More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic_0379 on replicon NC_010682
Organism: Ralstonia pickettii 12J



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010682  Rpic_0379  Holliday junction resolvase  100 
 
 
181 aa  365  1e-100  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0394  Holliday junction resolvase  98.9 
 
 
181 aa  362  2e-99  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.638558 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0503  Holliday junction resolvase  95.58 
 
 
181 aa  352  1e-96  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.46163 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0426  Holliday junction resolvase  80.11 
 
 
181 aa  302  1.0000000000000001e-81  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.633574  normal  0.046933 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0486  Holliday junction resolvase  78.45 
 
 
181 aa  300  8.000000000000001e-81  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2355  Holliday junction resolvase  75.14 
 
 
180 aa  275  2e-73  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3399  Holliday junction resolvase  75.14 
 
 
180 aa  275  2e-73  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3405  Holliday junction resolvase  75.14 
 
 
180 aa  275  2e-73  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2534  Holliday junction resolvase  75.14 
 
 
180 aa  275  2e-73  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0268  Holliday junction resolvase  75.14 
 
 
284 aa  274  5e-73  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1130  Holliday junction resolvase  75.14 
 
 
275 aa  274  5e-73  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1249  Holliday junction resolvase  75.14 
 
 
180 aa  274  5e-73  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3364  Holliday junction resolvase  74.59 
 
 
180 aa  274  6e-73  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0617  Holliday junction resolvase  72.93 
 
 
180 aa  273  8e-73  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.481352 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3343  Holliday junction resolvase  72.38 
 
 
180 aa  271  3e-72  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00888007 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2694  Holliday junction resolvase  73.48 
 
 
180 aa  269  1e-71  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.218252  normal  0.976349 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0207  Holliday junction resolvase  73.48 
 
 
180 aa  270  1e-71  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0690  Holliday junction resolvase  73.48 
 
 
180 aa  270  1e-71  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0657  Holliday junction resolvase  72.93 
 
 
180 aa  268  2.9999999999999997e-71  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3776  Holliday junction resolvase  72.38 
 
 
180 aa  268  2.9999999999999997e-71  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.518042  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0583  Holliday junction resolvase  72.83 
 
 
183 aa  264  7e-70  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2554  Holliday junction resolvase  71.27 
 
 
180 aa  252  2.0000000000000002e-66  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.250708  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0609  Holliday junction resolvase  71.1 
 
 
183 aa  243  9e-64  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.385188  normal  0.439523 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3856  Holliday junction resolvase  62.78 
 
 
183 aa  223  1e-57  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3417  Holliday junction resolvase  68.71 
 
 
182 aa  223  2e-57  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.124566  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1480  Holliday junction resolvase  65.03 
 
 
182 aa  219  9.999999999999999e-57  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.303273  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2968  Holliday junction resolvase  65.85 
 
 
186 aa  219  9.999999999999999e-57  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0833  Holliday junction resolvase  66.88 
 
 
182 aa  219  1.9999999999999999e-56  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.0886896 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3658  Holliday junction resolvase  65.24 
 
 
186 aa  219  1.9999999999999999e-56  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4063  Holliday junction resolvase  67.22 
 
 
179 aa  218  3.9999999999999997e-56  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2354  Holliday junction resolvase  61.08 
 
 
180 aa  217  6e-56  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.542113 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0482  Holliday junction resolvase  59.78 
 
 
184 aa  213  9e-55  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.0464061 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0930  Holliday junction resolvase  58.89 
 
 
182 aa  211  5.999999999999999e-54  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.515185  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2947  Holliday junction resolvase  62.87 
 
 
182 aa  209  2e-53  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.977877  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0531  Holliday junction resolvase  63.98 
 
 
183 aa  207  9e-53  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1878  Holliday junction resolvase  67.32 
 
 
172 aa  204  6e-52  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  hitchhiker  0.00784729  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1083  Holliday junction resolvase  63.92 
 
 
182 aa  200  8e-51  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.00107185  normal  0.501523 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3409  Holliday junction resolvase  62.58 
 
 
182 aa  200  8e-51  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.102403  normal  0.125842 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1582  Holliday junction resolvase  65.13 
 
 
168 aa  195  3e-49  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.330429  normal  0.489243 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2214  Holliday junction resolvase  61.11 
 
 
171 aa  187  8e-47  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.0307344 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1438  Holliday junction resolvase  52.27 
 
 
173 aa  178  2.9999999999999997e-44  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000786785  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1075  Holliday junction resolvase  53.9 
 
 
164 aa  174  6e-43  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.228203  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1415  Holliday junction resolvase  53.95 
 
 
171 aa  174  8e-43  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00000523238  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0716  crossover junction endodeoxyribonuclease RuvC  51.88 
 
 
173 aa  173  9e-43  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.075927  normal  0.655045 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003924  crossover junction endodeoxyribonuclease RuvC  50.57 
 
 
173 aa  172  1.9999999999999998e-42  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00124897  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0932  Holliday junction resolvase  50.92 
 
 
164 aa  172  2.9999999999999996e-42  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000000000174044 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2672  Holliday junction resolvase  49.4 
 
 
176 aa  172  2.9999999999999996e-42  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00163378  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3314  Holliday junction resolvase  52.6 
 
 
164 aa  171  3.9999999999999995e-42  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0744  Holliday junction resolvase  53.64 
 
 
164 aa  171  5.999999999999999e-42  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000123972  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2182  Holliday junction resolvase  51.85 
 
 
173 aa  171  6.999999999999999e-42  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.64085  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1887  Holliday junction resolvase  50 
 
