  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01822  hypothetical protein  50.74 
 
 
173 aa  140  5e-33  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.621329  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1323  Holliday junction resolvase  50.74 
 
 
173 aa  140  5e-33  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2599  Holliday junction resolvase  50.74 
 
 
173 aa  140  5e-33  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.109079  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1225  Holliday junction resolvase  51.47 
 
 
173 aa  141  5e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.177509  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2112  Holliday junction resolvase  51.47 
 
 
173 aa  141  5e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.0214105 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2057  Holliday junction resolvase  51.47 
 
 
173 aa  141  5e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.0681914 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1109  Holliday junction resolvase  50.74 
 
 
173 aa  140  5e-33  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1349  Holliday junction resolvase  51.47 
 
 
173 aa  141  5e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00353939 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2052  Holliday junction resolvase  51.47 
 
 
173 aa  141  5e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1769  Holliday junction resolvase  50.74 
 
 
173 aa  140  5e-33  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0125353  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2093  Holliday junction resolvase  50 
 
 
173 aa  140  7e-33  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00029798  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0503  Holliday junction resolvase  44.3 
 
 
181 aa  140  8e-33  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.46163 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2968  Holliday junction resolvase  45.78 
 
 
186 aa  140  9e-33  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4409  Holliday junction resolvase  46.88 
 
 
175 aa  140  9e-33  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.049138  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2573  Holliday junction resolvase  49.69 
 
 
173 aa  139  9.999999999999999e-33  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00104649  hitchhiker  0.00130455 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3776  Holliday junction resolvase  45.57 
 
 
180 aa  139  9.999999999999999e-33  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.518042  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3658  Holliday junction resolvase  45.78 
 
 
186 aa  140  9.999999999999999e-33  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1270  Holliday junction resolvase  43.31 
 
 
174 aa  139  9.999999999999999e-33  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.460583  normal  0.748169 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1614  Holliday junction resolvase  44.37 
 
 
158 aa  139  9.999999999999999e-33  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2354  Holliday junction resolvase  46.34 
 
 
180 aa  139  1.9999999999999998e-32  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.542113 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3343  Holliday junction resolvase  45.28 
 
 
180 aa  138  3e-32  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00888007 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0151  Holliday junction resolvase  42.86 
 
 
167 aa  138  3e-32  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0379  Holliday junction resolvase  43.67 
 
 
181 aa  138  3e-32  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0394  Holliday junction resolvase  43.67 
 
 
181 aa  138  3e-32  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.638558 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1955  Holliday junction resolvase  47.47 
 
 
173 aa  138  3e-32  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0326541  normal  0.873797 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0716  crossover junction endodeoxyribonuclease RuvC  45.86 
 
 
173 aa  138  3e-32  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.075927  normal  0.655045 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2355  Holliday junction resolvase  45.57 
 
 
180 aa  137  4.999999999999999e-32  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3405  Holliday junction resolvase  45.57 
 
 
180 aa  137  4.999999999999999e-32  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3364  Holliday junction resolvase  45.57 
 
 
180 aa  137  4.999999999999999e-32  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3399  Holliday junction resolvase  45.57 
 
 
180 aa  137  4.999999999999999e-32  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2534  Holliday junction resolvase  45.57 
 
 
180 aa  137  4.999999999999999e-32  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2694  Holliday junction resolvase  44.3 
 
 
180 aa  137  7e-32  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.218252  normal  0.976349 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2259  Holliday junction resolvase  50 
 
 
173 aa  137  7e-32  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2554  Holliday junction resolvase  46.75 
 
 
180 aa  137  7e-32  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.250708  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>