 
173 aa  170  1e-41  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.903201  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01598  Holliday junction resolvase  50 
 
 
173 aa  169  3e-41  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2364  Holliday junction resolvase  53.7 
 
 
173 aa  169  3e-41  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  0.00103097  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2336  Holliday junction resolvase  53.95 
 
 
161 aa  164  5.9999999999999996e-40  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.0868617  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2721  crossover junction endodeoxyribonuclease RuvC  57.86 
 
 
133 aa  162  2.0000000000000002e-39  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1900  Holliday junction resolvase  53.09 
 
 
173 aa  161  6e-39  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000300533  hitchhiker  0.000114763 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2078  Holliday junction resolvase  53.09 
 
 
173 aa  161  6e-39  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.000308371  hitchhiker  0.00162508 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2431  Holliday junction resolvase  52.47 
 
 
173 aa  160  8.000000000000001e-39  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2077  Holliday junction resolvase  53.09 
 
 
173 aa  159  1e-38  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.414118  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1955  Holliday junction resolvase  53.09 
 
 
173 aa  159  2e-38  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0326541  normal  0.873797 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0671  Holliday junction resolvase  44.51 
 
 
194 aa  157  6e-38  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.674635  normal 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0699  Holliday junction resolvase  43.96 
 
 
194 aa  156  2e-37  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.207762  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2042  Holliday junction resolvase  51.23 
 
 
173 aa  156  2e-37  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000214475  hitchhiker  0.0000000571856 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2040  Holliday junction resolvase  51.23 
 
 
173 aa  156  2e-37  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.0000000885772  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2421  Holliday junction resolvase  51.23 
 
 
173 aa  156  2e-37  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.0000504743  normal  0.0281023 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2305  Holliday junction resolvase  51.23 
 
 
173 aa  156  2e-37  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00234267  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1221  crossover junction endodeoxyribonuclease RuvC  50 
 
 
165 aa  154  9e-37  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.69785  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2573  Holliday junction resolvase  51.23 
 
 
173 aa  154  9e-37  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00104649  hitchhiker  0.00130455 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1408  Holliday junction resolvase  53.55 
 
 
174 aa  153  1e-36  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0741674  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2032  Holliday junction resolvase  52.47 
 
 
173 aa  153  1e-36  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00302461  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1937  Holliday junction resolvase  50 
 
 
173 aa  153  1e-36  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00155576  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4409  Holliday junction resolvase  53.21 
 
 
175 aa  152  2e-36  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.049138  normal 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0509  Holliday junction resolvase  50.82 
 
 
189 aa  152  2e-36  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3979  crossover junction endodeoxyribonuclease RuvC  54.3 
 
 
176 aa  152  2.9999999999999998e-36  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.175883  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1270  Holliday junction resolvase  52.9 
 
 
174 aa  152  2.9999999999999998e-36  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.460583  normal  0.748169 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4543  Holliday junction resolvase  53.55 
 
 
174 aa  152  2.9999999999999998e-36  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_51800  Holliday junction resolvase  53.55 
 
 
174 aa  151  4e-36  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000486306 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1433  Holliday junction resolvase  42.86 
 
 
194 aa  150  8.999999999999999e-36  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1885  Holliday junction resolvase  49.38 
 
 
173 aa  150  1e-35  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.94551  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2115  crossover junction endodeoxyribonuclease RuvC  50 
 
 
175 aa  149  3e-35  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2946  Holliday junction resolvase  50.88 
 
 
173 aa  148  3e-35  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.185202  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0180  Holliday junction resolvase  42.14 
 
 
162 aa  148  5e-35  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1452  Holliday junction resolvase  42.24 
 
 
182 aa  147  6e-35  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.883917  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2102  Holliday junction resolvase  50.31 
 
 
173 aa  147  1.0000000000000001e-34  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1818  Holliday junction resolvase  51.61 
 
 
173 aa  145  3e-34  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.311556  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0138  crossover junction endodeoxyribonuclease RuvC  50.31 
 
 
174 aa  145  3e-34  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0478  Holliday junction endonuclease RuvC  47.33 
 
 
180 aa  145  3e-34  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.000177165  normal  0.867612 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2778  Holliday junction resolvase  49.15 
 
 
173 aa  145  4.0000000000000006e-34  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0426005  normal  0.0283844 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0995  crossover junction endodeoxyribonuclease RuvC  45.39 
 
 
183 aa  145  4.0000000000000006e-34  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.410626  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2052  Holliday junction resolvase  49.15 
 
 
173 aa  144  5e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2112  Holliday junction resolvase  49.15 
 
 
173 aa  144  5e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.0214105 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2057  Holliday junction resolvase  49.15 
 
 
173 aa  144  5e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.0681914 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1322  crossover junction endodeoxyribonuclease RuvC  44.64 
 
 
179 aa  144  5e-34  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0725718  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1225  Holliday junction resolvase  49.15 
 
 
173 aa  144  5e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.177509  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2431  Holliday junction resolvase  49.15 
 
 
173 aa  144  6e-34  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0114674  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1777  crossover junction endodeoxyribonuclease RuvC  49.15 
 
 
173 aa  144  7.0000000000000006e-34  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00202932  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1323  Holliday junction resolvase  49.15 
 
 
173 aa  144  7.0000000000000006e-34  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1109  Holliday junction resolvase  49.15 
 
 
173 aa  144  7.0000000000000006e-34  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1956  Holliday junction resolvase  49.15 
 
 
173 aa  144  7.0000000000000006e-34  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.396234  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1769  Holliday junction resolvase  49.15 
 
 
173 aa  144  7.0000000000000006e-34  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0125353  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>